# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.061 0.011 0.010 0.005 0.007 0.041 0.002 0.001 0.002 0.793 2 W 0.027 0.107 0.005 0.013 0.006 0.014 0.119 0.002 0.001 0.004 0.702 3 E 0.041 0.145 0.003 0.006 0.004 0.010 0.170 0.003 0.001 0.006 0.612 4 I 0.083 0.519 0.001 0.005 0.005 0.007 0.107 0.007 0.001 0.002 0.263 5 Y 0.033 0.869 0.001 0.003 0.002 0.004 0.018 0.002 0.001 0.002 0.065 6 D 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.045 7 A 0.019 0.900 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.012 0.001 0.001 0.056 8 M 0.038 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.013 9 I 0.030 0.917 0.007 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.001 0.001 0.021 10 N 0.051 0.817 0.006 0.003 0.003 0.004 0.006 0.081 0.001 0.001 0.028 11 G 0.400 0.192 0.012 0.003 0.002 0.001 0.004 0.314 0.001 0.002 0.069 12 I 0.339 0.051 0.490 0.005 0.002 0.002 0.019 0.020 0.001 0.002 0.070 13 P 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.962 14 E 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.955 15 D 0.141 0.001 0.001 0.013 0.002 0.004 0.129 0.001 0.001 0.013 0.696 16 F 0.651 0.011 0.003 0.065 0.007 0.008 0.040 0.001 0.001 0.013 0.201 17 L 0.132 0.029 0.002 0.159 0.035 0.034 0.179 0.001 0.001 0.006 0.423 18 V 0.030 0.032 0.002 0.226 0.058 0.130 0.072 0.001 0.001 0.004 0.445 19 D 0.014 0.047 0.001 0.286 0.173 0.351 0.036 0.001 0.001 0.003 0.089 20 E 0.029 0.053 0.002 0.113 0.152 0.223 0.120 0.006 0.001 0.007 0.297 21 L 0.058 0.061 0.006 0.237 0.238 0.272 0.022 0.006 0.001 0.003 0.098 22 V 0.025 0.052 0.007 0.237 0.203 0.300 0.037 0.004 0.001 0.003 0.132 23 C 0.008 0.026 0.003 0.167 0.230 0.293 0.040 0.004 0.001 0.002 0.226 24 G 0.028 0.014 0.004 0.157 0.190 0.330 0.062 0.004 0.001 0.005 0.205 25 T 0.020 0.007 0.022 0.076 0.059 0.090 0.057 0.001 0.001 0.005 0.663 26 T 0.009 0.003 0.003 0.109 0.094 0.210 0.144 0.001 0.001 0.008 0.420 27 H 0.068 0.005 0.006 0.114 0.131 0.256 0.092 0.001 0.001 0.023 0.304 28 S 0.032 0.018 0.002 0.212 0.263 0.274 0.055 0.001 0.001 0.005 0.138 29 V 0.019 0.016 0.002 0.133 0.237 0.299 0.046 0.001 0.001 0.003 0.242 30 I 0.011 0.010 0.001 0.120 0.336 0.420 0.018 0.001 0.001 0.002 0.081 31 R 0.008 0.008 0.002 0.072 0.271 0.468 0.039 0.002 0.001 0.002 0.129 32 S 0.009 0.006 0.002 0.050 0.248 0.322 0.089 0.002 0.001 0.004 0.268 33 G 0.010 0.002 0.002 0.032 0.047 0.078 0.090 0.001 0.001 0.007 0.730 34 N 0.037 0.002 0.002 0.017 0.037 0.043 0.430 0.001 0.001 0.033 0.398 35 G 0.335 0.005 0.007 0.032 0.021 0.022 0.187 0.001 0.001 0.049 0.341 36 V 0.116 0.009 0.012 0.062 0.062 0.077 0.221 0.001 0.001 0.018 0.420 37 G 0.026 0.003 0.003 0.115 0.205 0.215 0.153 0.001 0.001 0.005 0.273 38 L 0.015 0.003 0.003 0.066 0.065 0.146 0.047 0.001 0.001 0.002 0.653 39 G 0.006 0.001 0.001 0.104 0.262 0.408 0.070 0.001 0.001 0.001 0.147 40 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.956 41 N 0.014 0.001 0.001 0.079 0.083 0.207 0.143 0.001 0.001 0.006 0.466 42 R 0.059 0.001 0.001 0.026 0.013 0.029 0.067 0.001 0.001 0.007 0.798 43 P 0.010 0.001 0.001 0.014 0.009 0.013 0.048 0.001 0.001 0.002 0.902 44 F 0.068 0.003 0.001 0.037 0.031 0.060 0.162 0.001 0.001 0.009 0.629 45 E 0.179 0.021 0.001 0.037 0.027 0.043 0.114 0.001 0.001 0.006 0.571 46 T 0.127 0.046 0.002 0.028 0.036 0.052 0.090 0.002 0.001 0.005 0.612 47 R 0.129 0.033 0.006 0.023 0.025 0.051 0.063 0.002 0.001 0.005 0.663 48 M 0.135 0.026 0.009 0.038 0.046 0.101 0.127 0.003 0.001 0.006 0.509 49 P 0.012 0.003 0.003 0.007 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.945 50 M 0.009 0.004 0.001 0.010 0.009 0.018 0.050 0.001 0.001 0.001 0.898 51 L 0.066 0.017 0.001 0.014 0.012 0.019 0.137 0.001 0.001 0.005 0.728 52 T 0.176 0.166 0.001 0.023 0.019 0.036 0.147 0.003 0.001 0.006 0.422 53 Q 0.107 0.291 0.002 0.026 0.030 0.039 0.126 0.004 0.001 0.006 0.369 54 N 0.179 0.385 0.003 0.006 0.007 0.007 0.095 0.001 0.001 0.003 0.313 55 L 0.126 0.494 0.007 0.010 0.014 0.017 0.045 0.005 0.001 0.003 0.278 56 L 0.079 0.510 0.010 0.019 0.017 0.039 0.085 0.008 0.001 0.004 0.229 57 G 0.286 0.209 0.011 0.010 0.007 0.015 0.045 0.029 0.001 0.007 0.381 58 L 0.338 0.279 0.063 0.014 0.003 0.016 0.028 0.005 0.001 0.002 0.252 59 P 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.980 60 L 0.071 0.120 0.005 0.024 0.008 0.033 0.077 0.001 0.001 0.003 0.658 61 R 0.060 0.299 0.001 0.024 0.012 0.028 0.067 0.004 0.001 0.001 0.504 62 V 0.068 0.642 0.001 0.004 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.261 63 A 0.035 0.864 0.001 0.003 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.081 64 A 0.017 0.908 0.001 0.005 0.006 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.039 65 G 0.030 0.887 0.002 0.003 0.004 0.012 0.006 0.007 0.001 0.001 0.048 66 C 0.049 0.872 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 0.051 67 V 0.067 0.846 0.004 0.004 0.006 0.006 0.002 0.022 0.001 0.001 0.042 68 K 0.057 0.724 0.027 0.010 0.010 0.020 0.017 0.025 0.001 0.002 0.108 69 S 0.115 0.525 0.034 0.008 0.009 0.016 0.049 0.033 0.001 0.001 0.209 70 W 0.118 0.398 0.025 0.022 0.007 0.013 0.049 0.024 0.001 0.004 0.341 71 N 0.074 0.147 0.022 0.004 0.002 0.004 0.332 0.006 0.001 0.011 0.398 72 Y 0.039 0.190 0.027 0.005 0.002 0.002 0.264 0.003 0.001 0.007 0.461 73 V 0.025 0.409 0.003 0.003 0.001 0.002 0.131 0.002 0.001 0.003 0.420 74 E 0.032 0.552 0.001 0.002 0.002 0.003 0.253 0.003 0.001 0.006 0.146 75 A 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.044 76 S 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 77 I 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.016 78 G 0.028 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.013 79 L 0.006 0.957 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 80 A 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.017 81 A 0.015 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.011 82 I 0.005 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 83 N 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 84 A 0.034 0.897 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.046 85 Y 0.077 0.804 0.013 0.004 0.005 0.007 0.009 0.049 0.001 0.001 0.032 86 Y 0.148 0.511 0.092 0.015 0.007 0.013 0.017 0.121 0.001 0.004 0.072 87 N 0.168 0.344 0.110 0.035 0.012 0.016 0.050 0.092 0.001 0.004 0.170 88 N 0.178 0.077 0.055 0.016 0.006 0.007 0.065 0.028 0.001 0.004 0.566 89 P 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.974 90 Q 0.006 0.003 0.001 0.007 0.003 0.006 0.582 0.001 0.001 0.008 0.384 91 V 0.484 0.036 0.003 0.008 0.003 0.005 0.169 0.001 0.001 0.014 0.275 92 A 0.129 0.543 0.001 0.023 0.009 0.012 0.040 0.002 0.001 0.002 0.240 93 R 0.090 0.549 0.002 0.012 0.009 0.020 0.039 0.002 0.001 0.003 0.274 94 E 0.125 0.540 0.001 0.006 0.007 0.013 0.017 0.009 0.001 0.002 0.280 95 H 0.194 0.572 0.004 0.005 0.009 0.012 0.021 0.034 0.001 0.002 0.146 96 G 0.350 0.260 0.014 0.008 0.014 0.013 0.038 0.081 0.001 0.007 0.215 97 V 0.167 0.121 0.239 0.015 0.012 0.019 0.040 0.008 0.001 0.005 0.374 98 I 0.025 0.036 0.018 0.041 0.032 0.040 0.094 0.006 0.001 0.001 0.706 99 F 0.054 0.022 0.006 0.044 0.016 0.031 0.034 0.002 0.001 0.003 0.789 100 S 0.057 0.057 0.003 0.083 0.041 0.079 0.160 0.003 0.001 0.005 0.513 101 D 0.122 0.042 0.002 0.026 0.019 0.025 0.138 0.004 0.001 0.006 0.615 102 A 0.197 0.097 0.007 0.053 0.018 0.033 0.085 0.003 0.001 0.009 0.497 103 K 0.081 0.070 0.005 0.035 0.024 0.042 0.252 0.004 0.001 0.010 0.477 104 R 0.127 0.074 0.011 0.018 0.011 0.023 0.097 0.003 0.001 0.006 0.631 105 V 0.095 0.135 0.006 0.023 0.032 0.054 0.059 0.004 0.001 0.003 0.589 106 E 0.082 0.114 0.004 0.015 0.033 0.055 0.081 0.004 0.001 0.005 0.607 107 D 0.104 0.116 0.003 0.010 0.026 0.030 0.050 0.006 0.001 0.003 0.653 108 R 0.293 0.190 0.005 0.012 0.023 0.026 0.079 0.014 0.001 0.008 0.350 109 M 0.260 0.188 0.012 0.018 0.031 0.049 0.131 0.017 0.001 0.017 0.276 110 N 0.159 0.124 0.028 0.041 0.042 0.076 0.106 0.021 0.001 0.013 0.390 111 D 0.137 0.030 0.026 0.037 0.046 0.047 0.080 0.007 0.001 0.008 0.582 112 P 0.009 0.002 0.009 0.018 0.009 0.012 0.020 0.001 0.001 0.002 0.918 113 F 0.036 0.003 0.004 0.097 0.101 0.173 0.248 0.002 0.001 0.010 0.326 114 I 0.163 0.013 0.005 0.248 0.121 0.203 0.081 0.001 0.001 0.010 0.154 115 M 0.020 0.028 0.002 0.253 0.149 0.243 0.052 0.001 0.001 0.002 0.248 116 S 0.022 0.009 0.002 0.187 0.181 0.261 0.085 0.001 0.001 0.003 0.248 117 Q 0.006 0.002 0.002 0.044 0.021 0.038 0.040 0.001 0.001 0.002 0.844 118 N 0.009 0.003 0.001 0.038 0.030 0.061 0.310 0.001 0.001 0.007 0.540 119 E 0.180 0.013 0.002 0.025 0.022 0.030 0.266 0.001 0.001 0.037 0.424 120 V 0.185 0.112 0.002 0.029 0.031 0.039 0.215 0.003 0.001 0.018 0.365 121 K 0.112 0.095 0.005 0.015 0.024 0.043 0.169 0.002 0.001 0.009 0.525 122 G 0.189 0.085 0.005 0.013 0.026 0.033 0.053 0.006 0.001 0.009 0.581 123 K 0.214 0.071 0.026 0.007 0.026 0.042 0.094 0.003 0.001 0.011 0.506