# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.305 0.240 0.194 0.159 0.076 0.024 0.002 2 W 0.225 0.225 0.217 0.193 0.107 0.030 0.002 3 E 0.415 0.314 0.141 0.075 0.038 0.016 0.002 4 I 0.226 0.281 0.211 0.157 0.085 0.035 0.005 5 Y 0.091 0.061 0.093 0.219 0.305 0.204 0.026 6 D 0.270 0.230 0.195 0.172 0.095 0.033 0.005 7 A 0.448 0.322 0.138 0.059 0.025 0.008 0.001 8 M 0.150 0.173 0.188 0.220 0.172 0.089 0.008 9 I 0.140 0.117 0.174 0.265 0.208 0.089 0.006 10 N 0.433 0.323 0.140 0.067 0.027 0.008 0.001 11 G 0.395 0.284 0.168 0.103 0.039 0.010 0.001 12 I 0.225 0.177 0.177 0.232 0.148 0.040 0.003 13 P 0.362 0.293 0.184 0.106 0.044 0.010 0.001 14 E 0.473 0.302 0.138 0.068 0.015 0.003 0.001 15 D 0.377 0.336 0.153 0.084 0.039 0.010 0.001 16 F 0.145 0.245 0.250 0.229 0.105 0.024 0.002 17 L 0.143 0.324 0.282 0.180 0.059 0.012 0.001 18 V 0.035 0.047 0.085 0.219 0.354 0.234 0.025 19 D 0.055 0.199 0.258 0.277 0.159 0.048 0.004 20 E 0.032 0.126 0.226 0.274 0.211 0.111 0.020 21 L 0.006 0.015 0.030 0.097 0.240 0.436 0.175 22 V 0.004 0.013 0.029 0.087 0.201 0.431 0.236 23 C 0.009 0.015 0.027 0.058 0.142 0.401 0.348 24 G 0.014 0.035 0.073 0.147 0.213 0.318 0.200 25 T 0.018 0.036 0.062 0.121 0.217 0.325 0.220 26 T 0.015 0.058 0.116 0.210 0.209 0.226 0.167 27 H 0.006 0.014 0.038 0.096 0.213 0.375 0.258 28 S 0.003 0.008 0.025 0.067 0.165 0.397 0.335 29 V 0.004 0.006 0.016 0.051 0.130 0.457 0.337 30 I 0.006 0.010 0.020 0.058 0.190 0.451 0.266 31 R 0.018 0.063 0.140 0.250 0.273 0.203 0.053 32 S 0.046 0.101 0.131 0.226 0.295 0.167 0.033 33 G 0.175 0.311 0.253 0.159 0.069 0.028 0.005 34 N 0.108 0.248 0.236 0.228 0.127 0.047 0.005 35 G 0.024 0.064 0.141 0.241 0.311 0.195 0.024 36 V 0.014 0.024 0.043 0.115 0.220 0.425 0.159 37 G 0.011 0.009 0.018 0.047 0.119 0.385 0.411 38 L 0.004 0.004 0.009 0.021 0.062 0.287 0.612 39 G 0.005 0.008 0.018 0.041 0.096 0.304 0.527 40 P 0.007 0.017 0.037 0.083 0.169 0.360 0.326 41 N 0.012 0.049 0.101 0.183 0.269 0.286 0.099 42 R 0.034 0.095 0.162 0.262 0.264 0.147 0.037 43 P 0.210 0.278 0.224 0.147 0.086 0.044 0.011 44 F 0.220 0.233 0.207 0.189 0.105 0.040 0.006 45 E 0.292 0.262 0.178 0.145 0.082 0.035 0.005 46 T 0.318 0.244 0.180 0.131 0.079 0.042 0.007 47 R 0.327 0.270 0.180 0.124 0.066 0.027 0.005 48 M 0.178 0.214 0.197 0.191 0.137 0.071 0.011 49 P 0.156 0.186 0.216 0.221 0.150 0.064 0.007 50 M 0.289 0.326 0.198 0.117 0.051 0.018 0.002 51 L 0.163 0.184 0.199 0.224 0.161 0.063 0.006 52 T 0.115 0.128 0.175 0.253 0.219 0.101 0.009 53 Q 0.370 0.345 0.157 0.084 0.034 0.010 0.001 54 N 0.208 0.309 0.251 0.154 0.059 0.017 0.001 55 L 0.051 0.073 0.121 0.258 0.332 0.157 0.009 56 L 0.118 0.261 0.297 0.231 0.080 0.011 0.001 57 G 0.294 0.425 0.197 0.066 0.015 0.003 0.001 58 L 0.292 0.308 0.207 0.137 0.048 0.008 0.001 59 P 0.150 0.333 0.257 0.164 0.073 0.022 0.002 60 L 0.011 0.049 0.138 0.308 0.374 0.113 0.006 61 R 0.087 0.397 0.327 0.145 0.038 0.006 0.001 62 V 0.057 0.276 0.334 0.238 0.076 0.017 0.001 63 A 0.003 0.009 0.022 0.098 0.363 0.461 0.044 64 A 0.004 0.025 0.086 0.256 0.392 0.214 0.023 65 G 0.050 0.337 0.325 0.206 0.062 0.017 0.002 66 C 0.005 0.026 0.124 0.342 0.357 0.138 0.009 67 V 0.002 0.006 0.011 0.050 0.219 0.577 0.135 68 K 0.014 0.081 0.173 0.259 0.275 0.161 0.036 69 S 0.060 0.189 0.264 0.266 0.153 0.062 0.007 70 W 0.017 0.063 0.135 0.273 0.323 0.165 0.023 71 N 0.135 0.261 0.218 0.195 0.125 0.053 0.013 72 Y 0.083 0.203 0.238 0.231 0.147 0.076 0.022 73 V 0.023 0.051 0.080 0.189 0.334 0.257 0.067 74 E 0.038 0.096 0.122 0.181 0.237 0.212 0.113 75 A 0.026 0.060 0.080 0.138 0.199 0.277 0.221 76 S 0.005 0.011 0.016 0.036 0.085 0.265 0.581 77 I 0.001 0.003 0.006 0.018 0.049 0.200 0.723 78 G 0.001 0.004 0.007 0.024 0.068 0.219 0.678 79 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.033 0.165 0.787 80 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.141 0.831 81 A 0.001 0.002 0.005 0.020 0.064 0.263 0.645 82 I 0.001 0.003 0.008 0.026 0.079 0.285 0.599 83 N 0.001 0.002 0.005 0.019 0.066 0.342 0.564 84 A 0.001 0.005 0.012 0.040 0.149 0.449 0.344 85 Y 0.004 0.017 0.047 0.122 0.228 0.385 0.198 86 Y 0.008 0.020 0.050 0.121 0.257 0.400 0.144 87 N 0.037 0.098 0.151 0.232 0.259 0.184 0.038 88 N 0.074 0.157 0.216 0.246 0.185 0.105 0.016 89 P 0.124 0.171 0.195 0.228 0.186 0.087 0.010 90 Q 0.271 0.283 0.198 0.140 0.075 0.029 0.004 91 V 0.243 0.258 0.210 0.161 0.090 0.034 0.004 92 A 0.152 0.160 0.186 0.233 0.183 0.078 0.007 93 R 0.337 0.279 0.182 0.121 0.057 0.021 0.003 94 E 0.512 0.238 0.126 0.076 0.033 0.013 0.002 95 H 0.465 0.225 0.142 0.096 0.049 0.020 0.003 96 G 0.460 0.250 0.141 0.087 0.043 0.017 0.002 97 V 0.302 0.223 0.180 0.157 0.094 0.038 0.005 98 I 0.303 0.227 0.180 0.153 0.092 0.041 0.005 99 F 0.195 0.174 0.186 0.207 0.157 0.072 0.008 100 S 0.206 0.190 0.189 0.209 0.146 0.054 0.005 101 D 0.336 0.300 0.189 0.112 0.047 0.014 0.001 102 A 0.151 0.148 0.183 0.259 0.189 0.064 0.006 103 K 0.401 0.301 0.159 0.091 0.036 0.011 0.001 104 R 0.420 0.289 0.155 0.088 0.037 0.011 0.002 105 V 0.311 0.219 0.172 0.163 0.096 0.035 0.005 106 E 0.384 0.262 0.163 0.113 0.054 0.021 0.004 107 D 0.409 0.262 0.149 0.099 0.053 0.022 0.005 108 R 0.232 0.219 0.192 0.175 0.118 0.055 0.010 109 M 0.118 0.113 0.136 0.198 0.224 0.172 0.038 110 N 0.118 0.144 0.171 0.211 0.189 0.133 0.034 111 D 0.116 0.170 0.177 0.203 0.173 0.125 0.036 112 P 0.059 0.075 0.099 0.166 0.238 0.255 0.108 113 F 0.058 0.058 0.083 0.147 0.210 0.301 0.144 114 I 0.072 0.072 0.103 0.170 0.214 0.268 0.100 115 M 0.086 0.090 0.134 0.201 0.243 0.204 0.041 116 S 0.119 0.128 0.152 0.218 0.245 0.120 0.018 117 Q 0.273 0.263 0.229 0.148 0.064 0.020 0.003 118 N 0.390 0.295 0.173 0.097 0.036 0.009 0.001 119 E 0.302 0.268 0.199 0.151 0.065 0.014 0.001 120 V 0.438 0.259 0.168 0.095 0.033 0.006 0.001 121 K 0.686 0.196 0.072 0.034 0.010 0.002 0.001 122 G 0.768 0.159 0.047 0.019 0.005 0.001 0.001 123 K 0.773 0.159 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001