# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.039 0.014 0.017 0.009 0.016 0.046 0.003 0.001 0.003 0.764 2 W 0.040 0.039 0.009 0.026 0.011 0.024 0.098 0.002 0.001 0.004 0.747 3 E 0.046 0.045 0.005 0.021 0.011 0.022 0.151 0.001 0.001 0.004 0.694 4 I 0.070 0.134 0.002 0.013 0.008 0.018 0.106 0.002 0.001 0.003 0.645 5 Y 0.039 0.483 0.001 0.028 0.010 0.037 0.092 0.002 0.001 0.004 0.303 6 D 0.014 0.603 0.001 0.004 0.003 0.005 0.036 0.001 0.001 0.001 0.332 7 A 0.043 0.821 0.001 0.002 0.004 0.004 0.028 0.006 0.001 0.001 0.090 8 M 0.033 0.931 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 9 I 0.050 0.895 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.035 10 N 0.053 0.803 0.006 0.001 0.002 0.004 0.011 0.055 0.001 0.001 0.064 11 G 0.495 0.137 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.284 0.001 0.001 0.073 12 I 0.261 0.030 0.640 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.002 0.048 13 P 0.001 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.971 14 E 0.003 0.001 0.001 0.013 0.002 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.945 15 D 0.255 0.001 0.001 0.014 0.002 0.004 0.076 0.001 0.001 0.012 0.634 16 F 0.502 0.013 0.006 0.169 0.019 0.019 0.044 0.001 0.001 0.012 0.214 17 L 0.048 0.010 0.003 0.378 0.058 0.060 0.165 0.001 0.001 0.004 0.275 18 V 0.016 0.011 0.001 0.393 0.088 0.184 0.051 0.001 0.001 0.003 0.252 19 D 0.005 0.012 0.001 0.393 0.184 0.341 0.025 0.001 0.001 0.001 0.038 20 E 0.016 0.019 0.001 0.156 0.127 0.189 0.084 0.002 0.001 0.006 0.398 21 L 0.032 0.016 0.004 0.315 0.247 0.258 0.028 0.003 0.001 0.004 0.093 22 V 0.014 0.011 0.004 0.247 0.203 0.307 0.056 0.002 0.001 0.003 0.152 23 C 0.006 0.006 0.003 0.158 0.200 0.275 0.047 0.001 0.001 0.003 0.301 24 G 0.013 0.004 0.002 0.146 0.222 0.348 0.062 0.001 0.001 0.004 0.196 25 T 0.014 0.004 0.006 0.066 0.064 0.106 0.058 0.001 0.001 0.004 0.678 26 T 0.010 0.003 0.002 0.088 0.106 0.214 0.110 0.001 0.001 0.007 0.459 27 H 0.051 0.004 0.003 0.110 0.137 0.284 0.087 0.001 0.001 0.019 0.304 28 S 0.037 0.011 0.002 0.157 0.244 0.301 0.055 0.001 0.001 0.007 0.186 29 V 0.015 0.008 0.002 0.129 0.305 0.346 0.034 0.001 0.001 0.003 0.157 30 I 0.006 0.005 0.001 0.077 0.363 0.414 0.018 0.001 0.001 0.001 0.113 31 R 0.004 0.003 0.001 0.054 0.326 0.522 0.016 0.001 0.001 0.001 0.072 32 S 0.003 0.004 0.001 0.052 0.343 0.421 0.048 0.001 0.001 0.002 0.125 33 G 0.009 0.003 0.001 0.051 0.130 0.218 0.093 0.001 0.001 0.007 0.487 34 N 0.019 0.002 0.001 0.012 0.043 0.052 0.394 0.001 0.001 0.022 0.454 35 G 0.371 0.003 0.004 0.020 0.012 0.014 0.169 0.002 0.001 0.084 0.322 36 V 0.312 0.003 0.047 0.039 0.036 0.033 0.230 0.001 0.001 0.044 0.255 37 G 0.015 0.001 0.008 0.098 0.174 0.107 0.201 0.001 0.001 0.003 0.393 38 L 0.003 0.001 0.003 0.059 0.047 0.139 0.043 0.001 0.001 0.001 0.704 39 G 0.002 0.001 0.001 0.165 0.286 0.431 0.054 0.001 0.001 0.001 0.062 40 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.971 41 N 0.006 0.001 0.001 0.153 0.119 0.301 0.113 0.001 0.001 0.004 0.304 42 R 0.032 0.001 0.001 0.056 0.017 0.046 0.096 0.001 0.001 0.008 0.744 43 P 0.006 0.001 0.001 0.022 0.010 0.017 0.034 0.001 0.001 0.002 0.909 44 F 0.044 0.002 0.001 0.048 0.041 0.078 0.162 0.001 0.001 0.009 0.615 45 E 0.221 0.013 0.001 0.030 0.023 0.035 0.088 0.001 0.001 0.008 0.581 46 T 0.159 0.038 0.002 0.037 0.050 0.068 0.081 0.002 0.001 0.005 0.556 47 R 0.095 0.019 0.006 0.025 0.031 0.056 0.064 0.002 0.001 0.005 0.698 48 M 0.095 0.015 0.008 0.048 0.061 0.123 0.127 0.002 0.001 0.005 0.514 49 P 0.007 0.002 0.002 0.007 0.005 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.950 50 M 0.010 0.003 0.001 0.017 0.018 0.037 0.077 0.001 0.001 0.002 0.834 51 L 0.090 0.011 0.001 0.019 0.019 0.031 0.162 0.001 0.001 0.008 0.658 52 T 0.211 0.088 0.001 0.034 0.027 0.043 0.138 0.002 0.001 0.008 0.446 53 Q 0.114 0.129 0.002 0.038 0.042 0.055 0.152 0.003 0.001 0.008 0.457 54 N 0.209 0.166 0.003 0.013 0.016 0.016 0.148 0.002 0.001 0.006 0.421 55 L 0.196 0.227 0.011 0.020 0.027 0.034 0.089 0.005 0.001 0.007 0.384 56 L 0.076 0.211 0.013 0.031 0.030 0.061 0.159 0.005 0.001 0.006 0.407 57 G 0.203 0.081 0.009 0.016 0.012 0.025 0.081 0.012 0.001 0.010 0.552 58 L 0.277 0.134 0.048 0.029 0.006 0.037 0.070 0.003 0.001 0.005 0.391 59 P 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 60 L 0.057 0.084 0.003 0.029 0.010 0.045 0.096 0.001 0.001 0.004 0.672 61 R 0.045 0.274 0.001 0.024 0.013 0.027 0.070 0.003 0.001 0.001 0.542 62 V 0.051 0.625 0.001 0.002 0.002 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.292 63 A 0.020 0.905 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.060 64 A 0.012 0.939 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.028 65 G 0.018 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.020 66 C 0.032 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.032 67 V 0.059 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.023 68 K 0.065 0.809 0.020 0.003 0.002 0.005 0.007 0.027 0.001 0.001 0.061 69 S 0.136 0.490 0.077 0.004 0.003 0.004 0.032 0.046 0.001 0.001 0.208 70 W 0.195 0.344 0.034 0.018 0.003 0.005 0.043 0.030 0.001 0.003 0.326 71 N 0.075 0.084 0.014 0.003 0.001 0.001 0.324 0.006 0.001 0.005 0.487 72 Y 0.014 0.095 0.015 0.002 0.001 0.001 0.133 0.001 0.001 0.001 0.739 73 V 0.009 0.257 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.001 0.001 0.002 0.546 74 E 0.051 0.473 0.001 0.001 0.001 0.002 0.339 0.004 0.001 0.010 0.118 75 A 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 76 S 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 77 I 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 78 G 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 79 L 0.004 0.978 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 80 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 81 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 82 I 0.004 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 83 N 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 84 A 0.032 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.035 85 Y 0.068 0.861 0.011 0.002 0.003 0.003 0.004 0.030 0.001 0.001 0.017 86 Y 0.150 0.528 0.045 0.006 0.004 0.010 0.008 0.157 0.001 0.003 0.088 87 N 0.193 0.311 0.165 0.014 0.006 0.008 0.019 0.107 0.001 0.001 0.177 88 N 0.245 0.083 0.033 0.017 0.007 0.007 0.035 0.050 0.001 0.002 0.520 89 P 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 90 Q 0.005 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.453 0.001 0.001 0.002 0.522 91 V 0.667 0.011 0.002 0.008 0.002 0.004 0.067 0.001 0.001 0.011 0.227 92 A 0.200 0.211 0.001 0.042 0.012 0.021 0.099 0.002 0.001 0.004 0.408 93 R 0.182 0.096 0.003 0.013 0.007 0.016 0.063 0.001 0.001 0.004 0.616 94 E 0.214 0.157 0.002 0.019 0.014 0.021 0.024 0.005 0.001 0.002 0.543 95 H 0.140 0.139 0.003 0.010 0.016 0.022 0.049 0.010 0.001 0.003 0.607 96 G 0.195 0.085 0.008 0.012 0.023 0.037 0.097 0.014 0.001 0.011 0.517 97 V 0.248 0.090 0.032 0.021 0.024 0.034 0.090 0.005 0.001 0.006 0.450 98 I 0.048 0.057 0.010 0.033 0.030 0.044 0.103 0.002 0.001 0.002 0.671 99 F 0.043 0.053 0.005 0.059 0.070 0.136 0.069 0.002 0.001 0.003 0.560 100 S 0.056 0.074 0.002 0.045 0.073 0.134 0.110 0.002 0.001 0.004 0.500 101 D 0.140 0.086 0.002 0.022 0.043 0.051 0.091 0.005 0.001 0.005 0.554 102 A 0.195 0.107 0.006 0.035 0.044 0.055 0.090 0.007 0.001 0.012 0.450 103 K 0.090 0.057 0.007 0.017 0.030 0.042 0.261 0.005 0.001 0.016 0.475 104 R 0.152 0.044 0.011 0.024 0.026 0.048 0.145 0.010 0.001 0.019 0.522 105 V 0.212 0.043 0.028 0.045 0.045 0.074 0.075 0.006 0.001 0.016 0.457 106 E 0.058 0.016 0.012 0.054 0.108 0.095 0.140 0.003 0.001 0.006 0.511 107 D 0.022 0.007 0.007 0.074 0.076 0.096 0.039 0.001 0.001 0.002 0.677 108 R 0.020 0.009 0.002 0.224 0.182 0.297 0.081 0.001 0.001 0.003 0.181 109 M 0.029 0.014 0.001 0.180 0.137 0.263 0.096 0.001 0.001 0.005 0.274 110 N 0.035 0.021 0.002 0.333 0.128 0.224 0.073 0.003 0.001 0.005 0.176 111 D 0.049 0.008 0.004 0.128 0.064 0.084 0.194 0.002 0.001 0.006 0.461 112 P 0.002 0.001 0.002 0.013 0.003 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.960 113 F 0.014 0.001 0.001 0.051 0.028 0.084 0.303 0.001 0.001 0.009 0.507 114 I 0.353 0.012 0.003 0.030 0.009 0.029 0.087 0.001 0.001 0.017 0.460 115 M 0.030 0.034 0.001 0.016 0.007 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.877 116 S 0.072 0.051 0.002 0.019 0.014 0.029 0.093 0.001 0.001 0.004 0.716 117 Q 0.113 0.203 0.002 0.026 0.019 0.051 0.127 0.002 0.001 0.005 0.452 118 N 0.042 0.309 0.001 0.007 0.014 0.018 0.070 0.003 0.001 0.001 0.535 119 E 0.117 0.496 0.002 0.003 0.007 0.010 0.065 0.002 0.001 0.004 0.295 120 V 0.115 0.670 0.005 0.003 0.009 0.018 0.044 0.005 0.001 0.005 0.126 121 K 0.070 0.708 0.009 0.004 0.009 0.018 0.027 0.010 0.001 0.002 0.144 122 G 0.156 0.438 0.006 0.004 0.010 0.011 0.011 0.044 0.001 0.002 0.316 123 K 0.385 0.299 0.052 0.003 0.005 0.007 0.013 0.012 0.001 0.003 0.221