# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.142 0.153 0.201 0.203 0.145 0.039 2 W 0.052 0.134 0.237 0.276 0.199 0.088 0.013 3 E 0.141 0.356 0.269 0.136 0.065 0.027 0.006 4 I 0.005 0.013 0.037 0.144 0.372 0.375 0.054 5 Y 0.008 0.030 0.089 0.237 0.351 0.252 0.031 6 D 0.077 0.348 0.320 0.178 0.060 0.017 0.001 7 A 0.022 0.112 0.310 0.367 0.160 0.027 0.001 8 M 0.009 0.011 0.027 0.125 0.382 0.418 0.028 9 I 0.026 0.083 0.199 0.373 0.261 0.057 0.001 10 N 0.270 0.491 0.181 0.047 0.010 0.001 0.001 11 G 0.155 0.349 0.294 0.155 0.040 0.007 0.001 12 I 0.041 0.132 0.274 0.326 0.186 0.041 0.001 13 P 0.323 0.307 0.206 0.114 0.043 0.006 0.001 14 E 0.612 0.269 0.084 0.027 0.007 0.001 0.001 15 D 0.513 0.315 0.118 0.042 0.010 0.002 0.001 16 F 0.023 0.094 0.221 0.370 0.234 0.058 0.001 17 L 0.071 0.297 0.316 0.211 0.086 0.018 0.001 18 V 0.008 0.024 0.085 0.296 0.422 0.156 0.010 19 D 0.130 0.364 0.294 0.148 0.048 0.014 0.002 20 E 0.016 0.083 0.234 0.336 0.228 0.093 0.011 21 L 0.003 0.009 0.021 0.067 0.215 0.541 0.144 22 V 0.004 0.022 0.053 0.147 0.313 0.356 0.104 23 C 0.008 0.022 0.044 0.100 0.192 0.395 0.240 24 G 0.005 0.020 0.034 0.086 0.201 0.413 0.242 25 T 0.007 0.028 0.058 0.111 0.186 0.292 0.318 26 T 0.006 0.032 0.082 0.168 0.184 0.253 0.275 27 H 0.006 0.014 0.037 0.100 0.211 0.345 0.287 28 S 0.003 0.007 0.015 0.037 0.092 0.332 0.514 29 V 0.001 0.004 0.008 0.029 0.086 0.324 0.547 30 I 0.001 0.003 0.005 0.018 0.074 0.322 0.577 31 R 0.002 0.013 0.044 0.140 0.290 0.344 0.166 32 S 0.002 0.017 0.045 0.121 0.259 0.402 0.156 33 G 0.012 0.098 0.154 0.238 0.224 0.191 0.084 34 N 0.009 0.049 0.111 0.218 0.271 0.239 0.103 35 G 0.006 0.014 0.038 0.123 0.253 0.360 0.206 36 V 0.003 0.004 0.010 0.030 0.103 0.368 0.481 37 G 0.006 0.006 0.007 0.014 0.049 0.266 0.651 38 L 0.005 0.005 0.006 0.012 0.041 0.194 0.737 39 G 0.004 0.006 0.008 0.023 0.079 0.246 0.634 40 P 0.003 0.010 0.024 0.075 0.178 0.380 0.329 41 N 0.011 0.040 0.078 0.179 0.269 0.282 0.140 42 R 0.073 0.213 0.261 0.237 0.136 0.058 0.022 43 P 0.382 0.327 0.149 0.076 0.036 0.019 0.011 44 F 0.190 0.213 0.216 0.194 0.118 0.055 0.014 45 E 0.217 0.249 0.211 0.154 0.096 0.056 0.016 46 T 0.155 0.152 0.172 0.203 0.168 0.113 0.037 47 R 0.122 0.186 0.197 0.197 0.153 0.111 0.035 48 M 0.063 0.097 0.147 0.223 0.227 0.188 0.056 49 P 0.192 0.194 0.187 0.184 0.136 0.086 0.021 50 M 0.257 0.262 0.199 0.137 0.084 0.047 0.014 51 L 0.103 0.120 0.154 0.231 0.231 0.140 0.020 52 T 0.106 0.120 0.158 0.216 0.226 0.150 0.023 53 Q 0.210 0.318 0.241 0.146 0.060 0.021 0.003 54 N 0.083 0.238 0.293 0.228 0.112 0.040 0.005 55 L 0.015 0.024 0.057 0.182 0.368 0.302 0.052 56 L 0.065 0.218 0.274 0.249 0.134 0.052 0.008 57 G 0.193 0.393 0.238 0.118 0.042 0.013 0.002 58 L 0.037 0.142 0.275 0.296 0.197 0.049 0.003 59 P 0.024 0.202 0.313 0.255 0.138 0.060 0.007 60 L 0.001 0.004 0.017 0.130 0.433 0.376 0.039 61 R 0.008 0.106 0.291 0.357 0.191 0.045 0.002 62 V 0.004 0.039 0.151 0.309 0.340 0.144 0.013 63 A 0.001 0.002 0.005 0.015 0.074 0.516 0.388 64 A 0.001 0.004 0.018 0.121 0.347 0.396 0.114 65 G 0.013 0.144 0.271 0.294 0.158 0.094 0.026 66 C 0.002 0.021 0.087 0.263 0.345 0.240 0.041 67 V 0.001 0.001 0.004 0.028 0.167 0.520 0.278 68 K 0.008 0.075 0.209 0.324 0.258 0.105 0.021 69 S 0.062 0.208 0.199 0.173 0.162 0.149 0.047 70 W 0.014 0.070 0.182 0.304 0.259 0.142 0.028 71 N 0.029 0.102 0.207 0.248 0.224 0.145 0.046 72 Y 0.046 0.091 0.136 0.193 0.215 0.216 0.104 73 V 0.030 0.027 0.036 0.082 0.195 0.377 0.253 74 E 0.016 0.042 0.073 0.135 0.209 0.288 0.237 75 A 0.009 0.022 0.052 0.116 0.156 0.277 0.369 76 S 0.006 0.012 0.018 0.036 0.080 0.250 0.597 77 I 0.004 0.007 0.012 0.036 0.090 0.258 0.592 78 G 0.003 0.005 0.012 0.035 0.089 0.254 0.602 79 L 0.001 0.004 0.005 0.014 0.037 0.198 0.742 80 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.043 0.214 0.728 81 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.036 0.212 0.733 82 I 0.001 0.003 0.008 0.028 0.076 0.274 0.612 83 N 0.001 0.004 0.013 0.043 0.121 0.392 0.426 84 A 0.001 0.004 0.008 0.025 0.098 0.434 0.429 85 Y 0.003 0.019 0.060 0.173 0.293 0.354 0.098 86 Y 0.011 0.043 0.085 0.182 0.305 0.293 0.081 87 N 0.037 0.136 0.233 0.276 0.192 0.106 0.021 88 N 0.058 0.172 0.250 0.263 0.180 0.070 0.006 89 P 0.128 0.179 0.242 0.243 0.149 0.052 0.007 90 Q 0.449 0.314 0.133 0.063 0.028 0.010 0.002 91 V 0.127 0.151 0.218 0.259 0.176 0.063 0.006 92 A 0.207 0.266 0.216 0.186 0.093 0.029 0.002 93 R 0.381 0.320 0.175 0.085 0.031 0.007 0.001 94 E 0.494 0.268 0.141 0.070 0.022 0.004 0.001 95 H 0.360 0.258 0.194 0.124 0.051 0.013 0.001 96 G 0.362 0.336 0.191 0.079 0.025 0.007 0.001 97 V 0.089 0.139 0.214 0.277 0.204 0.072 0.005 98 I 0.054 0.087 0.142 0.241 0.280 0.179 0.017 99 F 0.038 0.055 0.112 0.245 0.325 0.205 0.020 100 S 0.219 0.310 0.235 0.145 0.065 0.023 0.004 101 D 0.119 0.240 0.253 0.222 0.116 0.044 0.006 102 A 0.073 0.135 0.190 0.248 0.214 0.123 0.017 103 K 0.262 0.285 0.200 0.142 0.075 0.031 0.005 104 R 0.318 0.258 0.184 0.132 0.073 0.030 0.006 105 V 0.208 0.239 0.209 0.168 0.104 0.060 0.013 106 E 0.196 0.244 0.202 0.166 0.106 0.069 0.016 107 D 0.116 0.162 0.189 0.213 0.177 0.115 0.027 108 R 0.075 0.096 0.132 0.195 0.229 0.206 0.067 109 M 0.042 0.049 0.076 0.152 0.231 0.307 0.143 110 N 0.113 0.108 0.114 0.153 0.180 0.212 0.120 111 D 0.118 0.122 0.150 0.186 0.177 0.162 0.085 112 P 0.082 0.085 0.100 0.141 0.184 0.252 0.156 113 F 0.046 0.043 0.056 0.098 0.179 0.327 0.251 114 I 0.071 0.104 0.137 0.198 0.227 0.195 0.069 115 M 0.050 0.066 0.101 0.166 0.238 0.274 0.105 116 S 0.031 0.043 0.070 0.156 0.280 0.346 0.074 117 Q 0.072 0.099 0.159 0.240 0.260 0.153 0.019 118 N 0.242 0.310 0.223 0.145 0.060 0.017 0.002 119 E 0.185 0.300 0.252 0.170 0.068 0.022 0.003 120 V 0.083 0.082 0.133 0.266 0.292 0.135 0.009 121 K 0.351 0.315 0.193 0.097 0.035 0.008 0.001 122 G 0.633 0.245 0.083 0.029 0.007 0.002 0.001 123 K 0.555 0.234 0.133 0.057 0.018 0.003 0.001