# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.001 0.008 0.240 0.004 0.009 0.008 0.001 0.001 0.002 0.339 0.375 0.004 0.009 2 E 0.001 0.015 0.696 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.186 0.014 0.059 0.012 3 P 0.004 0.054 0.607 0.003 0.003 0.004 0.004 0.001 0.029 0.031 0.020 0.007 0.234 4 I 0.025 0.043 0.372 0.021 0.015 0.018 0.018 0.009 0.065 0.047 0.029 0.275 0.063 5 C 0.040 0.016 0.245 0.170 0.052 0.036 0.022 0.011 0.046 0.103 0.062 0.036 0.160 6 G 0.049 0.014 0.195 0.019 0.069 0.052 0.026 0.015 0.082 0.099 0.073 0.234 0.073 7 L 0.053 0.022 0.242 0.008 0.047 0.056 0.029 0.030 0.060 0.031 0.074 0.050 0.297 8 Y 0.102 0.053 0.217 0.022 0.032 0.037 0.040 0.026 0.038 0.077 0.092 0.160 0.105 9 G 0.027 0.027 0.287 0.010 0.035 0.029 0.006 0.011 0.063 0.175 0.111 0.052 0.167 10 K 0.009 0.013 0.238 0.112 0.053 0.049 0.002 0.003 0.010 0.252 0.207 0.020 0.032 11 G 0.016 0.009 0.259 0.037 0.049 0.050 0.003 0.003 0.011 0.280 0.204 0.050 0.030 12 F 0.049 0.037 0.279 0.009 0.035 0.035 0.011 0.009 0.026 0.134 0.094 0.036 0.246 13 T 0.114 0.095 0.185 0.013 0.021 0.042 0.028 0.025 0.053 0.058 0.038 0.235 0.093 14 S 0.070 0.053 0.252 0.005 0.031 0.052 0.016 0.026 0.097 0.039 0.075 0.079 0.206 15 I 0.036 0.020 0.239 0.068 0.084 0.056 0.012 0.009 0.037 0.099 0.220 0.039 0.081 16 G 0.020 0.010 0.125 0.023 0.062 0.036 0.005 0.004 0.015 0.162 0.480 0.039 0.020 17 G 0.021 0.031 0.289 0.004 0.039 0.016 0.005 0.003 0.013 0.213 0.276 0.025 0.065 18 I 0.011 0.101 0.482 0.003 0.026 0.017 0.003 0.003 0.015 0.151 0.082 0.054 0.051 19 N 0.005 0.043 0.501 0.006 0.055 0.021 0.001 0.002 0.011 0.111 0.158 0.025 0.063 20 N 0.005 0.026 0.289 0.022 0.075 0.029 0.003 0.003 0.005 0.202 0.288 0.027 0.028 21 S 0.008 0.050 0.345 0.031 0.051 0.020 0.005 0.002 0.010 0.207 0.178 0.009 0.083 22 L 0.001 0.017 0.553 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.005 0.323 0.022 0.049 0.006 23 P 0.001 0.017 0.689 0.005 0.023 0.011 0.001 0.001 0.003 0.143 0.061 0.003 0.044 24 N 0.001 0.041 0.482 0.007 0.089 0.015 0.001 0.001 0.004 0.242 0.086 0.020 0.011 25 P 0.002 0.011 0.286 0.018 0.305 0.037 0.001 0.001 0.006 0.099 0.211 0.002 0.021 26 H 0.013 0.028 0.170 0.012 0.246 0.035 0.007 0.004 0.011 0.151 0.183 0.123 0.017 27 L 0.031 0.048 0.202 0.003 0.173 0.038 0.014 0.008 0.032 0.078 0.061 0.015 0.297 28 R 0.023 0.037 0.279 0.006 0.053 0.033 0.007 0.003 0.049 0.098 0.050 0.331 0.031 29 K 0.012 0.074 0.368 0.003 0.038 0.024 0.004 0.002 0.025 0.155 0.094 0.014 0.188 30 D 0.001 0.013 0.497 0.004 0.039 0.014 0.001 0.001 0.004 0.215 0.190 0.010 0.012 31 S 0.001 0.005 0.099 0.003 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.185 0.653 0.004 0.003 32 N 0.001 0.010 0.146 0.002 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 0.202 0.574 0.003 0.011 33 N 0.001 0.004 0.369 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.530 0.048 0.007 0.004 34 P 0.001 0.006 0.494 0.007 0.077 0.010 0.001 0.001 0.001 0.234 0.160 0.001 0.008 35 A 0.016 0.055 0.319 0.011 0.111 0.009 0.005 0.001 0.007 0.130 0.220 0.038 0.078 36 L 0.078 0.031 0.409 0.012 0.033 0.009 0.017 0.003 0.033 0.104 0.027 0.096 0.146 37 H 0.095 0.013 0.284 0.047 0.014 0.014 0.029 0.003 0.047 0.098 0.018 0.161 0.177 38 F 0.156 0.006 0.186 0.010 0.004 0.006 0.038 0.007 0.062 0.022 0.006 0.336 0.162 39 E 0.102 0.012 0.228 0.046 0.008 0.019 0.044 0.004 0.127 0.043 0.008 0.065 0.294 40 W 0.162 0.007 0.079 0.020 0.005 0.011 0.107 0.023 0.090 0.006 0.006 0.193 0.291 41 E 0.203 0.003 0.030 0.029 0.002 0.006 0.040 0.013 0.049 0.006 0.002 0.479 0.137 42 I 0.127 0.005 0.041 0.027 0.010 0.018 0.023 0.010 0.048 0.011 0.007 0.042 0.631 43 I 0.128 0.008 0.061 0.399 0.017 0.036 0.016 0.009 0.031 0.021 0.030 0.146 0.100 44 H 0.056 0.007 0.192 0.019 0.038 0.054 0.006 0.005 0.029 0.047 0.059 0.214 0.274 45 A 0.019 0.008 0.191 0.014 0.073 0.085 0.003 0.003 0.010 0.099 0.235 0.050 0.210 46 F 0.008 0.015 0.138 0.016 0.050 0.062 0.002 0.001 0.003 0.220 0.429 0.036 0.018 47 G 0.006 0.013 0.392 0.002 0.030 0.028 0.001 0.001 0.005 0.206 0.246 0.028 0.041 48 K 0.006 0.044 0.469 0.003 0.028 0.032 0.001 0.001 0.003 0.189 0.118 0.030 0.076 49 D 0.001 0.024 0.527 0.005 0.045 0.034 0.001 0.001 0.001 0.188 0.129 0.018 0.025 50 A 0.001 0.007 0.261 0.004 0.136 0.102 0.001 0.001 0.001 0.180 0.281 0.007 0.018 51 E 0.002 0.014 0.180 0.006 0.103 0.106 0.001 0.001 0.001 0.140 0.427 0.011 0.010 52 G 0.001 0.018 0.305 0.002 0.101 0.081 0.001 0.001 0.006 0.204 0.257 0.008 0.017 53 E 0.003 0.036 0.343 0.005 0.083 0.105 0.001 0.002 0.007 0.163 0.229 0.012 0.011 54 R 0.005 0.059 0.359 0.005 0.080 0.081 0.002 0.003 0.011 0.139 0.190 0.018 0.048 55 S 0.005 0.032 0.445 0.011 0.083 0.072 0.001 0.002 0.015 0.186 0.077 0.024 0.046 56 S 0.003 0.016 0.427 0.021 0.068 0.088 0.001 0.002 0.013 0.183 0.092 0.060 0.025 57 A 0.007 0.037 0.349 0.015 0.070 0.061 0.003 0.006 0.020 0.123 0.144 0.025 0.141 58 I 0.013 0.052 0.471 0.017 0.047 0.050 0.005 0.009 0.021 0.071 0.071 0.076 0.096 59 N 0.009 0.039 0.529 0.005 0.033 0.028 0.004 0.005 0.018 0.101 0.092 0.055 0.082 60 T 0.006 0.020 0.265 0.012 0.059 0.049 0.002 0.002 0.018 0.241 0.220 0.022 0.083 61 S 0.002 0.005 0.294 0.067 0.039 0.025 0.001 0.001 0.008 0.433 0.105 0.016 0.006 62 P 0.003 0.008 0.607 0.007 0.047 0.041 0.001 0.001 0.012 0.098 0.121 0.008 0.046 63 I 0.027 0.024 0.421 0.009 0.066 0.062 0.020 0.013 0.042 0.052 0.057 0.067 0.142 64 S 0.066 0.024 0.139 0.011 0.040 0.068 0.029 0.011 0.042 0.065 0.029 0.442 0.033 65 V 0.052 0.016 0.233 0.008 0.046 0.059 0.017 0.010 0.074 0.032 0.050 0.037 0.365 66 V 0.020 0.024 0.375 0.065 0.027 0.122 0.010 0.004 0.050 0.070 0.050 0.107 0.075 67 D 0.004 0.008 0.508 0.007 0.027 0.120 0.001 0.001 0.023 0.103 0.021 0.077 0.099 68 K 0.002 0.003 0.122 0.020 0.062 0.611 0.001 0.001 0.004 0.071 0.063 0.007 0.034 69 E 0.003 0.008 0.144 0.008 0.058 0.605 0.001 0.002 0.007 0.060 0.075 0.019 0.011 70 R 0.004 0.014 0.190 0.001 0.045 0.538 0.001 0.005 0.024 0.033 0.071 0.024 0.050 71 F 0.002 0.029 0.105 0.010 0.057 0.598 0.001 0.002 0.003 0.040 0.122 0.009 0.020 72 S 0.002 0.007 0.159 0.007 0.087 0.431 0.001 0.002 0.004 0.070 0.200 0.014 0.018 73 K 0.002 0.008 0.173 0.001 0.087 0.390 0.001 0.002 0.005 0.097 0.187 0.017 0.031 74 Y 0.004 0.063 0.258 0.002 0.045 0.228 0.002 0.003 0.008 0.151 0.190 0.007 0.039 75 H 0.001 0.023 0.464 0.001 0.066 0.107 0.001 0.001 0.006 0.179 0.138 0.008 0.006 76 D 0.001 0.008 0.148 0.003 0.186 0.117 0.001 0.001 0.001 0.118 0.411 0.001 0.007 77 N 0.001 0.011 0.158 0.004 0.158 0.064 0.001 0.001 0.001 0.193 0.396 0.009 0.006 78 Y 0.003 0.032 0.345 0.001 0.084 0.059 0.001 0.001 0.007 0.231 0.180 0.003 0.052 79 Y 0.004 0.022 0.553 0.008 0.018 0.024 0.001 0.001 0.012 0.210 0.068 0.069 0.010 80 P 0.009 0.018 0.284 0.019 0.038 0.023 0.001 0.001 0.008 0.095 0.439 0.005 0.060 81 G 0.050 0.011 0.223 0.019 0.046 0.022 0.016 0.011 0.038 0.148 0.269 0.105 0.042 82 W 0.213 0.015 0.169 0.014 0.022 0.024 0.098 0.017 0.045 0.059 0.022 0.067 0.235 83 Y 0.283 0.021 0.068 0.008 0.010 0.026 0.106 0.018 0.052 0.025 0.009 0.264 0.110 84 L 0.221 0.026 0.121 0.006 0.018 0.064 0.088 0.025 0.074 0.020 0.024 0.077 0.236 85 V 0.037 0.027 0.251 0.010 0.025 0.173 0.021 0.006 0.034 0.064 0.104 0.169 0.080 86 D 0.004 0.012 0.262 0.003 0.014 0.311 0.001 0.001 0.004 0.168 0.138 0.019 0.063 87 D 0.001 0.002 0.104 0.002 0.006 0.794 0.001 0.001 0.001 0.044 0.039 0.002 0.006 88 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 90 E 0.002 0.001 0.005 0.002 0.015 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.002 0.002 91 R 0.004 0.002 0.005 0.002 0.027 0.879 0.001 0.001 0.001 0.006 0.069 0.002 0.003 92 A 0.002 0.001 0.010 0.001 0.019 0.713 0.001 0.001 0.001 0.014 0.231 0.003 0.006 93 G 0.004 0.005 0.091 0.004 0.028 0.366 0.001 0.001 0.001 0.070 0.418 0.008 0.005 94 R 0.003 0.019 0.463 0.003 0.028 0.135 0.001 0.001 0.003 0.141 0.165 0.019 0.019 95 I 0.001 0.041 0.439 0.001 0.045 0.121 0.001 0.001 0.009 0.143 0.115 0.032 0.051 96 K 0.001 0.031 0.450 0.002 0.034 0.090 0.001 0.001 0.010 0.199 0.136 0.017 0.028 97 N 0.001 0.007 0.682 0.002 0.019 0.034 0.001 0.001 0.004 0.187 0.051 0.005 0.008