# TARGET T0319 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.477 0.115 0.137 0.093 0.053 0.021 0.054 0.023 0.018 0.008 0.001 2 K 0.636 0.152 0.106 0.019 0.015 0.036 0.012 0.001 0.019 0.003 0.001 3 F 0.711 0.097 0.104 0.025 0.006 0.043 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 4 L 0.680 0.123 0.061 0.078 0.015 0.025 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 5 T 0.651 0.148 0.081 0.043 0.023 0.028 0.004 0.003 0.016 0.002 0.001 6 T 0.824 0.063 0.027 0.044 0.016 0.010 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 7 N 0.737 0.022 0.037 0.113 0.008 0.031 0.039 0.003 0.008 0.001 0.001 8 F 0.662 0.061 0.048 0.176 0.009 0.019 0.010 0.004 0.009 0.001 0.001 9 L 0.366 0.267 0.221 0.062 0.031 0.028 0.012 0.003 0.009 0.002 0.001 10 K 0.463 0.174 0.095 0.166 0.038 0.021 0.020 0.008 0.011 0.004 0.001 11 C 0.244 0.313 0.165 0.099 0.119 0.010 0.014 0.004 0.027 0.005 0.001 12 S 0.478 0.062 0.175 0.155 0.027 0.038 0.035 0.012 0.009 0.007 0.002 13 V 0.134 0.425 0.272 0.058 0.030 0.043 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 14 K 0.338 0.229 0.203 0.150 0.027 0.022 0.008 0.002 0.018 0.003 0.001 15 A 0.120 0.143 0.181 0.103 0.133 0.043 0.185 0.041 0.040 0.009 0.002 16 C 0.155 0.382 0.270 0.086 0.053 0.031 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 17 D 0.146 0.332 0.183 0.117 0.120 0.049 0.009 0.004 0.034 0.007 0.001 18 T 0.235 0.272 0.149 0.227 0.056 0.023 0.007 0.003 0.023 0.004 0.001 19 S 0.203 0.194 0.179 0.228 0.081 0.020 0.028 0.016 0.029 0.022 0.001 20 N 0.153 0.074 0.113 0.215 0.043 0.053 0.234 0.038 0.064 0.012 0.001 21 D 0.171 0.184 0.334 0.150 0.042 0.049 0.039 0.005 0.019 0.005 0.002 22 N 0.129 0.167 0.389 0.175 0.013 0.064 0.021 0.004 0.033 0.001 0.004 23 F 0.015 0.369 0.450 0.005 0.056 0.018 0.015 0.001 0.068 0.001 0.001 24 P 0.028 0.041 0.831 0.004 0.001 0.076 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 25 L 0.036 0.524 0.326 0.016 0.029 0.049 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 26 Q 0.029 0.595 0.224 0.017 0.039 0.047 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 27 Y 0.164 0.295 0.374 0.054 0.032 0.051 0.004 0.002 0.019 0.003 0.001 28 D 0.240 0.189 0.230 0.152 0.038 0.038 0.059 0.004 0.046 0.004 0.001 29 G 0.209 0.016 0.081 0.062 0.074 0.007 0.135 0.291 0.004 0.120 0.002 30 S 0.417 0.147 0.272 0.100 0.027 0.015 0.004 0.004 0.008 0.003 0.001 31 K 0.343 0.250 0.208 0.080 0.038 0.025 0.022 0.005 0.022 0.006 0.001 32 C 0.347 0.156 0.318 0.052 0.036 0.036 0.026 0.005 0.016 0.006 0.002 33 Q 0.440 0.207 0.167 0.077 0.052 0.018 0.016 0.003 0.017 0.002 0.001 34 L 0.358 0.197 0.285 0.058 0.030 0.036 0.014 0.002 0.017 0.001 0.002 35 V 0.221 0.401 0.210 0.079 0.030 0.031 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 36 Q 0.178 0.436 0.197 0.058 0.048 0.035 0.012 0.002 0.032 0.003 0.001 37 D 0.247 0.283 0.262 0.073 0.048 0.045 0.012 0.004 0.020 0.004 0.001 38 E 0.228 0.397 0.155 0.070 0.065 0.021 0.014 0.002 0.046 0.002 0.001 39 S 0.377 0.082 0.362 0.055 0.031 0.043 0.019 0.008 0.012 0.006 0.006 40 I 0.376 0.273 0.150 0.080 0.047 0.027 0.010 0.003 0.031 0.002 0.001 41 E 0.573 0.132 0.173 0.059 0.025 0.017 0.005 0.003 0.005 0.006 0.002 42 F 0.346 0.190 0.182 0.173 0.054 0.032 0.009 0.003 0.009 0.002 0.001 43 N 0.038 0.102 0.278 0.004 0.037 0.122 0.003 0.001 0.411 0.004 0.001 44 P 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 I 0.902 0.001 0.001 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.790 0.022 0.070 0.063 0.002 0.011 0.013 0.002 0.028 0.001 0.001 52 D 0.896 0.002 0.057 0.037 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.560 0.018 0.016 0.367 0.008 0.006 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 54 V 0.334 0.179 0.277 0.111 0.026 0.040 0.008 0.001 0.023 0.002 0.001 55 D 0.251 0.041 0.247 0.089 0.013 0.280 0.025 0.003 0.045 0.005 0.001 56 W 0.974 0.004 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 P 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.234 0.001 0.004 0.759 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.062 0.001 0.009 0.017 0.004 0.002 0.353 0.460 0.002 0.090 0.001 68 N 0.155 0.116 0.281 0.220 0.026 0.116 0.050 0.005 0.027 0.005 0.001 69 N 0.234 0.112 0.146 0.337 0.046 0.044 0.056 0.010 0.011 0.003 0.001 70 A 0.144 0.222 0.214 0.230 0.065 0.048 0.035 0.007 0.029 0.005 0.001 71 L 0.018 0.375 0.400 0.002 0.010 0.021 0.005 0.001 0.169 0.001 0.001 72 P 0.018 0.005 0.948 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 73 P 0.176 0.008 0.749 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 74 T 0.219 0.253 0.266 0.150 0.032 0.050 0.007 0.004 0.019 0.001 0.001 75 K 0.037 0.197 0.474 0.008 0.073 0.012 0.017 0.002 0.168 0.012 0.001 76 P 0.345 0.004 0.531 0.023 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 77 S 0.248 0.090 0.210 0.323 0.024 0.059 0.014 0.012 0.018 0.001 0.001 78 F 0.019 0.241 0.533 0.009 0.026 0.037 0.006 0.001 0.127 0.001 0.001 79 P 0.267 0.016 0.663 0.017 0.001 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 80 S 0.671 0.035 0.165 0.074 0.020 0.008 0.007 0.011 0.003 0.005 0.001 81 S 0.525 0.043 0.176 0.144 0.034 0.025 0.017 0.011 0.017 0.005 0.001 82 I 0.644 0.048 0.124 0.141 0.009 0.020 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 83 Q 0.731 0.059 0.112 0.066 0.008 0.012 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 84 E 0.693 0.039 0.118 0.103 0.015 0.011 0.007 0.004 0.008 0.002 0.001 85 L 0.384 0.057 0.223 0.181 0.013 0.070 0.030 0.005 0.034 0.001 0.001 86 T 0.425 0.146 0.165 0.184 0.021 0.026 0.008 0.003 0.018 0.004 0.001 87 D 0.640 0.038 0.102 0.110 0.031 0.017 0.022 0.010 0.006 0.023 0.001 88 D 0.437 0.036 0.141 0.230 0.040 0.045 0.033 0.013 0.017 0.007 0.001 89 D 0.546 0.018 0.055 0.225 0.008 0.083 0.021 0.002 0.040 0.002 0.001 90 M 0.976 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 92 I 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.969 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.920 0.005 0.012 0.056 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Q 0.837 0.019 0.030 0.079 0.007 0.008 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 103 T 0.611 0.170 0.085 0.085 0.024 0.009 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 104 S 0.419 0.227 0.226 0.035 0.018 0.052 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 105 I 0.234 0.576 0.102 0.023 0.026 0.018 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 106 A 0.554 0.217 0.080 0.085 0.029 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 107 E 0.074 0.410 0.153 0.199 0.103 0.013 0.015 0.001 0.030 0.001 0.001 108 G 0.015 0.027 0.049 0.011 0.275 0.001 0.049 0.278 0.003 0.291 0.001 109 E 0.050 0.471 0.337 0.031 0.077 0.019 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 110 M 0.016 0.473 0.357 0.011 0.049 0.057 0.006 0.001 0.028 0.002 0.001 111 K 0.036 0.527 0.315 0.029 0.029 0.045 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 112 C 0.035 0.282 0.397 0.006 0.071 0.051 0.007 0.001 0.147 0.003 0.001 113 R 0.885 0.005 0.063 0.029 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 114 N 0.448 0.083 0.052 0.300 0.028 0.016 0.041 0.007 0.024 0.001 0.001 115 C 0.171 0.104 0.255 0.416 0.032 0.004 0.006 0.002 0.006 0.003 0.001 116 G 0.037 0.005 0.035 0.028 0.035 0.002 0.154 0.604 0.003 0.097 0.001 117 H 0.031 0.281 0.570 0.030 0.038 0.037 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 118 I 0.034 0.584 0.303 0.016 0.015 0.029 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 119 Y 0.019 0.692 0.157 0.007 0.070 0.018 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 120 Y 0.021 0.326 0.561 0.002 0.009 0.065 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 121 I 0.152 0.417 0.278 0.037 0.025 0.060 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 122 K 0.365 0.281 0.196 0.074 0.027 0.025 0.009 0.001 0.018 0.003 0.001 123 N 0.078 0.060 0.102 0.224 0.098 0.014 0.360 0.033 0.022 0.008 0.001 124 G 0.038 0.017 0.144 0.023 0.066 0.004 0.051 0.397 0.002 0.257 0.001 125 I 0.070 0.353 0.350 0.008 0.025 0.024 0.009 0.001 0.158 0.002 0.001 126 P 0.248 0.006 0.687 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 127 N 0.210 0.051 0.091 0.360 0.015 0.095 0.131 0.015 0.031 0.001 0.001 128 L 0.186 0.166 0.159 0.280 0.076 0.029 0.068 0.016 0.013 0.007 0.001 129 L 0.068 0.238 0.536 0.060 0.032 0.032 0.011 0.003 0.016 0.003 0.001 130 L 0.015 0.257 0.631 0.001 0.012 0.018 0.002 0.001 0.063 0.001 0.001 131 P 0.011 0.003 0.952 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 132 P 0.823 0.003 0.132 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 133 H 0.690 0.025 0.050 0.190 0.016 0.006 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 134 L 0.362 0.048 0.091 0.432 0.012 0.025 0.014 0.002 0.013 0.001 0.001 135 V 0.203 0.276 0.291 0.089 0.037 0.062 0.008 0.002 0.030 0.002 0.001