# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.778 0.125 0.043 0.033 0.016 0.004 0.001 2 E 0.563 0.230 0.131 0.056 0.017 0.003 0.001 3 P 0.504 0.307 0.124 0.050 0.011 0.003 0.001 4 I 0.225 0.170 0.176 0.212 0.153 0.058 0.005 5 C 0.197 0.216 0.243 0.180 0.114 0.043 0.007 6 G 0.342 0.273 0.177 0.127 0.057 0.021 0.004 7 L 0.111 0.148 0.206 0.242 0.195 0.088 0.010 8 Y 0.139 0.139 0.177 0.211 0.206 0.111 0.017 9 G 0.374 0.302 0.181 0.093 0.035 0.012 0.002 10 K 0.382 0.238 0.175 0.119 0.060 0.022 0.005 11 G 0.206 0.162 0.157 0.195 0.170 0.093 0.016 12 F 0.093 0.082 0.100 0.178 0.232 0.256 0.058 13 T 0.157 0.133 0.135 0.190 0.185 0.148 0.052 14 S 0.129 0.140 0.143 0.189 0.180 0.167 0.052 15 I 0.097 0.096 0.100 0.155 0.209 0.235 0.108 16 G 0.144 0.181 0.191 0.203 0.153 0.092 0.035 17 G 0.192 0.274 0.220 0.164 0.094 0.044 0.012 18 I 0.114 0.106 0.145 0.223 0.241 0.143 0.027 19 N 0.327 0.284 0.187 0.119 0.057 0.021 0.004 20 N 0.289 0.277 0.203 0.132 0.064 0.028 0.006 21 S 0.196 0.197 0.190 0.193 0.138 0.070 0.015 22 L 0.074 0.118 0.182 0.244 0.213 0.136 0.033 23 P 0.136 0.216 0.193 0.176 0.135 0.109 0.036 24 N 0.057 0.135 0.213 0.247 0.208 0.113 0.027 25 P 0.042 0.093 0.147 0.231 0.270 0.187 0.030 26 H 0.047 0.124 0.212 0.271 0.216 0.114 0.016 27 L 0.034 0.063 0.138 0.296 0.341 0.120 0.007 28 R 0.253 0.396 0.251 0.083 0.016 0.002 0.001 29 K 0.626 0.248 0.086 0.033 0.007 0.001 0.001 30 D 0.668 0.226 0.076 0.024 0.005 0.001 0.001 31 S 0.828 0.129 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 32 N 0.756 0.169 0.054 0.018 0.003 0.001 0.001 33 N 0.644 0.243 0.083 0.026 0.005 0.001 0.001 34 P 0.672 0.223 0.070 0.027 0.007 0.001 0.001 35 A 0.411 0.313 0.171 0.076 0.026 0.004 0.001 36 L 0.085 0.139 0.231 0.309 0.186 0.048 0.003 37 H 0.205 0.336 0.235 0.146 0.058 0.018 0.002 38 F 0.062 0.095 0.172 0.273 0.252 0.126 0.020 39 E 0.072 0.211 0.266 0.243 0.132 0.062 0.014 40 W 0.009 0.025 0.060 0.160 0.292 0.348 0.106 41 E 0.007 0.046 0.121 0.238 0.287 0.242 0.058 42 I 0.008 0.018 0.041 0.124 0.299 0.426 0.083 43 I 0.014 0.095 0.235 0.325 0.218 0.102 0.011 44 H 0.039 0.102 0.179 0.259 0.265 0.142 0.014 45 A 0.048 0.171 0.270 0.292 0.165 0.050 0.004 46 F 0.070 0.111 0.199 0.301 0.245 0.069 0.004 47 G 0.394 0.328 0.177 0.076 0.021 0.004 0.001 48 K 0.610 0.271 0.085 0.028 0.006 0.001 0.001 49 D 0.655 0.209 0.081 0.039 0.013 0.002 0.001 50 A 0.694 0.201 0.067 0.027 0.008 0.001 0.001 51 E 0.760 0.169 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 52 G 0.665 0.222 0.080 0.027 0.005 0.001 0.001 53 E 0.559 0.287 0.110 0.036 0.007 0.001 0.001 54 R 0.269 0.362 0.230 0.112 0.024 0.003 0.001 55 S 0.073 0.152 0.282 0.319 0.152 0.021 0.001 56 S 0.423 0.372 0.139 0.050 0.014 0.003 0.001 57 A 0.125 0.264 0.292 0.209 0.086 0.023 0.001 58 I 0.018 0.040 0.114 0.324 0.383 0.119 0.003 59 N 0.182 0.327 0.290 0.148 0.044 0.009 0.001 60 T 0.331 0.349 0.193 0.095 0.026 0.005 0.001 61 S 0.212 0.288 0.260 0.161 0.063 0.016 0.001 62 P 0.093 0.225 0.282 0.239 0.124 0.034 0.002 63 I 0.022 0.035 0.099 0.258 0.381 0.195 0.010 64 S 0.114 0.337 0.300 0.176 0.060 0.013 0.001 65 V 0.059 0.160 0.236 0.287 0.191 0.065 0.003 66 V 0.085 0.169 0.248 0.296 0.168 0.033 0.001 67 D 0.435 0.345 0.159 0.049 0.010 0.001 0.001 68 K 0.529 0.274 0.130 0.053 0.012 0.002 0.001 69 E 0.580 0.275 0.096 0.036 0.011 0.002 0.001 70 R 0.382 0.356 0.175 0.069 0.015 0.002 0.001 71 F 0.078 0.140 0.249 0.344 0.159 0.029 0.001 72 S 0.438 0.348 0.142 0.054 0.015 0.003 0.001 73 K 0.498 0.326 0.122 0.042 0.011 0.002 0.001 74 Y 0.084 0.139 0.229 0.306 0.193 0.047 0.002 75 H 0.085 0.152 0.230 0.286 0.190 0.054 0.004 76 D 0.406 0.333 0.166 0.069 0.020 0.005 0.001 77 N 0.263 0.278 0.213 0.152 0.070 0.023 0.003 78 Y 0.055 0.086 0.147 0.243 0.261 0.179 0.028 79 Y 0.095 0.117 0.154 0.218 0.206 0.164 0.046 80 P 0.139 0.147 0.180 0.210 0.163 0.125 0.035 81 G 0.137 0.167 0.161 0.164 0.157 0.156 0.058 82 W 0.038 0.059 0.100 0.168 0.252 0.275 0.107 83 Y 0.024 0.043 0.079 0.156 0.264 0.320 0.114 84 L 0.030 0.041 0.060 0.123 0.232 0.373 0.141 85 V 0.046 0.073 0.123 0.233 0.284 0.202 0.038 86 D 0.166 0.251 0.241 0.174 0.100 0.052 0.015 87 D 0.158 0.152 0.169 0.202 0.165 0.114 0.040 88 T 0.308 0.228 0.153 0.134 0.094 0.065 0.019 89 L 0.125 0.118 0.145 0.216 0.207 0.154 0.035 90 E 0.158 0.146 0.146 0.187 0.175 0.151 0.036 91 R 0.192 0.190 0.184 0.172 0.133 0.101 0.028 92 A 0.283 0.192 0.160 0.164 0.120 0.069 0.012 93 G 0.369 0.273 0.164 0.104 0.055 0.029 0.007 94 R 0.271 0.227 0.185 0.176 0.101 0.037 0.004 95 I 0.292 0.197 0.204 0.174 0.100 0.031 0.003 96 K 0.682 0.215 0.067 0.026 0.008 0.002 0.001 97 N 0.684 0.194 0.077 0.032 0.010 0.002 0.001