# TARGET T0320 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.006 0.005 0.015 0.170 0.776 2 Q 0.102 0.035 0.009 0.024 0.129 0.702 3 L 0.120 0.019 0.011 0.031 0.155 0.663 4 S 0.169 0.014 0.031 0.050 0.207 0.529 5 K 0.248 0.024 0.058 0.106 0.235 0.329 6 A 0.362 0.024 0.050 0.083 0.246 0.235 7 A 0.438 0.016 0.031 0.089 0.205 0.221 8 E 0.529 0.015 0.019 0.089 0.180 0.167 9 M 0.374 0.011 0.035 0.128 0.229 0.223 10 C 0.232 0.010 0.043 0.163 0.280 0.273 11 Y 0.212 0.013 0.065 0.205 0.285 0.221 12 E 0.229 0.023 0.039 0.218 0.249 0.242 13 I 0.196 0.011 0.024 0.283 0.213 0.272 14 T 0.140 0.009 0.018 0.289 0.223 0.321 15 N 0.124 0.012 0.026 0.356 0.194 0.288 16 S 0.110 0.008 0.043 0.527 0.132 0.179 17 Y 0.145 0.007 0.070 0.507 0.127 0.144 18 L 0.124 0.006 0.085 0.522 0.127 0.135 19 H 0.086 0.006 0.060 0.580 0.118 0.150 20 I 0.054 0.005 0.050 0.650 0.116 0.126 21 D 0.037 0.004 0.053 0.630 0.130 0.146 22 Q 0.029 0.003 0.043 0.685 0.108 0.131 23 K 0.025 0.004 0.021 0.719 0.092 0.138 24 S 0.023 0.004 0.014 0.720 0.085 0.154 25 Q 0.018 0.003 0.015 0.768 0.073 0.122 26 I 0.011 0.002 0.015 0.835 0.055 0.082 27 I 0.010 0.002 0.021 0.829 0.066 0.072 28 A 0.007 0.001 0.016 0.799 0.079 0.098 29 S 0.005 0.002 0.012 0.774 0.069 0.139 30 T 0.004 0.002 0.007 0.807 0.060 0.120 31 Q 0.003 0.001 0.007 0.813 0.066 0.109 32 E 0.003 0.001 0.008 0.859 0.055 0.074 33 A 0.003 0.001 0.008 0.857 0.059 0.072 34 I 0.003 0.001 0.007 0.877 0.059 0.054 35 R 0.002 0.001 0.006 0.849 0.067 0.075 36 L 0.002 0.001 0.009 0.831 0.073 0.084 37 T 0.001 0.001 0.009 0.850 0.062 0.076 38 R 0.001 0.002 0.010 0.784 0.082 0.121 39 K 0.001 0.001 0.007 0.798 0.067 0.127 40 Y 0.002 0.002 0.005 0.641 0.062 0.289 41 L 0.001 0.001 0.004 0.931 0.019 0.045 42 L 0.001 0.001 0.003 0.963 0.013 0.019 43 S 0.002 0.001 0.003 0.973 0.010 0.012 44 E 0.002 0.001 0.002 0.984 0.005 0.007 45 I 0.002 0.001 0.002 0.982 0.006 0.008 46 F 0.002 0.001 0.002 0.981 0.006 0.008 47 V 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.008 48 R 0.001 0.001 0.005 0.971 0.012 0.010 49 W 0.002 0.001 0.010 0.948 0.021 0.019 50 S 0.002 0.001 0.016 0.894 0.050 0.037 51 P 0.005 0.002 0.030 0.719 0.132 0.112 52 L 0.013 0.007 0.029 0.219 0.417 0.316 53 N 0.019 0.006 0.055 0.088 0.584 0.249 54 G 0.030 0.003 0.057 0.045 0.600 0.265 55 E 0.221 0.004 0.046 0.035 0.380 0.314 56 I 0.812 0.009 0.007 0.014 0.056 0.102 57 S 0.937 0.006 0.002 0.006 0.012 0.037 58 F 0.973 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 59 S 0.948 0.002 0.003 0.005 0.010 0.032 60 Y 0.805 0.010 0.007 0.007 0.055 0.116 61 N 0.404 0.010 0.021 0.020 0.252 0.292 62 G 0.083 0.013 0.023 0.016 0.450 0.416 63 G 0.015 0.010 0.037 0.093 0.644 0.201 64 K 0.003 0.002 0.052 0.515 0.363 0.066 65 D 0.003 0.002 0.013 0.762 0.161 0.059 66 C 0.001 0.001 0.002 0.975 0.013 0.009 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 68 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 74 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.009 0.005 75 S 0.001 0.001 0.010 0.927 0.039 0.023 76 C 0.001 0.003 0.020 0.712 0.123 0.141 77 L 0.004 0.007 0.019 0.101 0.425 0.443 78 W 0.010 0.004 0.047 0.027 0.643 0.270 79 E 0.012 0.004 0.040 0.012 0.673 0.260 80 Y 0.033 0.007 0.058 0.009 0.533 0.360 81 F 0.133 0.012 0.018 0.007 0.299 0.531 82 F 0.184 0.004 0.012 0.004 0.130 0.667 83 I 0.782 0.013 0.010 0.006 0.050 0.140 84 K 0.934 0.007 0.004 0.003 0.017 0.035 85 A 0.942 0.004 0.002 0.004 0.018 0.030 86 Q 0.790 0.006 0.009 0.012 0.100 0.084 87 N 0.295 0.013 0.019 0.025 0.391 0.257 88 S 0.066 0.010 0.032 0.031 0.651 0.211 89 Q 0.042 0.012 0.022 0.018 0.653 0.254 90 F 0.044 0.044 0.023 0.026 0.527 0.336 91 D 0.049 0.025 0.018 0.040 0.426 0.442 92 F 0.040 0.016 0.024 0.118 0.436 0.366 93 E 0.016 0.006 0.102 0.463 0.276 0.137 94 F 0.010 0.004 0.134 0.588 0.186 0.079 95 Q 0.011 0.002 0.068 0.742 0.104 0.074 96 S 0.010 0.002 0.029 0.852 0.053 0.054 97 F 0.007 0.003 0.018 0.859 0.039 0.074 98 P 0.007 0.002 0.018 0.914 0.019 0.039 99 M 0.006 0.001 0.014 0.939 0.015 0.025 100 Q 0.004 0.001 0.013 0.946 0.016 0.020 101 R 0.002 0.001 0.013 0.967 0.009 0.009 102 L 0.003 0.001 0.012 0.957 0.016 0.012 103 P 0.003 0.001 0.027 0.928 0.031 0.011 104 T 0.003 0.001 0.018 0.914 0.042 0.023 105 V 0.005 0.001 0.021 0.814 0.083 0.076 106 F 0.014 0.006 0.018 0.687 0.117 0.158 107 I 0.036 0.008 0.024 0.238 0.309 0.385 108 D 0.053 0.008 0.034 0.168 0.316 0.421 109 Q 0.100 0.009 0.032 0.072 0.293 0.493 110 E 0.207 0.011 0.054 0.094 0.257 0.376 111 E 0.330 0.021 0.041 0.077 0.196 0.334 112 T 0.389 0.018 0.026 0.068 0.158 0.342 113 F 0.293 0.016 0.009 0.056 0.152 0.475 114 P 0.143 0.014 0.005 0.052 0.166 0.619 115 T 0.050 0.007 0.018 0.181 0.249 0.494 116 L 0.013 0.003 0.070 0.557 0.200 0.157 117 E 0.014 0.002 0.066 0.621 0.188 0.108 118 N 0.017 0.003 0.042 0.719 0.140 0.079 119 F 0.021 0.004 0.020 0.813 0.065 0.076 120 V 0.026 0.004 0.021 0.858 0.046 0.044 121 L 0.029 0.002 0.037 0.846 0.053 0.033 122 E 0.026 0.002 0.030 0.834 0.061 0.048 123 T 0.015 0.003 0.026 0.836 0.062 0.059 124 S 0.019 0.004 0.034 0.764 0.097 0.081 125 E 0.018 0.002 0.044 0.704 0.139 0.092 126 R 0.017 0.003 0.030 0.632 0.165 0.153 127 Y 0.019 0.006 0.024 0.365 0.254 0.332 128 C 0.032 0.010 0.024 0.176 0.318 0.440 129 L 0.033 0.007 0.101 0.313 0.338 0.207 130 S 0.047 0.009 0.175 0.345 0.283 0.141 131 L 0.100 0.010 0.166 0.389 0.215 0.119 132 Y 0.148 0.014 0.095 0.394 0.177 0.173 133 E 0.181 0.015 0.075 0.408 0.170 0.151 134 S 0.198 0.014 0.072 0.362 0.202 0.151 135 Q 0.124 0.008 0.055 0.281 0.270 0.261 136 R 0.080 0.015 0.031 0.128 0.372 0.374 137 Q 0.056 0.018 0.036 0.112 0.410 0.368 138 S 0.051 0.020 0.033 0.065 0.495 0.336 139 G 0.032 0.010 0.180 0.122 0.508 0.148 140 A 0.056 0.016 0.226 0.098 0.456 0.147 141 S 0.120 0.010 0.204 0.124 0.387 0.155 142 V 0.254 0.031 0.076 0.164 0.254 0.221 143 N 0.283 0.031 0.029 0.168 0.190 0.299 144 M 0.299 0.014 0.024 0.221 0.173 0.268 145 A 0.172 0.008 0.027 0.475 0.108 0.210 146 D 0.181 0.015 0.014 0.428 0.096 0.267 147 A 0.093 0.007 0.009 0.417 0.093 0.381 148 F 0.050 0.006 0.009 0.412 0.090 0.434 149 R 0.043 0.005 0.028 0.534 0.117 0.272 150 D 0.030 0.003 0.078 0.696 0.101 0.092 151 F 0.016 0.002 0.098 0.726 0.098 0.061 152 I 0.011 0.004 0.096 0.735 0.104 0.049 153 K 0.009 0.006 0.080 0.747 0.111 0.046 154 I 0.006 0.004 0.040 0.574 0.206 0.169 155 Y 0.007 0.007 0.049 0.145 0.678 0.114 156 P 0.007 0.005 0.032 0.040 0.776 0.141 157 E 0.015 0.002 0.016 0.006 0.805 0.156 158 T 0.200 0.013 0.007 0.003 0.571 0.205 159 E 0.675 0.011 0.002 0.001 0.084 0.227 160 A 0.959 0.003 0.001 0.001 0.007 0.031 161 I 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 162 V 0.971 0.003 0.001 0.001 0.004 0.021 163 I 0.897 0.001 0.001 0.001 0.018 0.082 164 G 0.804 0.003 0.001 0.001 0.045 0.146 165 I 0.667 0.023 0.001 0.003 0.084 0.221 166 R 0.524 0.032 0.006 0.008 0.146 0.285 167 H 0.357 0.023 0.014 0.012 0.229 0.365 168 T 0.136 0.023 0.024 0.018 0.410 0.389 169 D 0.040 0.015 0.020 0.026 0.458 0.440 170 P 0.018 0.010 0.017 0.046 0.464 0.444 171 F 0.023 0.021 0.056 0.095 0.505 0.300 172 G 0.030 0.018 0.063 0.100 0.454 0.336 173 E 0.032 0.011 0.286 0.114 0.393 0.164 174 A 0.060 0.011 0.273 0.113 0.326 0.218 175 L 0.120 0.024 0.226 0.113 0.282 0.235 176 K 0.177 0.057 0.056 0.073 0.234 0.404 177 P 0.187 0.011 0.026 0.041 0.155 0.580 178 I 0.275 0.024 0.026 0.047 0.133 0.495 179 Q 0.358 0.032 0.022 0.037 0.142 0.409 180 R 0.397 0.033 0.018 0.024 0.168 0.359 181 T 0.248 0.027 0.013 0.014 0.195 0.504 182 D 0.047 0.025 0.025 0.009 0.579 0.315 183 S 0.012 0.006 0.156 0.036 0.671 0.118 184 N 0.008 0.005 0.106 0.026 0.744 0.111 185 W 0.013 0.033 0.096 0.032 0.729 0.097 186 P 0.020 0.009 0.054 0.030 0.503 0.383 187 D 0.084 0.010 0.106 0.071 0.408 0.320 188 F 0.420 0.047 0.081 0.081 0.216 0.155 189 M 0.746 0.041 0.018 0.034 0.077 0.084 190 R 0.807 0.017 0.008 0.021 0.057 0.090 191 L 0.404 0.017 0.072 0.072 0.186 0.250 192 Q 0.138 0.015 0.226 0.078 0.391 0.153 193 P 0.022 0.002 0.471 0.071 0.378 0.056 194 L 0.055 0.011 0.376 0.042 0.473 0.043 195 L 0.069 0.008 0.222 0.116 0.480 0.105 196 H 0.104 0.008 0.053 0.095 0.400 0.340 197 W 0.227 0.020 0.024 0.071 0.340 0.317 198 D 0.228 0.041 0.005 0.073 0.081 0.572 199 L 0.021 0.001 0.006 0.932 0.018 0.020 200 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 201 N 0.002 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 202 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 203 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 204 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 205 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 208 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 209 S 0.002 0.001 0.003 0.870 0.029 0.096 210 N 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 0.956 211 E 0.002 0.004 0.001 0.004 0.052 0.938 212 P 0.011 0.004 0.001 0.007 0.094 0.883 213 I 0.043 0.035 0.028 0.084 0.246 0.565 214 C 0.063 0.008 0.065 0.486 0.175 0.203 215 G 0.069 0.005 0.106 0.570 0.156 0.094 216 L 0.028 0.006 0.205 0.605 0.121 0.035 217 Y 0.022 0.005 0.284 0.521 0.134 0.033 218 G 0.020 0.002 0.293 0.495 0.155 0.034 219 K 0.023 0.003 0.104 0.394 0.308 0.168 220 G 0.030 0.012 0.008 0.026 0.212 0.712 221 F 0.156 0.061 0.007 0.014 0.156 0.607 222 T 0.260 0.036 0.017 0.021 0.198 0.469 223 S 0.244 0.069 0.060 0.030 0.283 0.314 224 I 0.202 0.016 0.091 0.037 0.392 0.262 225 G 0.166 0.011 0.074 0.033 0.450 0.267 226 G 0.216 0.049 0.036 0.027 0.399 0.273 227 I 0.173 0.046 0.028 0.019 0.437 0.297 228 N 0.099 0.020 0.027 0.016 0.497 0.341 229 N 0.082 0.015 0.025 0.015 0.558 0.305 230 S 0.107 0.069 0.016 0.013 0.404 0.391 231 L 0.166 0.033 0.007 0.013 0.251 0.529 232 P 0.227 0.073 0.010 0.014 0.187 0.489 233 N 0.077 0.071 0.009 0.014 0.277 0.552 234 P 0.036 0.020 0.035 0.021 0.604 0.283 235 H 0.021 0.012 0.067 0.024 0.674 0.201 236 L 0.024 0.014 0.061 0.024 0.714 0.162 237 R 0.079 0.085 0.048 0.037 0.528 0.223 238 K 0.084 0.051 0.033 0.057 0.379 0.395 239 D 0.049 0.035 0.065 0.091 0.427 0.333 240 S 0.029 0.030 0.061 0.137 0.431 0.313 241 N 0.025 0.009 0.050 0.180 0.413 0.322 242 N 0.039 0.015 0.019 0.108 0.334 0.486 243 P 0.062 0.025 0.024 0.113 0.276 0.499 244 A 0.094 0.032 0.038 0.202 0.243 0.391 245 L 0.054 0.010 0.076 0.380 0.250 0.230 246 H 0.041 0.010 0.067 0.441 0.231 0.210 247 F 0.046 0.005 0.044 0.513 0.173 0.219 248 E 0.072 0.007 0.027 0.507 0.169 0.218 249 W 0.059 0.005 0.031 0.707 0.107 0.092 250 E 0.092 0.008 0.034 0.695 0.099 0.072 251 I 0.086 0.004 0.040 0.709 0.079 0.082 252 I 0.108 0.006 0.045 0.671 0.082 0.087 253 H 0.104 0.006 0.032 0.690 0.080 0.089 254 A 0.099 0.008 0.024 0.636 0.102 0.131 255 F 0.076 0.006 0.040 0.461 0.205 0.212 256 G 0.048 0.006 0.071 0.342 0.316 0.217 257 K 0.046 0.009 0.078 0.271 0.358 0.239 258 D 0.084 0.018 0.051 0.149 0.355 0.343 259 A 0.114 0.031 0.034 0.134 0.269 0.416 260 E 0.109 0.026 0.030 0.118 0.275 0.443 261 G 0.073 0.020 0.053 0.167 0.327 0.359 262 E 0.051 0.011 0.055 0.191 0.331 0.362 263 R 0.059 0.013 0.059 0.219 0.318 0.331 264 S 0.050 0.016 0.052 0.289 0.284 0.309 265 S 0.046 0.014 0.066 0.340 0.268 0.265 266 A 0.041 0.014 0.077 0.388 0.261 0.218 267 I 0.026 0.009 0.075 0.347 0.319 0.224 268 N 0.017 0.009 0.058 0.299 0.344 0.273 269 T 0.013 0.007 0.041 0.275 0.342 0.323 270 S 0.015 0.009 0.053 0.334 0.338 0.250 271 P 0.017 0.014 0.047 0.406 0.271 0.244 272 I 0.021 0.009 0.034 0.398 0.246 0.292 273 S 0.015 0.004 0.031 0.648 0.150 0.153 274 V 0.016 0.004 0.027 0.781 0.083 0.089 275 V 0.022 0.004 0.022 0.795 0.073 0.084 276 D 0.017 0.002 0.011 0.877 0.038 0.056 277 K 0.020 0.002 0.010 0.911 0.028 0.029 278 E 0.014 0.001 0.012 0.925 0.027 0.021 279 R 0.013 0.001 0.016 0.909 0.031 0.030 280 F 0.015 0.002 0.017 0.879 0.042 0.046 281 S 0.012 0.002 0.018 0.865 0.052 0.051 282 K 0.024 0.004 0.019 0.589 0.148 0.216 283 Y 0.043 0.005 0.029 0.283 0.248 0.393 284 H 0.095 0.019 0.041 0.192 0.291 0.361 285 D 0.087 0.014 0.042 0.127 0.356 0.374 286 N 0.146 0.016 0.032 0.090 0.292 0.424 287 Y 0.257 0.027 0.020 0.074 0.192 0.430 288 Y 0.237 0.020 0.009 0.057 0.183 0.495 289 P 0.240 0.008 0.011 0.066 0.130 0.544 290 G 0.477 0.015 0.027 0.087 0.121 0.271 291 W 0.656 0.017 0.036 0.062 0.087 0.143 292 Y 0.663 0.013 0.052 0.067 0.103 0.101 293 L 0.644 0.026 0.042 0.056 0.104 0.128 294 V 0.324 0.022 0.018 0.045 0.221 0.371 295 D 0.030 0.004 0.021 0.065 0.467 0.412 296 D 0.005 0.002 0.103 0.376 0.410 0.104 297 T 0.003 0.004 0.113 0.550 0.291 0.040 298 L 0.004 0.003 0.136 0.616 0.214 0.027 299 E 0.007 0.002 0.076 0.671 0.178 0.065 300 R 0.006 0.003 0.080 0.761 0.106 0.044 301 A 0.004 0.006 0.064 0.815 0.076 0.035 302 G 0.014 0.005 0.058 0.345 0.276 0.302 303 R 0.032 0.007 0.092 0.247 0.277 0.344 304 I 0.058 0.042 0.055 0.262 0.188 0.395 305 K 0.031 0.016 0.034 0.298 0.105 0.516 306 N 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.970