# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.089 0.030 0.056 0.080 0.062 0.412 0.238 2 K 0.012 0.062 0.052 0.087 0.105 0.058 0.501 0.123 3 F 0.012 0.080 0.090 0.051 0.119 0.080 0.317 0.251 4 L 0.031 0.241 0.136 0.132 0.141 0.071 0.066 0.183 5 T 0.065 0.408 0.072 0.037 0.069 0.056 0.070 0.224 6 T 0.043 0.433 0.061 0.029 0.046 0.056 0.070 0.262 7 N 0.081 0.343 0.094 0.042 0.071 0.080 0.109 0.181 8 F 0.057 0.120 0.096 0.028 0.037 0.081 0.365 0.216 9 L 0.048 0.199 0.107 0.065 0.070 0.073 0.179 0.260 10 K 0.070 0.142 0.064 0.033 0.070 0.072 0.083 0.466 11 C 0.050 0.085 0.061 0.058 0.065 0.092 0.076 0.513 12 S 0.099 0.082 0.055 0.077 0.109 0.095 0.079 0.406 13 V 0.125 0.024 0.025 0.023 0.044 0.100 0.057 0.601 14 K 0.048 0.010 0.030 0.074 0.081 0.113 0.091 0.553 15 A 0.017 0.006 0.022 0.030 0.057 0.124 0.115 0.629 16 C 0.019 0.007 0.034 0.048 0.072 0.130 0.082 0.607 17 D 0.127 0.007 0.031 0.045 0.055 0.103 0.047 0.585 18 T 0.145 0.006 0.019 0.023 0.023 0.079 0.084 0.620 19 S 0.053 0.008 0.020 0.016 0.033 0.136 0.032 0.702 20 N 0.037 0.003 0.018 0.010 0.020 0.106 0.033 0.774 21 D 0.039 0.010 0.031 0.050 0.044 0.160 0.035 0.632 22 N 0.033 0.012 0.035 0.014 0.033 0.100 0.034 0.741 23 F 0.092 0.031 0.056 0.068 0.077 0.122 0.052 0.501 24 P 0.035 0.027 0.130 0.058 0.111 0.089 0.083 0.467 25 L 0.023 0.027 0.095 0.055 0.103 0.092 0.062 0.543 26 Q 0.057 0.030 0.163 0.121 0.136 0.086 0.131 0.276 27 Y 0.063 0.043 0.077 0.049 0.055 0.102 0.120 0.491 28 D 0.081 0.116 0.057 0.031 0.056 0.100 0.050 0.509 29 G 0.079 0.088 0.025 0.022 0.037 0.084 0.041 0.624 30 S 0.070 0.138 0.027 0.032 0.037 0.096 0.067 0.535 31 K 0.093 0.209 0.021 0.041 0.058 0.074 0.082 0.423 32 C 0.092 0.106 0.019 0.031 0.048 0.090 0.098 0.516 33 Q 0.038 0.091 0.033 0.098 0.109 0.074 0.103 0.453 34 L 0.044 0.054 0.028 0.050 0.110 0.098 0.057 0.557 35 V 0.033 0.025 0.061 0.095 0.120 0.113 0.098 0.456 36 Q 0.060 0.037 0.037 0.055 0.080 0.104 0.081 0.547 37 D 0.132 0.046 0.021 0.033 0.050 0.074 0.128 0.516 38 E 0.061 0.026 0.018 0.036 0.045 0.116 0.029 0.669 39 S 0.045 0.020 0.021 0.026 0.060 0.085 0.093 0.650 40 I 0.053 0.077 0.016 0.025 0.027 0.110 0.080 0.612 41 E 0.011 0.083 0.029 0.035 0.044 0.147 0.035 0.617 42 F 0.007 0.121 0.010 0.009 0.007 0.072 0.030 0.744 43 N 0.034 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 44 P 0.029 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.013 45 E 0.017 0.536 0.015 0.006 0.007 0.016 0.320 0.083 46 F 0.027 0.661 0.014 0.006 0.007 0.019 0.219 0.047 47 L 0.091 0.629 0.015 0.005 0.010 0.034 0.117 0.097 48 L 0.099 0.339 0.039 0.019 0.025 0.047 0.138 0.294 49 N 0.025 0.118 0.043 0.019 0.030 0.083 0.146 0.534 50 I 0.148 0.061 0.053 0.020 0.026 0.109 0.096 0.487 51 V 0.320 0.019 0.040 0.031 0.024 0.086 0.115 0.366 52 D 0.034 0.011 0.010 0.004 0.007 0.086 0.031 0.819 53 R 0.007 0.019 0.018 0.004 0.009 0.126 0.019 0.796 54 V 0.007 0.051 0.014 0.009 0.005 0.113 0.022 0.778 55 D 0.040 0.883 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 0.046 56 W 0.026 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.015 57 P 0.004 0.175 0.005 0.001 0.001 0.007 0.787 0.020 58 A 0.002 0.840 0.002 0.001 0.002 0.003 0.144 0.007 59 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 60 L 0.002 0.966 0.007 0.003 0.003 0.002 0.012 0.006 61 T 0.008 0.915 0.021 0.004 0.005 0.005 0.030 0.012 62 V 0.066 0.833 0.023 0.002 0.002 0.007 0.045 0.022 63 A 0.261 0.296 0.129 0.007 0.005 0.024 0.205 0.072 64 A 0.195 0.071 0.030 0.004 0.004 0.052 0.152 0.491 65 E 0.046 0.020 0.025 0.002 0.002 0.063 0.107 0.735 66 L 0.038 0.017 0.047 0.006 0.006 0.124 0.053 0.709 67 G 0.178 0.013 0.010 0.005 0.007 0.090 0.020 0.677 68 N 0.075 0.008 0.008 0.003 0.005 0.070 0.021 0.809 69 N 0.034 0.010 0.025 0.009 0.016 0.159 0.031 0.716 70 A 0.020 0.004 0.040 0.015 0.022 0.141 0.057 0.701 71 L 0.058 0.008 0.044 0.022 0.020 0.131 0.046 0.670 72 P 0.388 0.018 0.033 0.009 0.012 0.082 0.057 0.401 73 P 0.018 0.005 0.032 0.017 0.023 0.127 0.038 0.739 74 T 0.026 0.004 0.013 0.005 0.010 0.072 0.014 0.857 75 K 0.447 0.014 0.013 0.013 0.012 0.092 0.087 0.321 76 P 0.036 0.008 0.010 0.006 0.009 0.150 0.029 0.752 77 S 0.017 0.007 0.010 0.003 0.008 0.101 0.031 0.822 78 F 0.098 0.044 0.011 0.009 0.007 0.135 0.052 0.645 79 P 0.324 0.161 0.012 0.007 0.008 0.080 0.055 0.355 80 S 0.105 0.140 0.014 0.007 0.014 0.097 0.034 0.589 81 S 0.082 0.114 0.023 0.011 0.027 0.112 0.062 0.569 82 I 0.100 0.110 0.028 0.023 0.031 0.120 0.150 0.438 83 Q 0.067 0.109 0.035 0.026 0.038 0.117 0.131 0.477 84 E 0.066 0.085 0.040 0.019 0.028 0.121 0.065 0.575 85 L 0.082 0.085 0.032 0.016 0.020 0.132 0.053 0.581 86 T 0.165 0.204 0.014 0.006 0.008 0.095 0.035 0.474 87 D 0.090 0.404 0.004 0.004 0.005 0.065 0.021 0.407 88 D 0.023 0.648 0.003 0.002 0.003 0.032 0.039 0.251 89 D 0.016 0.897 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.020 90 M 0.009 0.623 0.003 0.002 0.001 0.007 0.329 0.026 91 A 0.002 0.957 0.001 0.002 0.001 0.004 0.018 0.015 92 I 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 93 L 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.006 94 N 0.001 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.003 95 D 0.001 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.004 96 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 97 H 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 98 T 0.022 0.898 0.008 0.001 0.001 0.007 0.035 0.028 99 L 0.044 0.401 0.037 0.004 0.004 0.028 0.421 0.061 100 L 0.017 0.134 0.051 0.006 0.007 0.051 0.666 0.067 101 L 0.025 0.328 0.033 0.010 0.012 0.074 0.129 0.390 102 Q 0.023 0.277 0.073 0.016 0.040 0.103 0.086 0.382 103 T 0.039 0.182 0.142 0.057 0.080 0.098 0.162 0.240 104 S 0.068 0.083 0.115 0.088 0.138 0.117 0.131 0.261 105 I 0.093 0.037 0.095 0.055 0.067 0.103 0.086 0.463 106 A 0.060 0.039 0.075 0.085 0.096 0.116 0.079 0.450 107 E 0.037 0.016 0.032 0.032 0.097 0.072 0.025 0.689 108 G 0.036 0.020 0.042 0.167 0.272 0.068 0.047 0.347 109 E 0.016 0.010 0.037 0.196 0.262 0.081 0.026 0.372 110 M 0.003 0.002 0.043 0.308 0.332 0.040 0.022 0.249 111 K 0.011 0.003 0.036 0.267 0.278 0.055 0.055 0.295 112 C 0.242 0.011 0.046 0.122 0.120 0.067 0.152 0.239 113 R 0.240 0.005 0.016 0.041 0.049 0.090 0.029 0.530 114 N 0.094 0.005 0.010 0.011 0.024 0.056 0.020 0.781 115 C 0.027 0.008 0.027 0.028 0.109 0.154 0.033 0.615 116 G 0.009 0.003 0.038 0.082 0.253 0.086 0.034 0.495 117 H 0.005 0.003 0.069 0.368 0.332 0.038 0.026 0.159 118 I 0.003 0.003 0.119 0.151 0.232 0.049 0.034 0.409 119 Y 0.003 0.002 0.215 0.374 0.287 0.019 0.035 0.064 120 Y 0.016 0.004 0.270 0.180 0.199 0.038 0.065 0.229 121 I 0.317 0.008 0.127 0.126 0.106 0.049 0.087 0.179 122 K 0.108 0.005 0.038 0.041 0.047 0.090 0.051 0.620 123 N 0.004 0.002 0.031 0.008 0.023 0.134 0.017 0.781 124 G 0.018 0.008 0.035 0.010 0.015 0.120 0.026 0.768 125 I 0.267 0.030 0.045 0.040 0.020 0.137 0.165 0.296 126 P 0.198 0.025 0.032 0.013 0.022 0.102 0.053 0.554 127 N 0.111 0.010 0.075 0.024 0.072 0.097 0.092 0.519 128 L 0.021 0.006 0.067 0.028 0.044 0.161 0.051 0.622 129 L 0.005 0.004 0.083 0.037 0.065 0.150 0.045 0.611 130 L 0.032 0.008 0.046 0.019 0.021 0.140 0.036 0.697 131 P 0.633 0.050 0.010 0.009 0.009 0.046 0.105 0.138 132 P 0.135 0.027 0.012 0.005 0.012 0.104 0.044 0.660 133 H 0.040 0.020 0.040 0.022 0.062 0.139 0.069 0.608 134 L 0.027 0.014 0.027 0.039 0.061 0.125 0.059 0.649 135 V 0.030 0.013 0.034 0.052 0.069 0.120 0.048 0.635