# TARGET T0319 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.065 0.036 0.014 0.096 0.005 0.008 0.383 0.172 0.133 0.033 2 K 0.032 0.096 0.028 0.004 0.124 0.004 0.026 0.582 0.091 0.008 0.005 3 F 0.081 0.028 0.007 0.003 0.096 0.003 0.013 0.639 0.101 0.012 0.018 4 L 0.025 0.024 0.009 0.017 0.047 0.032 0.093 0.637 0.079 0.030 0.008 5 T 0.098 0.060 0.015 0.005 0.149 0.009 0.029 0.509 0.072 0.036 0.018 6 T 0.045 0.087 0.025 0.021 0.088 0.032 0.046 0.488 0.106 0.037 0.025 7 N 0.055 0.053 0.023 0.014 0.117 0.014 0.032 0.497 0.138 0.034 0.023 8 F 0.015 0.012 0.005 0.003 0.025 0.009 0.058 0.674 0.163 0.028 0.007 9 L 0.039 0.021 0.005 0.005 0.048 0.010 0.052 0.496 0.155 0.145 0.023 10 K 0.043 0.067 0.029 0.045 0.065 0.042 0.066 0.332 0.148 0.137 0.028 11 C 0.043 0.199 0.100 0.028 0.144 0.010 0.032 0.272 0.092 0.061 0.017 12 S 0.052 0.062 0.024 0.008 0.079 0.020 0.089 0.388 0.172 0.079 0.026 13 V 0.137 0.117 0.047 0.018 0.207 0.015 0.054 0.235 0.066 0.063 0.043 14 K 0.031 0.180 0.065 0.065 0.102 0.137 0.172 0.148 0.054 0.034 0.011 15 A 0.134 0.086 0.070 0.033 0.137 0.014 0.019 0.060 0.053 0.257 0.137 16 C 0.139 0.214 0.061 0.016 0.286 0.011 0.014 0.049 0.043 0.095 0.072 17 D 0.045 0.297 0.264 0.058 0.146 0.018 0.028 0.060 0.030 0.032 0.020 18 T 0.061 0.141 0.149 0.072 0.084 0.054 0.080 0.189 0.082 0.057 0.031 19 S 0.018 0.175 0.116 0.121 0.059 0.063 0.093 0.164 0.088 0.084 0.019 20 N 0.034 0.054 0.045 0.050 0.041 0.032 0.029 0.075 0.117 0.433 0.089 21 D 0.051 0.335 0.227 0.024 0.163 0.009 0.019 0.051 0.049 0.051 0.019 22 N 0.095 0.227 0.084 0.016 0.191 0.023 0.063 0.093 0.114 0.054 0.040 23 F 0.083 0.349 0.130 0.008 0.319 0.003 0.004 0.016 0.025 0.034 0.028 24 P 0.195 0.215 0.045 0.002 0.478 0.002 0.005 0.013 0.007 0.009 0.028 25 L 0.256 0.136 0.019 0.003 0.462 0.007 0.011 0.018 0.012 0.022 0.054 26 Q 0.099 0.409 0.131 0.010 0.310 0.003 0.002 0.004 0.003 0.012 0.018 27 Y 0.291 0.050 0.007 0.005 0.297 0.004 0.004 0.116 0.095 0.049 0.081 28 D 0.011 0.044 0.032 0.056 0.023 0.120 0.168 0.409 0.102 0.028 0.007 29 G 0.150 0.096 0.024 0.005 0.241 0.004 0.013 0.206 0.056 0.138 0.068 30 S 0.160 0.136 0.038 0.025 0.175 0.040 0.025 0.256 0.059 0.040 0.045 31 K 0.057 0.286 0.159 0.034 0.132 0.011 0.018 0.184 0.045 0.045 0.030 32 C 0.058 0.061 0.024 0.012 0.073 0.013 0.021 0.436 0.165 0.099 0.039 33 Q 0.026 0.236 0.089 0.031 0.074 0.019 0.037 0.319 0.120 0.040 0.009 34 L 0.110 0.041 0.014 0.009 0.129 0.009 0.037 0.305 0.114 0.152 0.081 35 V 0.138 0.154 0.028 0.014 0.245 0.020 0.029 0.183 0.076 0.063 0.050 36 Q 0.118 0.153 0.031 0.009 0.309 0.009 0.026 0.181 0.068 0.055 0.041 37 D 0.194 0.074 0.026 0.011 0.200 0.021 0.038 0.192 0.098 0.088 0.058 38 E 0.036 0.332 0.183 0.042 0.170 0.017 0.032 0.096 0.054 0.026 0.013 39 S 0.153 0.150 0.062 0.007 0.253 0.008 0.020 0.160 0.103 0.039 0.045 40 I 0.051 0.145 0.063 0.017 0.181 0.018 0.048 0.182 0.166 0.103 0.027 41 E 0.102 0.166 0.065 0.007 0.278 0.006 0.035 0.167 0.094 0.051 0.028 42 F 0.025 0.303 0.114 0.015 0.137 0.036 0.053 0.129 0.065 0.096 0.027 43 N 0.241 0.112 0.027 0.001 0.536 0.001 0.001 0.027 0.013 0.008 0.033 44 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.526 0.453 0.012 0.001 45 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.868 0.098 0.008 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.852 0.115 0.022 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.852 0.125 0.014 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.760 0.204 0.008 0.001 49 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.068 0.811 0.100 0.008 0.001 50 I 0.005 0.008 0.005 0.003 0.006 0.006 0.058 0.480 0.228 0.192 0.008 51 V 0.049 0.078 0.016 0.004 0.078 0.004 0.015 0.391 0.260 0.081 0.024 52 D 0.003 0.024 0.015 0.012 0.010 0.018 0.053 0.569 0.257 0.036 0.003 53 R 0.014 0.019 0.011 0.004 0.022 0.014 0.097 0.419 0.176 0.206 0.016 54 V 0.060 0.251 0.044 0.005 0.168 0.008 0.016 0.233 0.104 0.069 0.042 55 D 0.073 0.134 0.046 0.008 0.102 0.006 0.014 0.376 0.101 0.086 0.054 56 W 0.004 0.010 0.006 0.002 0.009 0.002 0.002 0.733 0.208 0.023 0.002 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.923 0.066 0.002 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.034 0.002 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.064 0.003 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.874 0.107 0.003 0.001 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.829 0.112 0.021 0.001 66 L 0.006 0.608 0.198 0.009 0.085 0.006 0.012 0.045 0.020 0.011 0.002 67 G 0.091 0.037 0.013 0.016 0.040 0.008 0.018 0.052 0.046 0.442 0.238 68 N 0.102 0.108 0.024 0.013 0.193 0.019 0.028 0.193 0.135 0.131 0.055 69 N 0.043 0.135 0.037 0.026 0.141 0.027 0.037 0.259 0.191 0.071 0.032 70 A 0.098 0.068 0.048 0.017 0.097 0.012 0.039 0.117 0.122 0.311 0.071 71 L 0.054 0.332 0.230 0.033 0.143 0.008 0.015 0.070 0.038 0.053 0.024 72 P 0.027 0.456 0.214 0.013 0.162 0.003 0.007 0.052 0.036 0.020 0.011 73 P 0.044 0.085 0.052 0.008 0.107 0.014 0.069 0.352 0.209 0.047 0.013 74 T 0.062 0.105 0.042 0.009 0.121 0.013 0.067 0.238 0.121 0.183 0.038 75 K 0.102 0.222 0.081 0.020 0.226 0.010 0.027 0.135 0.060 0.071 0.044 76 P 0.021 0.126 0.100 0.033 0.070 0.031 0.063 0.335 0.166 0.045 0.010 77 S 0.060 0.122 0.106 0.018 0.098 0.009 0.029 0.170 0.131 0.203 0.055 78 F 0.050 0.372 0.204 0.019 0.134 0.008 0.018 0.079 0.040 0.055 0.021 79 P 0.053 0.372 0.178 0.018 0.162 0.005 0.008 0.091 0.052 0.035 0.026 80 S 0.012 0.056 0.042 0.025 0.034 0.051 0.147 0.383 0.210 0.033 0.007 81 S 0.054 0.116 0.105 0.018 0.088 0.009 0.027 0.162 0.134 0.240 0.047 82 I 0.076 0.285 0.110 0.016 0.163 0.010 0.027 0.137 0.069 0.072 0.035 83 Q 0.047 0.282 0.172 0.026 0.160 0.016 0.024 0.149 0.070 0.033 0.022 84 E 0.018 0.081 0.045 0.041 0.041 0.095 0.131 0.293 0.161 0.067 0.029 85 L 0.124 0.082 0.047 0.015 0.150 0.010 0.014 0.093 0.083 0.290 0.092 86 T 0.045 0.097 0.035 0.009 0.075 0.008 0.014 0.226 0.210 0.236 0.044 87 D 0.018 0.115 0.045 0.021 0.050 0.025 0.052 0.417 0.144 0.094 0.018 88 D 0.013 0.132 0.028 0.007 0.050 0.007 0.037 0.503 0.123 0.088 0.013 89 D 0.029 0.068 0.060 0.005 0.032 0.004 0.006 0.548 0.113 0.112 0.023 90 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.871 0.110 0.006 0.002 91 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.051 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.053 0.008 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.004 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.047 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.948 0.035 0.005 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.858 0.118 0.015 0.001 97 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.872 0.110 0.005 0.001 98 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.869 0.081 0.023 0.001 99 L 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.006 0.052 0.848 0.065 0.017 0.001 100 L 0.030 0.004 0.001 0.001 0.023 0.003 0.022 0.726 0.141 0.030 0.020 101 L 0.004 0.019 0.005 0.004 0.021 0.014 0.047 0.756 0.106 0.022 0.002 102 Q 0.128 0.020 0.003 0.002 0.142 0.004 0.048 0.476 0.068 0.077 0.033 103 T 0.096 0.196 0.029 0.014 0.307 0.020 0.053 0.195 0.046 0.030 0.014 104 S 0.154 0.139 0.017 0.002 0.446 0.004 0.025 0.116 0.024 0.025 0.048 105 I 0.263 0.115 0.034 0.009 0.199 0.027 0.048 0.176 0.054 0.030 0.045 106 A 0.039 0.034 0.027 0.051 0.075 0.189 0.236 0.217 0.073 0.040 0.020 107 E 0.093 0.148 0.079 0.108 0.135 0.046 0.055 0.057 0.081 0.123 0.074 108 G 0.060 0.150 0.228 0.095 0.141 0.051 0.010 0.018 0.033 0.146 0.067 109 E 0.162 0.264 0.024 0.007 0.352 0.013 0.015 0.018 0.023 0.073 0.050 110 M 0.358 0.093 0.009 0.001 0.431 0.001 0.004 0.005 0.005 0.034 0.059 111 K 0.019 0.548 0.236 0.004 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 112 C 0.045 0.073 0.003 0.001 0.872 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 113 R 0.001 0.003 0.007 0.005 0.001 0.022 0.130 0.587 0.239 0.005 0.001 114 N 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.044 0.385 0.399 0.125 0.030 0.001 115 C 0.001 0.916 0.047 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 G 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.017 0.459 0.507 117 H 0.023 0.478 0.033 0.001 0.379 0.003 0.012 0.022 0.008 0.036 0.005 118 I 0.419 0.050 0.008 0.003 0.405 0.001 0.007 0.004 0.005 0.017 0.082 119 Y 0.048 0.485 0.205 0.015 0.227 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 120 Y 0.149 0.381 0.033 0.001 0.365 0.001 0.005 0.008 0.006 0.008 0.044 121 I 0.209 0.118 0.093 0.034 0.171 0.026 0.035 0.044 0.067 0.055 0.147 122 K 0.023 0.027 0.026 0.075 0.030 0.270 0.368 0.077 0.058 0.037 0.009 123 N 0.059 0.138 0.079 0.069 0.085 0.015 0.031 0.051 0.099 0.300 0.073 124 G 0.037 0.108 0.166 0.156 0.072 0.020 0.015 0.028 0.049 0.287 0.061 125 I 0.038 0.392 0.221 0.036 0.173 0.017 0.026 0.040 0.027 0.018 0.012 126 P 0.194 0.142 0.069 0.022 0.243 0.027 0.069 0.064 0.057 0.050 0.063 127 N 0.104 0.162 0.051 0.025 0.232 0.045 0.077 0.074 0.108 0.078 0.044 128 L 0.103 0.199 0.085 0.012 0.335 0.009 0.012 0.034 0.061 0.081 0.068 129 L 0.225 0.149 0.038 0.002 0.304 0.002 0.008 0.015 0.018 0.146 0.093 130 L 0.017 0.477 0.311 0.019 0.133 0.007 0.009 0.007 0.004 0.011 0.006 131 P 0.019 0.555 0.312 0.012 0.088 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.345 0.622 0.008 0.001 133 H 0.003 0.015 0.012 0.003 0.007 0.004 0.029 0.444 0.362 0.115 0.006 134 L 0.015 0.019 0.003 0.002 0.028 0.006 0.076 0.324 0.146 0.358 0.023 135 V 0.080 0.106 0.029 0.009 0.117 0.018 0.046 0.307 0.109 0.125 0.054