# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.029 0.032 0.066 0.076 0.111 0.178 0.129 0.142 0.118 0.089 2 K 0.052 0.063 0.075 0.170 0.161 0.152 0.147 0.075 0.056 0.032 0.018 3 F 0.005 0.008 0.022 0.042 0.045 0.067 0.159 0.148 0.177 0.182 0.145 4 L 0.002 0.006 0.014 0.028 0.042 0.062 0.149 0.168 0.176 0.181 0.170 5 T 0.002 0.005 0.014 0.023 0.029 0.044 0.108 0.142 0.225 0.220 0.187 6 T 0.008 0.012 0.035 0.058 0.086 0.109 0.171 0.136 0.151 0.128 0.105 7 N 0.011 0.018 0.023 0.077 0.089 0.108 0.215 0.149 0.139 0.102 0.068 8 F 0.009 0.011 0.015 0.039 0.043 0.054 0.132 0.142 0.196 0.195 0.165 9 L 0.009 0.009 0.014 0.023 0.032 0.051 0.133 0.143 0.204 0.204 0.178 10 K 0.064 0.105 0.101 0.204 0.182 0.126 0.102 0.056 0.035 0.018 0.009 11 C 0.016 0.016 0.018 0.033 0.047 0.079 0.165 0.154 0.169 0.162 0.143 12 S 0.141 0.181 0.057 0.176 0.130 0.096 0.095 0.055 0.038 0.019 0.012 13 V 0.070 0.056 0.039 0.104 0.097 0.103 0.159 0.105 0.111 0.093 0.063 14 K 0.149 0.081 0.068 0.135 0.130 0.114 0.132 0.064 0.057 0.042 0.028 15 A 0.150 0.143 0.095 0.243 0.143 0.086 0.072 0.033 0.021 0.011 0.004 16 C 0.012 0.011 0.011 0.018 0.027 0.048 0.133 0.158 0.184 0.209 0.189 17 D 0.159 0.174 0.070 0.166 0.124 0.094 0.090 0.056 0.034 0.019 0.013 18 T 0.190 0.163 0.107 0.164 0.114 0.077 0.069 0.043 0.035 0.024 0.015 19 S 0.344 0.184 0.044 0.115 0.106 0.075 0.058 0.034 0.022 0.011 0.006 20 N 0.339 0.160 0.038 0.125 0.097 0.071 0.061 0.040 0.037 0.020 0.012 21 D 0.177 0.141 0.043 0.140 0.120 0.103 0.111 0.069 0.050 0.030 0.017 22 N 0.104 0.122 0.072 0.179 0.147 0.104 0.094 0.071 0.051 0.034 0.022 23 F 0.022 0.023 0.020 0.038 0.053 0.086 0.163 0.167 0.177 0.148 0.104 24 P 0.117 0.150 0.091 0.254 0.190 0.097 0.047 0.030 0.016 0.007 0.003 25 L 0.007 0.004 0.006 0.010 0.017 0.038 0.105 0.147 0.224 0.242 0.201 26 Q 0.106 0.215 0.062 0.250 0.159 0.088 0.057 0.034 0.017 0.008 0.004 27 Y 0.007 0.010 0.010 0.018 0.023 0.045 0.124 0.138 0.206 0.225 0.195 28 D 0.176 0.207 0.090 0.225 0.142 0.075 0.048 0.019 0.010 0.005 0.003 29 G 0.247 0.149 0.090 0.186 0.115 0.084 0.065 0.031 0.022 0.010 0.003 30 S 0.131 0.083 0.061 0.094 0.092 0.104 0.140 0.102 0.090 0.064 0.039 31 K 0.106 0.190 0.078 0.191 0.133 0.111 0.098 0.048 0.027 0.011 0.005 32 C 0.029 0.034 0.074 0.085 0.097 0.127 0.182 0.120 0.109 0.090 0.054 33 Q 0.159 0.124 0.252 0.221 0.111 0.065 0.043 0.013 0.007 0.003 0.001 34 L 0.068 0.064 0.103 0.179 0.129 0.126 0.163 0.080 0.050 0.028 0.010 35 V 0.028 0.023 0.045 0.034 0.041 0.068 0.159 0.157 0.170 0.155 0.120 36 Q 0.082 0.178 0.127 0.241 0.144 0.101 0.076 0.029 0.014 0.006 0.003 37 D 0.155 0.132 0.234 0.146 0.110 0.079 0.061 0.035 0.025 0.015 0.006 38 E 0.292 0.140 0.079 0.146 0.104 0.085 0.082 0.037 0.020 0.010 0.005 39 S 0.331 0.191 0.091 0.139 0.098 0.066 0.041 0.022 0.014 0.005 0.002 40 I 0.061 0.033 0.054 0.064 0.074 0.102 0.179 0.128 0.134 0.103 0.070 41 E 0.158 0.151 0.189 0.222 0.123 0.073 0.048 0.019 0.010 0.005 0.003 42 F 0.023 0.040 0.061 0.078 0.073 0.109 0.197 0.149 0.119 0.093 0.057 43 N 0.059 0.160 0.094 0.144 0.124 0.117 0.117 0.086 0.050 0.030 0.020 44 P 0.106 0.072 0.048 0.132 0.132 0.155 0.152 0.084 0.068 0.035 0.017 45 E 0.449 0.134 0.139 0.144 0.075 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 46 F 0.009 0.018 0.013 0.062 0.082 0.117 0.258 0.166 0.130 0.088 0.058 47 L 0.002 0.004 0.009 0.010 0.011 0.021 0.069 0.115 0.226 0.267 0.267 48 L 0.009 0.018 0.096 0.138 0.181 0.189 0.189 0.080 0.051 0.033 0.016 49 N 0.021 0.042 0.302 0.205 0.144 0.111 0.090 0.042 0.023 0.013 0.005 50 I 0.002 0.004 0.007 0.019 0.024 0.042 0.163 0.197 0.215 0.195 0.132 51 V 0.004 0.003 0.006 0.007 0.013 0.029 0.091 0.156 0.236 0.237 0.219 52 D 0.046 0.084 0.227 0.267 0.162 0.093 0.070 0.023 0.016 0.008 0.004 53 R 0.088 0.079 0.152 0.186 0.157 0.123 0.107 0.053 0.029 0.018 0.008 54 V 0.018 0.013 0.006 0.016 0.022 0.049 0.145 0.194 0.219 0.176 0.142 55 D 0.080 0.343 0.057 0.161 0.126 0.095 0.059 0.043 0.023 0.009 0.005 56 W 0.012 0.014 0.013 0.046 0.067 0.118 0.194 0.135 0.150 0.131 0.120 57 P 0.482 0.134 0.109 0.157 0.073 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 58 A 0.002 0.009 0.006 0.063 0.087 0.123 0.298 0.181 0.114 0.076 0.040 59 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.045 0.183 0.313 0.438 60 L 0.001 0.003 0.021 0.056 0.135 0.207 0.303 0.133 0.079 0.046 0.017 61 T 0.008 0.023 0.484 0.195 0.126 0.078 0.046 0.023 0.010 0.005 0.002 62 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.023 0.140 0.188 0.247 0.219 0.168 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.051 0.124 0.241 0.303 0.265 64 A 0.012 0.030 0.292 0.219 0.178 0.114 0.093 0.028 0.018 0.011 0.005 65 E 0.029 0.068 0.233 0.196 0.183 0.149 0.091 0.035 0.012 0.004 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.065 0.127 0.231 0.272 0.284 67 G 0.159 0.168 0.067 0.168 0.131 0.109 0.101 0.051 0.027 0.013 0.008 68 N 0.071 0.079 0.153 0.171 0.132 0.095 0.099 0.063 0.058 0.049 0.030 69 N 0.147 0.088 0.058 0.109 0.123 0.126 0.148 0.079 0.058 0.037 0.028 70 A 0.207 0.158 0.047 0.160 0.102 0.081 0.088 0.060 0.052 0.029 0.016 71 L 0.065 0.061 0.027 0.076 0.087 0.097 0.155 0.134 0.113 0.101 0.082 72 P 0.229 0.157 0.050 0.136 0.108 0.083 0.084 0.059 0.045 0.028 0.021 73 P 0.319 0.184 0.070 0.159 0.101 0.060 0.044 0.024 0.020 0.012 0.007 74 T 0.255 0.177 0.046 0.127 0.106 0.079 0.080 0.050 0.039 0.025 0.016 75 K 0.212 0.138 0.028 0.126 0.117 0.096 0.109 0.072 0.052 0.031 0.020 76 P 0.426 0.156 0.062 0.113 0.080 0.054 0.042 0.028 0.022 0.012 0.006 77 S 0.321 0.209 0.084 0.161 0.099 0.056 0.034 0.018 0.011 0.005 0.003 78 F 0.076 0.086 0.025 0.065 0.079 0.100 0.160 0.143 0.122 0.084 0.060 79 P 0.216 0.160 0.052 0.170 0.139 0.093 0.075 0.044 0.028 0.014 0.009 80 S 0.443 0.140 0.124 0.126 0.073 0.042 0.024 0.012 0.010 0.005 0.002 81 S 0.184 0.174 0.074 0.188 0.140 0.096 0.073 0.037 0.020 0.009 0.004 82 I 0.020 0.022 0.012 0.027 0.036 0.063 0.166 0.180 0.194 0.156 0.125 83 Q 0.154 0.127 0.121 0.224 0.156 0.093 0.065 0.028 0.017 0.009 0.005 84 E 0.296 0.131 0.285 0.152 0.070 0.035 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 85 L 0.067 0.070 0.048 0.096 0.102 0.132 0.196 0.127 0.085 0.048 0.028 86 T 0.077 0.069 0.038 0.075 0.082 0.112 0.210 0.142 0.105 0.055 0.035 87 D 0.305 0.143 0.245 0.177 0.069 0.031 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 88 D 0.213 0.210 0.198 0.155 0.101 0.068 0.034 0.012 0.006 0.002 0.001 89 D 0.060 0.124 0.058 0.092 0.089 0.119 0.171 0.125 0.094 0.046 0.023 90 M 0.087 0.057 0.054 0.163 0.180 0.182 0.169 0.059 0.030 0.013 0.006 91 A 0.281 0.070 0.458 0.123 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 92 I 0.002 0.014 0.035 0.076 0.101 0.155 0.302 0.170 0.082 0.043 0.020 93 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.060 0.115 0.243 0.291 0.273 94 N 0.014 0.027 0.349 0.240 0.188 0.105 0.053 0.014 0.006 0.003 0.001 95 D 0.018 0.051 0.459 0.205 0.126 0.089 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.096 0.234 0.289 0.321 97 H 0.004 0.007 0.013 0.028 0.058 0.139 0.294 0.201 0.138 0.077 0.040 98 T 0.008 0.023 0.459 0.199 0.123 0.075 0.053 0.027 0.019 0.011 0.005 99 L 0.001 0.002 0.015 0.023 0.043 0.094 0.291 0.209 0.134 0.104 0.083 100 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.008 0.041 0.093 0.241 0.300 0.303 101 L 0.004 0.008 0.044 0.047 0.064 0.086 0.195 0.150 0.156 0.144 0.102 102 Q 0.013 0.039 0.145 0.159 0.188 0.172 0.141 0.067 0.042 0.023 0.011 103 T 0.010 0.012 0.025 0.040 0.043 0.080 0.199 0.151 0.183 0.151 0.105 104 S 0.087 0.093 0.057 0.160 0.130 0.115 0.153 0.097 0.057 0.034 0.016 105 I 0.011 0.012 0.015 0.025 0.034 0.058 0.143 0.150 0.182 0.187 0.182 106 A 0.107 0.158 0.084 0.188 0.140 0.106 0.100 0.053 0.033 0.018 0.012 107 E 0.070 0.080 0.057 0.163 0.147 0.118 0.132 0.075 0.069 0.054 0.035 108 G 0.109 0.071 0.045 0.093 0.091 0.094 0.149 0.100 0.105 0.087 0.056 109 E 0.147 0.128 0.047 0.235 0.184 0.105 0.073 0.043 0.023 0.011 0.004 110 M 0.010 0.005 0.007 0.007 0.013 0.030 0.075 0.134 0.227 0.259 0.235 111 K 0.086 0.245 0.062 0.291 0.161 0.079 0.045 0.019 0.008 0.003 0.002 112 C 0.015 0.012 0.012 0.018 0.023 0.039 0.110 0.126 0.182 0.240 0.221 113 R 0.321 0.218 0.056 0.183 0.111 0.054 0.031 0.013 0.008 0.004 0.003 114 N 0.385 0.241 0.072 0.130 0.077 0.043 0.023 0.013 0.010 0.004 0.001 115 C 0.038 0.024 0.006 0.031 0.050 0.080 0.156 0.175 0.157 0.150 0.132 116 G 0.274 0.222 0.072 0.161 0.104 0.069 0.043 0.024 0.019 0.008 0.005 117 H 0.033 0.053 0.082 0.151 0.117 0.108 0.149 0.083 0.090 0.083 0.053 118 I 0.033 0.039 0.043 0.106 0.136 0.141 0.183 0.121 0.084 0.067 0.046 119 Y 0.013 0.011 0.011 0.032 0.038 0.067 0.163 0.183 0.204 0.166 0.112 120 Y 0.060 0.130 0.098 0.228 0.168 0.104 0.078 0.063 0.036 0.022 0.014 121 I 0.002 0.003 0.003 0.005 0.008 0.017 0.059 0.103 0.210 0.284 0.306 122 K 0.173 0.170 0.061 0.202 0.171 0.096 0.058 0.030 0.020 0.011 0.006 123 N 0.112 0.106 0.062 0.164 0.136 0.125 0.116 0.067 0.058 0.036 0.017 124 G 0.066 0.074 0.026 0.093 0.110 0.118 0.145 0.132 0.106 0.077 0.053 125 I 0.010 0.012 0.004 0.023 0.031 0.059 0.136 0.166 0.205 0.180 0.173 126 P 0.031 0.051 0.053 0.125 0.127 0.119 0.131 0.101 0.106 0.084 0.073 127 N 0.011 0.016 0.024 0.084 0.099 0.111 0.196 0.122 0.129 0.113 0.095 128 L 0.008 0.006 0.012 0.026 0.030 0.037 0.100 0.115 0.209 0.238 0.219 129 L 0.010 0.013 0.017 0.044 0.049 0.064 0.151 0.157 0.185 0.163 0.146 130 L 0.009 0.024 0.026 0.049 0.056 0.071 0.156 0.156 0.160 0.147 0.146 131 P 0.065 0.080 0.046 0.109 0.115 0.115 0.160 0.113 0.090 0.062 0.045 132 P 0.446 0.160 0.071 0.134 0.089 0.046 0.026 0.012 0.010 0.004 0.002 133 H 0.452 0.135 0.057 0.108 0.084 0.062 0.050 0.022 0.019 0.008 0.004 134 L 0.083 0.075 0.028 0.102 0.103 0.114 0.197 0.117 0.087 0.055 0.040 135 V 0.059 0.066 0.073 0.088 0.084 0.098 0.163 0.127 0.107 0.078 0.057