# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8556 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.001 0.006 0.235 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.330 0.399 0.002 0.007 2 E 0.001 0.009 0.735 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.177 0.010 0.053 0.004 3 P 0.003 0.043 0.590 0.002 0.006 0.005 0.002 0.001 0.013 0.026 0.034 0.004 0.271 4 I 0.036 0.036 0.293 0.021 0.031 0.022 0.016 0.006 0.043 0.061 0.041 0.350 0.045 5 C 0.070 0.026 0.190 0.092 0.062 0.039 0.027 0.011 0.049 0.092 0.026 0.032 0.285 6 G 0.050 0.013 0.133 0.010 0.067 0.066 0.022 0.015 0.079 0.038 0.031 0.385 0.090 7 L 0.046 0.020 0.164 0.018 0.064 0.114 0.027 0.021 0.045 0.026 0.071 0.024 0.359 8 Y 0.084 0.030 0.167 0.025 0.037 0.075 0.032 0.014 0.036 0.127 0.138 0.173 0.062 9 G 0.022 0.021 0.307 0.012 0.023 0.033 0.004 0.003 0.038 0.233 0.131 0.035 0.138 10 K 0.006 0.013 0.216 0.057 0.021 0.043 0.001 0.001 0.006 0.229 0.359 0.027 0.023 11 G 0.015 0.010 0.211 0.019 0.028 0.029 0.002 0.002 0.008 0.173 0.438 0.028 0.037 12 F 0.044 0.032 0.239 0.009 0.038 0.036 0.012 0.007 0.019 0.179 0.163 0.076 0.147 13 T 0.105 0.073 0.227 0.025 0.039 0.040 0.021 0.019 0.044 0.080 0.080 0.106 0.143 14 S 0.075 0.044 0.256 0.011 0.041 0.039 0.012 0.010 0.060 0.075 0.086 0.164 0.127 15 I 0.042 0.019 0.245 0.061 0.050 0.028 0.008 0.004 0.019 0.118 0.245 0.033 0.129 16 G 0.034 0.015 0.187 0.011 0.029 0.017 0.006 0.002 0.008 0.220 0.369 0.075 0.027 17 G 0.013 0.037 0.275 0.004 0.020 0.011 0.003 0.001 0.005 0.345 0.220 0.016 0.050 18 I 0.003 0.054 0.455 0.003 0.034 0.017 0.001 0.001 0.004 0.227 0.158 0.023 0.020 19 N 0.003 0.031 0.297 0.005 0.105 0.035 0.001 0.001 0.004 0.168 0.307 0.012 0.031 20 N 0.003 0.017 0.209 0.016 0.103 0.052 0.001 0.002 0.003 0.169 0.383 0.027 0.016 21 S 0.008 0.054 0.331 0.014 0.052 0.023 0.004 0.002 0.011 0.202 0.194 0.007 0.099 22 L 0.002 0.030 0.602 0.002 0.011 0.010 0.001 0.001 0.008 0.206 0.016 0.102 0.009 23 P 0.002 0.032 0.598 0.006 0.022 0.014 0.001 0.001 0.007 0.135 0.066 0.008 0.108 24 N 0.003 0.026 0.511 0.023 0.095 0.018 0.001 0.001 0.007 0.196 0.076 0.028 0.017 25 P 0.004 0.010 0.295 0.029 0.289 0.041 0.001 0.001 0.008 0.094 0.198 0.003 0.028 26 H 0.020 0.024 0.176 0.014 0.275 0.037 0.010 0.006 0.013 0.093 0.182 0.132 0.019 27 L 0.041 0.049 0.188 0.004 0.143 0.033 0.020 0.012 0.039 0.058 0.048 0.024 0.341 28 R 0.028 0.032 0.316 0.008 0.047 0.027 0.007 0.003 0.054 0.099 0.033 0.308 0.038 29 K 0.016 0.072 0.396 0.003 0.019 0.015 0.007 0.002 0.039 0.131 0.046 0.027 0.228 30 D 0.001 0.014 0.695 0.005 0.015 0.010 0.001 0.001 0.007 0.129 0.091 0.011 0.021 31 S 0.001 0.007 0.194 0.006 0.032 0.013 0.001 0.001 0.001 0.274 0.463 0.005 0.004 32 N 0.001 0.008 0.179 0.003 0.033 0.011 0.001 0.001 0.001 0.204 0.546 0.006 0.007 33 N 0.001 0.010 0.397 0.001 0.042 0.012 0.001 0.001 0.001 0.412 0.115 0.003 0.007 34 P 0.001 0.012 0.582 0.002 0.069 0.029 0.001 0.001 0.002 0.183 0.112 0.003 0.005 35 A 0.002 0.066 0.271 0.003 0.185 0.066 0.002 0.002 0.006 0.139 0.209 0.013 0.037 36 L 0.007 0.046 0.315 0.010 0.149 0.127 0.005 0.003 0.013 0.123 0.130 0.024 0.047 37 H 0.004 0.018 0.502 0.007 0.069 0.133 0.002 0.002 0.016 0.112 0.066 0.038 0.032 38 F 0.002 0.012 0.220 0.007 0.080 0.266 0.001 0.002 0.005 0.111 0.257 0.015 0.021 39 E 0.001 0.008 0.232 0.010 0.062 0.299 0.001 0.001 0.004 0.125 0.239 0.013 0.007 40 W 0.003 0.007 0.354 0.004 0.034 0.451 0.001 0.001 0.008 0.047 0.039 0.014 0.036 41 E 0.014 0.017 0.147 0.015 0.017 0.544 0.003 0.007 0.022 0.028 0.026 0.070 0.090 42 I 0.020 0.009 0.095 0.025 0.020 0.577 0.004 0.010 0.025 0.033 0.025 0.090 0.066 43 I 0.008 0.005 0.088 0.063 0.025 0.677 0.002 0.007 0.008 0.016 0.032 0.015 0.054 44 H 0.012 0.008 0.093 0.024 0.044 0.565 0.002 0.006 0.005 0.026 0.047 0.111 0.056 45 A 0.004 0.005 0.089 0.003 0.047 0.583 0.001 0.003 0.005 0.027 0.080 0.029 0.125 46 F 0.005 0.010 0.136 0.012 0.045 0.446 0.001 0.002 0.003 0.104 0.195 0.022 0.019 47 G 0.003 0.012 0.370 0.003 0.039 0.190 0.001 0.001 0.009 0.135 0.184 0.023 0.030 48 K 0.002 0.021 0.351 0.005 0.078 0.178 0.001 0.001 0.005 0.136 0.164 0.013 0.047 49 D 0.002 0.016 0.330 0.010 0.105 0.178 0.001 0.001 0.005 0.124 0.170 0.036 0.022 50 A 0.004 0.010 0.338 0.002 0.137 0.211 0.001 0.002 0.012 0.085 0.118 0.012 0.068 51 E 0.007 0.024 0.208 0.013 0.104 0.218 0.003 0.004 0.011 0.102 0.246 0.033 0.026 52 G 0.003 0.016 0.287 0.005 0.074 0.106 0.001 0.003 0.018 0.147 0.294 0.021 0.024 53 E 0.004 0.026 0.375 0.004 0.071 0.115 0.001 0.003 0.011 0.157 0.192 0.011 0.029 54 R 0.006 0.049 0.386 0.008 0.058 0.082 0.002 0.003 0.013 0.193 0.111 0.040 0.050 55 S 0.003 0.033 0.396 0.010 0.088 0.091 0.001 0.002 0.013 0.182 0.097 0.018 0.067 56 S 0.002 0.020 0.338 0.018 0.112 0.099 0.001 0.002 0.011 0.203 0.146 0.028 0.021 57 A 0.003 0.015 0.294 0.010 0.137 0.089 0.001 0.006 0.012 0.119 0.237 0.020 0.057 58 I 0.013 0.042 0.265 0.016 0.112 0.101 0.005 0.010 0.020 0.118 0.198 0.037 0.061 59 N 0.009 0.026 0.412 0.009 0.048 0.063 0.003 0.003 0.033 0.170 0.140 0.043 0.040 60 T 0.005 0.025 0.439 0.012 0.022 0.022 0.002 0.002 0.018 0.296 0.090 0.012 0.055 61 S 0.001 0.013 0.598 0.005 0.007 0.015 0.001 0.001 0.014 0.231 0.016 0.092 0.008 62 P 0.001 0.013 0.623 0.005 0.042 0.052 0.001 0.001 0.010 0.074 0.081 0.002 0.097 63 I 0.004 0.036 0.344 0.020 0.141 0.148 0.004 0.004 0.015 0.085 0.131 0.058 0.012 64 S 0.009 0.026 0.305 0.004 0.133 0.166 0.005 0.006 0.032 0.109 0.104 0.040 0.062 65 V 0.004 0.028 0.383 0.009 0.110 0.199 0.002 0.003 0.022 0.090 0.074 0.024 0.053 66 V 0.002 0.017 0.364 0.012 0.063 0.271 0.001 0.001 0.013 0.113 0.094 0.022 0.028 67 D 0.001 0.005 0.185 0.010 0.108 0.419 0.001 0.001 0.003 0.096 0.140 0.011 0.020 68 K 0.003 0.007 0.113 0.010 0.096 0.520 0.001 0.002 0.003 0.060 0.142 0.020 0.022 69 E 0.009 0.016 0.185 0.006 0.069 0.479 0.003 0.005 0.015 0.048 0.081 0.029 0.055 70 R 0.017 0.031 0.222 0.008 0.038 0.390 0.004 0.007 0.025 0.048 0.059 0.075 0.076 71 F 0.010 0.026 0.228 0.013 0.047 0.378 0.002 0.005 0.012 0.072 0.092 0.034 0.080 72 S 0.006 0.019 0.248 0.016 0.056 0.237 0.001 0.003 0.010 0.132 0.181 0.041 0.050 73 K 0.003 0.012 0.309 0.001 0.070 0.169 0.001 0.002 0.007 0.133 0.224 0.026 0.044 74 Y 0.004 0.060 0.248 0.003 0.063 0.140 0.002 0.003 0.004 0.149 0.275 0.009 0.040 75 H 0.001 0.015 0.351 0.001 0.101 0.099 0.001 0.001 0.003 0.189 0.224 0.007 0.008 76 D 0.001 0.003 0.101 0.004 0.200 0.079 0.001 0.001 0.001 0.139 0.469 0.001 0.003 77 N 0.001 0.007 0.176 0.003 0.176 0.054 0.001 0.001 0.001 0.176 0.390 0.013 0.002 78 Y 0.004 0.045 0.422 0.001 0.091 0.047 0.002 0.001 0.017 0.129 0.127 0.002 0.113 79 Y 0.006 0.034 0.528 0.007 0.009 0.014 0.001 0.001 0.032 0.130 0.018 0.214 0.007 80 P 0.012 0.025 0.382 0.019 0.041 0.030 0.003 0.004 0.034 0.069 0.124 0.005 0.251 81 G 0.035 0.014 0.234 0.061 0.108 0.084 0.011 0.011 0.040 0.110 0.167 0.099 0.027 82 W 0.099 0.008 0.210 0.014 0.114 0.122 0.039 0.019 0.051 0.069 0.053 0.057 0.146 83 Y 0.117 0.030 0.122 0.013 0.068 0.109 0.059 0.017 0.064 0.050 0.031 0.187 0.133 84 L 0.107 0.035 0.191 0.003 0.045 0.135 0.044 0.020 0.091 0.030 0.070 0.083 0.145 85 V 0.014 0.028 0.441 0.004 0.020 0.130 0.009 0.005 0.031 0.114 0.124 0.036 0.043 86 D 0.001 0.020 0.459 0.001 0.012 0.136 0.001 0.001 0.004 0.211 0.096 0.021 0.039 87 D 0.001 0.001 0.119 0.002 0.013 0.724 0.001 0.001 0.001 0.075 0.060 0.001 0.005 88 T 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.956 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.011 90 E 0.003 0.001 0.006 0.002 0.012 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.002 91 R 0.006 0.002 0.007 0.005 0.028 0.858 0.001 0.001 0.001 0.006 0.077 0.003 0.006 92 A 0.004 0.001 0.011 0.001 0.020 0.701 0.001 0.001 0.002 0.015 0.224 0.005 0.015 93 G 0.009 0.006 0.093 0.012 0.029 0.327 0.002 0.001 0.002 0.072 0.429 0.010 0.009 94 R 0.006 0.013 0.463 0.008 0.022 0.091 0.002 0.001 0.006 0.142 0.165 0.061 0.021 95 I 0.004 0.030 0.425 0.001 0.035 0.063 0.002 0.001 0.010 0.122 0.108 0.040 0.160 96 K 0.003 0.039 0.402 0.008 0.026 0.057 0.002 0.001 0.009 0.209 0.142 0.056 0.045 97 N 0.001 0.007 0.724 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 0.005 0.156 0.039 0.014 0.021