# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.007 0.781 0.005 0.009 0.048 0.002 0.001 0.010 0.066 0.017 0.033 0.019 2 K 0.021 0.021 0.461 0.004 0.011 0.139 0.014 0.013 0.061 0.072 0.015 0.042 0.125 3 F 0.074 0.024 0.194 0.008 0.013 0.254 0.041 0.050 0.084 0.044 0.016 0.083 0.117 4 L 0.104 0.015 0.102 0.010 0.015 0.391 0.055 0.033 0.061 0.031 0.023 0.074 0.089 5 T 0.076 0.006 0.120 0.015 0.016 0.456 0.036 0.025 0.049 0.033 0.027 0.048 0.093 6 T 0.035 0.003 0.089 0.011 0.020 0.659 0.008 0.010 0.016 0.044 0.049 0.029 0.027 7 N 0.016 0.005 0.090 0.005 0.027 0.676 0.003 0.003 0.013 0.061 0.064 0.020 0.018 8 F 0.010 0.006 0.073 0.003 0.041 0.744 0.002 0.001 0.006 0.023 0.062 0.005 0.025 9 L 0.017 0.009 0.046 0.005 0.046 0.731 0.003 0.004 0.006 0.022 0.083 0.014 0.014 10 K 0.035 0.008 0.045 0.003 0.046 0.646 0.007 0.004 0.006 0.030 0.129 0.016 0.024 11 C 0.014 0.008 0.136 0.004 0.032 0.497 0.003 0.002 0.007 0.097 0.156 0.018 0.028 12 S 0.008 0.009 0.248 0.005 0.047 0.251 0.001 0.001 0.004 0.108 0.275 0.017 0.026 13 V 0.016 0.019 0.192 0.006 0.092 0.240 0.003 0.001 0.010 0.127 0.204 0.015 0.076 14 K 0.015 0.020 0.151 0.016 0.095 0.201 0.003 0.002 0.015 0.141 0.200 0.110 0.031 15 A 0.019 0.020 0.258 0.010 0.081 0.138 0.004 0.002 0.017 0.109 0.199 0.027 0.116 16 C 0.013 0.048 0.419 0.023 0.038 0.084 0.004 0.002 0.024 0.123 0.087 0.038 0.096 17 D 0.011 0.033 0.306 0.015 0.042 0.064 0.003 0.003 0.017 0.156 0.204 0.100 0.045 18 T 0.012 0.037 0.224 0.008 0.041 0.047 0.004 0.003 0.016 0.241 0.241 0.017 0.110 19 S 0.013 0.043 0.316 0.010 0.042 0.028 0.002 0.002 0.008 0.213 0.199 0.075 0.048 20 N 0.004 0.016 0.241 0.006 0.036 0.015 0.001 0.001 0.003 0.353 0.263 0.021 0.040 21 D 0.003 0.009 0.197 0.011 0.027 0.008 0.001 0.001 0.002 0.374 0.319 0.026 0.024 22 N 0.007 0.028 0.300 0.016 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.330 0.211 0.011 0.067 23 F 0.011 0.038 0.339 0.008 0.013 0.005 0.002 0.001 0.006 0.334 0.039 0.174 0.031 24 P 0.016 0.011 0.493 0.045 0.017 0.006 0.002 0.001 0.006 0.108 0.052 0.010 0.233 25 L 0.175 0.010 0.261 0.043 0.014 0.008 0.020 0.001 0.016 0.072 0.036 0.250 0.092 26 Q 0.354 0.016 0.067 0.002 0.004 0.004 0.046 0.002 0.014 0.014 0.007 0.144 0.325 27 Y 0.394 0.008 0.101 0.004 0.002 0.004 0.036 0.002 0.008 0.012 0.005 0.163 0.260 28 D 0.192 0.012 0.190 0.015 0.003 0.005 0.013 0.001 0.007 0.022 0.009 0.316 0.214 29 G 0.114 0.003 0.101 0.018 0.050 0.038 0.008 0.001 0.003 0.089 0.130 0.050 0.396 30 S 0.087 0.002 0.128 0.153 0.056 0.047 0.006 0.001 0.005 0.110 0.147 0.185 0.074 31 K 0.086 0.006 0.149 0.008 0.081 0.086 0.010 0.001 0.013 0.058 0.052 0.151 0.299 32 C 0.107 0.008 0.114 0.040 0.022 0.073 0.014 0.001 0.014 0.029 0.014 0.037 0.528 33 Q 0.082 0.004 0.071 0.031 0.006 0.034 0.014 0.001 0.014 0.011 0.004 0.679 0.050 34 L 0.062 0.006 0.057 0.004 0.005 0.038 0.014 0.001 0.016 0.008 0.004 0.022 0.763 35 V 0.070 0.008 0.220 0.182 0.010 0.048 0.020 0.001 0.013 0.021 0.017 0.251 0.140 36 Q 0.060 0.015 0.213 0.029 0.020 0.044 0.013 0.001 0.017 0.061 0.045 0.155 0.328 37 D 0.015 0.006 0.245 0.057 0.061 0.069 0.004 0.001 0.012 0.192 0.152 0.038 0.149 38 E 0.005 0.003 0.313 0.026 0.048 0.046 0.002 0.001 0.010 0.245 0.158 0.109 0.034 39 S 0.009 0.012 0.480 0.007 0.028 0.047 0.004 0.001 0.027 0.110 0.064 0.016 0.197 40 I 0.019 0.021 0.379 0.002 0.013 0.029 0.007 0.001 0.046 0.078 0.021 0.281 0.102 41 E 0.014 0.045 0.497 0.002 0.006 0.020 0.006 0.001 0.039 0.040 0.020 0.032 0.278 42 F 0.006 0.066 0.646 0.002 0.005 0.028 0.002 0.001 0.015 0.106 0.027 0.060 0.037 43 N 0.001 0.004 0.861 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.085 0.003 0.003 0.031 44 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.046 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 0.904 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.081 0.892 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.040 0.932 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 48 L 0.002 0.001 0.007 0.002 0.092 0.833 0.001 0.001 0.004 0.005 0.047 0.002 0.004 49 N 0.001 0.002 0.007 0.001 0.074 0.756 0.001 0.001 0.004 0.021 0.126 0.001 0.004 50 I 0.001 0.004 0.035 0.001 0.093 0.689 0.001 0.002 0.006 0.014 0.149 0.001 0.006 51 V 0.001 0.018 0.223 0.005 0.087 0.406 0.001 0.002 0.015 0.142 0.087 0.007 0.007 52 D 0.001 0.002 0.176 0.008 0.186 0.303 0.001 0.001 0.006 0.115 0.188 0.004 0.010 53 R 0.001 0.002 0.133 0.001 0.290 0.240 0.001 0.001 0.007 0.066 0.246 0.003 0.010 54 V 0.001 0.044 0.402 0.001 0.040 0.160 0.001 0.001 0.022 0.213 0.093 0.014 0.011 55 D 0.001 0.013 0.642 0.001 0.010 0.210 0.001 0.001 0.006 0.076 0.027 0.001 0.014 56 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.026 0.001 0.007 0.285 0.001 0.001 0.001 0.089 0.593 0.001 0.001 67 G 0.001 0.004 0.156 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.018 0.799 0.001 0.001 68 N 0.001 0.016 0.548 0.001 0.230 0.023 0.001 0.001 0.002 0.092 0.080 0.001 0.009 69 N 0.001 0.016 0.178 0.003 0.309 0.035 0.001 0.001 0.013 0.158 0.265 0.014 0.006 70 A 0.001 0.029 0.214 0.002 0.271 0.049 0.001 0.001 0.010 0.164 0.236 0.003 0.020 71 L 0.001 0.046 0.657 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.014 0.222 0.016 0.014 0.009 72 P 0.001 0.007 0.899 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.024 0.001 0.005 73 P 0.001 0.013 0.314 0.001 0.089 0.010 0.001 0.001 0.002 0.190 0.374 0.002 0.004 74 T 0.001 0.035 0.295 0.001 0.112 0.011 0.001 0.001 0.003 0.190 0.345 0.002 0.006 75 K 0.001 0.015 0.553 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.386 0.018 0.007 0.003 76 P 0.001 0.015 0.669 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.117 0.168 0.001 0.011 77 S 0.001 0.042 0.532 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.002 0.207 0.179 0.007 0.005 78 F 0.001 0.036 0.620 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.291 0.023 0.007 0.006 79 P 0.001 0.010 0.596 0.001 0.050 0.075 0.001 0.001 0.001 0.117 0.139 0.001 0.009 80 S 0.001 0.015 0.176 0.003 0.168 0.150 0.001 0.001 0.002 0.152 0.321 0.007 0.006 81 S 0.003 0.027 0.313 0.008 0.198 0.140 0.001 0.001 0.004 0.118 0.149 0.014 0.026 82 I 0.008 0.038 0.237 0.005 0.244 0.228 0.002 0.001 0.011 0.059 0.075 0.016 0.077 83 Q 0.015 0.022 0.223 0.016 0.141 0.225 0.003 0.002 0.016 0.121 0.082 0.090 0.045 84 E 0.009 0.024 0.292 0.007 0.096 0.239 0.003 0.001 0.027 0.093 0.088 0.021 0.098 85 L 0.004 0.040 0.338 0.004 0.067 0.258 0.002 0.001 0.015 0.086 0.129 0.016 0.038 86 T 0.002 0.023 0.400 0.003 0.030 0.170 0.001 0.001 0.010 0.160 0.158 0.011 0.030 87 D 0.001 0.010 0.321 0.001 0.050 0.217 0.001 0.001 0.003 0.166 0.215 0.007 0.009 88 D 0.001 0.004 0.106 0.001 0.056 0.205 0.001 0.001 0.001 0.173 0.451 0.001 0.002 89 D 0.001 0.004 0.196 0.001 0.038 0.374 0.001 0.001 0.002 0.150 0.230 0.001 0.004 90 M 0.001 0.001 0.022 0.001 0.014 0.921 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.782 0.001 0.001 0.001 0.013 0.187 0.001 0.001 102 Q 0.001 0.001 0.045 0.001 0.016 0.552 0.001 0.001 0.001 0.068 0.311 0.001 0.004 103 T 0.005 0.003 0.320 0.006 0.021 0.276 0.001 0.001 0.005 0.179 0.147 0.010 0.026 104 S 0.035 0.028 0.326 0.003 0.022 0.161 0.007 0.001 0.019 0.063 0.066 0.144 0.124 105 I 0.100 0.013 0.114 0.008 0.022 0.084 0.025 0.004 0.025 0.034 0.049 0.040 0.483 106 A 0.255 0.004 0.069 0.101 0.009 0.018 0.027 0.002 0.015 0.025 0.032 0.377 0.066 107 E 0.221 0.003 0.088 0.047 0.005 0.007 0.010 0.001 0.008 0.064 0.065 0.100 0.381 108 G 0.256 0.001 0.108 0.024 0.004 0.002 0.007 0.001 0.007 0.068 0.050 0.334 0.139 109 E 0.396 0.002 0.051 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.011 0.005 0.050 0.453 110 M 0.343 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.003 0.001 0.541 0.072 111 K 0.450 0.013 0.040 0.005 0.001 0.001 0.029 0.001 0.007 0.004 0.001 0.040 0.410 112 C 0.128 0.092 0.182 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.017 0.003 0.167 0.391 113 R 0.002 0.001 0.028 0.003 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.053 0.870 0.003 0.008 114 N 0.002 0.001 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.907 0.003 0.003 115 C 0.003 0.004 0.057 0.008 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 0.107 0.748 0.018 0.008 116 G 0.003 0.003 0.335 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.298 0.316 0.008 0.013 117 H 0.037 0.022 0.546 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.120 0.019 0.103 0.128 118 I 0.081 0.059 0.068 0.006 0.001 0.001 0.030 0.001 0.006 0.009 0.001 0.010 0.729 119 Y 0.078 0.003 0.048 0.011 0.001 0.001 0.020 0.002 0.011 0.006 0.001 0.804 0.013 120 Y 0.074 0.013 0.111 0.002 0.003 0.004 0.028 0.003 0.046 0.009 0.003 0.019 0.685 121 I 0.129 0.028 0.280 0.055 0.042 0.029 0.026 0.008 0.042 0.015 0.033 0.190 0.124 122 K 0.073 0.016 0.225 0.021 0.096 0.034 0.016 0.008 0.027 0.081 0.131 0.092 0.180 123 N 0.008 0.005 0.144 0.018 0.060 0.017 0.003 0.004 0.008 0.204 0.461 0.036 0.032 124 G 0.008 0.018 0.258 0.020 0.027 0.009 0.002 0.001 0.004 0.260 0.338 0.011 0.043 125 I 0.003 0.056 0.442 0.003 0.011 0.012 0.001 0.001 0.007 0.295 0.024 0.112 0.033 126 P 0.003 0.060 0.401 0.006 0.125 0.060 0.001 0.001 0.007 0.079 0.148 0.008 0.101 127 N 0.009 0.019 0.213 0.016 0.296 0.077 0.002 0.002 0.004 0.113 0.208 0.025 0.016 128 L 0.007 0.027 0.210 0.003 0.264 0.066 0.003 0.001 0.005 0.125 0.243 0.007 0.041 129 L 0.005 0.023 0.441 0.003 0.095 0.034 0.002 0.001 0.005 0.211 0.139 0.019 0.021 130 L 0.001 0.023 0.638 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.271 0.022 0.013 0.014 131 P 0.001 0.012 0.841 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.110 0.011 0.003 0.010 132 P 0.001 0.006 0.138 0.001 0.478 0.056 0.001 0.001 0.001 0.067 0.248 0.001 0.004 133 H 0.001 0.006 0.099 0.001 0.433 0.050 0.001 0.001 0.001 0.113 0.289 0.003 0.004 134 L 0.001 0.014 0.328 0.002 0.312 0.080 0.001 0.001 0.003 0.077 0.170 0.004 0.009 135 V 0.001 0.009 0.929 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.003 0.008