# TARGET T0321 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.962 2 W 0.016 0.004 0.004 0.738 0.003 0.012 0.223 3 E 0.012 0.003 0.005 0.912 0.010 0.011 0.048 4 I 0.002 0.001 0.006 0.967 0.001 0.007 0.016 5 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.004 6 D 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.008 0.003 7 A 0.001 0.001 0.009 0.969 0.002 0.018 0.002 8 M 0.001 0.001 0.011 0.941 0.003 0.039 0.005 9 I 0.002 0.002 0.041 0.781 0.011 0.153 0.010 10 N 0.002 0.001 0.033 0.451 0.022 0.470 0.022 11 G 0.005 0.003 0.049 0.235 0.126 0.406 0.176 12 I 0.008 0.015 0.004 0.019 0.377 0.013 0.563 13 P 0.007 0.006 0.018 0.009 0.027 0.018 0.915 14 E 0.007 0.004 0.269 0.072 0.084 0.488 0.076 15 D 0.015 0.003 0.240 0.051 0.103 0.500 0.088 16 F 0.116 0.014 0.041 0.029 0.164 0.030 0.606 17 L 0.276 0.057 0.007 0.017 0.021 0.020 0.602 18 V 0.537 0.025 0.029 0.050 0.056 0.031 0.272 19 D 0.594 0.005 0.038 0.056 0.106 0.025 0.177 20 E 0.708 0.005 0.055 0.067 0.053 0.021 0.093 21 L 0.805 0.010 0.016 0.046 0.017 0.015 0.091 22 V 0.823 0.017 0.012 0.037 0.022 0.020 0.068 23 C 0.681 0.015 0.010 0.027 0.037 0.087 0.145 24 G 0.291 0.010 0.008 0.004 0.210 0.162 0.314 25 T 0.218 0.014 0.014 0.003 0.255 0.102 0.394 26 T 0.291 0.013 0.018 0.003 0.260 0.127 0.287 27 H 0.503 0.018 0.031 0.004 0.124 0.059 0.261 28 S 0.798 0.008 0.010 0.009 0.037 0.018 0.120 29 V 0.905 0.013 0.009 0.010 0.013 0.010 0.039 30 I 0.883 0.010 0.007 0.012 0.008 0.016 0.065 31 R 0.703 0.012 0.019 0.014 0.039 0.066 0.148 32 S 0.349 0.013 0.039 0.013 0.106 0.385 0.094 33 G 0.067 0.003 0.038 0.002 0.155 0.674 0.061 34 N 0.138 0.008 0.049 0.002 0.265 0.338 0.201 35 G 0.494 0.048 0.034 0.003 0.106 0.096 0.219 36 V 0.732 0.036 0.020 0.002 0.043 0.036 0.130 37 G 0.770 0.017 0.014 0.003 0.054 0.035 0.108 38 L 0.760 0.038 0.011 0.004 0.032 0.022 0.134 39 G 0.448 0.030 0.008 0.003 0.068 0.032 0.411 40 P 0.221 0.021 0.008 0.003 0.159 0.097 0.491 41 N 0.097 0.027 0.008 0.005 0.297 0.063 0.504 42 R 0.040 0.018 0.010 0.010 0.252 0.056 0.614 43 P 0.028 0.024 0.025 0.018 0.153 0.110 0.643 44 F 0.026 0.017 0.088 0.061 0.198 0.279 0.331 45 E 0.033 0.012 0.121 0.070 0.184 0.291 0.288 46 T 0.062 0.024 0.081 0.061 0.260 0.100 0.411 47 R 0.122 0.050 0.056 0.085 0.160 0.112 0.415 48 M 0.124 0.033 0.044 0.090 0.123 0.053 0.532 49 P 0.132 0.025 0.081 0.121 0.085 0.118 0.437 50 M 0.103 0.020 0.104 0.178 0.134 0.181 0.280 51 L 0.079 0.042 0.076 0.164 0.129 0.120 0.388 52 T 0.038 0.014 0.146 0.315 0.062 0.166 0.260 53 Q 0.024 0.005 0.198 0.297 0.115 0.270 0.091 54 N 0.034 0.009 0.198 0.310 0.084 0.232 0.134 55 L 0.054 0.041 0.201 0.215 0.119 0.225 0.146 56 L 0.022 0.013 0.068 0.101 0.084 0.617 0.094 57 G 0.015 0.004 0.033 0.017 0.261 0.537 0.133 58 L 0.024 0.015 0.002 0.009 0.591 0.008 0.351 59 P 0.034 0.088 0.001 0.016 0.029 0.007 0.825 60 L 0.002 0.001 0.032 0.939 0.001 0.007 0.017 61 R 0.001 0.001 0.036 0.956 0.002 0.002 0.003 62 V 0.001 0.001 0.052 0.942 0.001 0.003 0.001 63 A 0.002 0.001 0.027 0.957 0.001 0.012 0.002 64 A 0.002 0.001 0.029 0.903 0.003 0.059 0.003 65 G 0.003 0.001 0.053 0.612 0.018 0.295 0.018 66 C 0.008 0.004 0.091 0.561 0.044 0.213 0.079 67 V 0.013 0.012 0.097 0.484 0.136 0.113 0.146 68 K 0.009 0.005 0.153 0.364 0.074 0.252 0.143 69 S 0.007 0.004 0.071 0.392 0.118 0.279 0.129 70 W 0.005 0.004 0.022 0.583 0.118 0.153 0.114 71 N 0.006 0.003 0.009 0.501 0.162 0.061 0.259 72 Y 0.001 0.001 0.005 0.949 0.008 0.019 0.017 73 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.002 74 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 84 A 0.001 0.001 0.004 0.943 0.003 0.044 0.005 85 Y 0.002 0.001 0.021 0.870 0.007 0.091 0.008 86 Y 0.004 0.005 0.032 0.602 0.036 0.272 0.049 87 N 0.006 0.005 0.032 0.268 0.134 0.428 0.127 88 N 0.009 0.005 0.011 0.044 0.296 0.044 0.591 89 P 0.010 0.004 0.177 0.272 0.086 0.281 0.169 90 Q 0.030 0.006 0.221 0.220 0.094 0.297 0.132 91 V 0.114 0.031 0.232 0.277 0.069 0.111 0.167 92 A 0.182 0.038 0.125 0.260 0.059 0.093 0.243 93 R 0.099 0.010 0.133 0.267 0.067 0.303 0.120 94 E 0.071 0.004 0.123 0.169 0.089 0.455 0.089 95 H 0.098 0.007 0.087 0.110 0.131 0.452 0.115 96 G 0.255 0.015 0.033 0.052 0.207 0.225 0.212 97 V 0.437 0.068 0.022 0.045 0.131 0.070 0.226 98 I 0.486 0.086 0.015 0.046 0.061 0.045 0.262 99 F 0.243 0.042 0.044 0.075 0.099 0.116 0.381 100 S 0.086 0.018 0.094 0.089 0.142 0.274 0.297 101 D 0.042 0.007 0.121 0.121 0.169 0.322 0.217 102 A 0.041 0.011 0.122 0.199 0.172 0.163 0.293 103 K 0.046 0.015 0.090 0.259 0.159 0.169 0.262 104 R 0.062 0.023 0.115 0.271 0.089 0.145 0.294 105 V 0.060 0.017 0.113 0.437 0.055 0.080 0.238 106 E 0.037 0.009 0.167 0.519 0.038 0.094 0.134 107 D 0.035 0.006 0.159 0.514 0.055 0.143 0.088 108 R 0.033 0.006 0.145 0.416 0.059 0.230 0.110 109 M 0.047 0.023 0.056 0.248 0.155 0.208 0.264 110 N 0.026 0.009 0.025 0.190 0.235 0.265 0.251 111 D 0.024 0.009 0.004 0.079 0.464 0.046 0.375 112 P 0.010 0.004 0.030 0.751 0.029 0.093 0.083 113 F 0.026 0.004 0.055 0.753 0.026 0.075 0.061 114 I 0.068 0.010 0.085 0.672 0.025 0.045 0.095 115 M 0.111 0.016 0.108 0.536 0.038 0.081 0.111 116 S 0.127 0.020 0.089 0.390 0.049 0.176 0.149 117 Q 0.118 0.006 0.114 0.265 0.095 0.212 0.189 118 N 0.141 0.010 0.112 0.244 0.102 0.211 0.180 119 E 0.090 0.013 0.101 0.181 0.120 0.177 0.318 120 V 0.116 0.017 0.052 0.090 0.262 0.110 0.353 121 K 0.022 0.003 0.034 0.027 0.145 0.659 0.110 122 G 0.037 0.001 0.012 0.001 0.152 0.634 0.162 123 K 0.136 0.002 0.001 0.001 0.158 0.012 0.690 124 K 0.908 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.072 125 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 126 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 128 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 129 G 0.473 0.002 0.005 0.001 0.078 0.021 0.419 130 H 0.132 0.018 0.019 0.003 0.285 0.054 0.488 131 F 0.054 0.009 0.029 0.018 0.457 0.020 0.413 132 P 0.040 0.013 0.082 0.109 0.308 0.144 0.304 133 H 0.066 0.058 0.083 0.311 0.162 0.156 0.162 134 L 0.014 0.004 0.106 0.804 0.012 0.025 0.035 135 E 0.010 0.001 0.273 0.652 0.008 0.035 0.022 136 S 0.010 0.001 0.359 0.529 0.012 0.072 0.018 137 L 0.023 0.005 0.458 0.326 0.016 0.146 0.026 138 L 0.066 0.017 0.248 0.338 0.077 0.175 0.079 139 E 0.072 0.002 0.169 0.250 0.231 0.150 0.127 140 P 0.072 0.006 0.142 0.175 0.106 0.366 0.134 141 I 0.170 0.013 0.099 0.068 0.094 0.339 0.216 142 C 0.218 0.009 0.011 0.009 0.215 0.059 0.479 143 D 0.655 0.004 0.005 0.002 0.037 0.030 0.267 144 L 0.926 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.064 145 S 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 146 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 147 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 148 E 0.874 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.113 149 W 0.373 0.013 0.002 0.001 0.147 0.012 0.453 150 S 0.073 0.015 0.001 0.001 0.123 0.004 0.784 151 P 0.018 0.005 0.014 0.004 0.375 0.161 0.423 152 E 0.020 0.008 0.028 0.008 0.332 0.313 0.291 153 E 0.046 0.018 0.063 0.016 0.253 0.146 0.457 154 G 0.071 0.028 0.029 0.011 0.187 0.102 0.571 155 D 0.068 0.034 0.027 0.009 0.228 0.101 0.535 156 Y 0.044 0.043 0.008 0.004 0.323 0.041 0.536 157 P 0.033 0.040 0.008 0.005 0.112 0.030 0.773 158 L 0.013 0.014 0.179 0.109 0.145 0.106 0.435 159 P 0.006 0.009 0.304 0.205 0.060 0.197 0.220 160 A 0.002 0.005 0.461 0.293 0.030 0.125 0.083 161 S 0.005 0.005 0.433 0.335 0.044 0.078 0.099 162 E 0.007 0.002 0.451 0.249 0.056 0.180 0.055 163 F 0.008 0.004 0.404 0.243 0.049 0.259 0.035 164 I 0.027 0.038 0.187 0.292 0.131 0.157 0.167 165 L 0.015 0.011 0.177 0.190 0.087 0.058 0.462 166 P 0.006 0.001 0.334 0.233 0.036 0.361 0.029 167 E 0.006 0.004 0.383 0.124 0.027 0.425 0.031 168 C 0.071 0.006 0.074 0.019 0.205 0.039 0.587 169 D 0.038 0.002 0.006 0.009 0.697 0.054 0.193 170 Y 0.860 0.002 0.005 0.017 0.030 0.062 0.024 171 V 0.947 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 0.021 172 Y 0.971 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 173 I 0.877 0.001 0.002 0.057 0.005 0.002 0.056 174 T 0.502 0.004 0.007 0.057 0.040 0.020 0.372 175 C 0.061 0.001 0.024 0.373 0.127 0.037 0.378 176 A 0.026 0.004 0.057 0.654 0.075 0.038 0.145 177 S 0.011 0.001 0.057 0.873 0.011 0.033 0.015 178 V 0.008 0.003 0.030 0.875 0.008 0.071 0.005 179 V 0.009 0.003 0.037 0.777 0.014 0.144 0.017 180 D 0.002 0.001 0.027 0.588 0.019 0.352 0.011 181 K 0.001 0.001 0.016 0.225 0.081 0.646 0.028 182 T 0.005 0.019 0.019 0.357 0.169 0.163 0.268 183 L 0.001 0.001 0.008 0.963 0.006 0.008 0.014 184 P 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.004 0.002 185 R 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.004 0.001 186 L 0.001 0.001 0.017 0.974 0.001 0.008 0.001 187 L 0.001 0.001 0.030 0.923 0.002 0.042 0.001 188 E 0.001 0.001 0.030 0.680 0.003 0.283 0.004 189 L 0.001 0.001 0.034 0.517 0.011 0.409 0.027 190 S 0.003 0.010 0.042 0.128 0.205 0.120 0.492 191 R 0.001 0.001 0.157 0.090 0.073 0.601 0.076 192 N 0.005 0.001 0.159 0.029 0.084 0.677 0.046 193 A 0.048 0.004 0.054 0.005 0.367 0.064 0.459 194 R 0.096 0.002 0.008 0.001 0.394 0.033 0.466 195 R 0.729 0.004 0.004 0.001 0.050 0.025 0.188 196 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 197 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 198 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 199 V 0.897 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.091 200 G 0.265 0.005 0.009 0.003 0.165 0.027 0.526 201 P 0.034 0.011 0.033 0.004 0.299 0.233 0.387 202 G 0.026 0.019 0.113 0.017 0.296 0.219 0.310 203 T 0.023 0.015 0.216 0.097 0.249 0.200 0.199 204 P 0.020 0.018 0.198 0.185 0.086 0.348 0.146 205 L 0.019 0.018 0.243 0.324 0.050 0.242 0.104 206 A 0.022 0.005 0.099 0.482 0.100 0.043 0.248 207 P 0.007 0.002 0.161 0.713 0.012 0.044 0.062 208 V 0.007 0.002 0.125 0.794 0.010 0.046 0.017 209 L 0.009 0.003 0.088 0.837 0.008 0.044 0.011 210 F 0.006 0.002 0.049 0.793 0.013 0.128 0.009 211 E 0.003 0.001 0.020 0.690 0.019 0.261 0.007 212 H 0.007 0.001 0.010 0.369 0.048 0.535 0.030 213 G 0.034 0.020 0.008 0.070 0.072 0.467 0.329 214 L 0.143 0.009 0.007 0.010 0.026 0.010 0.796 215 Q 0.465 0.006 0.015 0.014 0.317 0.011 0.172 216 E 0.952 0.001 0.010 0.008 0.009 0.009 0.012 217 L 0.970 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.015 218 S 0.972 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.012 219 G 0.862 0.001 0.004 0.014 0.027 0.012 0.080 220 F 0.736 0.003 0.003 0.009 0.034 0.018 0.197 221 M 0.746 0.006 0.004 0.010 0.051 0.023 0.160 222 V 0.645 0.015 0.003 0.007 0.043 0.012 0.275 223 K 0.533 0.022 0.004 0.024 0.161 0.023 0.232 224 D 0.193 0.027 0.002 0.050 0.231 0.008 0.490 225 N 0.005 0.001 0.018 0.866 0.013 0.066 0.031 226 A 0.001 0.001 0.015 0.945 0.005 0.029 0.005 227 R 0.002 0.001 0.015 0.958 0.002 0.013 0.008 228 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.006 0.004 229 F 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.002 230 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 231 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 232 V 0.005 0.002 0.006 0.962 0.002 0.021 0.002 233 A 0.003 0.001 0.011 0.859 0.004 0.118 0.004 234 G 0.003 0.001 0.018 0.543 0.014 0.406 0.015 235 A 0.010 0.003 0.038 0.233 0.183 0.275 0.257 236 E 0.014 0.003 0.054 0.070 0.225 0.421 0.212 237 K 0.102 0.012 0.074 0.068 0.269 0.258 0.217 238 V 0.436 0.032 0.035 0.064 0.119 0.036 0.278 239 K 0.706 0.018 0.021 0.048 0.032 0.021 0.153 240 I 0.756 0.020 0.030 0.037 0.030 0.023 0.104 241 Y 0.571 0.012 0.047 0.029 0.060 0.053 0.228 242 S 0.384 0.005 0.053 0.023 0.198 0.170 0.168 243 A 0.287 0.007 0.040 0.013 0.202 0.281 0.171 244 G 0.493 0.005 0.011 0.004 0.166 0.098 0.223 245 Q 0.815 0.004 0.002 0.002 0.045 0.011 0.121 246 K 0.947 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.039 247 V 0.931 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.057 248 T 0.964 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.025 249 I 0.926 0.004 0.001 0.006 0.005 0.004 0.055 250 K 0.509 0.006 0.001 0.006 0.006 0.011 0.462 251 K 0.028 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.965