# TARGET T0319 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.246 0.201 0.183 0.197 0.113 0.054 0.006 2 K 0.156 0.178 0.197 0.226 0.176 0.062 0.006 3 F 0.156 0.115 0.087 0.128 0.239 0.234 0.042 4 L 0.136 0.096 0.089 0.153 0.187 0.263 0.075 5 T 0.086 0.135 0.188 0.250 0.185 0.133 0.021 6 T 0.068 0.116 0.192 0.246 0.229 0.130 0.019 7 N 0.124 0.134 0.125 0.170 0.209 0.191 0.046 8 F 0.041 0.059 0.102 0.197 0.257 0.280 0.062 9 L 0.036 0.091 0.138 0.252 0.279 0.176 0.028 10 K 0.054 0.197 0.243 0.257 0.176 0.065 0.007 11 C 0.032 0.074 0.150 0.273 0.283 0.169 0.019 12 S 0.082 0.181 0.246 0.276 0.168 0.044 0.003 13 V 0.186 0.305 0.231 0.189 0.075 0.014 0.001 14 K 0.236 0.347 0.239 0.131 0.040 0.007 0.001 15 A 0.304 0.366 0.196 0.097 0.030 0.006 0.001 16 C 0.146 0.215 0.235 0.241 0.131 0.031 0.001 17 D 0.320 0.304 0.195 0.131 0.043 0.007 0.001 18 T 0.529 0.274 0.120 0.055 0.017 0.005 0.001 19 S 0.521 0.256 0.116 0.071 0.028 0.007 0.001 20 N 0.386 0.259 0.157 0.110 0.060 0.025 0.003 21 D 0.242 0.231 0.207 0.191 0.095 0.030 0.004 22 N 0.187 0.232 0.219 0.193 0.116 0.048 0.005 23 F 0.048 0.087 0.127 0.239 0.300 0.184 0.015 24 P 0.030 0.145 0.306 0.330 0.152 0.035 0.002 25 L 0.028 0.048 0.083 0.193 0.358 0.268 0.022 26 Q 0.027 0.172 0.346 0.315 0.119 0.020 0.001 27 Y 0.040 0.079 0.147 0.312 0.312 0.108 0.004 28 D 0.224 0.390 0.235 0.113 0.032 0.006 0.001 29 G 0.356 0.365 0.174 0.078 0.021 0.004 0.001 30 S 0.289 0.259 0.211 0.160 0.068 0.013 0.001 31 K 0.558 0.273 0.102 0.048 0.015 0.003 0.001 32 C 0.525 0.263 0.127 0.063 0.018 0.003 0.001 33 Q 0.610 0.247 0.091 0.038 0.011 0.002 0.001 34 L 0.503 0.287 0.122 0.061 0.022 0.005 0.001 35 V 0.234 0.226 0.227 0.197 0.096 0.019 0.001 36 Q 0.380 0.309 0.173 0.097 0.032 0.007 0.001 37 D 0.295 0.238 0.178 0.166 0.091 0.028 0.004 38 E 0.300 0.270 0.187 0.144 0.074 0.023 0.003 39 S 0.355 0.262 0.167 0.121 0.065 0.025 0.004 40 I 0.242 0.187 0.167 0.189 0.137 0.067 0.010 41 E 0.302 0.216 0.160 0.138 0.107 0.066 0.012 42 F 0.191 0.183 0.174 0.198 0.152 0.085 0.017 43 N 0.132 0.198 0.207 0.215 0.159 0.078 0.011 44 P 0.197 0.261 0.218 0.181 0.102 0.036 0.005 45 E 0.259 0.321 0.216 0.129 0.055 0.017 0.003 46 F 0.081 0.095 0.141 0.220 0.261 0.175 0.026 47 L 0.047 0.049 0.065 0.167 0.281 0.318 0.073 48 L 0.089 0.213 0.263 0.244 0.133 0.048 0.009 49 N 0.130 0.175 0.216 0.239 0.159 0.072 0.010 50 I 0.032 0.031 0.034 0.077 0.224 0.455 0.147 51 V 0.021 0.028 0.067 0.186 0.261 0.330 0.108 52 D 0.091 0.182 0.186 0.215 0.182 0.122 0.023 53 R 0.052 0.106 0.166 0.216 0.241 0.182 0.037 54 V 0.021 0.043 0.065 0.155 0.237 0.328 0.151 55 D 0.029 0.089 0.120 0.204 0.258 0.243 0.056 56 W 0.009 0.040 0.102 0.219 0.366 0.233 0.031 57 P 0.060 0.227 0.280 0.250 0.125 0.051 0.007 58 A 0.008 0.041 0.108 0.228 0.315 0.229 0.071 59 V 0.001 0.002 0.004 0.021 0.126 0.556 0.291 60 L 0.001 0.023 0.110 0.350 0.342 0.159 0.015 61 T 0.021 0.196 0.315 0.282 0.131 0.046 0.010 62 V 0.003 0.010 0.026 0.082 0.239 0.506 0.134 63 A 0.001 0.003 0.013 0.095 0.347 0.494 0.047 64 A 0.022 0.265 0.407 0.224 0.064 0.015 0.002 65 E 0.041 0.149 0.268 0.333 0.158 0.046 0.004 66 L 0.003 0.019 0.057 0.177 0.420 0.303 0.021 67 G 0.052 0.235 0.318 0.253 0.119 0.022 0.001 68 N 0.062 0.198 0.270 0.288 0.144 0.036 0.002 69 N 0.077 0.203 0.282 0.264 0.140 0.032 0.001 70 A 0.259 0.333 0.219 0.121 0.053 0.014 0.001 71 L 0.189 0.198 0.226 0.224 0.124 0.036 0.002 72 P 0.472 0.247 0.153 0.091 0.030 0.006 0.001 73 P 0.622 0.221 0.094 0.044 0.015 0.004 0.001 74 T 0.674 0.205 0.076 0.032 0.011 0.002 0.001 75 K 0.556 0.223 0.128 0.071 0.019 0.003 0.001 76 P 0.691 0.201 0.069 0.030 0.008 0.001 0.001 77 S 0.711 0.211 0.057 0.017 0.003 0.001 0.001 78 F 0.436 0.231 0.166 0.126 0.038 0.003 0.001 79 P 0.710 0.204 0.063 0.019 0.003 0.001 0.001 80 S 0.817 0.140 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 81 S 0.740 0.197 0.045 0.014 0.003 0.001 0.001 82 I 0.300 0.234 0.231 0.179 0.051 0.005 0.001 83 Q 0.545 0.289 0.107 0.047 0.010 0.002 0.001 84 E 0.649 0.240 0.074 0.027 0.009 0.001 0.001 85 L 0.519 0.290 0.119 0.055 0.015 0.002 0.001 86 T 0.142 0.221 0.264 0.258 0.100 0.015 0.001 87 D 0.460 0.323 0.134 0.057 0.020 0.005 0.001 88 D 0.298 0.381 0.195 0.092 0.028 0.006 0.001 89 D 0.062 0.119 0.196 0.305 0.246 0.069 0.004 90 M 0.093 0.259 0.299 0.223 0.105 0.019 0.001 91 A 0.309 0.465 0.162 0.051 0.010 0.002 0.001 92 I 0.012 0.042 0.134 0.284 0.351 0.166 0.011 93 L 0.003 0.012 0.034 0.135 0.382 0.397 0.038 94 N 0.029 0.191 0.272 0.275 0.179 0.050 0.003 95 D 0.019 0.098 0.273 0.374 0.176 0.055 0.003 96 L 0.006 0.007 0.008 0.032 0.169 0.607 0.172 97 H 0.005 0.015 0.052 0.162 0.339 0.352 0.076 98 T 0.032 0.115 0.233 0.300 0.200 0.105 0.014 99 L 0.017 0.029 0.051 0.156 0.331 0.348 0.068 100 L 0.009 0.011 0.021 0.062 0.171 0.464 0.263 101 L 0.060 0.097 0.125 0.208 0.232 0.216 0.063 102 Q 0.107 0.200 0.202 0.231 0.160 0.080 0.020 103 T 0.044 0.067 0.082 0.165 0.247 0.307 0.089 104 S 0.157 0.226 0.213 0.196 0.137 0.062 0.010 105 I 0.121 0.176 0.176 0.200 0.179 0.124 0.024 106 A 0.184 0.214 0.206 0.208 0.129 0.053 0.006 107 E 0.188 0.231 0.210 0.208 0.115 0.044 0.004 108 G 0.216 0.283 0.210 0.154 0.099 0.034 0.004 109 E 0.123 0.345 0.316 0.153 0.052 0.010 0.001 110 M 0.016 0.057 0.121 0.307 0.365 0.130 0.003 111 K 0.093 0.439 0.337 0.111 0.017 0.002 0.001 112 C 0.059 0.184 0.257 0.345 0.144 0.012 0.001 113 R 0.432 0.399 0.138 0.029 0.002 0.001 0.001 114 N 0.705 0.257 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 115 C 0.449 0.339 0.150 0.055 0.007 0.001 0.001 116 G 0.556 0.373 0.057 0.012 0.001 0.001 0.001 117 H 0.075 0.219 0.324 0.264 0.104 0.013 0.001 118 I 0.088 0.351 0.313 0.186 0.054 0.008 0.001 119 Y 0.015 0.058 0.146 0.333 0.361 0.084 0.002 120 Y 0.052 0.267 0.369 0.245 0.060 0.006 0.001 121 I 0.032 0.073 0.110 0.280 0.387 0.116 0.003 122 K 0.112 0.318 0.302 0.214 0.048 0.005 0.001 123 N 0.401 0.365 0.148 0.063 0.020 0.003 0.001 124 G 0.352 0.312 0.181 0.115 0.034 0.006 0.001 125 I 0.271 0.233 0.179 0.173 0.104 0.037 0.003 126 P 0.379 0.246 0.168 0.118 0.061 0.025 0.004 127 N 0.323 0.244 0.185 0.144 0.078 0.024 0.002 128 L 0.187 0.138 0.143 0.190 0.193 0.128 0.021 129 L 0.218 0.194 0.206 0.196 0.132 0.051 0.005 130 L 0.253 0.160 0.197 0.208 0.137 0.041 0.003 131 P 0.547 0.249 0.122 0.060 0.017 0.003 0.001 132 P 0.790 0.148 0.046 0.013 0.003 0.001 0.001 133 H 0.851 0.110 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 134 L 0.781 0.134 0.051 0.025 0.008 0.001 0.001 135 V 0.759 0.135 0.060 0.031 0.012 0.003 0.001