# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.083 0.006 0.006 0.023 0.019 0.035 0.072 0.004 0.001 0.008 0.743 2 E 0.096 0.002 0.014 0.028 0.020 0.030 0.078 0.001 0.001 0.007 0.724 3 P 0.004 0.001 0.002 0.012 0.007 0.009 0.026 0.001 0.001 0.001 0.939 4 I 0.023 0.002 0.001 0.073 0.056 0.119 0.131 0.001 0.001 0.004 0.590 5 C 0.071 0.011 0.001 0.182 0.096 0.185 0.090 0.001 0.001 0.007 0.358 6 G 0.041 0.026 0.001 0.135 0.111 0.118 0.105 0.001 0.001 0.004 0.459 7 L 0.059 0.026 0.004 0.115 0.084 0.163 0.079 0.001 0.001 0.006 0.462 8 Y 0.015 0.028 0.001 0.190 0.165 0.305 0.093 0.002 0.001 0.005 0.197 9 G 0.064 0.037 0.003 0.059 0.095 0.183 0.102 0.004 0.001 0.018 0.434 10 K 0.086 0.044 0.014 0.063 0.109 0.150 0.070 0.005 0.001 0.010 0.448 11 G 0.068 0.019 0.008 0.069 0.121 0.130 0.107 0.005 0.001 0.011 0.461 12 F 0.069 0.016 0.032 0.093 0.115 0.161 0.085 0.002 0.001 0.009 0.417 13 T 0.009 0.013 0.004 0.145 0.198 0.319 0.070 0.001 0.001 0.002 0.240 14 S 0.018 0.018 0.002 0.145 0.177 0.261 0.081 0.001 0.001 0.003 0.295 15 I 0.028 0.030 0.002 0.092 0.095 0.192 0.091 0.001 0.001 0.006 0.461 16 G 0.038 0.028 0.003 0.089 0.104 0.186 0.154 0.002 0.001 0.011 0.384 17 G 0.066 0.020 0.004 0.043 0.065 0.080 0.218 0.003 0.001 0.018 0.483 18 I 0.102 0.050 0.019 0.064 0.086 0.118 0.130 0.002 0.001 0.011 0.418 19 N 0.014 0.039 0.002 0.056 0.113 0.168 0.105 0.002 0.001 0.004 0.496 20 N 0.059 0.041 0.003 0.028 0.056 0.072 0.070 0.002 0.001 0.006 0.664 21 S 0.225 0.051 0.007 0.017 0.030 0.050 0.106 0.007 0.001 0.011 0.496 22 L 0.216 0.036 0.018 0.047 0.067 0.123 0.125 0.008 0.001 0.011 0.349 23 P 0.021 0.005 0.006 0.016 0.009 0.018 0.026 0.001 0.001 0.002 0.896 24 N 0.069 0.009 0.005 0.066 0.042 0.101 0.148 0.002 0.001 0.005 0.553 25 P 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.982 26 H 0.030 0.006 0.001 0.035 0.026 0.045 0.272 0.001 0.001 0.005 0.580 27 L 0.336 0.016 0.002 0.023 0.015 0.041 0.126 0.001 0.001 0.012 0.427 28 R 0.137 0.090 0.001 0.070 0.058 0.072 0.091 0.003 0.001 0.004 0.473 29 K 0.146 0.049 0.005 0.021 0.018 0.036 0.056 0.001 0.001 0.004 0.664 30 D 0.132 0.039 0.003 0.044 0.057 0.070 0.058 0.008 0.001 0.003 0.586 31 S 0.091 0.014 0.005 0.022 0.025 0.038 0.076 0.005 0.001 0.005 0.719 32 N 0.081 0.005 0.005 0.019 0.019 0.029 0.137 0.005 0.001 0.007 0.692 33 N 0.243 0.004 0.009 0.037 0.022 0.026 0.189 0.002 0.001 0.013 0.455 34 P 0.007 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.956 35 A 0.019 0.001 0.001 0.029 0.016 0.038 0.290 0.001 0.001 0.009 0.597 36 L 0.349 0.004 0.002 0.065 0.029 0.045 0.136 0.001 0.001 0.024 0.346 37 H 0.106 0.013 0.002 0.078 0.031 0.052 0.140 0.001 0.001 0.009 0.567 38 F 0.031 0.006 0.006 0.131 0.114 0.154 0.065 0.001 0.001 0.005 0.488 39 E 0.014 0.009 0.002 0.251 0.101 0.256 0.100 0.001 0.001 0.004 0.262 40 W 0.017 0.023 0.003 0.136 0.162 0.258 0.054 0.001 0.001 0.004 0.343 41 E 0.008 0.045 0.001 0.188 0.158 0.336 0.079 0.001 0.001 0.003 0.182 42 I 0.012 0.081 0.001 0.088 0.106 0.203 0.077 0.001 0.001 0.003 0.426 43 I 0.022 0.161 0.001 0.152 0.136 0.365 0.052 0.001 0.001 0.004 0.106 44 H 0.022 0.324 0.001 0.051 0.084 0.167 0.060 0.007 0.001 0.004 0.280 45 A 0.161 0.383 0.004 0.012 0.029 0.035 0.031 0.015 0.001 0.004 0.326 46 F 0.211 0.410 0.018 0.009 0.024 0.039 0.081 0.039 0.001 0.008 0.162 47 G 0.318 0.097 0.031 0.009 0.024 0.023 0.079 0.082 0.001 0.019 0.317 48 K 0.078 0.027 0.427 0.007 0.006 0.010 0.053 0.002 0.001 0.004 0.385 49 D 0.012 0.011 0.003 0.019 0.016 0.018 0.122 0.004 0.001 0.001 0.794 50 A 0.066 0.008 0.005 0.015 0.007 0.007 0.042 0.001 0.001 0.005 0.845 51 E 0.051 0.019 0.001 0.012 0.008 0.015 0.446 0.002 0.001 0.013 0.432 52 G 0.435 0.024 0.004 0.024 0.010 0.014 0.169 0.006 0.001 0.037 0.277 53 E 0.327 0.068 0.013 0.031 0.007 0.012 0.146 0.003 0.001 0.016 0.378 54 R 0.061 0.039 0.011 0.033 0.028 0.038 0.157 0.004 0.001 0.009 0.622 55 S 0.096 0.039 0.010 0.053 0.039 0.081 0.065 0.003 0.001 0.008 0.607 56 S 0.051 0.040 0.003 0.051 0.087 0.092 0.137 0.005 0.001 0.004 0.529 57 A 0.105 0.045 0.002 0.021 0.035 0.041 0.081 0.003 0.001 0.007 0.660 58 I 0.150 0.094 0.006 0.058 0.068 0.128 0.203 0.008 0.001 0.016 0.270 59 N 0.152 0.079 0.005 0.057 0.046 0.077 0.281 0.014 0.001 0.022 0.267 60 T 0.233 0.055 0.027 0.055 0.018 0.030 0.078 0.012 0.001 0.020 0.471 61 S 0.163 0.020 0.015 0.028 0.022 0.025 0.322 0.007 0.001 0.013 0.384 62 P 0.014 0.002 0.013 0.007 0.002 0.003 0.027 0.001 0.001 0.003 0.930 63 I 0.017 0.008 0.008 0.039 0.034 0.077 0.361 0.001 0.001 0.011 0.443 64 S 0.134 0.024 0.002 0.073 0.051 0.085 0.350 0.002 0.001 0.020 0.260 65 V 0.120 0.155 0.002 0.052 0.028 0.037 0.059 0.003 0.001 0.004 0.541 66 V 0.104 0.247 0.008 0.071 0.073 0.127 0.133 0.002 0.001 0.012 0.223 67 D 0.063 0.194 0.004 0.032 0.033 0.053 0.203 0.007 0.001 0.009 0.402 68 K 0.095 0.275 0.009 0.029 0.019 0.028 0.076 0.014 0.001 0.011 0.445 69 E 0.093 0.214 0.013 0.011 0.014 0.020 0.288 0.012 0.001 0.021 0.315 70 R 0.148 0.209 0.013 0.013 0.020 0.031 0.252 0.021 0.001 0.021 0.272 71 F 0.119 0.495 0.026 0.021 0.020 0.036 0.042 0.011 0.001 0.005 0.226 72 S 0.048 0.492 0.004 0.011 0.013 0.018 0.035 0.010 0.001 0.002 0.366 73 K 0.160 0.289 0.004 0.005 0.010 0.012 0.038 0.018 0.001 0.003 0.460 74 Y 0.267 0.324 0.020 0.008 0.011 0.016 0.075 0.016 0.001 0.006 0.258 75 H 0.121 0.306 0.020 0.023 0.023 0.032 0.135 0.013 0.001 0.006 0.322 76 D 0.062 0.202 0.010 0.014 0.012 0.021 0.054 0.006 0.001 0.003 0.615 77 N 0.154 0.203 0.005 0.016 0.021 0.026 0.091 0.017 0.001 0.006 0.463 78 Y 0.383 0.211 0.013 0.015 0.016 0.024 0.068 0.020 0.001 0.011 0.238 79 Y 0.195 0.239 0.029 0.049 0.056 0.080 0.077 0.015 0.001 0.006 0.253 80 P 0.005 0.012 0.005 0.007 0.006 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.947 81 G 0.057 0.022 0.004 0.090 0.103 0.214 0.102 0.005 0.001 0.009 0.393 82 W 0.359 0.040 0.013 0.072 0.061 0.083 0.054 0.005 0.001 0.010 0.303 83 Y 0.048 0.075 0.006 0.221 0.189 0.185 0.038 0.003 0.001 0.002 0.231 84 L 0.021 0.027 0.004 0.183 0.140 0.289 0.074 0.002 0.001 0.003 0.255 85 V 0.042 0.038 0.004 0.276 0.125 0.262 0.091 0.003 0.001 0.005 0.155 86 D 0.018 0.033 0.006 0.103 0.033 0.075 0.112 0.003 0.001 0.005 0.612 87 D 0.018 0.018 0.002 0.026 0.016 0.022 0.323 0.001 0.001 0.010 0.564 88 T 0.060 0.034 0.002 0.010 0.006 0.008 0.476 0.001 0.001 0.018 0.386 89 L 0.051 0.197 0.003 0.013 0.012 0.019 0.348 0.002 0.001 0.011 0.344 90 E 0.055 0.500 0.003 0.010 0.020 0.044 0.158 0.003 0.001 0.014 0.193 91 R 0.085 0.707 0.004 0.001 0.005 0.015 0.017 0.002 0.001 0.002 0.162 92 A 0.078 0.727 0.002 0.002 0.011 0.011 0.003 0.011 0.001 0.001 0.156 93 G 0.191 0.395 0.005 0.003 0.027 0.019 0.011 0.059 0.001 0.003 0.286 94 R 0.156 0.173 0.250 0.004 0.008 0.016 0.024 0.009 0.001 0.004 0.357 95 I 0.037 0.157 0.026 0.047 0.044 0.067 0.082 0.023 0.001 0.002 0.516 96 K 0.118 0.104 0.008 0.051 0.020 0.035 0.057 0.009 0.001 0.007 0.591 97 N 0.115 0.125 0.006 0.019 0.017 0.022 0.134 0.009 0.001 0.007 0.545