# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.305 0.223 0.172 0.154 0.100 0.040 0.005 2 W 0.103 0.213 0.282 0.241 0.124 0.035 0.002 3 E 0.222 0.394 0.234 0.101 0.035 0.011 0.002 4 I 0.011 0.019 0.055 0.204 0.419 0.272 0.020 5 Y 0.017 0.051 0.125 0.244 0.318 0.222 0.022 6 D 0.141 0.386 0.284 0.141 0.039 0.008 0.001 7 A 0.090 0.244 0.337 0.235 0.080 0.013 0.001 8 M 0.017 0.031 0.065 0.195 0.372 0.302 0.018 9 I 0.023 0.055 0.133 0.330 0.343 0.113 0.004 10 N 0.182 0.485 0.246 0.071 0.014 0.002 0.001 11 G 0.099 0.299 0.311 0.211 0.067 0.013 0.001 12 I 0.026 0.082 0.192 0.328 0.282 0.087 0.002 13 P 0.300 0.333 0.230 0.105 0.028 0.003 0.001 14 E 0.701 0.225 0.057 0.014 0.003 0.001 0.001 15 D 0.591 0.302 0.079 0.022 0.004 0.001 0.001 16 F 0.054 0.135 0.234 0.338 0.185 0.052 0.002 17 L 0.112 0.329 0.293 0.178 0.070 0.017 0.001 18 V 0.018 0.040 0.119 0.314 0.368 0.129 0.012 19 D 0.209 0.345 0.246 0.133 0.048 0.016 0.003 20 E 0.108 0.239 0.248 0.201 0.124 0.069 0.011 21 L 0.029 0.046 0.092 0.186 0.290 0.297 0.060 22 V 0.038 0.065 0.087 0.145 0.233 0.309 0.123 23 C 0.030 0.045 0.062 0.124 0.200 0.336 0.203 24 G 0.025 0.057 0.081 0.141 0.202 0.284 0.210 25 T 0.013 0.034 0.060 0.104 0.167 0.283 0.338 26 T 0.007 0.026 0.061 0.122 0.193 0.310 0.281 27 H 0.004 0.011 0.033 0.099 0.237 0.387 0.229 28 S 0.004 0.009 0.015 0.033 0.111 0.417 0.411 29 V 0.002 0.005 0.010 0.036 0.127 0.437 0.383 30 I 0.002 0.008 0.024 0.096 0.266 0.412 0.193 31 R 0.014 0.091 0.200 0.299 0.259 0.110 0.027 32 S 0.168 0.343 0.242 0.148 0.066 0.025 0.007 33 G 0.172 0.347 0.242 0.148 0.064 0.023 0.005 34 N 0.073 0.167 0.224 0.250 0.185 0.087 0.015 35 G 0.016 0.035 0.089 0.217 0.328 0.261 0.055 36 V 0.007 0.010 0.027 0.081 0.190 0.439 0.245 37 G 0.007 0.011 0.015 0.031 0.093 0.410 0.432 38 L 0.009 0.014 0.023 0.049 0.133 0.320 0.453 39 G 0.003 0.006 0.013 0.037 0.129 0.357 0.454 40 P 0.004 0.011 0.025 0.082 0.223 0.437 0.217 41 N 0.020 0.069 0.122 0.221 0.277 0.234 0.057 42 R 0.042 0.142 0.225 0.291 0.207 0.079 0.014 43 P 0.330 0.333 0.180 0.095 0.041 0.016 0.005 44 F 0.270 0.260 0.207 0.151 0.075 0.030 0.007 45 E 0.389 0.250 0.156 0.108 0.062 0.029 0.006 46 T 0.286 0.235 0.204 0.148 0.083 0.037 0.008 47 R 0.192 0.251 0.218 0.169 0.103 0.056 0.011 48 M 0.074 0.114 0.163 0.243 0.225 0.148 0.033 49 P 0.156 0.174 0.184 0.201 0.157 0.100 0.028 50 M 0.198 0.225 0.192 0.164 0.113 0.080 0.027 51 L 0.082 0.111 0.153 0.234 0.239 0.153 0.029 52 T 0.101 0.159 0.215 0.228 0.178 0.099 0.019 53 Q 0.253 0.314 0.208 0.128 0.064 0.027 0.006 54 N 0.137 0.280 0.256 0.180 0.095 0.043 0.007 55 L 0.027 0.045 0.103 0.255 0.355 0.189 0.026 56 L 0.088 0.236 0.288 0.232 0.108 0.041 0.007 57 G 0.234 0.378 0.219 0.114 0.041 0.013 0.002 58 L 0.040 0.151 0.275 0.289 0.193 0.048 0.004 59 P 0.019 0.165 0.280 0.270 0.180 0.077 0.009 60 L 0.001 0.002 0.011 0.093 0.367 0.459 0.066 61 R 0.007 0.120 0.312 0.362 0.159 0.038 0.002 62 V 0.006 0.043 0.172 0.335 0.306 0.127 0.012 63 A 0.005 0.010 0.014 0.039 0.138 0.554 0.240 64 A 0.003 0.012 0.036 0.147 0.351 0.374 0.077 65 G 0.044 0.180 0.243 0.256 0.157 0.093 0.028 66 C 0.012 0.048 0.099 0.209 0.276 0.284 0.072 67 V 0.010 0.026 0.063 0.159 0.295 0.344 0.104 68 K 0.126 0.209 0.189 0.197 0.145 0.101 0.033 69 S 0.331 0.273 0.167 0.106 0.067 0.039 0.016 70 W 0.120 0.204 0.239 0.206 0.140 0.073 0.018 71 N 0.098 0.174 0.197 0.199 0.180 0.120 0.032 72 Y 0.053 0.095 0.144 0.196 0.241 0.193 0.077 73 V 0.061 0.072 0.094 0.181 0.243 0.246 0.102 74 E 0.020 0.060 0.094 0.168 0.250 0.280 0.128 75 A 0.006 0.018 0.058 0.144 0.205 0.298 0.271 76 S 0.004 0.006 0.014 0.036 0.111 0.332 0.497 77 I 0.004 0.007 0.012 0.032 0.080 0.259 0.606 78 G 0.005 0.008 0.014 0.034 0.078 0.222 0.640 79 L 0.001 0.003 0.005 0.012 0.034 0.179 0.766 80 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.039 0.189 0.759 81 A 0.001 0.002 0.004 0.010 0.028 0.177 0.777 82 I 0.001 0.003 0.007 0.024 0.057 0.222 0.686 83 N 0.001 0.004 0.012 0.040 0.103 0.322 0.518 84 A 0.002 0.006 0.013 0.037 0.106 0.418 0.418 85 Y 0.002 0.011 0.031 0.101 0.225 0.424 0.206 86 Y 0.006 0.024 0.052 0.131 0.262 0.383 0.142 87 N 0.016 0.077 0.161 0.249 0.254 0.196 0.048 88 N 0.033 0.107 0.195 0.267 0.247 0.137 0.015 89 P 0.128 0.176 0.206 0.228 0.168 0.083 0.010 90 Q 0.387 0.282 0.151 0.096 0.054 0.024 0.004 91 V 0.180 0.227 0.240 0.197 0.112 0.040 0.005 92 A 0.208 0.247 0.225 0.195 0.097 0.027 0.002 93 R 0.538 0.263 0.120 0.056 0.019 0.004 0.001 94 E 0.788 0.151 0.042 0.015 0.004 0.001 0.001 95 H 0.574 0.239 0.111 0.053 0.019 0.004 0.001 96 G 0.130 0.178 0.239 0.251 0.145 0.052 0.004 97 V 0.141 0.211 0.232 0.213 0.140 0.057 0.007 98 I 0.033 0.061 0.115 0.224 0.324 0.216 0.027 99 F 0.065 0.133 0.181 0.245 0.233 0.126 0.016 100 S 0.049 0.118 0.232 0.326 0.212 0.060 0.004 101 D 0.453 0.313 0.145 0.063 0.022 0.005 0.001 102 A 0.467 0.292 0.152 0.069 0.018 0.003 0.001 103 K 0.626 0.259 0.081 0.027 0.006 0.001 0.001 104 R 0.495 0.324 0.124 0.046 0.010 0.002 0.001 105 V 0.116 0.175 0.275 0.283 0.129 0.022 0.001 106 E 0.399 0.340 0.157 0.071 0.024 0.007 0.001 107 D 0.336 0.286 0.190 0.122 0.049 0.014 0.002 108 R 0.106 0.176 0.234 0.248 0.166 0.065 0.005 109 M 0.162 0.205 0.209 0.206 0.138 0.069 0.011 110 N 0.240 0.245 0.192 0.160 0.100 0.052 0.011 111 D 0.153 0.206 0.213 0.195 0.136 0.080 0.017 112 P 0.084 0.099 0.129 0.194 0.222 0.207 0.065 113 F 0.049 0.070 0.126 0.200 0.238 0.246 0.071 114 I 0.091 0.148 0.177 0.210 0.189 0.149 0.037 115 M 0.078 0.065 0.082 0.155 0.264 0.287 0.070 116 S 0.060 0.055 0.080 0.165 0.298 0.294 0.049 117 Q 0.065 0.177 0.270 0.271 0.152 0.057 0.007 118 N 0.127 0.348 0.259 0.157 0.073 0.029 0.006 119 E 0.041 0.149 0.234 0.285 0.208 0.078 0.006 120 V 0.068 0.141 0.234 0.303 0.205 0.046 0.002 121 K 0.492 0.300 0.126 0.060 0.018 0.003 0.001 122 G 0.380 0.376 0.167 0.061 0.014 0.002 0.001 123 K 0.021 0.190 0.320 0.305 0.131 0.031 0.002 124 K 0.001 0.006 0.047 0.241 0.462 0.228 0.015 125 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.102 0.627 0.260 126 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.369 0.601 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.136 0.853 128 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.157 0.825 129 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.063 0.366 0.559 130 H 0.001 0.002 0.007 0.040 0.169 0.482 0.300 131 F 0.002 0.017 0.060 0.176 0.310 0.354 0.080 132 P 0.026 0.115 0.194 0.249 0.238 0.149 0.029 133 H 0.017 0.067 0.154 0.252 0.279 0.202 0.030 134 L 0.013 0.020 0.048 0.168 0.373 0.340 0.039 135 E 0.130 0.355 0.304 0.155 0.044 0.010 0.001 136 S 0.172 0.410 0.263 0.119 0.029 0.006 0.001 137 L 0.022 0.047 0.097 0.280 0.364 0.178 0.011 138 L 0.039 0.137 0.279 0.331 0.174 0.038 0.002 139 E 0.401 0.396 0.143 0.045 0.012 0.002 0.001 140 P 0.218 0.354 0.259 0.127 0.035 0.006 0.001 141 I 0.057 0.171 0.241 0.273 0.180 0.072 0.006 142 C 0.021 0.069 0.157 0.293 0.311 0.137 0.013 143 D 0.062 0.243 0.331 0.233 0.094 0.032 0.006 144 L 0.001 0.005 0.019 0.083 0.276 0.514 0.103 145 S 0.001 0.010 0.043 0.139 0.326 0.412 0.069 146 I 0.001 0.003 0.010 0.036 0.163 0.550 0.236 147 L 0.002 0.007 0.017 0.068 0.241 0.468 0.196 148 E 0.003 0.027 0.071 0.161 0.287 0.365 0.086 149 W 0.008 0.056 0.158 0.323 0.309 0.130 0.015 150 S 0.114 0.336 0.290 0.177 0.068 0.014 0.001 151 P 0.318 0.317 0.211 0.109 0.039 0.006 0.001 152 E 0.660 0.231 0.075 0.025 0.007 0.001 0.001 153 E 0.435 0.298 0.181 0.068 0.016 0.002 0.001 154 G 0.312 0.240 0.199 0.162 0.071 0.016 0.001 155 D 0.309 0.272 0.184 0.127 0.075 0.030 0.004 156 Y 0.053 0.094 0.179 0.286 0.271 0.107 0.011 157 P 0.219 0.307 0.235 0.149 0.066 0.022 0.003 158 L 0.148 0.250 0.274 0.214 0.093 0.021 0.002 159 P 0.419 0.353 0.148 0.053 0.020 0.006 0.001 160 A 0.091 0.243 0.282 0.234 0.116 0.031 0.003 161 S 0.025 0.037 0.080 0.265 0.378 0.198 0.016 162 E 0.086 0.321 0.325 0.186 0.063 0.019 0.001 163 F 0.023 0.149 0.312 0.317 0.157 0.040 0.003 164 I 0.002 0.006 0.019 0.093 0.322 0.488 0.070 165 L 0.003 0.022 0.092 0.303 0.418 0.151 0.012 166 P 0.065 0.391 0.294 0.152 0.065 0.028 0.004 167 E 0.008 0.115 0.310 0.371 0.156 0.037 0.003 168 C 0.001 0.002 0.013 0.093 0.385 0.447 0.060 169 D 0.001 0.020 0.092 0.280 0.387 0.186 0.033 170 Y 0.001 0.001 0.003 0.016 0.099 0.528 0.353 171 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.231 0.751 172 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.099 0.890 173 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.078 0.913 174 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.167 0.811 175 C 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.240 0.715 176 A 0.001 0.003 0.007 0.025 0.078 0.355 0.531 177 S 0.002 0.009 0.025 0.065 0.165 0.385 0.350 178 V 0.001 0.005 0.018 0.066 0.190 0.477 0.243 179 V 0.002 0.006 0.014 0.055 0.190 0.485 0.247 180 D 0.014 0.089 0.174 0.292 0.243 0.166 0.021 181 K 0.024 0.230 0.375 0.245 0.096 0.026 0.003 182 T 0.002 0.009 0.033 0.143 0.369 0.404 0.041 183 L 0.003 0.019 0.064 0.216 0.407 0.268 0.023 184 P 0.078 0.360 0.325 0.166 0.056 0.015 0.001 185 R 0.008 0.090 0.359 0.390 0.133 0.019 0.001 186 L 0.001 0.003 0.009 0.053 0.287 0.587 0.060 187 L 0.004 0.038 0.143 0.374 0.342 0.095 0.004 188 E 0.066 0.502 0.290 0.107 0.027 0.007 0.001 189 L 0.004 0.039 0.183 0.438 0.268 0.065 0.003 190 S 0.004 0.013 0.046 0.219 0.446 0.258 0.015 191 R 0.155 0.425 0.270 0.116 0.031 0.004 0.001 192 N 0.310 0.442 0.170 0.061 0.015 0.003 0.001 193 A 0.028 0.161 0.299 0.306 0.160 0.044 0.003 194 R 0.019 0.173 0.312 0.311 0.144 0.037 0.003 195 R 0.007 0.044 0.124 0.287 0.359 0.157 0.021 196 I 0.001 0.001 0.004 0.026 0.160 0.571 0.238 197 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.351 0.604 198 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.102 0.886 199 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.098 0.890 200 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.142 0.834 201 P 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.212 0.750 202 G 0.001 0.002 0.005 0.018 0.069 0.283 0.623 203 T 0.002 0.006 0.016 0.049 0.129 0.323 0.476 204 P 0.005 0.014 0.028 0.068 0.150 0.330 0.405 205 L 0.005 0.011 0.020 0.052 0.132 0.387 0.393 206 A 0.007 0.021 0.040 0.089 0.183 0.355 0.305 207 P 0.028 0.078 0.139 0.195 0.223 0.226 0.111 208 V 0.030 0.103 0.164 0.229 0.231 0.183 0.060 209 L 0.016 0.021 0.039 0.110 0.265 0.388 0.161 210 F 0.065 0.136 0.192 0.239 0.193 0.137 0.039 211 E 0.268 0.301 0.191 0.128 0.066 0.034 0.012 212 H 0.090 0.193 0.251 0.244 0.148 0.060 0.013 213 G 0.101 0.164 0.204 0.219 0.184 0.106 0.021 214 L 0.026 0.026 0.044 0.117 0.254 0.387 0.146 215 Q 0.058 0.134 0.197 0.248 0.206 0.125 0.031 216 E 0.034 0.056 0.114 0.191 0.231 0.249 0.125 217 L 0.011 0.017 0.025 0.055 0.130 0.382 0.380 218 S 0.008 0.020 0.038 0.081 0.158 0.348 0.347 219 G 0.009 0.035 0.070 0.133 0.209 0.309 0.236 220 F 0.003 0.011 0.023 0.065 0.201 0.453 0.243 221 M 0.007 0.045 0.126 0.249 0.297 0.236 0.039 222 V 0.005 0.018 0.050 0.157 0.359 0.368 0.043 223 K 0.045 0.194 0.280 0.261 0.152 0.060 0.008 224 D 0.064 0.220 0.272 0.253 0.141 0.046 0.005 225 N 0.149 0.288 0.275 0.194 0.074 0.018 0.002 226 A 0.376 0.335 0.170 0.081 0.029 0.007 0.001 227 R 0.080 0.282 0.371 0.192 0.063 0.012 0.001 228 A 0.007 0.016 0.039 0.152 0.397 0.363 0.027 229 F 0.006 0.033 0.105 0.298 0.363 0.174 0.019 230 R 0.051 0.287 0.303 0.210 0.094 0.048 0.005 231 I 0.007 0.032 0.131 0.326 0.338 0.153 0.013 232 V 0.010 0.016 0.032 0.101 0.278 0.451 0.112 233 A 0.050 0.151 0.206 0.267 0.209 0.101 0.016 234 G 0.109 0.228 0.226 0.207 0.142 0.075 0.012 235 A 0.088 0.179 0.241 0.245 0.165 0.073 0.010 236 E 0.259 0.285 0.225 0.151 0.061 0.017 0.003 237 K 0.302 0.317 0.178 0.113 0.059 0.026 0.005 238 V 0.121 0.154 0.206 0.245 0.190 0.075 0.008 239 K 0.108 0.239 0.267 0.222 0.111 0.045 0.007 240 I 0.046 0.051 0.079 0.171 0.282 0.304 0.067 241 Y 0.081 0.133 0.207 0.260 0.204 0.099 0.015 242 S 0.252 0.359 0.207 0.111 0.046 0.020 0.005 243 A 0.080 0.111 0.169 0.255 0.227 0.133 0.026 244 G 0.052 0.076 0.114 0.189 0.263 0.251 0.056 245 Q 0.080 0.184 0.232 0.240 0.160 0.088 0.016 246 K 0.064 0.192 0.264 0.259 0.151 0.061 0.008 247 V 0.037 0.050 0.088 0.174 0.307 0.297 0.049 248 T 0.052 0.186 0.263 0.274 0.156 0.064 0.005 249 I 0.051 0.049 0.088 0.215 0.349 0.226 0.022 250 K 0.237 0.297 0.245 0.156 0.053 0.010 0.001 251 K 0.470 0.309 0.138 0.061 0.018 0.005 0.001