# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.079 0.062 0.021 0.056 0.009 0.012 0.426 0.158 0.106 0.032 2 W 0.012 0.034 0.013 0.004 0.023 0.004 0.007 0.693 0.179 0.023 0.007 3 E 0.003 0.013 0.005 0.003 0.007 0.004 0.013 0.848 0.094 0.008 0.002 4 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.014 0.868 0.080 0.019 0.002 5 Y 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.865 0.090 0.023 0.002 6 D 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.856 0.113 0.011 0.001 7 A 0.001 0.006 0.003 0.002 0.003 0.003 0.017 0.876 0.082 0.006 0.001 8 M 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.026 0.762 0.157 0.035 0.003 9 I 0.012 0.011 0.003 0.002 0.017 0.003 0.020 0.615 0.228 0.079 0.011 10 N 0.004 0.030 0.007 0.007 0.014 0.023 0.102 0.589 0.168 0.052 0.004 11 G 0.025 0.030 0.016 0.012 0.035 0.011 0.034 0.179 0.099 0.515 0.045 12 I 0.053 0.246 0.192 0.042 0.151 0.019 0.044 0.095 0.041 0.080 0.038 13 P 0.063 0.331 0.120 0.025 0.152 0.014 0.024 0.100 0.070 0.067 0.034 14 E 0.036 0.165 0.096 0.020 0.115 0.020 0.049 0.248 0.161 0.069 0.022 15 D 0.083 0.051 0.019 0.009 0.098 0.022 0.059 0.138 0.166 0.302 0.055 16 F 0.050 0.327 0.198 0.018 0.217 0.006 0.012 0.071 0.039 0.045 0.017 17 L 0.063 0.412 0.077 0.003 0.180 0.004 0.021 0.110 0.045 0.063 0.022 18 V 0.259 0.026 0.004 0.002 0.265 0.002 0.004 0.162 0.156 0.058 0.061 19 D 0.007 0.023 0.013 0.021 0.022 0.041 0.120 0.592 0.138 0.021 0.003 20 E 0.197 0.055 0.007 0.002 0.349 0.005 0.045 0.219 0.046 0.050 0.026 21 L 0.228 0.081 0.008 0.012 0.423 0.028 0.028 0.133 0.021 0.013 0.024 22 V 0.288 0.025 0.007 0.009 0.277 0.020 0.025 0.068 0.022 0.081 0.177 23 C 0.049 0.161 0.135 0.170 0.143 0.060 0.057 0.066 0.031 0.092 0.035 24 G 0.052 0.189 0.151 0.137 0.112 0.021 0.029 0.082 0.056 0.135 0.037 25 T 0.093 0.080 0.035 0.026 0.149 0.034 0.081 0.164 0.131 0.151 0.056 26 T 0.111 0.123 0.054 0.035 0.226 0.031 0.119 0.097 0.056 0.104 0.044 27 H 0.356 0.103 0.018 0.006 0.387 0.005 0.006 0.012 0.008 0.025 0.075 28 S 0.065 0.342 0.046 0.008 0.487 0.010 0.010 0.013 0.005 0.007 0.008 29 V 0.456 0.031 0.003 0.001 0.467 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.031 30 I 0.161 0.236 0.020 0.006 0.476 0.021 0.026 0.026 0.004 0.004 0.019 31 R 0.349 0.083 0.016 0.009 0.222 0.008 0.005 0.010 0.008 0.064 0.226 32 S 0.018 0.232 0.562 0.109 0.052 0.007 0.003 0.005 0.004 0.004 0.006 33 G 0.005 0.021 0.027 0.122 0.005 0.137 0.211 0.256 0.180 0.030 0.005 34 N 0.018 0.161 0.176 0.158 0.037 0.049 0.063 0.086 0.077 0.144 0.031 35 G 0.110 0.121 0.060 0.065 0.148 0.026 0.017 0.040 0.048 0.207 0.157 36 V 0.177 0.196 0.057 0.031 0.302 0.030 0.038 0.038 0.028 0.047 0.055 37 G 0.132 0.151 0.144 0.099 0.236 0.029 0.016 0.022 0.024 0.065 0.081 38 L 0.235 0.145 0.052 0.026 0.327 0.017 0.019 0.036 0.035 0.041 0.068 39 G 0.151 0.240 0.099 0.009 0.357 0.005 0.011 0.026 0.019 0.038 0.044 40 P 0.113 0.298 0.111 0.020 0.287 0.013 0.020 0.028 0.020 0.044 0.046 41 N 0.058 0.335 0.308 0.030 0.203 0.006 0.006 0.015 0.010 0.015 0.016 42 R 0.038 0.137 0.091 0.038 0.084 0.032 0.074 0.279 0.165 0.047 0.016 43 P 0.032 0.077 0.067 0.031 0.056 0.035 0.092 0.228 0.149 0.196 0.038 44 F 0.057 0.232 0.096 0.038 0.145 0.029 0.043 0.108 0.078 0.126 0.046 45 E 0.081 0.150 0.082 0.034 0.140 0.027 0.044 0.104 0.096 0.161 0.080 46 T 0.086 0.264 0.119 0.014 0.235 0.008 0.014 0.084 0.075 0.065 0.035 47 R 0.104 0.141 0.075 0.019 0.165 0.021 0.061 0.187 0.102 0.072 0.053 48 M 0.063 0.249 0.204 0.041 0.128 0.016 0.023 0.096 0.058 0.089 0.035 49 P 0.043 0.303 0.169 0.033 0.134 0.015 0.020 0.147 0.080 0.035 0.019 50 M 0.034 0.138 0.078 0.017 0.077 0.020 0.050 0.397 0.135 0.037 0.017 51 L 0.049 0.051 0.027 0.009 0.061 0.012 0.037 0.389 0.167 0.162 0.036 52 T 0.029 0.088 0.026 0.012 0.053 0.011 0.023 0.449 0.208 0.085 0.016 53 Q 0.013 0.031 0.024 0.029 0.023 0.025 0.040 0.471 0.214 0.113 0.018 54 N 0.021 0.072 0.034 0.011 0.048 0.007 0.046 0.528 0.157 0.057 0.020 55 L 0.044 0.037 0.013 0.019 0.043 0.034 0.053 0.348 0.179 0.199 0.031 56 L 0.014 0.148 0.067 0.034 0.060 0.044 0.103 0.330 0.150 0.043 0.008 57 G 0.054 0.033 0.015 0.006 0.023 0.004 0.007 0.040 0.059 0.652 0.106 58 L 0.015 0.538 0.246 0.015 0.130 0.006 0.005 0.020 0.007 0.011 0.008 59 P 0.036 0.513 0.201 0.006 0.062 0.002 0.004 0.104 0.026 0.024 0.021 60 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.712 0.248 0.028 0.002 61 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.057 0.001 0.001 62 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.932 0.047 0.006 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.071 0.007 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.864 0.129 0.004 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.917 0.076 0.001 0.001 66 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.879 0.093 0.015 0.001 67 V 0.009 0.006 0.001 0.001 0.017 0.001 0.012 0.717 0.190 0.043 0.005 68 K 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.016 0.064 0.631 0.194 0.078 0.004 69 S 0.034 0.049 0.023 0.009 0.083 0.008 0.053 0.516 0.078 0.128 0.019 70 W 0.025 0.111 0.036 0.013 0.067 0.034 0.087 0.339 0.139 0.132 0.018 71 N 0.114 0.108 0.051 0.012 0.178 0.005 0.015 0.334 0.066 0.058 0.060 72 Y 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.745 0.216 0.019 0.002 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.895 0.087 0.004 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.902 0.082 0.005 0.001 75 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.921 0.056 0.003 0.001 76 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.897 0.082 0.007 0.001 77 I 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.011 0.865 0.100 0.007 0.001 78 G 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 0.890 0.067 0.011 0.001 79 L 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.028 0.870 0.073 0.005 0.001 80 A 0.007 0.009 0.002 0.003 0.021 0.004 0.024 0.822 0.098 0.006 0.002 81 A 0.023 0.010 0.003 0.002 0.034 0.007 0.037 0.796 0.071 0.013 0.005 82 I 0.016 0.024 0.008 0.004 0.040 0.017 0.056 0.693 0.108 0.029 0.006 83 N 0.080 0.037 0.022 0.018 0.078 0.024 0.036 0.435 0.158 0.069 0.044 84 A 0.018 0.074 0.037 0.020 0.057 0.016 0.039 0.441 0.209 0.073 0.014 85 Y 0.036 0.078 0.021 0.009 0.076 0.018 0.117 0.346 0.136 0.142 0.020 86 Y 0.061 0.245 0.067 0.023 0.175 0.033 0.085 0.137 0.058 0.086 0.030 87 N 0.103 0.198 0.105 0.040 0.171 0.030 0.040 0.085 0.040 0.114 0.074 88 N 0.079 0.266 0.147 0.020 0.152 0.009 0.013 0.131 0.071 0.073 0.041 89 P 0.032 0.082 0.026 0.009 0.078 0.017 0.029 0.465 0.193 0.051 0.018 90 Q 0.022 0.042 0.024 0.007 0.049 0.009 0.027 0.585 0.166 0.053 0.015 91 V 0.021 0.030 0.015 0.004 0.028 0.007 0.024 0.647 0.122 0.091 0.013 92 A 0.024 0.101 0.032 0.006 0.049 0.006 0.013 0.573 0.115 0.071 0.012 93 R 0.023 0.085 0.033 0.008 0.043 0.006 0.017 0.558 0.177 0.037 0.014 94 E 0.013 0.034 0.024 0.015 0.024 0.021 0.080 0.593 0.159 0.030 0.006 95 H 0.021 0.127 0.078 0.038 0.059 0.027 0.098 0.340 0.099 0.096 0.016 96 G 0.056 0.065 0.039 0.041 0.062 0.028 0.035 0.114 0.081 0.383 0.095 97 V 0.064 0.210 0.163 0.063 0.143 0.023 0.022 0.109 0.064 0.092 0.047 98 I 0.043 0.320 0.132 0.016 0.161 0.011 0.021 0.156 0.077 0.044 0.020 99 F 0.133 0.104 0.034 0.008 0.203 0.009 0.031 0.216 0.132 0.085 0.046 100 S 0.053 0.102 0.053 0.033 0.111 0.057 0.105 0.229 0.138 0.091 0.027 101 D 0.119 0.162 0.083 0.021 0.239 0.009 0.017 0.092 0.061 0.133 0.064 102 A 0.153 0.145 0.056 0.017 0.215 0.012 0.017 0.101 0.091 0.131 0.062 103 K 0.038 0.327 0.190 0.035 0.170 0.023 0.032 0.103 0.047 0.024 0.013 104 R 0.115 0.140 0.055 0.016 0.145 0.015 0.040 0.232 0.107 0.078 0.057 105 V 0.075 0.093 0.074 0.042 0.094 0.036 0.053 0.182 0.112 0.183 0.057 106 E 0.046 0.209 0.094 0.057 0.115 0.032 0.038 0.185 0.119 0.079 0.027 107 D 0.048 0.065 0.037 0.033 0.075 0.024 0.049 0.280 0.195 0.155 0.040 108 R 0.068 0.105 0.056 0.027 0.100 0.029 0.076 0.215 0.123 0.159 0.043 109 M 0.134 0.174 0.054 0.019 0.227 0.016 0.036 0.147 0.069 0.077 0.047 110 N 0.146 0.099 0.037 0.034 0.160 0.037 0.060 0.145 0.095 0.113 0.074 111 D 0.082 0.191 0.103 0.064 0.196 0.040 0.042 0.111 0.070 0.069 0.033 112 P 0.208 0.105 0.030 0.016 0.299 0.013 0.019 0.109 0.072 0.064 0.065 113 F 0.182 0.140 0.030 0.019 0.379 0.017 0.023 0.068 0.050 0.045 0.047 114 I 0.207 0.140 0.028 0.005 0.440 0.005 0.012 0.047 0.027 0.038 0.051 115 M 0.177 0.214 0.066 0.014 0.335 0.008 0.011 0.031 0.020 0.063 0.061 116 S 0.082 0.312 0.241 0.048 0.230 0.006 0.004 0.023 0.014 0.017 0.024 117 Q 0.017 0.047 0.029 0.032 0.034 0.065 0.120 0.374 0.233 0.039 0.010 118 N 0.055 0.085 0.055 0.019 0.091 0.011 0.032 0.173 0.144 0.271 0.063 119 E 0.137 0.120 0.035 0.009 0.169 0.011 0.024 0.167 0.110 0.144 0.073 120 V 0.064 0.147 0.083 0.036 0.132 0.051 0.088 0.211 0.095 0.066 0.028 121 K 0.063 0.149 0.083 0.070 0.120 0.034 0.052 0.164 0.102 0.125 0.040 122 G 0.047 0.112 0.110 0.065 0.082 0.025 0.033 0.139 0.098 0.229 0.061 123 K 0.056 0.176 0.122 0.049 0.113 0.039 0.065 0.179 0.085 0.078 0.038