# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1874 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.011 0.015 0.059 0.172 0.683 2 Q 0.105 0.018 0.016 0.116 0.146 0.600 3 L 0.118 0.021 0.023 0.132 0.142 0.564 4 S 0.138 0.019 0.027 0.101 0.201 0.513 5 K 0.204 0.009 0.051 0.138 0.256 0.341 6 A 0.337 0.012 0.069 0.128 0.203 0.251 7 A 0.488 0.014 0.062 0.143 0.137 0.156 8 E 0.492 0.018 0.039 0.149 0.115 0.187 9 M 0.381 0.024 0.028 0.134 0.136 0.298 10 C 0.222 0.011 0.019 0.052 0.199 0.498 11 Y 0.245 0.008 0.041 0.083 0.246 0.376 12 E 0.338 0.014 0.055 0.099 0.237 0.257 13 I 0.474 0.022 0.061 0.115 0.178 0.150 14 T 0.398 0.021 0.037 0.124 0.198 0.223 15 N 0.273 0.015 0.034 0.126 0.205 0.346 16 S 0.156 0.014 0.016 0.101 0.210 0.504 17 Y 0.096 0.010 0.037 0.295 0.277 0.285 18 L 0.055 0.010 0.024 0.471 0.257 0.184 19 H 0.051 0.010 0.024 0.513 0.218 0.184 20 I 0.055 0.007 0.036 0.699 0.105 0.097 21 D 0.049 0.005 0.054 0.721 0.084 0.087 22 Q 0.032 0.004 0.053 0.756 0.075 0.080 23 K 0.033 0.006 0.025 0.801 0.045 0.091 24 S 0.022 0.002 0.022 0.846 0.044 0.064 25 Q 0.015 0.001 0.031 0.831 0.059 0.063 26 I 0.014 0.003 0.023 0.848 0.051 0.061 27 I 0.010 0.003 0.009 0.903 0.027 0.049 28 A 0.002 0.001 0.006 0.961 0.013 0.018 29 S 0.002 0.001 0.005 0.965 0.011 0.017 30 T 0.002 0.001 0.004 0.965 0.012 0.017 31 Q 0.002 0.001 0.003 0.975 0.007 0.012 32 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 33 A 0.001 0.001 0.003 0.983 0.006 0.007 34 I 0.001 0.001 0.004 0.976 0.009 0.010 35 R 0.003 0.001 0.007 0.946 0.018 0.025 36 L 0.002 0.001 0.006 0.918 0.026 0.047 37 T 0.004 0.002 0.005 0.692 0.043 0.254 38 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.004 0.011 39 K 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 40 Y 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 41 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 42 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 44 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 45 I 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 46 F 0.003 0.001 0.011 0.969 0.010 0.007 47 V 0.004 0.001 0.026 0.940 0.018 0.012 48 R 0.012 0.002 0.020 0.886 0.035 0.045 49 W 0.029 0.016 0.016 0.571 0.100 0.268 50 S 0.020 0.013 0.011 0.046 0.591 0.319 51 P 0.003 0.001 0.054 0.013 0.909 0.020 52 L 0.005 0.002 0.055 0.006 0.915 0.016 53 N 0.009 0.004 0.026 0.002 0.929 0.030 54 G 0.083 0.012 0.005 0.001 0.601 0.299 55 E 0.586 0.010 0.001 0.001 0.071 0.331 56 I 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 57 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 58 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 60 Y 0.927 0.001 0.001 0.001 0.011 0.061 61 N 0.678 0.003 0.001 0.001 0.077 0.241 62 G 0.245 0.019 0.003 0.002 0.178 0.553 63 G 0.075 0.017 0.006 0.007 0.686 0.209 64 K 0.029 0.032 0.025 0.178 0.616 0.120 65 D 0.005 0.006 0.046 0.403 0.434 0.106 66 C 0.002 0.003 0.020 0.910 0.053 0.012 67 Q 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.006 68 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 72 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.021 0.970 0.006 0.002 75 S 0.001 0.001 0.039 0.919 0.020 0.020 76 C 0.003 0.002 0.057 0.606 0.071 0.260 77 L 0.008 0.007 0.023 0.042 0.159 0.761 78 W 0.057 0.003 0.027 0.013 0.278 0.622 79 E 0.403 0.003 0.014 0.009 0.212 0.359 80 Y 0.892 0.003 0.003 0.004 0.029 0.069 81 F 0.958 0.002 0.001 0.002 0.008 0.029 82 F 0.970 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 83 I 0.908 0.004 0.001 0.003 0.012 0.072 84 K 0.588 0.008 0.002 0.004 0.132 0.267 85 A 0.168 0.013 0.010 0.011 0.340 0.457 86 Q 0.045 0.010 0.029 0.010 0.468 0.437 87 N 0.040 0.010 0.026 0.006 0.435 0.482 88 S 0.040 0.013 0.044 0.016 0.331 0.556 89 Q 0.043 0.038 0.066 0.045 0.287 0.522 90 F 0.035 0.030 0.043 0.075 0.295 0.522 91 D 0.031 0.010 0.026 0.105 0.227 0.601 92 F 0.034 0.008 0.057 0.436 0.192 0.272 93 E 0.042 0.011 0.051 0.647 0.128 0.121 94 F 0.060 0.012 0.051 0.636 0.125 0.116 95 Q 0.078 0.011 0.031 0.566 0.148 0.167 96 S 0.089 0.015 0.031 0.466 0.181 0.219 97 F 0.069 0.014 0.044 0.382 0.227 0.265 98 P 0.026 0.006 0.141 0.577 0.122 0.129 99 M 0.031 0.003 0.193 0.604 0.103 0.066 100 Q 0.026 0.003 0.171 0.622 0.121 0.057 101 R 0.016 0.011 0.062 0.788 0.072 0.051 102 L 0.025 0.008 0.094 0.538 0.199 0.136 103 P 0.013 0.001 0.378 0.406 0.100 0.102 104 T 0.040 0.004 0.367 0.450 0.056 0.082 105 V 0.067 0.009 0.209 0.505 0.063 0.146 106 F 0.043 0.004 0.003 0.008 0.036 0.907 107 I 0.158 0.005 0.001 0.003 0.044 0.789 108 D 0.322 0.003 0.001 0.001 0.062 0.611 109 Q 0.802 0.005 0.004 0.003 0.041 0.145 110 E 0.904 0.004 0.004 0.004 0.024 0.060 111 E 0.931 0.004 0.003 0.005 0.020 0.037 112 T 0.766 0.014 0.002 0.013 0.050 0.154 113 F 0.295 0.013 0.006 0.015 0.238 0.434 114 P 0.044 0.013 0.008 0.015 0.316 0.605 115 T 0.014 0.011 0.011 0.027 0.339 0.599 116 L 0.007 0.006 0.120 0.530 0.246 0.092 117 E 0.007 0.002 0.091 0.686 0.160 0.054 118 N 0.009 0.003 0.071 0.722 0.150 0.045 119 F 0.013 0.003 0.040 0.849 0.061 0.033 120 V 0.012 0.003 0.014 0.936 0.018 0.015 121 L 0.009 0.001 0.016 0.938 0.020 0.016 122 E 0.007 0.001 0.011 0.953 0.014 0.015 123 T 0.005 0.001 0.010 0.947 0.017 0.020 124 S 0.006 0.001 0.015 0.909 0.031 0.038 125 E 0.006 0.001 0.019 0.897 0.035 0.043 126 R 0.010 0.001 0.016 0.902 0.033 0.038 127 Y 0.013 0.004 0.015 0.840 0.047 0.081 128 C 0.026 0.006 0.025 0.541 0.133 0.270 129 L 0.021 0.003 0.085 0.570 0.122 0.199 130 S 0.036 0.003 0.111 0.631 0.112 0.108 131 L 0.040 0.004 0.122 0.655 0.104 0.075 132 Y 0.095 0.011 0.074 0.530 0.134 0.156 133 E 0.159 0.016 0.067 0.432 0.157 0.171 134 S 0.143 0.017 0.081 0.334 0.195 0.231 135 Q 0.092 0.019 0.066 0.208 0.310 0.305 136 R 0.058 0.018 0.085 0.163 0.403 0.273 137 Q 0.054 0.012 0.070 0.135 0.453 0.275 138 S 0.071 0.012 0.063 0.159 0.450 0.245 139 G 0.075 0.009 0.034 0.104 0.422 0.355 140 A 0.168 0.016 0.034 0.172 0.229 0.381 141 S 0.419 0.030 0.041 0.188 0.112 0.210 142 V 0.471 0.016 0.055 0.207 0.104 0.148 143 N 0.436 0.020 0.058 0.209 0.092 0.185 144 M 0.207 0.017 0.047 0.359 0.102 0.268 145 A 0.067 0.005 0.026 0.505 0.119 0.278 146 D 0.007 0.001 0.086 0.821 0.060 0.026 147 A 0.008 0.003 0.061 0.870 0.039 0.021 148 F 0.004 0.001 0.031 0.932 0.020 0.012 149 R 0.002 0.001 0.010 0.962 0.010 0.015 150 D 0.001 0.001 0.008 0.970 0.011 0.010 151 F 0.001 0.001 0.023 0.966 0.007 0.003 152 I 0.001 0.001 0.054 0.927 0.014 0.004 153 K 0.001 0.001 0.049 0.918 0.022 0.009 154 I 0.001 0.002 0.036 0.787 0.057 0.116 155 Y 0.001 0.010 0.004 0.019 0.842 0.124 156 P 0.001 0.001 0.052 0.012 0.899 0.036 157 E 0.001 0.001 0.033 0.003 0.938 0.024 158 T 0.018 0.004 0.028 0.003 0.922 0.026 159 E 0.183 0.006 0.009 0.006 0.287 0.509 160 A 0.922 0.020 0.001 0.002 0.017 0.037 161 I 0.981 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 162 V 0.983 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 163 I 0.902 0.002 0.001 0.005 0.021 0.068 164 G 0.547 0.003 0.006 0.005 0.088 0.352 165 I 0.482 0.013 0.013 0.008 0.145 0.341 166 R 0.273 0.035 0.024 0.009 0.327 0.332 167 H 0.112 0.025 0.030 0.022 0.445 0.366 168 T 0.035 0.018 0.018 0.017 0.462 0.450 169 D 0.021 0.013 0.041 0.040 0.563 0.322 170 P 0.020 0.014 0.072 0.130 0.485 0.280 171 F 0.024 0.018 0.111 0.118 0.545 0.184 172 G 0.052 0.019 0.112 0.110 0.468 0.240 173 E 0.114 0.022 0.149 0.126 0.324 0.265 174 A 0.143 0.018 0.110 0.116 0.314 0.300 175 L 0.202 0.019 0.050 0.077 0.224 0.428 176 K 0.220 0.018 0.016 0.029 0.154 0.562 177 P 0.261 0.016 0.022 0.034 0.155 0.512 178 I 0.337 0.030 0.038 0.028 0.154 0.413 179 Q 0.416 0.058 0.030 0.021 0.156 0.319 180 R 0.351 0.037 0.045 0.016 0.217 0.334 181 T 0.163 0.040 0.027 0.012 0.303 0.454 182 D 0.028 0.018 0.019 0.006 0.870 0.058 183 S 0.006 0.007 0.041 0.007 0.896 0.043 184 N 0.003 0.006 0.028 0.008 0.909 0.046 185 W 0.005 0.017 0.021 0.006 0.937 0.013 186 P 0.011 0.012 0.045 0.029 0.762 0.141 187 D 0.022 0.011 0.086 0.044 0.751 0.086 188 F 0.211 0.026 0.091 0.068 0.511 0.093 189 M 0.672 0.020 0.025 0.068 0.094 0.121 190 R 0.833 0.015 0.011 0.031 0.045 0.066 191 L 0.661 0.024 0.009 0.052 0.061 0.192 192 Q 0.414 0.010 0.014 0.023 0.147 0.393 193 P 0.196 0.007 0.050 0.035 0.277 0.435 194 L 0.190 0.033 0.137 0.038 0.458 0.144 195 L 0.164 0.018 0.090 0.026 0.548 0.154 196 H 0.056 0.008 0.053 0.013 0.541 0.329 197 W 0.060 0.048 0.012 0.013 0.371 0.496 198 D 0.024 0.015 0.003 0.017 0.055 0.885 199 L 0.001 0.001 0.040 0.951 0.005 0.004 200 T 0.001 0.001 0.022 0.975 0.002 0.001 201 N 0.001 0.001 0.014 0.984 0.001 0.001 202 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 203 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 204 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 205 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 207 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 208 Y 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.005 209 S 0.001 0.001 0.004 0.902 0.015 0.078 210 N 0.001 0.001 0.002 0.015 0.034 0.949 211 E 0.004 0.004 0.002 0.002 0.077 0.912 212 P 0.033 0.010 0.015 0.007 0.168 0.767 213 I 0.096 0.039 0.105 0.032 0.247 0.481 214 C 0.158 0.034 0.133 0.036 0.290 0.350 215 G 0.165 0.023 0.210 0.044 0.297 0.260 216 L 0.136 0.036 0.178 0.057 0.367 0.226 217 Y 0.121 0.039 0.143 0.057 0.433 0.207 218 G 0.098 0.023 0.080 0.040 0.508 0.252 219 K 0.077 0.018 0.034 0.025 0.571 0.275 220 G 0.101 0.017 0.015 0.007 0.508 0.352 221 F 0.230 0.064 0.013 0.007 0.349 0.337 222 T 0.257 0.089 0.015 0.007 0.305 0.326 223 S 0.227 0.047 0.014 0.007 0.377 0.327 224 I 0.200 0.036 0.023 0.012 0.428 0.302 225 G 0.131 0.053 0.021 0.010 0.429 0.356 226 G 0.169 0.050 0.020 0.013 0.402 0.346 227 I 0.143 0.064 0.026 0.028 0.403 0.336 228 N 0.147 0.045 0.027 0.029 0.378 0.375 229 N 0.118 0.048 0.033 0.027 0.411 0.363 230 S 0.079 0.058 0.022 0.026 0.358 0.457 231 L 0.044 0.038 0.013 0.018 0.394 0.494 232 P 0.034 0.022 0.009 0.012 0.306 0.617 233 N 0.038 0.021 0.014 0.008 0.369 0.550 234 P 0.033 0.025 0.093 0.030 0.434 0.386 235 H 0.035 0.021 0.159 0.050 0.377 0.358 236 L 0.040 0.031 0.134 0.080 0.410 0.305 237 R 0.065 0.033 0.068 0.061 0.383 0.390 238 K 0.102 0.040 0.053 0.069 0.371 0.366 239 D 0.081 0.024 0.047 0.042 0.570 0.237 240 S 0.050 0.018 0.055 0.047 0.545 0.285 241 N 0.037 0.022 0.036 0.037 0.508 0.360 242 N 0.026 0.017 0.022 0.050 0.565 0.321 243 P 0.026 0.011 0.057 0.155 0.404 0.347 244 A 0.072 0.026 0.097 0.272 0.285 0.249 245 L 0.089 0.018 0.142 0.473 0.162 0.116 246 H 0.102 0.013 0.084 0.503 0.123 0.176 247 F 0.139 0.013 0.049 0.537 0.095 0.167 248 E 0.119 0.009 0.018 0.707 0.050 0.096 249 W 0.066 0.003 0.014 0.811 0.048 0.059 250 E 0.036 0.002 0.018 0.878 0.043 0.024 251 I 0.036 0.003 0.019 0.872 0.048 0.022 252 I 0.030 0.002 0.020 0.891 0.037 0.021 253 H 0.020 0.001 0.018 0.907 0.030 0.024 254 A 0.019 0.002 0.020 0.824 0.052 0.082 255 F 0.022 0.004 0.025 0.638 0.121 0.190 256 G 0.060 0.017 0.048 0.237 0.250 0.389 257 K 0.069 0.022 0.097 0.307 0.244 0.260 258 D 0.065 0.018 0.156 0.211 0.356 0.194 259 A 0.031 0.008 0.154 0.238 0.384 0.186 260 E 0.034 0.007 0.102 0.241 0.394 0.222 261 G 0.082 0.011 0.055 0.162 0.412 0.279 262 E 0.193 0.033 0.026 0.133 0.202 0.413 263 R 0.311 0.057 0.025 0.181 0.139 0.287 264 S 0.253 0.020 0.049 0.224 0.172 0.282 265 S 0.161 0.007 0.127 0.307 0.194 0.204 266 A 0.232 0.011 0.155 0.255 0.190 0.158 267 I 0.319 0.023 0.081 0.274 0.174 0.130 268 N 0.268 0.023 0.026 0.138 0.273 0.271 269 T 0.170 0.016 0.020 0.122 0.341 0.331 270 S 0.123 0.008 0.022 0.051 0.433 0.361 271 P 0.143 0.009 0.077 0.103 0.384 0.285 272 I 0.328 0.018 0.114 0.147 0.193 0.199 273 S 0.452 0.018 0.084 0.171 0.125 0.150 274 V 0.420 0.018 0.045 0.175 0.161 0.181 275 V 0.346 0.016 0.031 0.161 0.197 0.249 276 D 0.263 0.012 0.023 0.114 0.248 0.339 277 K 0.168 0.010 0.076 0.274 0.251 0.222 278 E 0.181 0.013 0.078 0.210 0.236 0.283 279 R 0.141 0.013 0.071 0.205 0.282 0.287 280 F 0.163 0.015 0.045 0.167 0.210 0.399 281 S 0.254 0.019 0.044 0.175 0.169 0.340 282 K 0.282 0.021 0.051 0.150 0.159 0.337 283 Y 0.247 0.028 0.057 0.118 0.149 0.401 284 H 0.201 0.036 0.079 0.100 0.215 0.369 285 D 0.112 0.013 0.077 0.048 0.426 0.325 286 N 0.058 0.007 0.117 0.038 0.459 0.321 287 Y 0.112 0.037 0.050 0.025 0.384 0.393 288 Y 0.081 0.014 0.019 0.008 0.621 0.257 289 P 0.055 0.005 0.016 0.012 0.537 0.375 290 G 0.164 0.025 0.023 0.011 0.460 0.318 291 W 0.661 0.042 0.011 0.007 0.180 0.099 292 Y 0.768 0.047 0.006 0.008 0.050 0.120 293 L 0.540 0.051 0.006 0.008 0.114 0.280 294 V 0.240 0.016 0.004 0.011 0.351 0.377 295 D 0.033 0.002 0.028 0.080 0.476 0.381 296 D 0.010 0.002 0.041 0.654 0.250 0.044 297 T 0.023 0.008 0.037 0.726 0.181 0.026 298 L 0.058 0.010 0.029 0.791 0.068 0.044 299 E 0.111 0.005 0.045 0.763 0.049 0.027 300 R 0.134 0.003 0.066 0.704 0.054 0.039 301 A 0.145 0.004 0.025 0.741 0.036 0.049 302 G 0.212 0.006 0.025 0.500 0.091 0.166 303 R 0.318 0.009 0.023 0.277 0.108 0.264 304 I 0.337 0.022 0.020 0.229 0.118 0.273 305 K 0.204 0.028 0.006 0.114 0.109 0.538 306 N 0.027 0.003 0.001 0.009 0.047 0.914