# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.890 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.009 0.069 2 W 0.012 0.871 0.001 0.003 0.003 0.004 0.011 0.002 0.001 0.034 0.058 3 E 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.015 4 I 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 5 Y 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.006 6 D 0.013 0.797 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.124 0.048 7 A 0.021 0.132 0.342 0.003 0.001 0.001 0.024 0.007 0.139 0.275 0.056 8 M 0.465 0.108 0.056 0.004 0.001 0.002 0.035 0.078 0.036 0.097 0.116 9 I 0.298 0.011 0.002 0.003 0.001 0.002 0.049 0.003 0.003 0.030 0.599 10 N 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.078 0.001 0.001 0.007 0.898 11 G 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.091 0.001 0.001 0.015 0.874 12 I 0.299 0.014 0.001 0.004 0.009 0.008 0.111 0.036 0.001 0.076 0.442 13 P 0.294 0.047 0.001 0.008 0.001 0.002 0.059 0.003 0.001 0.030 0.555 14 E 0.054 0.045 0.001 0.020 0.007 0.020 0.100 0.006 0.001 0.035 0.711 15 D 0.045 0.039 0.002 0.067 0.029 0.053 0.113 0.003 0.001 0.051 0.598 16 F 0.030 0.075 0.004 0.123 0.092 0.088 0.104 0.004 0.001 0.056 0.423 17 L 0.065 0.088 0.004 0.154 0.097 0.125 0.086 0.007 0.002 0.055 0.318 18 V 0.056 0.061 0.002 0.100 0.086 0.092 0.089 0.007 0.001 0.042 0.464 19 D 0.019 0.029 0.002 0.238 0.145 0.199 0.071 0.004 0.001 0.050 0.243 20 E 0.009 0.014 0.003 0.222 0.089 0.190 0.078 0.002 0.001 0.052 0.339 21 L 0.010 0.003 0.002 0.265 0.217 0.198 0.048 0.002 0.001 0.087 0.167 22 V 0.018 0.001 0.004 0.260 0.152 0.205 0.058 0.001 0.002 0.104 0.194 23 C 0.018 0.001 0.002 0.187 0.105 0.223 0.088 0.002 0.001 0.063 0.310 24 G 0.023 0.001 0.002 0.110 0.061 0.208 0.138 0.002 0.001 0.069 0.385 25 T 0.003 0.001 0.001 0.098 0.115 0.271 0.118 0.001 0.001 0.067 0.325 26 T 0.001 0.001 0.001 0.074 0.147 0.458 0.062 0.001 0.001 0.082 0.175 27 H 0.001 0.001 0.001 0.098 0.269 0.428 0.022 0.001 0.001 0.055 0.127 28 S 0.001 0.001 0.001 0.073 0.312 0.522 0.006 0.001 0.001 0.051 0.036 29 V 0.001 0.001 0.001 0.148 0.370 0.332 0.010 0.001 0.001 0.065 0.074 30 I 0.001 0.001 0.001 0.189 0.343 0.343 0.013 0.001 0.001 0.066 0.045 31 R 0.009 0.001 0.001 0.145 0.197 0.364 0.048 0.001 0.001 0.102 0.132 32 S 0.213 0.002 0.001 0.084 0.078 0.117 0.088 0.004 0.003 0.071 0.339 33 G 0.083 0.002 0.002 0.032 0.013 0.032 0.145 0.004 0.002 0.092 0.594 34 N 0.017 0.002 0.001 0.029 0.014 0.032 0.159 0.002 0.001 0.054 0.688 35 G 0.039 0.005 0.001 0.049 0.064 0.113 0.165 0.004 0.001 0.109 0.450 36 V 0.017 0.004 0.001 0.059 0.091 0.091 0.130 0.002 0.001 0.092 0.512 37 G 0.013 0.004 0.001 0.079 0.092 0.221 0.117 0.003 0.001 0.104 0.365 38 L 0.020 0.005 0.001 0.075 0.088 0.153 0.116 0.002 0.001 0.081 0.460 39 G 0.031 0.003 0.001 0.075 0.114 0.180 0.129 0.001 0.001 0.084 0.380 40 P 0.006 0.002 0.001 0.051 0.075 0.169 0.157 0.002 0.001 0.052 0.484 41 N 0.065 0.013 0.003 0.043 0.033 0.051 0.141 0.003 0.003 0.046 0.598 42 R 0.195 0.011 0.003 0.017 0.036 0.040 0.114 0.016 0.002 0.125 0.440 43 P 0.064 0.012 0.002 0.014 0.005 0.012 0.131 0.003 0.001 0.066 0.690 44 F 0.149 0.026 0.004 0.019 0.014 0.032 0.107 0.009 0.001 0.059 0.580 45 E 0.139 0.013 0.001 0.011 0.015 0.017 0.101 0.004 0.001 0.052 0.649 46 T 0.020 0.007 0.001 0.009 0.042 0.059 0.145 0.003 0.001 0.024 0.691 47 R 0.016 0.019 0.001 0.022 0.013 0.028 0.136 0.003 0.001 0.026 0.736 48 M 0.131 0.022 0.003 0.020 0.047 0.042 0.140 0.009 0.001 0.131 0.454 49 P 0.089 0.090 0.004 0.031 0.018 0.036 0.140 0.007 0.002 0.116 0.467 50 M 0.116 0.071 0.005 0.020 0.014 0.026 0.085 0.004 0.002 0.054 0.603 51 L 0.111 0.212 0.004 0.023 0.031 0.050 0.080 0.017 0.001 0.057 0.414 52 T 0.078 0.218 0.002 0.011 0.030 0.055 0.085 0.007 0.001 0.042 0.470 53 Q 0.088 0.072 0.040 0.030 0.044 0.073 0.095 0.013 0.014 0.068 0.465 54 N 0.302 0.074 0.002 0.013 0.039 0.053 0.079 0.025 0.001 0.059 0.353 55 L 0.302 0.026 0.001 0.013 0.010 0.016 0.080 0.004 0.001 0.040 0.507 56 L 0.013 0.038 0.001 0.030 0.018 0.027 0.132 0.002 0.001 0.017 0.722 57 G 0.008 0.209 0.001 0.009 0.012 0.016 0.066 0.002 0.001 0.012 0.665 58 L 0.022 0.424 0.001 0.012 0.051 0.023 0.075 0.035 0.001 0.049 0.307 59 P 0.010 0.923 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.017 0.035 60 L 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.012 61 R 0.021 0.835 0.002 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.085 0.039 62 V 0.011 0.805 0.008 0.006 0.002 0.002 0.012 0.003 0.002 0.101 0.047 63 A 0.045 0.804 0.006 0.006 0.002 0.002 0.016 0.013 0.001 0.036 0.070 64 A 0.066 0.578 0.014 0.012 0.002 0.005 0.030 0.016 0.005 0.105 0.167 65 G 0.089 0.315 0.011 0.013 0.004 0.007 0.075 0.007 0.005 0.160 0.313 66 C 0.112 0.228 0.012 0.018 0.003 0.007 0.083 0.010 0.005 0.158 0.363 67 V 0.110 0.178 0.013 0.017 0.004 0.007 0.110 0.008 0.005 0.140 0.407 68 K 0.058 0.410 0.003 0.016 0.003 0.005 0.072 0.004 0.001 0.031 0.396 69 S 0.022 0.716 0.001 0.004 0.001 0.002 0.033 0.005 0.001 0.013 0.201 70 W 0.015 0.866 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.019 0.074 71 N 0.023 0.877 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.052 0.035 72 Y 0.007 0.119 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.842 0.020 73 V 0.008 0.659 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.274 0.040 74 E 0.008 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.051 0.038 75 A 0.004 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.044 0.019 76 S 0.004 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 0.020 77 I 0.002 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 78 G 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 79 L 0.007 0.602 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.331 0.040 80 A 0.007 0.924 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.030 0.021 81 A 0.049 0.791 0.017 0.010 0.001 0.002 0.013 0.030 0.003 0.049 0.036 82 I 0.102 0.424 0.022 0.026 0.004 0.005 0.050 0.020 0.013 0.169 0.165 83 N 0.160 0.152 0.009 0.018 0.005 0.010 0.115 0.010 0.008 0.145 0.368 84 A 0.112 0.042 0.013 0.046 0.005 0.015 0.148 0.017 0.007 0.148 0.447 85 Y 0.099 0.011 0.004 0.042 0.008 0.018 0.167 0.002 0.003 0.059 0.588 86 Y 0.007 0.007 0.002 0.036 0.008 0.022 0.164 0.001 0.001 0.024 0.727 87 N 0.089 0.036 0.003 0.013 0.007 0.011 0.125 0.006 0.002 0.038 0.671 88 N 0.315 0.059 0.003 0.006 0.004 0.006 0.104 0.046 0.002 0.092 0.363 89 P 0.132 0.059 0.002 0.004 0.002 0.004 0.075 0.006 0.001 0.032 0.685 90 Q 0.099 0.110 0.003 0.009 0.008 0.026 0.077 0.005 0.001 0.033 0.629 91 V 0.052 0.136 0.005 0.009 0.027 0.044 0.077 0.004 0.002 0.050 0.593 92 A 0.114 0.091 0.049 0.011 0.025 0.034 0.079 0.008 0.023 0.070 0.496 93 R 0.503 0.062 0.003 0.003 0.015 0.015 0.040 0.018 0.002 0.039 0.300 94 E 0.214 0.028 0.001 0.005 0.005 0.011 0.071 0.005 0.001 0.033 0.627 95 H 0.013 0.023 0.001 0.021 0.013 0.036 0.102 0.002 0.001 0.022 0.767 96 G 0.014 0.014 0.001 0.024 0.060 0.095 0.093 0.002 0.001 0.044 0.654 97 V 0.007 0.011 0.001 0.020 0.212 0.118 0.083 0.002 0.001 0.030 0.517 98 I 0.044 0.066 0.003 0.042 0.093 0.117 0.095 0.006 0.002 0.052 0.480 99 F 0.196 0.065 0.006 0.021 0.052 0.054 0.073 0.009 0.003 0.062 0.458 100 S 0.091 0.027 0.004 0.021 0.026 0.054 0.106 0.009 0.003 0.049 0.609 101 D 0.130 0.019 0.005 0.012 0.016 0.036 0.067 0.007 0.002 0.046 0.660 102 A 0.186 0.005 0.004 0.017 0.021 0.026 0.075 0.003 0.002 0.046 0.615 103 K 0.030 0.002 0.001 0.018 0.032 0.039 0.099 0.002 0.001 0.024 0.752 104 R 0.020 0.003 0.001 0.021 0.020 0.022 0.103 0.001 0.001 0.022 0.785 105 V 0.010 0.002 0.001 0.049 0.077 0.038 0.168 0.006 0.001 0.038 0.611 106 E 0.009 0.004 0.001 0.188 0.069 0.086 0.128 0.004 0.001 0.047 0.465 107 D 0.005 0.003 0.001 0.434 0.065 0.100 0.059 0.001 0.001 0.042 0.290 108 R 0.005 0.002 0.001 0.489 0.108 0.097 0.048 0.001 0.001 0.031 0.218 109 M 0.007 0.005 0.001 0.524 0.082 0.095 0.060 0.002 0.001 0.027 0.195 110 N 0.101 0.056 0.002 0.299 0.025 0.037 0.080 0.012 0.002 0.025 0.360 111 D 0.327 0.058 0.002 0.102 0.016 0.027 0.097 0.017 0.002 0.044 0.308 112 P 0.037 0.039 0.005 0.078 0.018 0.033 0.136 0.002 0.002 0.043 0.608 113 F 0.042 0.143 0.004 0.046 0.044 0.080 0.124 0.010 0.001 0.042 0.465 114 I 0.245 0.143 0.006 0.023 0.052 0.032 0.065 0.010 0.002 0.128 0.295 115 M 0.025 0.345 0.008 0.018 0.034 0.046 0.085 0.007 0.003 0.031 0.398 116 S 0.081 0.633 0.003 0.004 0.016 0.041 0.024 0.018 0.001 0.009 0.170 117 Q 0.117 0.475 0.011 0.009 0.033 0.045 0.031 0.017 0.004 0.055 0.204 118 N 0.084 0.146 0.050 0.011 0.050 0.094 0.091 0.009 0.029 0.091 0.346 119 E 0.242 0.025 0.023 0.014 0.017 0.043 0.055 0.016 0.008 0.077 0.481 120 V 0.279 0.006 0.003 0.013 0.015 0.018 0.069 0.006 0.002 0.056 0.532 121 K 0.025 0.002 0.001 0.014 0.007 0.013 0.083 0.001 0.001 0.013 0.840 122 G 0.004 0.001 0.001 0.008 0.008 0.012 0.069 0.001 0.001 0.008 0.887 123 K 0.013 0.001 0.001 0.008 0.059 0.029 0.126 0.013 0.001 0.026 0.724