# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.007 0.752 0.009 0.011 0.019 0.001 0.002 0.018 0.113 0.036 0.014 0.016 2 K 0.006 0.013 0.420 0.014 0.008 0.022 0.009 0.034 0.225 0.153 0.037 0.020 0.038 3 F 0.018 0.005 0.057 0.005 0.003 0.010 0.042 0.463 0.319 0.022 0.012 0.014 0.030 4 L 0.032 0.007 0.035 0.011 0.002 0.008 0.074 0.589 0.180 0.013 0.008 0.023 0.017 5 T 0.019 0.006 0.081 0.005 0.004 0.012 0.049 0.426 0.330 0.012 0.007 0.010 0.039 6 T 0.014 0.003 0.133 0.017 0.009 0.015 0.028 0.409 0.298 0.015 0.012 0.029 0.019 7 N 0.016 0.005 0.186 0.035 0.030 0.035 0.024 0.136 0.288 0.149 0.031 0.038 0.027 8 F 0.037 0.009 0.248 0.047 0.097 0.080 0.039 0.088 0.142 0.040 0.056 0.006 0.110 9 L 0.131 0.028 0.141 0.048 0.038 0.069 0.054 0.153 0.103 0.039 0.025 0.140 0.031 10 K 0.069 0.022 0.127 0.025 0.045 0.069 0.020 0.102 0.110 0.082 0.022 0.054 0.254 11 C 0.041 0.007 0.235 0.181 0.053 0.083 0.005 0.015 0.054 0.123 0.036 0.081 0.088 12 S 0.053 0.006 0.303 0.066 0.088 0.079 0.005 0.005 0.035 0.106 0.082 0.068 0.103 13 V 0.078 0.017 0.185 0.035 0.083 0.052 0.013 0.006 0.026 0.095 0.061 0.084 0.265 14 K 0.085 0.024 0.176 0.103 0.073 0.043 0.014 0.013 0.043 0.087 0.093 0.140 0.108 15 A 0.054 0.019 0.269 0.011 0.049 0.031 0.008 0.008 0.067 0.119 0.097 0.180 0.087 16 C 0.028 0.028 0.360 0.008 0.029 0.017 0.008 0.004 0.035 0.118 0.091 0.046 0.228 17 D 0.018 0.023 0.395 0.009 0.030 0.011 0.005 0.003 0.020 0.146 0.110 0.167 0.063 18 T 0.013 0.041 0.339 0.011 0.030 0.011 0.002 0.002 0.010 0.160 0.171 0.040 0.170 19 S 0.003 0.018 0.339 0.015 0.033 0.012 0.001 0.001 0.003 0.272 0.246 0.023 0.035 20 N 0.001 0.007 0.266 0.018 0.032 0.009 0.001 0.001 0.002 0.493 0.148 0.005 0.018 21 D 0.001 0.007 0.410 0.012 0.021 0.011 0.001 0.001 0.002 0.440 0.047 0.043 0.006 22 N 0.006 0.027 0.386 0.014 0.022 0.008 0.001 0.001 0.011 0.165 0.057 0.003 0.300 23 F 0.016 0.014 0.251 0.024 0.003 0.003 0.004 0.002 0.029 0.071 0.007 0.563 0.012 24 P 0.032 0.009 0.154 0.013 0.003 0.003 0.013 0.004 0.047 0.021 0.006 0.013 0.682 25 L 0.114 0.014 0.116 0.035 0.006 0.006 0.054 0.030 0.055 0.013 0.006 0.480 0.070 26 Q 0.136 0.014 0.163 0.018 0.013 0.015 0.050 0.018 0.131 0.034 0.016 0.150 0.242 27 Y 0.035 0.011 0.342 0.013 0.038 0.048 0.019 0.005 0.087 0.049 0.030 0.121 0.202 28 D 0.012 0.008 0.444 0.045 0.030 0.065 0.005 0.002 0.037 0.094 0.113 0.077 0.066 29 G 0.007 0.005 0.236 0.026 0.083 0.169 0.003 0.001 0.011 0.132 0.256 0.023 0.048 30 S 0.012 0.016 0.297 0.027 0.055 0.219 0.004 0.003 0.015 0.099 0.099 0.090 0.064 31 K 0.032 0.013 0.252 0.007 0.035 0.216 0.006 0.004 0.023 0.038 0.051 0.144 0.180 32 C 0.032 0.014 0.140 0.102 0.041 0.368 0.005 0.003 0.007 0.053 0.051 0.052 0.132 33 Q 0.030 0.006 0.116 0.107 0.032 0.345 0.002 0.004 0.010 0.042 0.056 0.163 0.088 34 L 0.030 0.004 0.099 0.035 0.035 0.436 0.004 0.004 0.008 0.043 0.057 0.071 0.174 35 V 0.035 0.013 0.142 0.059 0.027 0.355 0.006 0.007 0.007 0.038 0.044 0.120 0.146 36 Q 0.041 0.016 0.176 0.011 0.022 0.217 0.004 0.009 0.019 0.039 0.054 0.207 0.184 37 D 0.015 0.019 0.256 0.014 0.026 0.202 0.002 0.006 0.019 0.089 0.071 0.084 0.199 38 E 0.006 0.008 0.346 0.064 0.029 0.135 0.001 0.003 0.012 0.166 0.141 0.049 0.040 39 S 0.003 0.008 0.383 0.015 0.062 0.111 0.001 0.001 0.007 0.136 0.200 0.024 0.050 40 I 0.005 0.016 0.334 0.020 0.060 0.096 0.004 0.003 0.014 0.143 0.110 0.060 0.133 41 E 0.016 0.034 0.351 0.002 0.035 0.064 0.006 0.004 0.041 0.098 0.083 0.192 0.074 42 F 0.002 0.052 0.466 0.001 0.014 0.090 0.001 0.001 0.014 0.204 0.044 0.015 0.097 43 N 0.001 0.008 0.805 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.137 0.005 0.001 0.002 44 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 47 L 0.001 0.005 0.002 0.001 0.034 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 0.885 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.049 0.752 0.001 0.001 0.001 0.021 0.164 0.001 0.001 50 I 0.001 0.008 0.076 0.001 0.063 0.669 0.001 0.001 0.002 0.027 0.153 0.001 0.002 51 V 0.001 0.005 0.174 0.001 0.173 0.463 0.001 0.001 0.001 0.094 0.091 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.027 0.001 0.226 0.331 0.001 0.001 0.001 0.027 0.388 0.001 0.001 53 R 0.001 0.003 0.055 0.001 0.220 0.340 0.001 0.001 0.001 0.028 0.352 0.001 0.001 54 V 0.001 0.020 0.456 0.001 0.027 0.299 0.001 0.001 0.005 0.161 0.029 0.001 0.001 55 D 0.001 0.045 0.595 0.001 0.002 0.230 0.001 0.001 0.002 0.116 0.008 0.001 0.001 56 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.895 0.001 0.001 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 66 L 0.001 0.002 0.034 0.001 0.019 0.326 0.001 0.001 0.001 0.043 0.576 0.001 0.001 67 G 0.001 0.008 0.177 0.001 0.040 0.055 0.001 0.001 0.001 0.123 0.595 0.001 0.001 68 N 0.001 0.008 0.381 0.001 0.191 0.047 0.001 0.001 0.002 0.184 0.181 0.001 0.004 69 N 0.001 0.008 0.208 0.002 0.199 0.031 0.001 0.001 0.004 0.347 0.193 0.006 0.002 70 A 0.001 0.037 0.336 0.001 0.158 0.024 0.002 0.001 0.029 0.184 0.179 0.003 0.046 71 L 0.001 0.084 0.600 0.001 0.027 0.012 0.001 0.001 0.042 0.194 0.023 0.011 0.006 72 P 0.001 0.010 0.804 0.001 0.065 0.010 0.001 0.001 0.003 0.079 0.027 0.001 0.002 73 P 0.001 0.009 0.045 0.001 0.194 0.023 0.001 0.001 0.001 0.053 0.675 0.001 0.001 74 T 0.001 0.004 0.083 0.001 0.188 0.013 0.001 0.001 0.001 0.061 0.649 0.001 0.001 75 K 0.001 0.004 0.523 0.001 0.080 0.009 0.001 0.001 0.002 0.337 0.042 0.001 0.001 76 P 0.001 0.007 0.355 0.001 0.048 0.019 0.001 0.001 0.001 0.217 0.351 0.001 0.001 77 S 0.001 0.031 0.211 0.001 0.047 0.008 0.001 0.001 0.003 0.115 0.581 0.001 0.004 78 F 0.001 0.025 0.795 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.007 0.141 0.013 0.004 0.001 79 P 0.001 0.026 0.804 0.001 0.012 0.017 0.001 0.001 0.004 0.085 0.038 0.001 0.011 80 S 0.001 0.014 0.243 0.003 0.121 0.117 0.001 0.001 0.006 0.181 0.301 0.009 0.003 81 S 0.001 0.014 0.362 0.003 0.159 0.117 0.001 0.001 0.010 0.195 0.131 0.002 0.006 82 I 0.001 0.023 0.322 0.001 0.223 0.240 0.001 0.001 0.027 0.063 0.079 0.005 0.015 83 Q 0.001 0.021 0.197 0.002 0.220 0.352 0.001 0.002 0.009 0.049 0.137 0.004 0.005 84 E 0.001 0.007 0.146 0.001 0.238 0.255 0.001 0.002 0.007 0.141 0.199 0.002 0.003 85 L 0.001 0.016 0.235 0.001 0.120 0.305 0.001 0.001 0.004 0.118 0.195 0.001 0.004 86 T 0.001 0.010 0.613 0.001 0.023 0.223 0.001 0.001 0.002 0.089 0.037 0.001 0.002 87 D 0.001 0.002 0.189 0.001 0.046 0.635 0.001 0.001 0.001 0.045 0.082 0.001 0.001 88 D 0.001 0.002 0.061 0.001 0.041 0.601 0.001 0.001 0.001 0.046 0.247 0.001 0.001 89 D 0.001 0.002 0.122 0.001 0.023 0.700 0.001 0.001 0.002 0.032 0.117 0.001 0.001 90 M 0.001 0.002 0.046 0.001 0.010 0.904 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.862 0.001 0.001 0.001 0.003 0.123 0.001 0.001 102 Q 0.001 0.001 0.036 0.001 0.016 0.716 0.001 0.001 0.001 0.035 0.192 0.001 0.001 103 T 0.002 0.008 0.505 0.006 0.034 0.246 0.001 0.001 0.008 0.096 0.076 0.004 0.015 104 S 0.005 0.022 0.308 0.009 0.034 0.126 0.001 0.002 0.031 0.165 0.069 0.195 0.032 105 I 0.030 0.017 0.142 0.027 0.025 0.069 0.006 0.016 0.059 0.075 0.065 0.036 0.433 106 A 0.064 0.010 0.176 0.225 0.011 0.027 0.008 0.013 0.079 0.055 0.037 0.233 0.063 107 E 0.108 0.005 0.126 0.039 0.008 0.017 0.013 0.014 0.057 0.036 0.050 0.106 0.421 108 G 0.135 0.003 0.109 0.024 0.004 0.005 0.014 0.007 0.019 0.024 0.041 0.444 0.169 109 E 0.183 0.012 0.112 0.040 0.006 0.005 0.030 0.004 0.025 0.067 0.015 0.128 0.375 110 M 0.122 0.010 0.074 0.003 0.002 0.002 0.021 0.002 0.023 0.010 0.003 0.470 0.259 111 K 0.087 0.010 0.123 0.026 0.001 0.001 0.016 0.002 0.022 0.015 0.006 0.116 0.575 112 C 0.021 0.020 0.391 0.012 0.007 0.002 0.004 0.001 0.021 0.040 0.015 0.184 0.281 113 R 0.004 0.005 0.148 0.018 0.024 0.005 0.001 0.001 0.004 0.109 0.577 0.022 0.083 114 N 0.002 0.004 0.105 0.014 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.173 0.640 0.028 0.009 115 C 0.006 0.010 0.198 0.010 0.025 0.007 0.002 0.001 0.004 0.308 0.329 0.032 0.069 116 G 0.018 0.017 0.397 0.018 0.009 0.005 0.004 0.001 0.007 0.266 0.164 0.034 0.060 117 H 0.042 0.019 0.397 0.012 0.003 0.004 0.009 0.001 0.006 0.066 0.009 0.335 0.097 118 I 0.086 0.017 0.051 0.010 0.001 0.002 0.012 0.001 0.004 0.009 0.002 0.030 0.776 119 Y 0.063 0.004 0.035 0.030 0.002 0.004 0.008 0.001 0.007 0.006 0.001 0.802 0.038 120 Y 0.076 0.004 0.047 0.006 0.003 0.006 0.016 0.002 0.019 0.005 0.005 0.049 0.763 121 I 0.174 0.011 0.137 0.058 0.013 0.014 0.042 0.011 0.029 0.015 0.017 0.243 0.235 122 K 0.063 0.015 0.173 0.103 0.032 0.030 0.014 0.007 0.041 0.059 0.122 0.158 0.183 123 N 0.011 0.004 0.077 0.027 0.043 0.026 0.003 0.002 0.007 0.134 0.587 0.042 0.036 124 G 0.010 0.008 0.207 0.011 0.013 0.007 0.003 0.002 0.008 0.233 0.443 0.022 0.032 125 I 0.010 0.022 0.464 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 0.009 0.146 0.010 0.292 0.032 126 P 0.010 0.035 0.299 0.018 0.006 0.004 0.006 0.003 0.032 0.059 0.026 0.008 0.495 127 N 0.036 0.027 0.180 0.066 0.014 0.009 0.021 0.018 0.053 0.046 0.030 0.467 0.033 128 L 0.055 0.019 0.122 0.021 0.022 0.013 0.054 0.025 0.044 0.042 0.036 0.034 0.513 129 L 0.055 0.048 0.294 0.027 0.048 0.043 0.036 0.033 0.058 0.136 0.054 0.111 0.056 130 L 0.009 0.026 0.451 0.002 0.016 0.034 0.004 0.003 0.063 0.281 0.024 0.046 0.041 131 P 0.001 0.006 0.812 0.002 0.017 0.023 0.001 0.001 0.007 0.101 0.016 0.003 0.013 132 P 0.001 0.009 0.206 0.034 0.294 0.178 0.001 0.001 0.002 0.077 0.187 0.001 0.010 133 H 0.003 0.015 0.119 0.006 0.294 0.206 0.001 0.002 0.003 0.130 0.159 0.059 0.003 134 L 0.006 0.016 0.173 0.001 0.222 0.199 0.003 0.004 0.020 0.050 0.087 0.003 0.214 135 V 0.004 0.034 0.386 0.006 0.066 0.113 0.001 0.001 0.019 0.159 0.064 0.140 0.007