# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.003 0.002 0.368 0.081 0.544 2 W 0.005 0.003 0.006 0.829 0.028 0.130 3 E 0.008 0.003 0.016 0.910 0.023 0.040 4 I 0.010 0.002 0.033 0.903 0.021 0.030 5 Y 0.014 0.001 0.015 0.909 0.024 0.036 6 D 0.031 0.003 0.014 0.890 0.030 0.032 7 A 0.023 0.002 0.011 0.887 0.042 0.035 8 M 0.011 0.001 0.009 0.917 0.031 0.031 9 I 0.012 0.002 0.032 0.827 0.071 0.055 10 N 0.007 0.002 0.033 0.809 0.098 0.051 11 G 0.006 0.003 0.035 0.678 0.156 0.122 12 I 0.006 0.007 0.018 0.174 0.285 0.511 13 P 0.007 0.008 0.057 0.085 0.527 0.316 14 E 0.008 0.006 0.065 0.091 0.587 0.243 15 D 0.018 0.007 0.053 0.068 0.535 0.319 16 F 0.071 0.023 0.017 0.046 0.362 0.480 17 L 0.118 0.021 0.005 0.022 0.125 0.708 18 V 0.253 0.006 0.008 0.042 0.091 0.600 19 D 0.662 0.006 0.019 0.051 0.065 0.197 20 E 0.906 0.004 0.007 0.027 0.014 0.041 21 L 0.935 0.002 0.008 0.023 0.012 0.020 22 V 0.955 0.003 0.003 0.012 0.010 0.017 23 C 0.860 0.005 0.006 0.017 0.052 0.060 24 G 0.542 0.009 0.008 0.014 0.256 0.170 25 T 0.315 0.008 0.038 0.016 0.431 0.191 26 T 0.470 0.011 0.028 0.007 0.338 0.146 27 H 0.752 0.006 0.016 0.010 0.138 0.079 28 S 0.909 0.006 0.004 0.005 0.030 0.046 29 V 0.956 0.003 0.002 0.005 0.012 0.022 30 I 0.934 0.002 0.003 0.005 0.022 0.034 31 R 0.876 0.008 0.002 0.004 0.045 0.064 32 S 0.495 0.018 0.008 0.010 0.316 0.153 33 G 0.099 0.004 0.020 0.011 0.748 0.118 34 N 0.025 0.003 0.030 0.010 0.842 0.090 35 G 0.087 0.028 0.036 0.015 0.715 0.119 36 V 0.358 0.021 0.021 0.019 0.286 0.295 37 G 0.549 0.028 0.017 0.011 0.132 0.264 38 L 0.592 0.034 0.013 0.008 0.113 0.241 39 G 0.502 0.039 0.011 0.010 0.128 0.310 40 P 0.410 0.052 0.008 0.010 0.132 0.387 41 N 0.177 0.027 0.016 0.014 0.498 0.267 42 R 0.058 0.011 0.092 0.043 0.631 0.165 43 P 0.029 0.010 0.086 0.035 0.723 0.116 44 F 0.037 0.023 0.091 0.032 0.696 0.121 45 E 0.039 0.027 0.046 0.039 0.440 0.409 46 T 0.049 0.041 0.062 0.061 0.394 0.393 47 R 0.049 0.031 0.079 0.087 0.376 0.379 48 M 0.036 0.025 0.040 0.074 0.272 0.552 49 P 0.026 0.010 0.078 0.110 0.363 0.413 50 M 0.013 0.007 0.142 0.257 0.327 0.254 51 L 0.012 0.009 0.188 0.334 0.288 0.170 52 T 0.009 0.008 0.270 0.354 0.286 0.074 53 Q 0.013 0.008 0.255 0.323 0.305 0.096 54 N 0.014 0.010 0.255 0.316 0.309 0.096 55 L 0.014 0.021 0.295 0.230 0.395 0.044 56 L 0.012 0.003 0.141 0.194 0.547 0.103 57 G 0.018 0.002 0.064 0.142 0.558 0.216 58 L 0.086 0.045 0.008 0.064 0.417 0.381 59 P 0.042 0.034 0.004 0.090 0.136 0.694 60 L 0.002 0.001 0.013 0.962 0.010 0.012 61 R 0.002 0.001 0.008 0.981 0.006 0.003 62 V 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 63 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 64 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 65 G 0.001 0.001 0.003 0.985 0.009 0.003 66 C 0.001 0.001 0.003 0.983 0.008 0.005 67 V 0.001 0.002 0.004 0.969 0.014 0.011 68 K 0.003 0.001 0.009 0.939 0.030 0.018 69 S 0.005 0.003 0.009 0.776 0.092 0.115 70 W 0.006 0.009 0.008 0.346 0.158 0.472 71 N 0.003 0.004 0.002 0.080 0.133 0.778 72 Y 0.001 0.001 0.005 0.918 0.041 0.035 73 V 0.001 0.001 0.006 0.948 0.035 0.009 74 E 0.003 0.001 0.007 0.968 0.019 0.004 75 A 0.004 0.002 0.013 0.958 0.018 0.006 76 S 0.004 0.001 0.007 0.950 0.021 0.017 77 I 0.003 0.001 0.003 0.969 0.012 0.012 78 G 0.001 0.001 0.003 0.971 0.008 0.017 79 L 0.001 0.003 0.005 0.979 0.005 0.007 80 A 0.002 0.001 0.008 0.968 0.011 0.011 81 A 0.005 0.001 0.007 0.951 0.020 0.015 82 I 0.007 0.001 0.010 0.917 0.035 0.030 83 N 0.004 0.001 0.014 0.913 0.040 0.029 84 A 0.004 0.003 0.024 0.881 0.061 0.028 85 Y 0.004 0.004 0.017 0.899 0.049 0.027 86 Y 0.003 0.001 0.008 0.898 0.042 0.048 87 N 0.005 0.002 0.007 0.600 0.105 0.281 88 N 0.005 0.003 0.016 0.675 0.130 0.171 89 P 0.003 0.002 0.035 0.807 0.098 0.056 90 Q 0.007 0.003 0.056 0.757 0.110 0.067 91 V 0.008 0.002 0.058 0.792 0.084 0.055 92 A 0.013 0.004 0.042 0.792 0.073 0.077 93 R 0.019 0.004 0.066 0.701 0.129 0.081 94 E 0.023 0.002 0.085 0.611 0.186 0.093 95 H 0.026 0.003 0.057 0.463 0.268 0.184 96 G 0.030 0.008 0.022 0.165 0.361 0.413 97 V 0.069 0.015 0.021 0.099 0.338 0.458 98 I 0.096 0.012 0.025 0.089 0.296 0.481 99 F 0.114 0.017 0.086 0.155 0.302 0.325 100 S 0.131 0.015 0.094 0.165 0.276 0.318 101 D 0.156 0.011 0.069 0.127 0.254 0.383 102 A 0.162 0.022 0.052 0.153 0.215 0.396 103 K 0.176 0.018 0.041 0.121 0.212 0.431 104 R 0.148 0.011 0.063 0.168 0.244 0.366 105 V 0.108 0.014 0.070 0.204 0.291 0.314 106 E 0.073 0.010 0.092 0.184 0.370 0.271 107 D 0.070 0.007 0.102 0.217 0.375 0.229 108 R 0.130 0.015 0.086 0.203 0.330 0.237 109 M 0.230 0.025 0.062 0.176 0.281 0.226 110 N 0.299 0.012 0.058 0.137 0.258 0.236 111 D 0.342 0.008 0.069 0.136 0.248 0.198 112 P 0.452 0.012 0.069 0.130 0.172 0.165 113 F 0.661 0.012 0.025 0.098 0.090 0.114 114 I 0.731 0.017 0.011 0.070 0.063 0.108 115 M 0.556 0.026 0.007 0.062 0.085 0.264 116 S 0.242 0.020 0.016 0.079 0.328 0.316 117 Q 0.056 0.004 0.090 0.143 0.514 0.193 118 N 0.032 0.005 0.126 0.111 0.594 0.132 119 E 0.056 0.015 0.170 0.131 0.536 0.092 120 V 0.070 0.030 0.097 0.159 0.346 0.299 121 K 0.049 0.020 0.057 0.155 0.279 0.440 122 G 0.022 0.010 0.020 0.104 0.169 0.675 123 K 0.001 0.003 0.001 0.011 0.029 0.954