# TARGET T0320 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.033 0.007 0.006 0.011 0.693 0.250 2 E 0.238 0.066 0.003 0.015 0.356 0.323 3 P 0.341 0.052 0.004 0.022 0.085 0.497 4 I 0.454 0.031 0.017 0.099 0.074 0.324 5 C 0.441 0.017 0.038 0.225 0.092 0.187 6 G 0.359 0.026 0.062 0.325 0.107 0.120 7 L 0.178 0.015 0.153 0.413 0.183 0.057 8 Y 0.119 0.005 0.201 0.419 0.204 0.052 9 G 0.075 0.003 0.201 0.464 0.213 0.044 10 K 0.059 0.008 0.116 0.459 0.236 0.122 11 G 0.112 0.011 0.012 0.050 0.236 0.578 12 F 0.208 0.028 0.010 0.027 0.150 0.576 13 T 0.325 0.069 0.018 0.036 0.219 0.333 14 S 0.199 0.060 0.049 0.050 0.347 0.295 15 I 0.107 0.012 0.078 0.103 0.440 0.261 16 G 0.100 0.024 0.084 0.087 0.470 0.236 17 G 0.131 0.059 0.044 0.089 0.435 0.241 18 I 0.091 0.027 0.057 0.101 0.413 0.311 19 N 0.061 0.051 0.056 0.068 0.447 0.316 20 N 0.035 0.019 0.045 0.057 0.663 0.181 21 S 0.050 0.041 0.050 0.056 0.565 0.238 22 L 0.060 0.029 0.026 0.046 0.534 0.305 23 P 0.071 0.033 0.024 0.032 0.485 0.355 24 N 0.050 0.054 0.022 0.027 0.418 0.429 25 P 0.053 0.011 0.098 0.049 0.431 0.359 26 H 0.131 0.036 0.183 0.074 0.335 0.240 27 L 0.209 0.055 0.133 0.065 0.307 0.230 28 R 0.218 0.059 0.043 0.052 0.336 0.291 29 K 0.146 0.045 0.026 0.039 0.362 0.382 30 D 0.041 0.019 0.028 0.031 0.648 0.234 31 S 0.027 0.015 0.048 0.034 0.688 0.188 32 N 0.018 0.012 0.069 0.048 0.650 0.202 33 N 0.026 0.028 0.122 0.066 0.612 0.146 34 P 0.037 0.021 0.100 0.093 0.505 0.245 35 A 0.054 0.032 0.098 0.115 0.425 0.276 36 L 0.064 0.032 0.062 0.141 0.386 0.315 37 H 0.060 0.026 0.041 0.199 0.391 0.282 38 F 0.051 0.017 0.049 0.374 0.286 0.223 39 E 0.056 0.011 0.032 0.473 0.211 0.217 40 W 0.061 0.007 0.025 0.646 0.131 0.129 41 E 0.071 0.008 0.016 0.692 0.092 0.121 42 I 0.072 0.008 0.018 0.712 0.081 0.109 43 I 0.073 0.005 0.022 0.733 0.076 0.091 44 H 0.065 0.004 0.027 0.739 0.087 0.078 45 A 0.041 0.003 0.026 0.748 0.099 0.083 46 F 0.028 0.005 0.020 0.770 0.081 0.096 47 G 0.023 0.004 0.029 0.704 0.119 0.122 48 K 0.025 0.006 0.033 0.658 0.134 0.145 49 D 0.030 0.007 0.041 0.519 0.183 0.220 50 A 0.039 0.012 0.049 0.554 0.193 0.153 51 E 0.055 0.015 0.061 0.495 0.197 0.177 52 G 0.039 0.010 0.062 0.384 0.286 0.219 53 E 0.045 0.013 0.062 0.283 0.328 0.268 54 R 0.039 0.025 0.044 0.182 0.353 0.357 55 S 0.030 0.014 0.045 0.141 0.389 0.380 56 S 0.028 0.017 0.052 0.092 0.413 0.398 57 A 0.039 0.027 0.079 0.105 0.404 0.345 58 I 0.059 0.021 0.097 0.100 0.411 0.312 59 N 0.071 0.020 0.055 0.075 0.379 0.400 60 T 0.105 0.035 0.038 0.088 0.305 0.428 61 S 0.124 0.027 0.027 0.079 0.241 0.503 62 P 0.144 0.035 0.036 0.120 0.244 0.422 63 I 0.127 0.023 0.042 0.174 0.224 0.410 64 S 0.115 0.014 0.050 0.201 0.265 0.355 65 V 0.056 0.008 0.060 0.384 0.283 0.209 66 V 0.049 0.006 0.059 0.351 0.285 0.250 67 D 0.051 0.006 0.079 0.448 0.266 0.150 68 K 0.096 0.010 0.055 0.361 0.259 0.218 69 E 0.130 0.015 0.067 0.337 0.253 0.198 70 R 0.160 0.020 0.054 0.232 0.258 0.277 71 F 0.137 0.017 0.092 0.239 0.276 0.239 72 S 0.119 0.015 0.094 0.195 0.340 0.238 73 K 0.129 0.015 0.096 0.136 0.411 0.214 74 Y 0.145 0.025 0.075 0.107 0.394 0.254 75 H 0.124 0.019 0.074 0.072 0.522 0.189 76 D 0.088 0.010 0.075 0.045 0.574 0.208 77 N 0.198 0.009 0.028 0.020 0.408 0.337 78 Y 0.507 0.036 0.009 0.006 0.169 0.272 79 Y 0.548 0.016 0.003 0.005 0.086 0.343 80 P 0.625 0.008 0.011 0.009 0.069 0.278 81 G 0.780 0.015 0.023 0.009 0.059 0.114 82 W 0.783 0.006 0.042 0.008 0.077 0.084 83 Y 0.831 0.012 0.024 0.007 0.061 0.065 84 L 0.624 0.027 0.024 0.011 0.148 0.166 85 V 0.306 0.022 0.010 0.018 0.286 0.358 86 D 0.036 0.006 0.012 0.026 0.406 0.513 87 D 0.015 0.007 0.060 0.350 0.441 0.128 88 T 0.013 0.005 0.095 0.622 0.225 0.040 89 L 0.032 0.008 0.103 0.578 0.214 0.065 90 E 0.047 0.006 0.108 0.563 0.181 0.096 91 R 0.076 0.023 0.081 0.490 0.223 0.108 92 A 0.083 0.020 0.061 0.471 0.244 0.119 93 G 0.091 0.007 0.031 0.212 0.319 0.340 94 R 0.107 0.034 0.035 0.135 0.264 0.426 95 I 0.091 0.031 0.027 0.097 0.190 0.564 96 K 0.043 0.017 0.013 0.075 0.122 0.729 97 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.977