# TARGET T0321 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.966 2 W 0.019 0.006 0.003 0.726 0.003 0.011 0.233 3 E 0.013 0.003 0.004 0.910 0.010 0.010 0.050 4 I 0.002 0.001 0.006 0.965 0.002 0.007 0.017 5 Y 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.003 0.004 6 D 0.001 0.001 0.007 0.977 0.003 0.008 0.004 7 A 0.001 0.001 0.011 0.966 0.002 0.019 0.003 8 M 0.001 0.001 0.012 0.939 0.003 0.041 0.004 9 I 0.002 0.002 0.054 0.789 0.010 0.135 0.009 10 N 0.002 0.001 0.048 0.481 0.016 0.434 0.018 11 G 0.004 0.002 0.075 0.279 0.094 0.442 0.104 12 I 0.008 0.013 0.003 0.015 0.495 0.009 0.458 13 P 0.008 0.006 0.018 0.007 0.029 0.020 0.913 14 E 0.009 0.004 0.237 0.071 0.089 0.516 0.074 15 D 0.021 0.003 0.209 0.060 0.101 0.508 0.098 16 F 0.156 0.012 0.036 0.038 0.132 0.030 0.595 17 L 0.389 0.050 0.006 0.029 0.017 0.018 0.490 18 V 0.636 0.019 0.015 0.061 0.041 0.017 0.210 19 D 0.658 0.004 0.023 0.067 0.074 0.015 0.160 20 E 0.734 0.003 0.038 0.076 0.050 0.016 0.083 21 L 0.805 0.008 0.017 0.057 0.018 0.015 0.080 22 V 0.799 0.015 0.014 0.054 0.024 0.025 0.069 23 C 0.622 0.013 0.012 0.043 0.041 0.122 0.147 24 G 0.281 0.011 0.009 0.006 0.203 0.195 0.295 25 T 0.217 0.014 0.012 0.003 0.248 0.093 0.414 26 T 0.295 0.013 0.014 0.003 0.261 0.110 0.304 27 H 0.525 0.016 0.024 0.003 0.120 0.050 0.262 28 S 0.816 0.007 0.009 0.008 0.034 0.015 0.110 29 V 0.918 0.010 0.008 0.009 0.012 0.008 0.034 30 I 0.906 0.008 0.006 0.010 0.007 0.013 0.050 31 R 0.749 0.011 0.017 0.013 0.032 0.052 0.126 32 S 0.377 0.011 0.036 0.012 0.097 0.373 0.094 33 G 0.069 0.003 0.033 0.002 0.152 0.683 0.058 34 N 0.141 0.008 0.041 0.002 0.275 0.352 0.182 35 G 0.525 0.037 0.024 0.002 0.110 0.084 0.218 36 V 0.781 0.033 0.013 0.001 0.034 0.025 0.112 37 G 0.820 0.015 0.010 0.002 0.038 0.025 0.090 38 L 0.789 0.031 0.010 0.003 0.027 0.019 0.122 39 G 0.482 0.028 0.007 0.002 0.055 0.030 0.395 40 P 0.242 0.023 0.006 0.002 0.150 0.088 0.489 41 N 0.098 0.028 0.005 0.004 0.320 0.045 0.500 42 R 0.037 0.017 0.007 0.006 0.255 0.044 0.634 43 P 0.026 0.022 0.021 0.013 0.195 0.147 0.576 44 F 0.025 0.018 0.056 0.035 0.247 0.282 0.337 45 E 0.036 0.014 0.090 0.053 0.221 0.254 0.332 46 T 0.071 0.025 0.065 0.049 0.273 0.093 0.423 47 R 0.168 0.060 0.055 0.071 0.169 0.102 0.374 48 M 0.183 0.044 0.048 0.082 0.121 0.066 0.458 49 P 0.175 0.029 0.073 0.089 0.099 0.119 0.416 50 M 0.134 0.022 0.095 0.135 0.147 0.183 0.284 51 L 0.099 0.045 0.077 0.131 0.132 0.124 0.392 52 T 0.046 0.014 0.170 0.274 0.066 0.165 0.266 53 Q 0.030 0.005 0.217 0.252 0.125 0.275 0.095 54 N 0.042 0.010 0.215 0.268 0.089 0.238 0.139 55 L 0.070 0.050 0.192 0.185 0.129 0.213 0.162 56 L 0.028 0.015 0.065 0.093 0.089 0.601 0.109 57 G 0.020 0.005 0.033 0.016 0.293 0.482 0.151 58 L 0.030 0.016 0.003 0.011 0.599 0.010 0.332 59 P 0.037 0.088 0.002 0.019 0.034 0.008 0.811 60 L 0.002 0.001 0.029 0.944 0.001 0.007 0.016 61 R 0.001 0.001 0.029 0.963 0.002 0.002 0.003 62 V 0.001 0.001 0.040 0.955 0.001 0.002 0.001 63 A 0.002 0.001 0.020 0.967 0.001 0.009 0.001 64 A 0.002 0.001 0.021 0.923 0.003 0.048 0.003 65 G 0.003 0.001 0.040 0.675 0.015 0.251 0.016 66 C 0.008 0.004 0.077 0.602 0.040 0.191 0.079 67 V 0.012 0.011 0.086 0.505 0.142 0.105 0.138 68 K 0.009 0.005 0.144 0.379 0.082 0.233 0.149 69 S 0.006 0.003 0.071 0.400 0.120 0.280 0.119 70 W 0.004 0.004 0.022 0.572 0.121 0.176 0.101 71 N 0.005 0.003 0.009 0.484 0.176 0.072 0.251 72 Y 0.001 0.001 0.006 0.942 0.009 0.022 0.019 73 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.003 74 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 84 A 0.001 0.001 0.003 0.957 0.002 0.034 0.003 85 Y 0.001 0.001 0.019 0.879 0.005 0.089 0.006 86 Y 0.002 0.003 0.028 0.618 0.027 0.294 0.028 87 N 0.004 0.004 0.033 0.306 0.092 0.459 0.102 88 N 0.007 0.004 0.018 0.079 0.207 0.048 0.637 89 P 0.006 0.002 0.252 0.381 0.042 0.195 0.121 90 Q 0.016 0.004 0.321 0.309 0.049 0.235 0.066 91 V 0.061 0.017 0.352 0.318 0.043 0.114 0.095 92 A 0.142 0.045 0.144 0.353 0.061 0.113 0.143 93 R 0.089 0.011 0.144 0.282 0.072 0.175 0.228 94 E 0.058 0.005 0.156 0.254 0.117 0.301 0.109 95 H 0.030 0.003 0.080 0.094 0.102 0.618 0.073 96 G 0.112 0.008 0.039 0.034 0.210 0.427 0.171 97 V 0.378 0.043 0.019 0.030 0.086 0.040 0.405 98 I 0.662 0.055 0.012 0.026 0.044 0.030 0.171 99 F 0.529 0.042 0.026 0.040 0.061 0.048 0.254 100 S 0.275 0.025 0.045 0.040 0.083 0.088 0.444 101 D 0.143 0.011 0.068 0.053 0.196 0.199 0.331 102 A 0.094 0.016 0.078 0.102 0.236 0.194 0.280 103 K 0.066 0.011 0.058 0.156 0.250 0.240 0.217 104 R 0.082 0.022 0.055 0.134 0.133 0.175 0.399 105 V 0.116 0.031 0.067 0.260 0.066 0.084 0.376 106 E 0.089 0.017 0.131 0.379 0.053 0.081 0.249 107 D 0.081 0.010 0.152 0.422 0.075 0.111 0.149 108 R 0.057 0.007 0.143 0.370 0.070 0.219 0.134 109 M 0.072 0.022 0.059 0.238 0.137 0.227 0.244 110 N 0.044 0.011 0.025 0.186 0.227 0.230 0.276 111 D 0.034 0.009 0.004 0.069 0.434 0.038 0.412 112 P 0.013 0.004 0.038 0.716 0.031 0.105 0.092 113 F 0.027 0.004 0.065 0.722 0.028 0.086 0.067 114 I 0.071 0.011 0.096 0.645 0.027 0.050 0.101 115 M 0.108 0.016 0.120 0.511 0.039 0.084 0.122 116 S 0.116 0.019 0.102 0.407 0.049 0.170 0.138 117 Q 0.103 0.006 0.131 0.297 0.087 0.223 0.153 118 N 0.122 0.009 0.118 0.240 0.103 0.256 0.153 119 E 0.091 0.014 0.103 0.179 0.118 0.178 0.317 120 V 0.126 0.019 0.041 0.070 0.274 0.086 0.383 121 K 0.020 0.003 0.030 0.024 0.133 0.698 0.092 122 G 0.034 0.001 0.011 0.001 0.132 0.699 0.122 123 K 0.142 0.003 0.001 0.001 0.139 0.011 0.704 124 K 0.911 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.069 125 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 126 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 128 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 129 G 0.484 0.002 0.005 0.001 0.077 0.019 0.412 130 H 0.136 0.017 0.018 0.003 0.286 0.051 0.488 131 F 0.056 0.009 0.029 0.017 0.453 0.019 0.417 132 P 0.040 0.013 0.084 0.106 0.311 0.143 0.303 133 H 0.066 0.059 0.085 0.304 0.163 0.158 0.165 134 L 0.014 0.003 0.109 0.800 0.012 0.025 0.037 135 E 0.010 0.001 0.280 0.645 0.008 0.034 0.022 136 S 0.010 0.001 0.368 0.522 0.011 0.070 0.018 137 L 0.024 0.005 0.459 0.330 0.016 0.143 0.025 138 L 0.069 0.017 0.249 0.333 0.079 0.173 0.079 139 E 0.081 0.002 0.168 0.244 0.228 0.155 0.121 140 P 0.087 0.007 0.134 0.159 0.122 0.343 0.148 141 I 0.202 0.013 0.086 0.048 0.093 0.283 0.275 142 C 0.211 0.007 0.010 0.006 0.209 0.057 0.500 143 D 0.732 0.003 0.005 0.001 0.032 0.029 0.199 144 L 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 145 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 146 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 147 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 148 E 0.861 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.125 149 W 0.347 0.014 0.002 0.001 0.160 0.012 0.465 150 S 0.073 0.016 0.001 0.001 0.128 0.003 0.780 151 P 0.017 0.005 0.013 0.003 0.381 0.158 0.422 152 E 0.020 0.008 0.026 0.007 0.338 0.311 0.289 153 E 0.047 0.018 0.062 0.016 0.256 0.145 0.455 154 G 0.074 0.029 0.030 0.011 0.188 0.106 0.562 155 D 0.069 0.034 0.027 0.009 0.229 0.100 0.532 156 Y 0.043 0.042 0.008 0.004 0.336 0.041 0.526 157 P 0.032 0.039 0.008 0.005 0.116 0.030 0.769 158 L 0.013 0.015 0.179 0.109 0.148 0.105 0.433 159 P 0.006 0.009 0.302 0.207 0.060 0.194 0.221 160 A 0.002 0.005 0.460 0.296 0.029 0.123 0.084 161 S 0.005 0.005 0.433 0.338 0.043 0.077 0.099 162 E 0.006 0.002 0.453 0.252 0.056 0.177 0.053 163 F 0.008 0.004 0.405 0.244 0.048 0.258 0.034 164 I 0.027 0.038 0.188 0.294 0.129 0.158 0.165 165 L 0.015 0.012 0.180 0.194 0.087 0.059 0.453 166 P 0.006 0.001 0.335 0.233 0.036 0.360 0.029 167 E 0.006 0.004 0.387 0.124 0.027 0.422 0.030 168 C 0.069 0.006 0.076 0.019 0.205 0.040 0.584 169 D 0.037 0.002 0.006 0.009 0.697 0.055 0.193 170 Y 0.858 0.002 0.006 0.017 0.030 0.062 0.025 171 V 0.946 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 0.021 172 Y 0.971 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 173 I 0.877 0.001 0.002 0.058 0.005 0.002 0.055 174 T 0.506 0.004 0.007 0.058 0.039 0.019 0.369 175 C 0.061 0.001 0.024 0.378 0.126 0.036 0.374 176 A 0.026 0.004 0.058 0.654 0.075 0.038 0.144 177 S 0.011 0.001 0.058 0.871 0.011 0.033 0.015 178 V 0.008 0.003 0.031 0.872 0.008 0.073 0.005 179 V 0.008 0.003 0.037 0.774 0.014 0.146 0.017 180 D 0.002 0.001 0.028 0.591 0.019 0.348 0.012 181 K 0.001 0.002 0.017 0.233 0.083 0.636 0.029 182 T 0.005 0.019 0.020 0.372 0.166 0.166 0.253 183 L 0.001 0.001 0.009 0.960 0.007 0.008 0.015 184 P 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.005 0.003 185 R 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.004 0.001 186 L 0.001 0.001 0.018 0.973 0.001 0.008 0.001 187 L 0.001 0.001 0.032 0.920 0.002 0.043 0.001 188 E 0.001 0.001 0.032 0.685 0.003 0.275 0.005 189 L 0.001 0.002 0.036 0.527 0.012 0.391 0.032 190 S 0.003 0.010 0.044 0.145 0.202 0.124 0.473 191 R 0.002 0.001 0.148 0.101 0.081 0.586 0.081 192 N 0.005 0.001 0.154 0.031 0.092 0.663 0.053 193 A 0.050 0.004 0.051 0.005 0.337 0.063 0.489 194 R 0.096 0.002 0.008 0.001 0.389 0.033 0.472 195 R 0.744 0.004 0.004 0.001 0.047 0.024 0.177 196 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 197 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 198 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 199 V 0.895 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.092 200 G 0.259 0.004 0.009 0.003 0.167 0.026 0.532 201 P 0.033 0.011 0.032 0.003 0.301 0.231 0.389 202 G 0.026 0.019 0.112 0.017 0.297 0.220 0.310 203 T 0.023 0.015 0.217 0.096 0.249 0.202 0.197 204 P 0.020 0.018 0.198 0.184 0.087 0.347 0.146 205 L 0.019 0.018 0.242 0.324 0.050 0.243 0.104 206 A 0.022 0.005 0.098 0.483 0.100 0.043 0.249 207 P 0.006 0.002 0.160 0.716 0.012 0.044 0.061 208 V 0.007 0.002 0.124 0.797 0.009 0.045 0.017 209 L 0.009 0.003 0.087 0.839 0.008 0.043 0.011 210 F 0.006 0.002 0.049 0.796 0.012 0.126 0.009 211 E 0.003 0.001 0.020 0.690 0.019 0.261 0.007 212 H 0.007 0.001 0.010 0.368 0.049 0.536 0.030 213 G 0.035 0.020 0.008 0.070 0.072 0.464 0.331 214 L 0.143 0.009 0.007 0.010 0.026 0.010 0.796 215 Q 0.465 0.006 0.015 0.013 0.318 0.011 0.172 216 E 0.952 0.001 0.010 0.007 0.009 0.009 0.012 217 L 0.971 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.015 218 S 0.973 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.012 219 G 0.862 0.001 0.004 0.014 0.027 0.012 0.081 220 F 0.734 0.003 0.003 0.009 0.034 0.018 0.200 221 M 0.742 0.006 0.004 0.009 0.051 0.023 0.164 222 V 0.629 0.015 0.002 0.007 0.042 0.012 0.293 223 K 0.526 0.022 0.004 0.023 0.160 0.023 0.241 224 D 0.193 0.028 0.002 0.050 0.238 0.008 0.481 225 N 0.005 0.001 0.017 0.870 0.012 0.065 0.030 226 A 0.001 0.001 0.014 0.947 0.005 0.028 0.005 227 R 0.002 0.001 0.015 0.960 0.002 0.012 0.008 228 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.006 0.004 229 F 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.002 230 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 231 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 232 V 0.004 0.002 0.006 0.963 0.002 0.021 0.002 233 A 0.003 0.001 0.011 0.857 0.004 0.121 0.004 234 G 0.003 0.001 0.018 0.537 0.014 0.413 0.015 235 A 0.009 0.003 0.038 0.228 0.188 0.272 0.262 236 E 0.014 0.003 0.054 0.070 0.226 0.415 0.218 237 K 0.101 0.012 0.074 0.069 0.273 0.253 0.218 238 V 0.433 0.032 0.036 0.066 0.120 0.037 0.276 239 K 0.702 0.018 0.022 0.050 0.033 0.021 0.154 240 I 0.750 0.020 0.031 0.039 0.030 0.024 0.106 241 Y 0.564 0.012 0.048 0.030 0.061 0.054 0.231 242 S 0.377 0.005 0.053 0.023 0.199 0.173 0.169 243 A 0.284 0.007 0.039 0.013 0.203 0.281 0.173 244 G 0.488 0.005 0.011 0.004 0.167 0.097 0.227 245 Q 0.811 0.004 0.002 0.002 0.046 0.011 0.123 246 K 0.946 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.039 247 V 0.932 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.057 248 T 0.964 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.024 249 I 0.926 0.004 0.001 0.006 0.005 0.004 0.054 250 K 0.508 0.006 0.001 0.005 0.006 0.011 0.463 251 K 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.966