# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.685 0.054 0.095 0.094 0.016 0.021 0.012 0.004 0.017 0.003 0.001 2 W 0.963 0.005 0.016 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.976 0.003 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 I 0.981 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.977 0.003 0.003 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.986 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 M 0.970 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.876 0.017 0.018 0.076 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 10 N 0.640 0.011 0.045 0.288 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.129 0.003 0.017 0.197 0.007 0.003 0.159 0.468 0.003 0.013 0.001 12 I 0.037 0.182 0.650 0.008 0.016 0.036 0.004 0.001 0.065 0.001 0.001 13 P 0.159 0.012 0.751 0.024 0.001 0.036 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 14 E 0.686 0.041 0.169 0.067 0.019 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.001 15 D 0.262 0.039 0.060 0.529 0.008 0.030 0.026 0.020 0.024 0.001 0.001 16 F 0.008 0.335 0.467 0.012 0.069 0.027 0.014 0.001 0.065 0.001 0.001 17 L 0.028 0.176 0.706 0.011 0.007 0.058 0.005 0.001 0.005 0.001 0.003 18 V 0.038 0.451 0.391 0.004 0.038 0.062 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 D 0.846 0.006 0.003 0.143 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.007 0.622 0.017 0.007 0.338 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 21 L 0.019 0.853 0.079 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 22 V 0.020 0.757 0.080 0.004 0.026 0.037 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 23 C 0.029 0.518 0.165 0.069 0.044 0.070 0.010 0.001 0.093 0.002 0.001 24 G 0.024 0.055 0.217 0.020 0.340 0.021 0.035 0.089 0.015 0.183 0.002 25 T 0.354 0.092 0.196 0.231 0.054 0.033 0.017 0.003 0.004 0.009 0.007 26 T 0.114 0.345 0.162 0.144 0.174 0.020 0.016 0.006 0.013 0.005 0.001 27 H 0.038 0.566 0.168 0.022 0.136 0.017 0.013 0.002 0.035 0.002 0.001 28 S 0.026 0.637 0.243 0.007 0.056 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 29 V 0.030 0.749 0.134 0.008 0.031 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 30 I 0.021 0.729 0.140 0.006 0.041 0.037 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 31 R 0.045 0.536 0.241 0.037 0.025 0.066 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 32 S 0.068 0.230 0.301 0.058 0.250 0.021 0.026 0.009 0.019 0.017 0.001 33 G 0.284 0.050 0.068 0.074 0.133 0.007 0.032 0.132 0.005 0.213 0.001 34 N 0.107 0.157 0.125 0.410 0.104 0.016 0.046 0.006 0.024 0.004 0.001 35 G 0.052 0.085 0.198 0.036 0.236 0.010 0.068 0.182 0.008 0.122 0.003 36 V 0.086 0.564 0.171 0.078 0.061 0.015 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 37 G 0.059 0.143 0.141 0.047 0.269 0.021 0.079 0.068 0.015 0.156 0.002 38 L 0.075 0.414 0.288 0.084 0.072 0.031 0.004 0.002 0.025 0.002 0.003 39 G 0.028 0.229 0.391 0.004 0.077 0.036 0.036 0.001 0.189 0.007 0.001 40 P 0.245 0.012 0.542 0.060 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 41 N 0.064 0.247 0.377 0.083 0.089 0.062 0.015 0.004 0.051 0.006 0.001 42 R 0.055 0.223 0.543 0.004 0.031 0.021 0.013 0.001 0.102 0.004 0.002 43 P 0.240 0.005 0.650 0.024 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 44 F 0.242 0.122 0.267 0.198 0.057 0.023 0.037 0.031 0.017 0.005 0.001 45 E 0.231 0.120 0.255 0.126 0.065 0.058 0.080 0.029 0.019 0.014 0.002 46 T 0.157 0.366 0.264 0.111 0.060 0.019 0.005 0.002 0.014 0.002 0.001 47 R 0.231 0.168 0.334 0.135 0.024 0.059 0.018 0.004 0.022 0.003 0.002 48 M 0.029 0.388 0.310 0.002 0.026 0.018 0.007 0.001 0.220 0.001 0.001 49 P 0.157 0.004 0.730 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 50 M 0.505 0.070 0.291 0.044 0.031 0.024 0.008 0.011 0.008 0.005 0.002 51 L 0.628 0.071 0.138 0.070 0.018 0.037 0.013 0.006 0.015 0.004 0.001 52 T 0.631 0.064 0.079 0.181 0.013 0.013 0.007 0.003 0.007 0.002 0.001 53 Q 0.762 0.039 0.054 0.061 0.029 0.009 0.021 0.014 0.004 0.007 0.001 54 N 0.624 0.083 0.124 0.091 0.023 0.030 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 55 L 0.692 0.047 0.063 0.151 0.005 0.018 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 56 L 0.425 0.056 0.230 0.257 0.008 0.005 0.013 0.001 0.003 0.002 0.001 57 G 0.084 0.002 0.019 0.125 0.007 0.003 0.205 0.510 0.002 0.042 0.001 58 L 0.025 0.200 0.713 0.001 0.007 0.012 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 59 P 0.080 0.003 0.806 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 60 L 0.975 0.004 0.008 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.987 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.985 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.975 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.967 0.003 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.972 0.001 0.003 0.016 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 66 C 0.927 0.004 0.004 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.794 0.046 0.025 0.109 0.005 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 68 K 0.750 0.043 0.055 0.114 0.007 0.013 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 69 S 0.519 0.096 0.054 0.214 0.063 0.010 0.012 0.013 0.009 0.010 0.001 70 W 0.541 0.093 0.100 0.146 0.043 0.025 0.017 0.008 0.018 0.009 0.001 71 N 0.587 0.043 0.152 0.059 0.033 0.048 0.022 0.006 0.026 0.021 0.001 72 Y 0.956 0.001 0.002 0.033 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 73 V 0.985 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.980 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 79 L 0.985 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.980 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.975 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.949 0.009 0.005 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 N 0.887 0.010 0.009 0.078 0.002 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 84 A 0.754 0.034 0.027 0.146 0.015 0.006 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 85 Y 0.578 0.043 0.051 0.246 0.015 0.020 0.032 0.005 0.006 0.003 0.001 86 Y 0.396 0.152 0.113 0.201 0.031 0.050 0.017 0.003 0.035 0.002 0.001 87 N 0.158 0.045 0.082 0.318 0.020 0.222 0.082 0.006 0.065 0.004 0.001 88 N 0.148 0.156 0.189 0.080 0.034 0.102 0.077 0.002 0.205 0.004 0.002 89 P 0.916 0.003 0.059 0.013 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 90 Q 0.918 0.009 0.017 0.030 0.002 0.006 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 91 V 0.963 0.009 0.011 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.970 0.005 0.007 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.974 0.007 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.959 0.008 0.009 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 H 0.267 0.007 0.014 0.699 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 96 G 0.027 0.002 0.013 0.012 0.007 0.002 0.264 0.628 0.002 0.044 0.001 97 V 0.108 0.341 0.431 0.033 0.032 0.032 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 98 I 0.125 0.131 0.611 0.021 0.006 0.085 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 99 F 0.324 0.180 0.291 0.078 0.019 0.080 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 100 S 0.534 0.159 0.083 0.130 0.060 0.013 0.005 0.002 0.010 0.003 0.001 101 D 0.252 0.167 0.175 0.184 0.098 0.037 0.034 0.008 0.039 0.006 0.001 102 A 0.415 0.117 0.275 0.106 0.031 0.022 0.011 0.008 0.010 0.003 0.001 103 K 0.433 0.231 0.154 0.067 0.053 0.018 0.013 0.004 0.021 0.004 0.001 104 R 0.461 0.117 0.281 0.050 0.028 0.031 0.009 0.005 0.012 0.005 0.002 105 V 0.509 0.162 0.093 0.156 0.020 0.026 0.009 0.003 0.020 0.002 0.001 106 E 0.502 0.154 0.119 0.089 0.048 0.021 0.036 0.004 0.019 0.007 0.001 107 D 0.397 0.067 0.151 0.159 0.044 0.052 0.090 0.012 0.023 0.003 0.002 108 R 0.425 0.134 0.112 0.233 0.027 0.022 0.021 0.008 0.016 0.001 0.001 109 M 0.308 0.236 0.248 0.105 0.039 0.029 0.012 0.003 0.015 0.004 0.001 110 N 0.314 0.092 0.087 0.343 0.021 0.050 0.045 0.007 0.035 0.005 0.001 111 D 0.043 0.356 0.304 0.012 0.079 0.028 0.039 0.001 0.134 0.002 0.001 112 P 0.248 0.034 0.588 0.035 0.001 0.046 0.002 0.001 0.003 0.001 0.042 113 F 0.096 0.562 0.175 0.038 0.076 0.024 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 114 I 0.044 0.703 0.110 0.018 0.068 0.028 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 115 M 0.041 0.574 0.247 0.031 0.033 0.042 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 116 S 0.023 0.344 0.386 0.008 0.107 0.053 0.005 0.001 0.068 0.006 0.001 117 Q 0.771 0.030 0.112 0.043 0.014 0.011 0.007 0.003 0.003 0.004 0.003 118 N 0.379 0.038 0.075 0.310 0.028 0.024 0.099 0.025 0.017 0.003 0.001 119 E 0.618 0.097 0.124 0.117 0.013 0.016 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 120 V 0.422 0.250 0.137 0.097 0.012 0.038 0.009 0.001 0.031 0.002 0.001 121 K 0.185 0.076 0.249 0.316 0.010 0.027 0.092 0.002 0.038 0.002 0.001 122 G 0.023 0.003 0.036 0.022 0.025 0.002 0.130 0.697 0.001 0.061 0.001 123 K 0.183 0.215 0.439 0.056 0.043 0.017 0.010 0.010 0.009 0.017 0.001