# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.214 0.004 0.014 0.010 0.011 0.035 0.004 0.001 0.570 0.113 2 K 0.014 0.341 0.003 0.014 0.010 0.016 0.035 0.003 0.001 0.447 0.117 3 F 0.022 0.276 0.006 0.013 0.008 0.011 0.027 0.004 0.001 0.486 0.145 4 L 0.011 0.698 0.013 0.019 0.007 0.010 0.021 0.006 0.002 0.094 0.119 5 T 0.028 0.872 0.001 0.003 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.013 0.063 6 T 0.042 0.551 0.015 0.012 0.006 0.010 0.032 0.018 0.008 0.129 0.177 7 N 0.055 0.751 0.004 0.004 0.002 0.004 0.029 0.009 0.002 0.031 0.110 8 F 0.058 0.124 0.011 0.012 0.007 0.010 0.064 0.005 0.003 0.516 0.191 9 L 0.020 0.500 0.011 0.018 0.011 0.014 0.077 0.008 0.003 0.115 0.223 10 K 0.110 0.339 0.012 0.021 0.011 0.020 0.072 0.017 0.003 0.094 0.301 11 C 0.055 0.156 0.044 0.060 0.033 0.042 0.085 0.020 0.016 0.128 0.361 12 S 0.147 0.093 0.007 0.024 0.021 0.058 0.102 0.013 0.005 0.091 0.438 13 V 0.136 0.031 0.012 0.031 0.020 0.041 0.086 0.013 0.006 0.084 0.542 14 K 0.071 0.012 0.002 0.048 0.029 0.053 0.126 0.004 0.001 0.045 0.609 15 A 0.021 0.005 0.002 0.038 0.024 0.052 0.112 0.001 0.001 0.046 0.697 16 C 0.014 0.002 0.002 0.047 0.043 0.044 0.145 0.004 0.001 0.038 0.662 17 D 0.121 0.004 0.001 0.048 0.028 0.041 0.128 0.013 0.001 0.094 0.519 18 T 0.161 0.004 0.001 0.026 0.010 0.013 0.108 0.002 0.001 0.056 0.618 19 S 0.007 0.001 0.001 0.017 0.009 0.030 0.135 0.004 0.001 0.025 0.771 20 N 0.070 0.005 0.001 0.023 0.010 0.016 0.126 0.002 0.001 0.034 0.712 21 D 0.053 0.007 0.001 0.042 0.043 0.051 0.167 0.009 0.001 0.082 0.545 22 N 0.055 0.027 0.001 0.019 0.012 0.017 0.120 0.002 0.001 0.033 0.714 23 F 0.044 0.020 0.001 0.035 0.082 0.109 0.156 0.021 0.001 0.053 0.479 24 P 0.053 0.040 0.001 0.050 0.041 0.068 0.141 0.004 0.001 0.054 0.549 25 L 0.029 0.027 0.004 0.077 0.077 0.140 0.115 0.004 0.001 0.056 0.468 26 Q 0.112 0.043 0.003 0.060 0.060 0.080 0.102 0.005 0.002 0.087 0.447 27 Y 0.069 0.081 0.004 0.044 0.042 0.062 0.116 0.007 0.002 0.067 0.505 28 D 0.075 0.209 0.004 0.025 0.034 0.059 0.094 0.012 0.002 0.043 0.442 29 G 0.115 0.225 0.010 0.021 0.033 0.048 0.072 0.009 0.004 0.044 0.418 30 S 0.080 0.237 0.004 0.013 0.069 0.086 0.073 0.013 0.002 0.035 0.388 31 K 0.120 0.349 0.004 0.012 0.034 0.054 0.053 0.013 0.002 0.034 0.324 32 C 0.119 0.215 0.016 0.019 0.043 0.053 0.069 0.011 0.005 0.038 0.412 33 Q 0.071 0.166 0.005 0.021 0.062 0.113 0.081 0.013 0.002 0.037 0.427 34 L 0.090 0.097 0.008 0.028 0.055 0.100 0.068 0.008 0.003 0.057 0.488 35 V 0.088 0.033 0.012 0.045 0.072 0.089 0.090 0.005 0.004 0.059 0.504 36 Q 0.044 0.023 0.003 0.033 0.076 0.125 0.090 0.006 0.002 0.041 0.559 37 D 0.084 0.021 0.003 0.016 0.025 0.031 0.074 0.004 0.001 0.030 0.712 38 E 0.068 0.019 0.002 0.029 0.055 0.061 0.127 0.024 0.001 0.051 0.566 39 S 0.050 0.021 0.001 0.024 0.015 0.040 0.116 0.007 0.001 0.032 0.694 40 I 0.058 0.008 0.001 0.049 0.040 0.046 0.116 0.002 0.001 0.042 0.639 41 E 0.009 0.010 0.001 0.071 0.041 0.052 0.139 0.001 0.001 0.038 0.638 42 F 0.008 0.065 0.001 0.041 0.013 0.017 0.109 0.003 0.001 0.032 0.709 43 N 0.093 0.801 0.001 0.004 0.002 0.002 0.014 0.015 0.001 0.020 0.048 44 P 0.061 0.812 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.018 0.089 45 E 0.038 0.470 0.003 0.007 0.005 0.008 0.035 0.004 0.001 0.245 0.185 46 F 0.048 0.563 0.005 0.005 0.008 0.009 0.030 0.011 0.001 0.199 0.122 47 L 0.083 0.728 0.012 0.005 0.005 0.007 0.018 0.035 0.003 0.024 0.082 48 L 0.175 0.398 0.011 0.012 0.015 0.024 0.038 0.009 0.005 0.045 0.268 49 N 0.085 0.188 0.009 0.011 0.014 0.030 0.099 0.005 0.006 0.048 0.506 50 I 0.118 0.182 0.016 0.017 0.007 0.015 0.109 0.023 0.007 0.067 0.438 51 V 0.214 0.177 0.018 0.021 0.008 0.012 0.112 0.031 0.009 0.074 0.325 52 D 0.110 0.119 0.002 0.018 0.007 0.013 0.119 0.006 0.001 0.041 0.565 53 R 0.059 0.071 0.004 0.026 0.008 0.015 0.108 0.002 0.001 0.062 0.643 54 V 0.007 0.131 0.002 0.048 0.024 0.021 0.122 0.003 0.001 0.077 0.565 55 D 0.014 0.893 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.018 0.052 56 W 0.030 0.898 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.027 0.030 57 P 0.011 0.271 0.001 0.007 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.656 0.037 58 A 0.002 0.804 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.150 0.029 59 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 60 L 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 61 T 0.005 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 0.029 62 V 0.032 0.837 0.015 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.006 0.049 0.026 63 A 0.064 0.156 0.283 0.002 0.001 0.001 0.014 0.032 0.262 0.122 0.065 64 A 0.324 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.089 0.005 0.004 0.059 0.440 65 E 0.041 0.031 0.005 0.006 0.001 0.003 0.097 0.003 0.004 0.056 0.753 66 L 0.055 0.014 0.023 0.022 0.001 0.004 0.192 0.006 0.005 0.078 0.601 67 G 0.121 0.018 0.003 0.028 0.005 0.017 0.111 0.014 0.002 0.085 0.598 68 N 0.103 0.004 0.001 0.008 0.003 0.008 0.100 0.003 0.001 0.049 0.720 69 N 0.023 0.001 0.001 0.034 0.009 0.026 0.122 0.002 0.001 0.048 0.736 70 A 0.009 0.001 0.001 0.038 0.007 0.022 0.121 0.001 0.001 0.030 0.770 71 L 0.020 0.001 0.001 0.047 0.027 0.037 0.138 0.004 0.001 0.041 0.683 72 P 0.090 0.002 0.001 0.025 0.023 0.020 0.109 0.001 0.001 0.058 0.671 73 P 0.002 0.001 0.001 0.016 0.010 0.022 0.174 0.002 0.001 0.017 0.756 74 T 0.154 0.006 0.001 0.023 0.007 0.013 0.120 0.009 0.001 0.042 0.624 75 K 0.541 0.007 0.001 0.013 0.004 0.004 0.061 0.004 0.001 0.082 0.282 76 P 0.009 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.109 0.001 0.001 0.019 0.841 77 S 0.029 0.004 0.001 0.013 0.006 0.012 0.100 0.001 0.001 0.015 0.820 78 F 0.091 0.008 0.001 0.013 0.037 0.030 0.168 0.019 0.001 0.090 0.543 79 P 0.189 0.017 0.001 0.006 0.005 0.008 0.113 0.004 0.001 0.037 0.618 80 S 0.054 0.007 0.001 0.011 0.020 0.039 0.132 0.008 0.001 0.033 0.695 81 S 0.041 0.018 0.001 0.015 0.011 0.028 0.151 0.003 0.001 0.034 0.697 82 I 0.088 0.027 0.002 0.028 0.025 0.048 0.124 0.006 0.001 0.059 0.592 83 Q 0.083 0.030 0.001 0.018 0.032 0.040 0.129 0.003 0.001 0.056 0.608 84 E 0.019 0.021 0.001 0.014 0.021 0.038 0.171 0.004 0.001 0.028 0.684 85 L 0.088 0.063 0.001 0.014 0.013 0.017 0.134 0.006 0.001 0.043 0.620 86 T 0.115 0.097 0.001 0.009 0.008 0.009 0.120 0.005 0.001 0.051 0.585 87 D 0.019 0.108 0.001 0.009 0.003 0.005 0.093 0.002 0.001 0.045 0.713 88 D 0.010 0.702 0.002 0.004 0.002 0.002 0.031 0.003 0.001 0.041 0.202 89 D 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.007 0.016 90 M 0.039 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.137 0.042 91 A 0.011 0.366 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.544 0.057 92 I 0.021 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.057 0.032 93 L 0.021 0.831 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.073 0.054 94 N 0.011 0.451 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.429 0.085 95 D 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.026 96 L 0.010 0.950 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.009 0.016 97 H 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 0.016 98 T 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.024 99 L 0.008 0.106 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.844 0.019 100 L 0.007 0.698 0.005 0.010 0.002 0.002 0.020 0.003 0.001 0.206 0.046 101 L 0.040 0.778 0.008 0.006 0.002 0.003 0.020 0.009 0.001 0.038 0.093 102 Q 0.048 0.506 0.011 0.028 0.009 0.012 0.033 0.015 0.003 0.188 0.148 103 T 0.074 0.356 0.010 0.015 0.007 0.017 0.071 0.009 0.007 0.122 0.312 104 S 0.148 0.088 0.044 0.027 0.016 0.029 0.080 0.019 0.025 0.154 0.371 105 I 0.123 0.021 0.029 0.028 0.014 0.029 0.130 0.009 0.024 0.106 0.488 106 A 0.170 0.035 0.003 0.024 0.015 0.028 0.136 0.005 0.002 0.050 0.531 107 E 0.044 0.020 0.004 0.046 0.012 0.033 0.178 0.005 0.002 0.058 0.600 108 G 0.012 0.011 0.001 0.061 0.061 0.200 0.157 0.010 0.001 0.088 0.397 109 E 0.017 0.006 0.001 0.073 0.092 0.246 0.079 0.001 0.001 0.077 0.407 110 M 0.003 0.003 0.002 0.110 0.168 0.254 0.062 0.001 0.001 0.039 0.358 111 K 0.019 0.006 0.004 0.086 0.175 0.351 0.047 0.002 0.002 0.082 0.226 112 C 0.089 0.003 0.007 0.055 0.107 0.128 0.070 0.004 0.006 0.082 0.450 113 R 0.114 0.005 0.002 0.027 0.073 0.117 0.079 0.008 0.002 0.047 0.527 114 N 0.082 0.001 0.002 0.016 0.026 0.065 0.108 0.002 0.001 0.035 0.661 115 C 0.005 0.001 0.001 0.033 0.105 0.241 0.099 0.004 0.001 0.024 0.487 116 G 0.010 0.003 0.001 0.041 0.128 0.234 0.090 0.001 0.001 0.054 0.438 117 H 0.001 0.002 0.001 0.053 0.371 0.405 0.027 0.001 0.001 0.023 0.118 118 I 0.001 0.001 0.001 0.053 0.215 0.483 0.027 0.001 0.001 0.029 0.190 119 Y 0.001 0.001 0.001 0.047 0.500 0.315 0.016 0.001 0.001 0.016 0.103 120 Y 0.003 0.004 0.002 0.099 0.241 0.436 0.035 0.001 0.001 0.040 0.137 121 I 0.218 0.024 0.002 0.046 0.135 0.133 0.050 0.021 0.003 0.100 0.268 122 K 0.525 0.007 0.002 0.031 0.022 0.023 0.053 0.004 0.002 0.089 0.244 123 N 0.007 0.003 0.002 0.036 0.011 0.032 0.107 0.001 0.001 0.023 0.777 124 G 0.043 0.014 0.003 0.053 0.040 0.044 0.119 0.002 0.001 0.037 0.643 125 I 0.225 0.016 0.003 0.039 0.051 0.026 0.123 0.023 0.002 0.206 0.286 126 P 0.128 0.033 0.001 0.028 0.010 0.020 0.164 0.008 0.001 0.074 0.534 127 N 0.057 0.014 0.001 0.065 0.035 0.111 0.156 0.006 0.001 0.055 0.502 128 L 0.013 0.003 0.001 0.046 0.026 0.060 0.160 0.001 0.001 0.040 0.650 129 L 0.002 0.005 0.001 0.092 0.066 0.132 0.157 0.001 0.001 0.036 0.506 130 L 0.077 0.029 0.007 0.067 0.029 0.037 0.127 0.006 0.007 0.064 0.549 131 P 0.629 0.066 0.005 0.012 0.004 0.004 0.042 0.024 0.003 0.080 0.131 132 P 0.240 0.022 0.002 0.008 0.002 0.005 0.095 0.006 0.001 0.054 0.565 133 H 0.045 0.010 0.001 0.020 0.019 0.053 0.102 0.002 0.001 0.026 0.721 134 L 0.028 0.012 0.001 0.017 0.044 0.074 0.132 0.002 0.001 0.042 0.649 135 V 0.031 0.005 0.002 0.013 0.089 0.058 0.125 0.009 0.001 0.035 0.632