# TARGET T0320 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.667 0.243 0.068 0.018 0.003 0.001 0.001 2 Q 0.436 0.303 0.140 0.082 0.032 0.006 0.001 3 L 0.128 0.137 0.198 0.291 0.194 0.050 0.003 4 S 0.590 0.261 0.096 0.038 0.012 0.003 0.001 5 K 0.430 0.352 0.148 0.053 0.013 0.003 0.001 6 A 0.140 0.117 0.166 0.261 0.220 0.089 0.007 7 A 0.101 0.144 0.219 0.270 0.202 0.061 0.003 8 E 0.240 0.373 0.214 0.113 0.045 0.014 0.001 9 M 0.181 0.262 0.258 0.200 0.081 0.018 0.001 10 C 0.264 0.236 0.182 0.172 0.105 0.038 0.003 11 Y 0.245 0.222 0.190 0.192 0.115 0.034 0.002 12 E 0.472 0.243 0.140 0.093 0.040 0.011 0.001 13 I 0.454 0.222 0.142 0.105 0.056 0.019 0.002 14 T 0.487 0.211 0.130 0.104 0.051 0.016 0.002 15 N 0.443 0.277 0.145 0.081 0.036 0.014 0.002 16 S 0.291 0.206 0.169 0.171 0.111 0.045 0.006 17 Y 0.296 0.227 0.182 0.154 0.096 0.040 0.005 18 L 0.374 0.279 0.165 0.104 0.054 0.021 0.003 19 H 0.290 0.258 0.195 0.150 0.078 0.026 0.002 20 I 0.188 0.151 0.177 0.240 0.177 0.063 0.005 21 D 0.451 0.270 0.151 0.084 0.033 0.010 0.001 22 Q 0.546 0.261 0.112 0.054 0.020 0.006 0.001 23 K 0.433 0.247 0.150 0.105 0.049 0.014 0.001 24 S 0.405 0.236 0.166 0.118 0.057 0.017 0.001 25 Q 0.532 0.277 0.115 0.054 0.018 0.005 0.001 26 I 0.340 0.227 0.178 0.155 0.079 0.020 0.001 27 I 0.475 0.244 0.145 0.090 0.036 0.009 0.001 28 A 0.664 0.210 0.074 0.035 0.013 0.004 0.001 29 S 0.535 0.235 0.117 0.072 0.031 0.009 0.001 30 T 0.379 0.232 0.171 0.131 0.065 0.020 0.002 31 Q 0.517 0.263 0.121 0.065 0.026 0.008 0.001 32 E 0.533 0.270 0.114 0.055 0.020 0.006 0.001 33 A 0.330 0.191 0.169 0.171 0.105 0.032 0.002 34 I 0.399 0.242 0.162 0.121 0.059 0.017 0.002 35 R 0.553 0.253 0.105 0.056 0.024 0.008 0.001 36 L 0.376 0.238 0.170 0.125 0.063 0.024 0.004 37 T 0.258 0.172 0.160 0.181 0.142 0.075 0.012 38 R 0.346 0.221 0.156 0.133 0.089 0.046 0.009 39 K 0.396 0.234 0.151 0.109 0.068 0.036 0.007 40 Y 0.243 0.164 0.151 0.174 0.151 0.097 0.019 41 L 0.216 0.160 0.150 0.170 0.159 0.120 0.025 42 L 0.302 0.208 0.156 0.140 0.109 0.070 0.015 43 S 0.224 0.219 0.182 0.166 0.122 0.073 0.014 44 E 0.102 0.101 0.117 0.185 0.235 0.217 0.043 45 I 0.106 0.110 0.134 0.214 0.227 0.178 0.031 46 F 0.189 0.200 0.185 0.183 0.144 0.086 0.013 47 V 0.142 0.144 0.155 0.206 0.209 0.128 0.017 48 R 0.090 0.095 0.130 0.221 0.247 0.185 0.033 49 W 0.120 0.144 0.162 0.214 0.202 0.133 0.024 50 S 0.192 0.263 0.212 0.179 0.101 0.045 0.008 51 P 0.152 0.182 0.180 0.220 0.176 0.079 0.010 52 L 0.216 0.260 0.222 0.178 0.094 0.027 0.002 53 N 0.214 0.273 0.230 0.181 0.084 0.017 0.001 54 G 0.138 0.348 0.272 0.176 0.057 0.009 0.001 55 E 0.026 0.155 0.278 0.330 0.169 0.040 0.001 56 I 0.001 0.005 0.018 0.094 0.342 0.478 0.062 57 S 0.001 0.002 0.006 0.027 0.129 0.499 0.336 58 F 0.001 0.001 0.002 0.009 0.033 0.262 0.693 59 S 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.180 0.789 60 Y 0.001 0.003 0.006 0.019 0.054 0.225 0.692 61 N 0.001 0.005 0.010 0.032 0.097 0.282 0.573 62 G 0.002 0.006 0.014 0.041 0.126 0.331 0.479 63 G 0.004 0.014 0.032 0.075 0.168 0.353 0.353 64 K 0.010 0.026 0.060 0.125 0.222 0.337 0.221 65 D 0.006 0.013 0.037 0.090 0.201 0.370 0.282 66 C 0.002 0.003 0.009 0.023 0.081 0.370 0.512 67 Q 0.002 0.005 0.013 0.042 0.136 0.355 0.447 68 V 0.001 0.004 0.010 0.034 0.098 0.335 0.518 69 L 0.001 0.003 0.005 0.021 0.061 0.273 0.635 70 L 0.001 0.003 0.006 0.018 0.047 0.239 0.685 71 L 0.002 0.005 0.012 0.042 0.132 0.449 0.357 72 L 0.002 0.005 0.012 0.044 0.164 0.425 0.349 73 Y 0.001 0.002 0.006 0.029 0.122 0.486 0.354 74 L 0.002 0.019 0.048 0.145 0.277 0.373 0.136 75 S 0.008 0.070 0.174 0.288 0.263 0.164 0.031 76 C 0.009 0.035 0.072 0.209 0.378 0.272 0.025 77 L 0.037 0.129 0.216 0.320 0.235 0.059 0.003 78 W 0.257 0.330 0.212 0.133 0.053 0.014 0.001 79 E 0.302 0.407 0.191 0.075 0.021 0.004 0.001 80 Y 0.153 0.295 0.288 0.187 0.064 0.012 0.001 81 F 0.026 0.055 0.125 0.254 0.341 0.186 0.014 82 F 0.025 0.094 0.185 0.298 0.253 0.129 0.016 83 I 0.004 0.006 0.016 0.058 0.184 0.471 0.261 84 K 0.004 0.010 0.024 0.070 0.183 0.415 0.294 85 A 0.003 0.008 0.020 0.051 0.118 0.344 0.456 86 Q 0.008 0.019 0.034 0.076 0.161 0.355 0.347 87 N 0.018 0.044 0.077 0.139 0.208 0.313 0.201 88 S 0.024 0.049 0.088 0.150 0.234 0.313 0.143 89 Q 0.064 0.124 0.158 0.213 0.210 0.178 0.054 90 F 0.056 0.101 0.139 0.204 0.257 0.191 0.051 91 D 0.143 0.283 0.264 0.182 0.092 0.032 0.004 92 F 0.079 0.133 0.187 0.295 0.214 0.080 0.011 93 E 0.366 0.336 0.168 0.079 0.033 0.014 0.003 94 F 0.202 0.251 0.239 0.181 0.091 0.031 0.005 95 Q 0.071 0.126 0.144 0.189 0.235 0.202 0.034 96 S 0.113 0.169 0.214 0.240 0.167 0.083 0.012 97 F 0.205 0.382 0.238 0.107 0.043 0.020 0.004 98 P 0.023 0.065 0.122 0.264 0.344 0.166 0.017 99 M 0.017 0.067 0.164 0.286 0.297 0.153 0.015 100 Q 0.317 0.450 0.168 0.050 0.012 0.003 0.001 101 R 0.071 0.331 0.368 0.177 0.044 0.008 0.001 102 L 0.004 0.010 0.034 0.185 0.476 0.279 0.011 103 P 0.047 0.198 0.347 0.273 0.107 0.026 0.002 104 T 0.452 0.425 0.091 0.023 0.007 0.002 0.001 105 V 0.057 0.201 0.326 0.289 0.104 0.021 0.001 106 F 0.021 0.037 0.119 0.327 0.364 0.125 0.006 107 I 0.276 0.377 0.204 0.093 0.038 0.011 0.001 108 D 0.222 0.246 0.209 0.193 0.098 0.029 0.003 109 Q 0.287 0.294 0.201 0.136 0.061 0.019 0.002 110 E 0.129 0.155 0.198 0.235 0.202 0.076 0.005 111 E 0.313 0.270 0.183 0.148 0.066 0.019 0.002 112 T 0.210 0.262 0.233 0.175 0.088 0.029 0.003 113 F 0.099 0.111 0.155 0.257 0.260 0.110 0.008 114 P 0.286 0.298 0.207 0.136 0.056 0.016 0.001 115 T 0.439 0.271 0.150 0.092 0.036 0.011 0.001 116 L 0.465 0.254 0.138 0.086 0.041 0.015 0.002 117 E 0.485 0.233 0.132 0.086 0.044 0.018 0.003 118 N 0.451 0.259 0.145 0.087 0.041 0.016 0.003 119 F 0.300 0.248 0.178 0.145 0.086 0.037 0.005 120 V 0.166 0.169 0.177 0.213 0.173 0.089 0.013 121 L 0.283 0.259 0.193 0.148 0.079 0.034 0.005 122 E 0.336 0.255 0.165 0.127 0.075 0.036 0.005 123 T 0.194 0.153 0.161 0.192 0.176 0.107 0.016 124 S 0.190 0.151 0.162 0.198 0.178 0.104 0.017 125 E 0.345 0.235 0.163 0.125 0.080 0.044 0.009 126 R 0.285 0.212 0.174 0.154 0.102 0.061 0.014 127 Y 0.237 0.166 0.152 0.170 0.152 0.103 0.020 128 C 0.205 0.179 0.167 0.167 0.148 0.110 0.023 129 L 0.228 0.132 0.126 0.169 0.176 0.141 0.028 130 S 0.276 0.196 0.152 0.151 0.126 0.084 0.016 131 L 0.235 0.174 0.162 0.177 0.143 0.092 0.018 132 Y 0.233 0.152 0.131 0.162 0.172 0.129 0.021 133 E 0.232 0.220 0.186 0.177 0.116 0.059 0.009 134 S 0.350 0.221 0.149 0.137 0.090 0.046 0.007 135 Q 0.399 0.243 0.149 0.107 0.064 0.032 0.006 136 R 0.492 0.212 0.119 0.093 0.054 0.026 0.004 137 Q 0.470 0.225 0.128 0.096 0.055 0.023 0.004 138 S 0.448 0.227 0.148 0.102 0.052 0.020 0.003 139 G 0.338 0.239 0.156 0.134 0.090 0.038 0.005 140 A 0.223 0.221 0.204 0.181 0.115 0.049 0.006 141 S 0.176 0.214 0.198 0.199 0.138 0.067 0.008 142 V 0.075 0.136 0.169 0.234 0.232 0.137 0.017 143 N 0.066 0.076 0.118 0.197 0.266 0.232 0.044 144 M 0.098 0.171 0.196 0.233 0.177 0.105 0.019 145 A 0.087 0.136 0.161 0.220 0.229 0.144 0.024 146 D 0.161 0.230 0.214 0.177 0.126 0.078 0.014 147 A 0.124 0.265 0.261 0.207 0.097 0.039 0.007 148 F 0.046 0.065 0.084 0.170 0.300 0.286 0.049 149 R 0.083 0.168 0.232 0.267 0.179 0.066 0.005 150 D 0.206 0.440 0.221 0.095 0.029 0.008 0.001 151 F 0.044 0.113 0.215 0.313 0.241 0.070 0.004 152 I 0.040 0.081 0.144 0.295 0.299 0.133 0.008 153 K 0.280 0.375 0.186 0.104 0.042 0.012 0.001 154 I 0.354 0.382 0.180 0.069 0.013 0.002 0.001 155 Y 0.124 0.209 0.244 0.264 0.137 0.021 0.001 156 P 0.347 0.369 0.187 0.077 0.018 0.002 0.001 157 E 0.280 0.469 0.191 0.052 0.008 0.001 0.001 158 T 0.005 0.029 0.097 0.317 0.417 0.131 0.003 159 E 0.002 0.028 0.126 0.332 0.361 0.145 0.007 160 A 0.001 0.001 0.005 0.025 0.130 0.543 0.296 161 I 0.001 0.001 0.003 0.015 0.072 0.371 0.537 162 V 0.001 0.001 0.004 0.013 0.043 0.267 0.672 163 I 0.001 0.005 0.013 0.031 0.083 0.327 0.540 164 G 0.004 0.013 0.028 0.071 0.178 0.420 0.286 165 I 0.008 0.029 0.063 0.145 0.273 0.348 0.135 166 R 0.031 0.088 0.173 0.249 0.284 0.148 0.028 167 H 0.088 0.180 0.234 0.231 0.155 0.091 0.020 168 T 0.202 0.238 0.208 0.186 0.112 0.048 0.006 169 D 0.173 0.182 0.199 0.217 0.162 0.061 0.005 170 P 0.435 0.261 0.137 0.095 0.048 0.020 0.003 171 F 0.492 0.242 0.136 0.078 0.036 0.014 0.002 172 G 0.343 0.230 0.169 0.137 0.082 0.035 0.005 173 E 0.369 0.257 0.178 0.118 0.055 0.019 0.003 174 A 0.434 0.262 0.146 0.094 0.045 0.016 0.002 175 L 0.362 0.282 0.184 0.113 0.043 0.013 0.001 176 K 0.276 0.242 0.206 0.167 0.083 0.024 0.002 177 P 0.267 0.280 0.209 0.153 0.072 0.019 0.001 178 I 0.185 0.165 0.183 0.234 0.169 0.060 0.004 179 Q 0.241 0.217 0.198 0.201 0.112 0.030 0.002 180 R 0.328 0.302 0.187 0.115 0.051 0.016 0.001 181 T 0.291 0.216 0.186 0.179 0.097 0.028 0.002 182 D 0.342 0.251 0.173 0.136 0.071 0.025 0.003 183 S 0.528 0.246 0.125 0.065 0.026 0.009 0.001 184 N 0.524 0.259 0.113 0.066 0.028 0.008 0.001 185 W 0.208 0.201 0.212 0.209 0.126 0.040 0.004 186 P 0.226 0.244 0.208 0.183 0.104 0.031 0.004 187 D 0.156 0.296 0.251 0.189 0.082 0.024 0.003 188 F 0.029 0.073 0.126 0.251 0.315 0.179 0.026 189 M 0.007 0.018 0.040 0.113 0.263 0.404 0.155 190 R 0.007 0.023 0.059 0.140 0.230 0.332 0.209 191 L 0.002 0.004 0.008 0.024 0.076 0.334 0.551 192 Q 0.004 0.008 0.016 0.049 0.129 0.342 0.452 193 P 0.005 0.013 0.026 0.055 0.109 0.289 0.503 194 L 0.009 0.015 0.026 0.060 0.121 0.346 0.424 195 L 0.009 0.018 0.030 0.092 0.214 0.398 0.239 196 H 0.011 0.057 0.125 0.202 0.268 0.251 0.086 197 W 0.007 0.020 0.049 0.140 0.288 0.362 0.133 198 D 0.029 0.119 0.181 0.231 0.223 0.169 0.047 199 L 0.028 0.089 0.139 0.233 0.264 0.201 0.046 200 T 0.052 0.209 0.288 0.233 0.145 0.064 0.009 201 N 0.025 0.095 0.176 0.295 0.270 0.119 0.019 202 I 0.008 0.016 0.025 0.068 0.210 0.540 0.133 203 W 0.010 0.035 0.084 0.221 0.348 0.278 0.024 204 S 0.033 0.186 0.305 0.287 0.136 0.049 0.004 205 F 0.006 0.019 0.062 0.222 0.380 0.292 0.019 206 L 0.005 0.010 0.024 0.096 0.314 0.479 0.072 207 L 0.038 0.217 0.307 0.277 0.117 0.039 0.004 208 Y 0.128 0.401 0.271 0.145 0.047 0.007 0.001 209 S 0.026 0.119 0.262 0.358 0.192 0.041 0.002 210 N 0.198 0.446 0.218 0.096 0.034 0.008 0.001 211 E 0.042 0.099 0.205 0.334 0.236 0.077 0.005 212 P 0.197 0.296 0.215 0.169 0.093 0.028 0.002 213 I 0.035 0.069 0.153 0.255 0.309 0.160 0.018 214 C 0.085 0.201 0.209 0.227 0.176 0.089 0.013 215 G 0.096 0.198 0.224 0.225 0.147 0.093 0.017 216 L 0.037 0.065 0.110 0.223 0.289 0.233 0.042 217 Y 0.143 0.216 0.235 0.224 0.135 0.042 0.004 218 G 0.318 0.306 0.192 0.120 0.052 0.011 0.001 219 K 0.312 0.348 0.199 0.102 0.032 0.007 0.001 220 G 0.293 0.292 0.192 0.140 0.064 0.018 0.002 221 F 0.111 0.204 0.240 0.263 0.137 0.041 0.004 222 T 0.261 0.289 0.189 0.145 0.085 0.027 0.003 223 S 0.194 0.225 0.211 0.195 0.121 0.046 0.008 224 I 0.124 0.151 0.164 0.229 0.190 0.119 0.023 225 G 0.142 0.198 0.200 0.216 0.160 0.071 0.015 226 G 0.195 0.254 0.205 0.164 0.112 0.058 0.013 227 I 0.239 0.271 0.212 0.169 0.082 0.023 0.004 228 N 0.340 0.302 0.176 0.113 0.048 0.017 0.004 229 N 0.323 0.248 0.176 0.149 0.072 0.028 0.006 230 S 0.304 0.228 0.175 0.149 0.090 0.044 0.009 231 L 0.235 0.209 0.179 0.187 0.124 0.054 0.011 232 P 0.271 0.232 0.191 0.161 0.097 0.039 0.008 233 N 0.191 0.234 0.222 0.181 0.118 0.047 0.007 234 P 0.252 0.285 0.213 0.164 0.064 0.019 0.003 235 H 0.411 0.323 0.153 0.070 0.030 0.011 0.002 236 L 0.358 0.256 0.181 0.132 0.055 0.015 0.001 237 R 0.529 0.273 0.115 0.059 0.019 0.005 0.001 238 K 0.471 0.268 0.147 0.078 0.028 0.007 0.001 239 D 0.347 0.243 0.182 0.144 0.067 0.017 0.001 240 S 0.480 0.245 0.132 0.090 0.040 0.013 0.002 241 N 0.510 0.236 0.136 0.077 0.031 0.010 0.001 242 N 0.515 0.248 0.117 0.074 0.034 0.011 0.001 243 P 0.264 0.261 0.197 0.150 0.089 0.035 0.003 244 A 0.187 0.159 0.178 0.222 0.175 0.074 0.006 245 L 0.314 0.225 0.167 0.153 0.099 0.039 0.003 246 H 0.334 0.233 0.173 0.146 0.081 0.030 0.003 247 F 0.320 0.234 0.177 0.157 0.085 0.025 0.002 248 E 0.426 0.257 0.148 0.097 0.051 0.019 0.002 249 W 0.405 0.231 0.159 0.122 0.060 0.021 0.003 250 E 0.514 0.267 0.118 0.062 0.028 0.010 0.001 251 I 0.282 0.259 0.196 0.154 0.081 0.026 0.003 252 I 0.251 0.245 0.197 0.172 0.096 0.035 0.003 253 H 0.299 0.266 0.179 0.140 0.079 0.034 0.004 254 A 0.261 0.204 0.179 0.175 0.122 0.053 0.005 255 F 0.322 0.213 0.164 0.156 0.101 0.040 0.004 256 G 0.411 0.218 0.153 0.120 0.066 0.029 0.004 257 K 0.406 0.209 0.140 0.119 0.082 0.039 0.005 258 D 0.412 0.252 0.152 0.102 0.055 0.024 0.003 259 A 0.291 0.194 0.170 0.171 0.118 0.050 0.005 260 E 0.398 0.244 0.159 0.114 0.061 0.022 0.002 261 G 0.376 0.255 0.172 0.122 0.057 0.017 0.001 262 E 0.390 0.250 0.168 0.123 0.055 0.014 0.001 263 R 0.581 0.226 0.104 0.057 0.024 0.007 0.001 264 S 0.519 0.227 0.122 0.084 0.037 0.010 0.001 265 S 0.541 0.240 0.118 0.066 0.026 0.007 0.001 266 A 0.514 0.237 0.123 0.080 0.034 0.010 0.001 267 I 0.495 0.236 0.132 0.087 0.038 0.011 0.001 268 N 0.505 0.231 0.126 0.084 0.040 0.012 0.001 269 T 0.538 0.257 0.115 0.060 0.023 0.007 0.001 270 S 0.375 0.193 0.156 0.153 0.089 0.030 0.003 271 P 0.540 0.226 0.111 0.071 0.037 0.013 0.002 272 I 0.440 0.232 0.143 0.104 0.056 0.021 0.003 273 S 0.415 0.239 0.144 0.115 0.061 0.022 0.003 274 V 0.473 0.249 0.133 0.082 0.043 0.017 0.003 275 V 0.354 0.220 0.168 0.143 0.080 0.030 0.004 276 D 0.289 0.192 0.157 0.159 0.128 0.066 0.008 277 K 0.259 0.216 0.184 0.174 0.112 0.048 0.007 278 E 0.375 0.238 0.153 0.119 0.072 0.036 0.006 279 R 0.248 0.227 0.183 0.162 0.109 0.059 0.012 280 F 0.159 0.142 0.155 0.195 0.205 0.126 0.018 281 S 0.222 0.216 0.183 0.180 0.127 0.062 0.010 282 K 0.429 0.253 0.152 0.097 0.046 0.020 0.003 283 Y 0.299 0.216 0.172 0.163 0.100 0.043 0.007 284 H 0.371 0.239 0.159 0.122 0.074 0.030 0.004 285 D 0.446 0.247 0.137 0.100 0.050 0.017 0.003 286 N 0.454 0.265 0.143 0.083 0.037 0.015 0.003 287 Y 0.144 0.178 0.196 0.229 0.168 0.073 0.012 288 Y 0.098 0.137 0.173 0.233 0.223 0.117 0.019 289 P 0.148 0.168 0.170 0.198 0.163 0.124 0.030 290 G 0.132 0.084 0.095 0.153 0.213 0.252 0.070 291 W 0.136 0.137 0.148 0.195 0.189 0.154 0.040 292 Y 0.155 0.144 0.160 0.198 0.182 0.136 0.026 293 L 0.116 0.083 0.093 0.164 0.248 0.246 0.049 294 V 0.199 0.222 0.200 0.214 0.119 0.040 0.006 295 D 0.400 0.296 0.173 0.091 0.031 0.008 0.001 296 D 0.689 0.191 0.068 0.034 0.013 0.004 0.001 297 T 0.666 0.202 0.081 0.035 0.012 0.004 0.001 298 L 0.573 0.163 0.127 0.090 0.036 0.010 0.001 299 E 0.640 0.186 0.095 0.051 0.021 0.007 0.001 300 R 0.582 0.201 0.116 0.063 0.030 0.008 0.001 301 A 0.541 0.208 0.127 0.079 0.035 0.009 0.001 302 G 0.560 0.219 0.122 0.070 0.024 0.005 0.001 303 R 0.559 0.207 0.120 0.077 0.031 0.006 0.001 304 I 0.716 0.170 0.071 0.032 0.010 0.002 0.001 305 K 0.854 0.107 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 306 N 0.862 0.096 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001