# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.023 0.018 0.007 0.022 0.058 0.003 0.843 2 W 0.017 0.054 0.015 0.009 0.020 0.087 0.003 0.795 3 E 0.060 0.125 0.010 0.008 0.015 0.248 0.008 0.526 4 I 0.093 0.580 0.007 0.006 0.011 0.055 0.005 0.244 5 Y 0.041 0.761 0.009 0.005 0.018 0.027 0.005 0.134 6 D 0.029 0.838 0.006 0.004 0.007 0.015 0.006 0.095 7 A 0.051 0.868 0.005 0.002 0.003 0.010 0.010 0.051 8 M 0.128 0.798 0.003 0.002 0.004 0.006 0.015 0.045 9 I 0.067 0.820 0.014 0.005 0.008 0.008 0.019 0.058 10 N 0.146 0.584 0.017 0.008 0.009 0.019 0.052 0.165 11 G 0.354 0.222 0.042 0.008 0.007 0.010 0.148 0.209 12 I 0.278 0.160 0.092 0.023 0.032 0.059 0.038 0.317 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 14 E 0.005 0.008 0.014 0.014 0.029 0.096 0.004 0.830 15 D 0.410 0.010 0.015 0.005 0.004 0.047 0.024 0.484 16 F 0.636 0.021 0.062 0.025 0.015 0.042 0.012 0.186 17 L 0.074 0.015 0.164 0.059 0.072 0.120 0.006 0.490 18 V 0.021 0.014 0.134 0.094 0.199 0.059 0.002 0.477 19 D 0.008 0.017 0.070 0.098 0.171 0.079 0.002 0.553 20 E 0.039 0.034 0.074 0.064 0.127 0.144 0.011 0.507 21 L 0.140 0.078 0.223 0.073 0.092 0.064 0.022 0.308 22 V 0.047 0.079 0.268 0.156 0.125 0.073 0.018 0.235 23 C 0.020 0.047 0.188 0.100 0.137 0.048 0.013 0.449 24 G 0.033 0.037 0.256 0.097 0.171 0.067 0.021 0.319 25 T 0.028 0.016 0.153 0.064 0.074 0.109 0.015 0.540 26 T 0.015 0.007 0.111 0.051 0.068 0.108 0.011 0.629 27 H 0.045 0.009 0.116 0.098 0.153 0.151 0.007 0.422 28 S 0.025 0.010 0.141 0.277 0.217 0.078 0.006 0.247 29 V 0.013 0.008 0.109 0.198 0.262 0.043 0.003 0.364 30 I 0.012 0.010 0.142 0.316 0.382 0.030 0.003 0.106 31 R 0.018 0.013 0.093 0.301 0.355 0.057 0.005 0.159 32 S 0.019 0.013 0.064 0.124 0.300 0.064 0.010 0.405 33 G 0.049 0.008 0.039 0.042 0.076 0.095 0.027 0.664 34 N 0.158 0.004 0.024 0.024 0.022 0.239 0.046 0.484 35 G 0.149 0.005 0.062 0.038 0.036 0.183 0.038 0.488 36 V 0.115 0.006 0.123 0.102 0.186 0.171 0.008 0.289 37 G 0.025 0.004 0.107 0.166 0.300 0.102 0.006 0.289 38 L 0.039 0.006 0.103 0.117 0.337 0.071 0.006 0.320 39 G 0.022 0.004 0.091 0.266 0.308 0.058 0.003 0.246 40 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.993 41 N 0.013 0.003 0.046 0.125 0.329 0.099 0.006 0.379 42 R 0.092 0.004 0.039 0.057 0.072 0.083 0.006 0.646 43 P 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.001 0.975 44 F 0.035 0.004 0.018 0.022 0.057 0.196 0.004 0.663 45 E 0.113 0.013 0.016 0.011 0.016 0.136 0.012 0.683 46 T 0.170 0.027 0.024 0.018 0.025 0.140 0.018 0.578 47 R 0.164 0.027 0.029 0.020 0.028 0.117 0.016 0.599 48 M 0.103 0.028 0.059 0.046 0.075 0.101 0.008 0.579 49 P 0.002 0.003 0.006 0.007 0.012 0.011 0.001 0.958 50 M 0.013 0.018 0.022 0.035 0.085 0.074 0.004 0.750 51 L 0.094 0.052 0.035 0.030 0.062 0.148 0.010 0.568 52 T 0.104 0.095 0.029 0.032 0.071 0.112 0.009 0.547 53 Q 0.156 0.131 0.031 0.033 0.047 0.101 0.017 0.485 54 N 0.316 0.142 0.033 0.018 0.027 0.156 0.030 0.277 55 L 0.345 0.197 0.039 0.026 0.036 0.066 0.029 0.262 56 L 0.151 0.234 0.052 0.033 0.043 0.093 0.029 0.365 57 G 0.191 0.104 0.042 0.023 0.034 0.073 0.059 0.474 58 L 0.151 0.100 0.068 0.021 0.030 0.092 0.008 0.531 59 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.986 60 L 0.033 0.131 0.019 0.016 0.058 0.131 0.005 0.606 61 R 0.028 0.549 0.017 0.010 0.011 0.043 0.004 0.337 62 V 0.032 0.627 0.006 0.005 0.010 0.060 0.005 0.254 63 A 0.008 0.955 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.024 64 A 0.003 0.976 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 65 G 0.021 0.926 0.004 0.004 0.004 0.003 0.008 0.030 66 C 0.103 0.826 0.007 0.003 0.003 0.003 0.018 0.036 67 V 0.087 0.812 0.015 0.005 0.008 0.005 0.017 0.051 68 K 0.067 0.625 0.030 0.010 0.013 0.030 0.029 0.196 69 S 0.125 0.412 0.032 0.008 0.009 0.041 0.043 0.329 70 W 0.220 0.220 0.047 0.005 0.006 0.037 0.045 0.420 71 N 0.086 0.132 0.033 0.005 0.005 0.211 0.022 0.506 72 Y 0.044 0.148 0.028 0.005 0.008 0.174 0.008 0.585 73 V 0.040 0.353 0.015 0.005 0.016 0.234 0.004 0.332 74 E 0.017 0.677 0.007 0.003 0.006 0.120 0.002 0.169 75 A 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.038 76 S 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 77 I 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 78 G 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 79 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 N 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.019 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 86 Y 0.079 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 87 N 0.091 0.797 0.009 0.002 0.001 0.003 0.057 0.041 88 N 0.295 0.315 0.042 0.006 0.005 0.014 0.080 0.243 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 90 Q 0.007 0.023 0.010 0.011 0.025 0.376 0.004 0.544 91 V 0.177 0.105 0.019 0.010 0.011 0.215 0.010 0.453 92 A 0.094 0.612 0.018 0.015 0.022 0.036 0.004 0.199 93 R 0.080 0.514 0.031 0.027 0.041 0.048 0.012 0.248 94 E 0.096 0.304 0.027 0.016 0.024 0.062 0.032 0.439 95 H 0.248 0.249 0.015 0.022 0.020 0.044 0.090 0.312 96 G 0.648 0.037 0.017 0.018 0.011 0.019 0.119 0.132 97 V 0.157 0.014 0.375 0.047 0.058 0.106 0.019 0.224 98 I 0.014 0.009 0.134 0.145 0.162 0.057 0.003 0.476 99 F 0.013 0.010 0.114 0.099 0.196 0.058 0.002 0.509 100 S 0.017 0.016 0.142 0.138 0.228 0.076 0.003 0.379 101 D 0.021 0.018 0.065 0.039 0.094 0.144 0.004 0.615 102 A 0.050 0.016 0.014 0.012 0.038 0.525 0.010 0.335 103 K 0.228 0.067 0.013 0.014 0.012 0.208 0.030 0.428 104 R 0.224 0.062 0.023 0.010 0.012 0.234 0.028 0.408 105 V 0.082 0.053 0.040 0.014 0.032 0.108 0.009 0.662 106 E 0.029 0.080 0.024 0.019 0.053 0.143 0.006 0.647 107 D 0.053 0.134 0.015 0.013 0.035 0.140 0.009 0.602 108 R 0.170 0.349 0.021 0.014 0.028 0.098 0.016 0.304 109 M 0.164 0.406 0.033 0.017 0.023 0.086 0.020 0.250 110 N 0.134 0.263 0.032 0.013 0.021 0.119 0.043 0.374 111 D 0.223 0.191 0.027 0.015 0.018 0.076 0.020 0.430 112 P 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.981 113 F 0.030 0.095 0.027 0.021 0.054 0.415 0.009 0.349 114 I 0.132 0.380 0.024 0.017 0.028 0.195 0.012 0.212 115 M 0.049 0.767 0.010 0.011 0.017 0.021 0.004 0.121 116 S 0.093 0.646 0.018 0.018 0.031 0.045 0.012 0.136 117 Q 0.114 0.595 0.019 0.022 0.037 0.024 0.016 0.174 118 N 0.088 0.490 0.010 0.022 0.039 0.031 0.025 0.294 119 E 0.177 0.353 0.017 0.022 0.035 0.050 0.044 0.301 120 V 0.119 0.514 0.020 0.029 0.029 0.053 0.032 0.204 121 K 0.059 0.163 0.040 0.047 0.043 0.079 0.051 0.517 122 G 0.168 0.069 0.060 0.045 0.039 0.072 0.087 0.459 123 K 0.337 0.013 0.164 0.043 0.035 0.106 0.035 0.268 124 K 0.016 0.003 0.326 0.092 0.068 0.067 0.005 0.423 125 V 0.008 0.001 0.483 0.098 0.177 0.033 0.003 0.197 126 G 0.001 0.001 0.897 0.050 0.035 0.003 0.001 0.015 127 V 0.001 0.001 0.822 0.060 0.055 0.006 0.001 0.055 128 V 0.001 0.001 0.850 0.026 0.059 0.006 0.001 0.058 129 G 0.001 0.001 0.698 0.039 0.083 0.041 0.001 0.137 130 H 0.005 0.002 0.195 0.017 0.047 0.132 0.005 0.597 131 F 0.030 0.002 0.143 0.023 0.052 0.153 0.004 0.592 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 H 0.011 0.009 0.011 0.014 0.034 0.178 0.003 0.742 134 L 0.180 0.102 0.031 0.012 0.040 0.048 0.009 0.578 135 E 0.063 0.243 0.011 0.009 0.031 0.107 0.007 0.529 136 S 0.151 0.332 0.005 0.004 0.008 0.101 0.010 0.390 137 L 0.177 0.680 0.003 0.002 0.003 0.011 0.012 0.112 138 L 0.119 0.715 0.013 0.005 0.008 0.010 0.035 0.095 139 E 0.136 0.480 0.027 0.016 0.021 0.028 0.028 0.264 140 P 0.003 0.019 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.969 141 I 0.120 0.276 0.027 0.030 0.058 0.075 0.032 0.382 142 C 0.162 0.186 0.138 0.055 0.032 0.053 0.052 0.323 143 D 0.084 0.055 0.163 0.052 0.048 0.073 0.031 0.494 144 L 0.097 0.017 0.296 0.045 0.062 0.057 0.009 0.417 145 S 0.018 0.015 0.509 0.229 0.111 0.029 0.006 0.082 146 I 0.005 0.003 0.236 0.043 0.071 0.033 0.003 0.605 147 L 0.005 0.004 0.704 0.095 0.119 0.022 0.002 0.049 148 E 0.013 0.009 0.287 0.137 0.188 0.130 0.004 0.231 149 W 0.033 0.008 0.226 0.045 0.176 0.067 0.016 0.429 150 S 0.057 0.007 0.116 0.064 0.091 0.203 0.008 0.455 151 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 152 E 0.006 0.001 0.007 0.008 0.036 0.755 0.003 0.185 153 E 0.538 0.002 0.006 0.003 0.005 0.092 0.011 0.342 154 G 0.183 0.050 0.037 0.024 0.022 0.084 0.008 0.590 155 D 0.080 0.011 0.036 0.012 0.022 0.105 0.012 0.723 156 Y 0.132 0.015 0.072 0.048 0.071 0.082 0.009 0.571 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 158 L 0.028 0.006 0.026 0.028 0.097 0.110 0.003 0.701 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 160 A 0.032 0.015 0.005 0.009 0.028 0.116 0.003 0.792 161 S 0.359 0.050 0.011 0.008 0.017 0.095 0.010 0.450 162 E 0.238 0.160 0.019 0.013 0.022 0.072 0.013 0.463 163 F 0.251 0.182 0.016 0.014 0.020 0.085 0.020 0.413 164 I 0.216 0.272 0.036 0.018 0.034 0.079 0.042 0.304 165 L 0.110 0.359 0.031 0.041 0.072 0.035 0.013 0.339 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 167 E 0.050 0.048 0.018 0.046 0.069 0.155 0.025 0.588 168 C 0.496 0.057 0.062 0.042 0.044 0.056 0.035 0.209 169 D 0.095 0.040 0.218 0.269 0.152 0.077 0.023 0.127 170 Y 0.040 0.008 0.229 0.060 0.099 0.073 0.006 0.484 171 V 0.003 0.002 0.767 0.137 0.070 0.006 0.002 0.013 172 Y 0.002 0.004 0.580 0.124 0.108 0.013 0.002 0.167 173 I 0.001 0.001 0.880 0.039 0.058 0.003 0.001 0.018 174 T 0.001 0.002 0.602 0.090 0.092 0.044 0.001 0.168 175 C 0.002 0.006 0.402 0.089 0.224 0.061 0.002 0.214 176 A 0.009 0.011 0.220 0.072 0.184 0.186 0.003 0.316 177 S 0.049 0.017 0.105 0.067 0.101 0.223 0.014 0.423 178 V 0.096 0.101 0.133 0.117 0.123 0.078 0.010 0.342 179 V 0.027 0.342 0.108 0.101 0.119 0.069 0.012 0.221 180 D 0.054 0.384 0.053 0.050 0.107 0.049 0.022 0.281 181 K 0.159 0.245 0.039 0.023 0.035 0.073 0.037 0.389 182 T 0.145 0.045 0.008 0.003 0.004 0.583 0.028 0.185 183 L 0.268 0.250 0.030 0.006 0.012 0.111 0.023 0.300 184 P 0.004 0.121 0.006 0.001 0.003 0.034 0.001 0.829 185 R 0.011 0.206 0.005 0.002 0.006 0.230 0.004 0.534 186 L 0.022 0.877 0.002 0.001 0.003 0.013 0.002 0.080 187 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 188 E 0.021 0.933 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.033 189 L 0.066 0.894 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.022 190 S 0.088 0.855 0.003 0.002 0.003 0.002 0.015 0.032 191 R 0.097 0.656 0.022 0.007 0.011 0.015 0.033 0.158 192 N 0.118 0.470 0.034 0.011 0.011 0.037 0.058 0.261 193 A 0.364 0.168 0.070 0.010 0.012 0.053 0.116 0.207 194 R 0.187 0.097 0.194 0.036 0.018 0.114 0.068 0.286 195 R 0.019 0.008 0.630 0.045 0.033 0.062 0.011 0.192 196 I 0.016 0.004 0.696 0.064 0.079 0.041 0.003 0.098 197 T 0.001 0.001 0.940 0.029 0.021 0.002 0.001 0.007 198 L 0.001 0.001 0.917 0.033 0.032 0.003 0.001 0.014 199 V 0.001 0.001 0.931 0.015 0.026 0.002 0.001 0.026 200 G 0.001 0.001 0.837 0.036 0.050 0.020 0.001 0.056 201 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.006 0.001 0.971 202 G 0.004 0.001 0.114 0.014 0.056 0.156 0.004 0.652 203 T 0.155 0.002 0.031 0.011 0.019 0.114 0.005 0.662 204 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.983 205 L 0.066 0.010 0.019 0.020 0.042 0.154 0.009 0.679 206 A 0.240 0.040 0.046 0.032 0.047 0.080 0.010 0.506 207 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 208 V 0.021 0.067 0.017 0.028 0.064 0.135 0.004 0.663 209 L 0.163 0.386 0.027 0.019 0.036 0.057 0.012 0.300 210 F 0.078 0.652 0.011 0.013 0.031 0.023 0.010 0.181 211 E 0.114 0.650 0.020 0.010 0.014 0.024 0.015 0.153 212 H 0.237 0.497 0.022 0.015 0.009 0.023 0.055 0.142 213 G 0.690 0.051 0.010 0.005 0.004 0.017 0.100 0.123 214 L 0.092 0.091 0.527 0.033 0.034 0.045 0.017 0.162 215 Q 0.014 0.108 0.187 0.113 0.113 0.097 0.011 0.356 216 E 0.042 0.055 0.094 0.028 0.078 0.112 0.013 0.579 217 L 0.045 0.145 0.423 0.087 0.094 0.069 0.013 0.124 218 S 0.030 0.125 0.378 0.114 0.089 0.066 0.017 0.181 219 G 0.051 0.064 0.167 0.071 0.111 0.049 0.036 0.451 220 F 0.114 0.024 0.286 0.132 0.173 0.073 0.017 0.182 221 M 0.034 0.016 0.085 0.127 0.142 0.079 0.007 0.512 222 V 0.014 0.008 0.120 0.104 0.187 0.049 0.005 0.513 223 K 0.017 0.019 0.100 0.170 0.141 0.108 0.004 0.441 224 D 0.020 0.024 0.033 0.053 0.096 0.095 0.005 0.675 225 N 0.014 0.015 0.011 0.009 0.042 0.053 0.003 0.853 226 A 0.022 0.018 0.004 0.003 0.008 0.411 0.005 0.529 227 R 0.058 0.055 0.001 0.002 0.003 0.552 0.009 0.319 228 A 0.056 0.770 0.003 0.004 0.005 0.047 0.004 0.111 229 F 0.009 0.916 0.006 0.006 0.011 0.011 0.002 0.038 230 R 0.012 0.904 0.007 0.020 0.019 0.005 0.003 0.031 231 I 0.012 0.865 0.012 0.018 0.033 0.004 0.005 0.052 232 V 0.016 0.867 0.011 0.027 0.048 0.004 0.006 0.021 233 A 0.019 0.844 0.019 0.032 0.031 0.007 0.010 0.038 234 G 0.099 0.579 0.025 0.030 0.038 0.017 0.059 0.153 235 A 0.266 0.265 0.069 0.022 0.026 0.028 0.077 0.247 236 E 0.111 0.100 0.043 0.025 0.022 0.087 0.054 0.558 237 K 0.074 0.041 0.042 0.019 0.024 0.076 0.030 0.693 238 V 0.170 0.052 0.085 0.046 0.067 0.115 0.015 0.451 239 K 0.042 0.067 0.084 0.089 0.092 0.117 0.009 0.501 240 I 0.029 0.074 0.059 0.062 0.127 0.069 0.006 0.574 241 Y 0.056 0.147 0.090 0.143 0.236 0.084 0.011 0.233 242 S 0.068 0.118 0.026 0.092 0.099 0.124 0.024 0.449 243 A 0.156 0.087 0.042 0.062 0.091 0.081 0.029 0.452 244 G 0.200 0.078 0.035 0.087 0.101 0.146 0.041 0.312 245 Q 0.179 0.042 0.086 0.157 0.165 0.131 0.031 0.209 246 K 0.023 0.033 0.069 0.164 0.188 0.064 0.006 0.453 247 V 0.022 0.020 0.092 0.244 0.435 0.046 0.004 0.138 248 T 0.013 0.026 0.108 0.386 0.365 0.023 0.003 0.076 249 I 0.010 0.025 0.138 0.292 0.374 0.018 0.004 0.140 250 K 0.010 0.022 0.128 0.283 0.398 0.033 0.004 0.121 251 K 0.013 0.029 0.057 0.156 0.287 0.057 0.007 0.393