# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.072 0.043 0.095 0.093 0.126 0.178 0.132 0.108 0.064 0.038 2 W 0.205 0.078 0.075 0.139 0.139 0.123 0.109 0.061 0.040 0.021 0.010 3 E 0.150 0.131 0.168 0.291 0.141 0.069 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 4 I 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.010 0.047 0.091 0.209 0.318 0.311 5 Y 0.001 0.003 0.010 0.022 0.055 0.131 0.260 0.193 0.157 0.106 0.061 6 D 0.015 0.027 0.486 0.220 0.122 0.067 0.036 0.012 0.009 0.004 0.001 7 A 0.003 0.007 0.047 0.117 0.129 0.204 0.343 0.106 0.025 0.014 0.005 8 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.047 0.199 0.349 0.384 9 I 0.004 0.006 0.022 0.025 0.069 0.131 0.280 0.211 0.121 0.088 0.043 10 N 0.044 0.086 0.582 0.167 0.073 0.028 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 11 G 0.127 0.094 0.097 0.126 0.142 0.162 0.153 0.057 0.027 0.010 0.004 12 I 0.159 0.080 0.014 0.052 0.042 0.052 0.143 0.159 0.133 0.096 0.070 13 P 0.321 0.192 0.070 0.139 0.100 0.070 0.054 0.026 0.016 0.007 0.005 14 E 0.225 0.209 0.193 0.176 0.099 0.048 0.027 0.010 0.007 0.003 0.002 15 D 0.256 0.136 0.077 0.172 0.155 0.095 0.057 0.029 0.015 0.006 0.002 16 F 0.045 0.018 0.013 0.023 0.035 0.073 0.156 0.200 0.196 0.142 0.100 17 L 0.046 0.237 0.073 0.275 0.176 0.096 0.051 0.031 0.011 0.004 0.002 18 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.017 0.059 0.094 0.179 0.285 0.347 19 D 0.116 0.119 0.087 0.265 0.206 0.102 0.060 0.023 0.012 0.006 0.003 20 E 0.065 0.080 0.086 0.242 0.192 0.143 0.091 0.049 0.034 0.014 0.004 21 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.051 0.092 0.207 0.295 0.333 22 V 0.014 0.030 0.024 0.089 0.112 0.135 0.193 0.186 0.111 0.067 0.040 23 C 0.001 0.004 0.016 0.016 0.023 0.038 0.083 0.144 0.197 0.243 0.233 24 G 0.024 0.049 0.043 0.106 0.131 0.153 0.165 0.127 0.090 0.057 0.055 25 T 0.007 0.011 0.006 0.033 0.041 0.057 0.126 0.122 0.208 0.212 0.179 26 T 0.015 0.025 0.012 0.077 0.101 0.113 0.170 0.125 0.146 0.119 0.096 27 H 0.002 0.004 0.004 0.027 0.039 0.063 0.166 0.156 0.198 0.178 0.164 28 S 0.002 0.003 0.007 0.022 0.033 0.042 0.117 0.161 0.206 0.218 0.188 29 V 0.001 0.001 0.006 0.011 0.016 0.020 0.065 0.115 0.212 0.260 0.293 30 I 0.002 0.002 0.010 0.010 0.018 0.028 0.085 0.128 0.225 0.242 0.251 31 R 0.011 0.029 0.039 0.092 0.115 0.122 0.191 0.146 0.114 0.080 0.061 32 S 0.021 0.035 0.022 0.056 0.070 0.101 0.178 0.155 0.152 0.117 0.092 33 G 0.260 0.165 0.048 0.143 0.113 0.092 0.074 0.044 0.033 0.018 0.010 34 N 0.181 0.125 0.034 0.129 0.119 0.112 0.113 0.067 0.058 0.038 0.024 35 G 0.072 0.071 0.023 0.090 0.110 0.125 0.153 0.114 0.108 0.075 0.059 36 V 0.013 0.017 0.012 0.048 0.056 0.079 0.155 0.135 0.165 0.155 0.166 37 G 0.014 0.024 0.034 0.086 0.100 0.107 0.160 0.130 0.130 0.117 0.098 38 L 0.003 0.005 0.010 0.030 0.038 0.049 0.118 0.131 0.190 0.215 0.213 39 G 0.004 0.004 0.007 0.014 0.021 0.032 0.087 0.125 0.217 0.245 0.244 40 P 0.010 0.017 0.019 0.067 0.076 0.084 0.165 0.151 0.162 0.135 0.115 41 N 0.019 0.023 0.028 0.044 0.053 0.067 0.133 0.133 0.179 0.167 0.153 42 R 0.068 0.072 0.030 0.114 0.112 0.111 0.168 0.111 0.093 0.067 0.053 43 P 0.275 0.192 0.061 0.141 0.105 0.072 0.063 0.037 0.030 0.016 0.009 44 F 0.160 0.105 0.030 0.107 0.107 0.105 0.136 0.086 0.074 0.052 0.038 45 E 0.336 0.190 0.055 0.141 0.106 0.067 0.049 0.024 0.018 0.008 0.004 46 T 0.148 0.077 0.061 0.123 0.106 0.101 0.128 0.079 0.077 0.060 0.041 47 R 0.104 0.122 0.077 0.161 0.141 0.122 0.126 0.066 0.041 0.025 0.015 48 M 0.036 0.050 0.044 0.093 0.085 0.095 0.161 0.139 0.127 0.102 0.067 49 P 0.118 0.073 0.065 0.109 0.118 0.122 0.134 0.097 0.076 0.053 0.035 50 M 0.233 0.173 0.117 0.186 0.113 0.071 0.048 0.025 0.020 0.010 0.005 51 L 0.063 0.083 0.034 0.102 0.104 0.111 0.174 0.121 0.094 0.069 0.045 52 T 0.092 0.069 0.028 0.093 0.101 0.106 0.162 0.121 0.107 0.071 0.051 53 Q 0.342 0.134 0.173 0.160 0.087 0.046 0.028 0.012 0.011 0.006 0.003 54 N 0.156 0.129 0.098 0.237 0.155 0.096 0.078 0.029 0.013 0.006 0.002 55 L 0.036 0.023 0.022 0.029 0.032 0.050 0.140 0.155 0.178 0.174 0.160 56 L 0.061 0.186 0.064 0.165 0.143 0.130 0.118 0.069 0.037 0.017 0.010 57 G 0.236 0.194 0.226 0.153 0.102 0.052 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 58 L 0.193 0.051 0.031 0.095 0.096 0.126 0.162 0.119 0.062 0.040 0.024 59 P 0.083 0.275 0.048 0.169 0.194 0.118 0.055 0.036 0.018 0.004 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.055 0.189 0.287 0.431 61 R 0.008 0.017 0.068 0.141 0.263 0.244 0.172 0.051 0.022 0.011 0.004 62 V 0.001 0.005 0.043 0.172 0.127 0.139 0.259 0.154 0.053 0.036 0.012 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.058 0.209 0.347 0.367 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.069 0.156 0.293 0.291 0.171 65 G 0.002 0.013 0.387 0.170 0.170 0.116 0.080 0.030 0.018 0.010 0.004 66 C 0.001 0.003 0.016 0.038 0.061 0.153 0.381 0.198 0.083 0.045 0.023 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.022 0.068 0.206 0.330 0.365 68 K 0.040 0.063 0.089 0.170 0.181 0.182 0.168 0.061 0.027 0.014 0.006 69 S 0.026 0.072 0.215 0.125 0.116 0.123 0.114 0.068 0.069 0.045 0.026 70 W 0.036 0.046 0.029 0.106 0.120 0.177 0.261 0.100 0.067 0.034 0.023 71 N 0.097 0.067 0.048 0.124 0.089 0.103 0.171 0.116 0.091 0.062 0.032 72 Y 0.017 0.029 0.051 0.109 0.103 0.108 0.180 0.128 0.110 0.092 0.073 73 V 0.005 0.008 0.025 0.027 0.032 0.050 0.124 0.123 0.210 0.208 0.188 74 E 0.010 0.017 0.065 0.104 0.121 0.136 0.191 0.108 0.107 0.088 0.052 75 A 0.005 0.019 0.054 0.114 0.120 0.151 0.237 0.123 0.083 0.061 0.034 76 S 0.003 0.006 0.014 0.028 0.032 0.055 0.150 0.166 0.204 0.197 0.145 77 I 0.003 0.004 0.009 0.019 0.030 0.058 0.147 0.171 0.211 0.198 0.151 78 G 0.005 0.015 0.037 0.083 0.122 0.149 0.199 0.140 0.121 0.077 0.050 79 L 0.001 0.002 0.006 0.019 0.029 0.052 0.160 0.146 0.196 0.192 0.199 80 A 0.001 0.001 0.004 0.010 0.020 0.031 0.112 0.163 0.232 0.233 0.194 81 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.014 0.023 0.088 0.136 0.220 0.245 0.263 82 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.023 0.082 0.138 0.254 0.253 0.228 83 N 0.001 0.001 0.007 0.019 0.041 0.067 0.190 0.201 0.199 0.155 0.119 84 A 0.001 0.001 0.008 0.008 0.012 0.020 0.084 0.121 0.234 0.256 0.255 85 Y 0.002 0.003 0.011 0.023 0.038 0.061 0.187 0.193 0.193 0.164 0.124 86 Y 0.008 0.010 0.027 0.030 0.039 0.063 0.153 0.161 0.188 0.171 0.150 87 N 0.051 0.100 0.067 0.164 0.157 0.153 0.157 0.074 0.044 0.021 0.013 88 N 0.113 0.095 0.046 0.104 0.096 0.101 0.149 0.101 0.091 0.064 0.040 89 P 0.269 0.111 0.040 0.120 0.109 0.097 0.110 0.055 0.044 0.027 0.018 90 Q 0.320 0.192 0.091 0.167 0.097 0.057 0.040 0.017 0.012 0.005 0.002 91 V 0.047 0.041 0.032 0.076 0.087 0.108 0.200 0.138 0.117 0.091 0.065 92 A 0.140 0.107 0.101 0.128 0.103 0.093 0.117 0.074 0.062 0.042 0.032 93 R 0.120 0.155 0.131 0.249 0.131 0.084 0.070 0.029 0.017 0.010 0.005 94 E 0.113 0.126 0.091 0.125 0.120 0.109 0.120 0.080 0.055 0.039 0.022 95 H 0.136 0.112 0.040 0.139 0.123 0.122 0.135 0.080 0.061 0.033 0.019 96 G 0.383 0.152 0.106 0.140 0.103 0.058 0.027 0.015 0.011 0.004 0.001 97 V 0.044 0.031 0.034 0.070 0.092 0.122 0.189 0.151 0.121 0.087 0.058 98 I 0.029 0.057 0.045 0.097 0.088 0.095 0.160 0.148 0.130 0.083 0.067 99 F 0.009 0.011 0.027 0.037 0.046 0.065 0.153 0.152 0.177 0.176 0.147 100 S 0.125 0.131 0.219 0.214 0.134 0.077 0.053 0.022 0.013 0.008 0.004 101 D 0.115 0.138 0.079 0.194 0.141 0.118 0.108 0.054 0.033 0.015 0.005 102 A 0.121 0.068 0.033 0.061 0.072 0.093 0.157 0.133 0.123 0.086 0.053 103 K 0.302 0.216 0.093 0.177 0.097 0.056 0.034 0.013 0.008 0.003 0.001 104 R 0.199 0.167 0.171 0.167 0.114 0.077 0.053 0.026 0.015 0.008 0.003 105 V 0.077 0.070 0.060 0.096 0.101 0.121 0.175 0.115 0.084 0.059 0.043 106 E 0.145 0.127 0.101 0.177 0.136 0.118 0.094 0.046 0.033 0.016 0.007 107 D 0.079 0.062 0.133 0.147 0.122 0.118 0.119 0.075 0.067 0.050 0.027 108 R 0.028 0.038 0.043 0.090 0.097 0.129 0.201 0.136 0.102 0.078 0.059 109 M 0.013 0.025 0.022 0.051 0.052 0.072 0.140 0.163 0.179 0.158 0.124 110 N 0.027 0.032 0.034 0.065 0.077 0.095 0.140 0.140 0.143 0.131 0.118 111 D 0.125 0.116 0.074 0.189 0.138 0.107 0.095 0.057 0.049 0.031 0.021 112 P 0.040 0.055 0.025 0.092 0.107 0.111 0.148 0.114 0.133 0.105 0.071 113 F 0.017 0.018 0.010 0.038 0.047 0.071 0.151 0.134 0.192 0.172 0.151 114 I 0.059 0.054 0.050 0.153 0.140 0.128 0.155 0.097 0.079 0.053 0.032 115 M 0.018 0.026 0.037 0.084 0.092 0.110 0.187 0.151 0.120 0.100 0.074 116 S 0.011 0.027 0.025 0.045 0.043 0.049 0.110 0.143 0.198 0.180 0.168 117 Q 0.018 0.018 0.019 0.053 0.083 0.110 0.210 0.149 0.149 0.113 0.078 118 N 0.227 0.115 0.227 0.207 0.108 0.051 0.034 0.013 0.011 0.006 0.003 119 E 0.082 0.094 0.065 0.212 0.169 0.145 0.149 0.050 0.023 0.009 0.003 120 V 0.013 0.011 0.012 0.013 0.016 0.028 0.106 0.152 0.216 0.234 0.201 121 K 0.113 0.134 0.100 0.195 0.163 0.123 0.101 0.039 0.018 0.009 0.005 122 G 0.249 0.174 0.345 0.126 0.061 0.026 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 123 K 0.158 0.078 0.055 0.101 0.114 0.136 0.174 0.088 0.052 0.028 0.016