# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8556 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.458 0.221 0.048 0.093 0.072 0.045 0.026 0.017 0.013 0.005 0.002 2 E 0.244 0.092 0.030 0.111 0.110 0.102 0.106 0.066 0.063 0.042 0.035 3 P 0.178 0.157 0.077 0.169 0.130 0.096 0.086 0.042 0.035 0.019 0.011 4 I 0.018 0.031 0.035 0.105 0.094 0.098 0.169 0.138 0.121 0.112 0.080 5 C 0.009 0.008 0.014 0.019 0.034 0.065 0.136 0.163 0.192 0.189 0.171 6 G 0.081 0.113 0.128 0.262 0.159 0.103 0.072 0.037 0.025 0.013 0.007 7 L 0.016 0.021 0.026 0.045 0.051 0.066 0.139 0.134 0.161 0.184 0.155 8 Y 0.037 0.042 0.014 0.054 0.070 0.087 0.158 0.162 0.151 0.121 0.104 9 G 0.175 0.177 0.075 0.180 0.127 0.088 0.066 0.043 0.037 0.020 0.011 10 K 0.093 0.081 0.047 0.135 0.160 0.150 0.124 0.075 0.064 0.043 0.027 11 G 0.060 0.047 0.026 0.088 0.097 0.107 0.152 0.115 0.141 0.098 0.070 12 F 0.007 0.009 0.008 0.038 0.051 0.073 0.173 0.161 0.169 0.167 0.143 13 T 0.005 0.009 0.018 0.031 0.041 0.053 0.109 0.146 0.182 0.200 0.208 14 S 0.004 0.008 0.015 0.030 0.038 0.053 0.114 0.150 0.196 0.197 0.193 15 I 0.015 0.019 0.020 0.049 0.068 0.081 0.133 0.147 0.169 0.158 0.141 16 G 0.037 0.038 0.020 0.069 0.078 0.090 0.147 0.128 0.160 0.126 0.108 17 G 0.077 0.097 0.031 0.125 0.119 0.104 0.128 0.097 0.097 0.072 0.053 18 I 0.039 0.033 0.012 0.055 0.064 0.084 0.160 0.128 0.156 0.143 0.124 19 N 0.203 0.137 0.064 0.174 0.124 0.088 0.081 0.044 0.040 0.027 0.019 20 N 0.050 0.062 0.034 0.121 0.118 0.119 0.179 0.104 0.088 0.073 0.051 21 S 0.068 0.068 0.032 0.079 0.077 0.079 0.124 0.133 0.135 0.118 0.089 22 L 0.050 0.047 0.021 0.078 0.094 0.119 0.161 0.135 0.122 0.093 0.079 23 P 0.125 0.202 0.087 0.176 0.140 0.092 0.067 0.043 0.035 0.021 0.011 24 N 0.022 0.026 0.011 0.073 0.090 0.108 0.175 0.141 0.140 0.119 0.096 25 P 0.057 0.029 0.019 0.042 0.058 0.075 0.130 0.148 0.193 0.148 0.101 26 H 0.035 0.066 0.046 0.256 0.196 0.129 0.125 0.069 0.041 0.023 0.014 27 L 0.003 0.003 0.007 0.008 0.011 0.018 0.064 0.096 0.202 0.290 0.299 28 R 0.045 0.057 0.054 0.155 0.154 0.124 0.163 0.094 0.071 0.049 0.033 29 K 0.089 0.113 0.141 0.185 0.127 0.101 0.109 0.053 0.042 0.027 0.013 30 D 0.202 0.131 0.068 0.145 0.126 0.105 0.105 0.057 0.032 0.018 0.009 31 S 0.359 0.181 0.044 0.094 0.077 0.066 0.069 0.049 0.034 0.017 0.009 32 N 0.389 0.243 0.058 0.112 0.077 0.048 0.032 0.020 0.012 0.005 0.003 33 N 0.310 0.157 0.059 0.120 0.116 0.084 0.065 0.039 0.026 0.014 0.009 34 P 0.382 0.159 0.071 0.124 0.091 0.063 0.049 0.026 0.020 0.009 0.005 35 A 0.178 0.152 0.095 0.211 0.138 0.086 0.064 0.035 0.023 0.012 0.006 36 L 0.021 0.019 0.017 0.032 0.046 0.083 0.182 0.173 0.174 0.145 0.107 37 H 0.145 0.178 0.132 0.237 0.129 0.075 0.048 0.026 0.016 0.008 0.005 38 F 0.060 0.075 0.067 0.102 0.100 0.127 0.163 0.115 0.091 0.064 0.037 39 E 0.203 0.213 0.080 0.163 0.121 0.082 0.058 0.038 0.023 0.012 0.006 40 W 0.120 0.065 0.030 0.090 0.097 0.126 0.164 0.111 0.101 0.061 0.036 41 E 0.294 0.181 0.136 0.175 0.103 0.053 0.028 0.014 0.010 0.005 0.002 42 I 0.022 0.031 0.030 0.081 0.082 0.110 0.220 0.141 0.122 0.096 0.065 43 I 0.029 0.037 0.057 0.076 0.083 0.101 0.160 0.128 0.132 0.113 0.085 44 H 0.049 0.061 0.120 0.197 0.139 0.127 0.144 0.066 0.049 0.032 0.017 45 A 0.085 0.091 0.161 0.178 0.138 0.111 0.102 0.058 0.037 0.025 0.012 46 F 0.022 0.025 0.017 0.040 0.047 0.076 0.175 0.170 0.177 0.144 0.106 47 G 0.155 0.144 0.074 0.141 0.126 0.104 0.096 0.068 0.050 0.028 0.016 48 K 0.140 0.093 0.084 0.141 0.122 0.109 0.113 0.068 0.061 0.043 0.027 49 D 0.264 0.173 0.091 0.167 0.122 0.077 0.052 0.025 0.017 0.008 0.004 50 A 0.040 0.032 0.019 0.050 0.052 0.073 0.167 0.142 0.162 0.146 0.119 51 E 0.119 0.137 0.068 0.159 0.131 0.106 0.114 0.068 0.047 0.030 0.021 52 G 0.160 0.117 0.110 0.168 0.122 0.096 0.093 0.052 0.042 0.026 0.014 53 E 0.246 0.149 0.102 0.158 0.115 0.082 0.067 0.034 0.025 0.015 0.009 54 R 0.163 0.138 0.046 0.128 0.110 0.103 0.123 0.077 0.060 0.034 0.018 55 S 0.138 0.105 0.052 0.112 0.107 0.102 0.126 0.093 0.074 0.053 0.037 56 S 0.248 0.165 0.101 0.164 0.116 0.079 0.058 0.030 0.021 0.011 0.006 57 A 0.241 0.155 0.106 0.159 0.118 0.081 0.058 0.035 0.026 0.014 0.007 58 I 0.047 0.040 0.023 0.057 0.072 0.099 0.169 0.141 0.139 0.116 0.098 59 N 0.121 0.134 0.063 0.161 0.128 0.109 0.106 0.071 0.055 0.033 0.021 60 T 0.081 0.072 0.068 0.122 0.113 0.113 0.123 0.097 0.091 0.071 0.049 61 S 0.090 0.083 0.048 0.112 0.114 0.120 0.138 0.099 0.088 0.062 0.045 62 P 0.076 0.071 0.034 0.117 0.101 0.099 0.139 0.108 0.111 0.084 0.060 63 I 0.060 0.046 0.030 0.070 0.079 0.093 0.147 0.121 0.137 0.119 0.098 64 S 0.140 0.144 0.077 0.194 0.132 0.095 0.092 0.048 0.038 0.023 0.016 65 V 0.095 0.080 0.047 0.115 0.098 0.097 0.147 0.099 0.092 0.077 0.054 66 V 0.167 0.139 0.053 0.134 0.116 0.097 0.109 0.070 0.055 0.036 0.024 67 D 0.222 0.183 0.073 0.163 0.111 0.081 0.074 0.041 0.030 0.016 0.008 68 K 0.239 0.122 0.072 0.151 0.132 0.097 0.083 0.044 0.032 0.019 0.010 69 E 0.289 0.124 0.095 0.130 0.097 0.078 0.077 0.042 0.037 0.020 0.011 70 R 0.090 0.125 0.078 0.181 0.140 0.117 0.126 0.067 0.041 0.023 0.012 71 F 0.036 0.039 0.042 0.058 0.070 0.099 0.179 0.156 0.137 0.108 0.077 72 S 0.228 0.146 0.143 0.188 0.120 0.075 0.051 0.024 0.015 0.007 0.004 73 K 0.231 0.149 0.147 0.165 0.112 0.079 0.056 0.028 0.019 0.009 0.004 74 Y 0.083 0.085 0.041 0.087 0.090 0.104 0.170 0.124 0.101 0.068 0.046 75 H 0.141 0.131 0.063 0.152 0.127 0.114 0.120 0.067 0.045 0.026 0.016 76 D 0.239 0.152 0.200 0.174 0.098 0.060 0.036 0.018 0.013 0.007 0.003 77 N 0.125 0.130 0.110 0.185 0.157 0.125 0.088 0.041 0.023 0.011 0.005 78 Y 0.012 0.014 0.011 0.027 0.037 0.075 0.165 0.171 0.194 0.167 0.129 79 Y 0.029 0.052 0.049 0.144 0.139 0.151 0.165 0.112 0.076 0.049 0.034 80 P 0.006 0.018 0.036 0.071 0.089 0.109 0.165 0.147 0.145 0.125 0.089 81 G 0.003 0.004 0.008 0.024 0.035 0.054 0.123 0.141 0.209 0.202 0.199 82 W 0.002 0.002 0.007 0.017 0.027 0.040 0.118 0.141 0.233 0.223 0.190 83 Y 0.002 0.005 0.018 0.048 0.063 0.069 0.179 0.163 0.174 0.153 0.126 84 L 0.001 0.002 0.012 0.009 0.010 0.016 0.060 0.096 0.218 0.270 0.308 85 V 0.009 0.021 0.032 0.056 0.080 0.112 0.218 0.171 0.138 0.095 0.069 86 D 0.057 0.123 0.100 0.161 0.134 0.122 0.134 0.077 0.050 0.027 0.015 87 D 0.173 0.104 0.047 0.120 0.126 0.134 0.134 0.074 0.049 0.025 0.014 88 T 0.486 0.167 0.066 0.110 0.075 0.044 0.026 0.012 0.009 0.003 0.001 89 L 0.078 0.045 0.053 0.116 0.106 0.119 0.185 0.093 0.092 0.065 0.047 90 E 0.012 0.021 0.048 0.065 0.080 0.105 0.224 0.131 0.122 0.106 0.087 91 R 0.008 0.030 0.113 0.141 0.109 0.114 0.184 0.118 0.084 0.064 0.037 92 A 0.011 0.014 0.075 0.063 0.079 0.120 0.194 0.151 0.124 0.106 0.065 93 G 0.103 0.068 0.142 0.150 0.130 0.119 0.116 0.070 0.058 0.030 0.014 94 R 0.037 0.044 0.045 0.100 0.099 0.111 0.187 0.134 0.119 0.079 0.046 95 I 0.017 0.018 0.018 0.027 0.037 0.058 0.152 0.161 0.184 0.170 0.157 96 K 0.136 0.168 0.122 0.218 0.138 0.087 0.069 0.029 0.018 0.009 0.005 97 N 0.241 0.160 0.161 0.160 0.106 0.070 0.050 0.024 0.016 0.009 0.004