# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0319/T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.012 0.215 0.508 0.001 0.032 0.003 0.001 0.009 0.004 0.011 0.010 0.081 0.001 0.001 0.032 2 K 0.033 0.035 0.453 0.398 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.040 0.001 0.001 0.003 3 F 0.002 0.007 0.037 0.845 0.007 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.029 0.001 0.001 0.002 4 L 0.002 0.053 0.036 0.747 0.025 0.064 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.048 0.001 0.001 0.002 5 T 0.003 0.027 0.008 0.290 0.163 0.324 0.015 0.008 0.002 0.004 0.037 0.014 0.092 0.008 0.001 0.003 6 T 0.004 0.079 0.023 0.124 0.010 0.128 0.004 0.215 0.006 0.006 0.200 0.050 0.124 0.003 0.021 0.003 7 N 0.004 0.053 0.007 0.056 0.002 0.144 0.003 0.009 0.040 0.025 0.115 0.238 0.281 0.001 0.005 0.017 8 F 0.044 0.023 0.023 0.043 0.003 0.019 0.010 0.002 0.004 0.001 0.162 0.158 0.474 0.008 0.005 0.020 9 L 0.007 0.021 0.097 0.040 0.002 0.016 0.015 0.004 0.001 0.001 0.019 0.119 0.633 0.006 0.010 0.011 10 K 0.007 0.038 0.078 0.112 0.006 0.023 0.037 0.004 0.005 0.002 0.009 0.017 0.555 0.036 0.013 0.060 11 C 0.013 0.030 0.078 0.159 0.004 0.068 0.032 0.007 0.003 0.002 0.017 0.019 0.500 0.005 0.031 0.030 12 S 0.011 0.046 0.077 0.056 0.006 0.119 0.011 0.007 0.004 0.006 0.063 0.033 0.500 0.008 0.008 0.045 13 V 0.026 0.017 0.022 0.032 0.039 0.086 0.070 0.005 0.003 0.002 0.157 0.084 0.288 0.153 0.006 0.010 14 K 0.006 0.192 0.069 0.058 0.002 0.010 0.009 0.055 0.004 0.001 0.032 0.090 0.190 0.007 0.256 0.019 15 A 0.011 0.015 0.069 0.060 0.003 0.016 0.031 0.002 0.055 0.014 0.005 0.016 0.175 0.016 0.010 0.501 16 C 0.207 0.021 0.347 0.073 0.006 0.038 0.055 0.005 0.002 0.002 0.023 0.015 0.178 0.004 0.011 0.014 17 D 0.020 0.135 0.229 0.178 0.013 0.095 0.022 0.026 0.009 0.008 0.054 0.039 0.108 0.014 0.008 0.042 18 T 0.043 0.064 0.073 0.382 0.040 0.090 0.023 0.017 0.022 0.008 0.047 0.050 0.084 0.017 0.011 0.029 19 S 0.018 0.069 0.148 0.110 0.064 0.142 0.055 0.029 0.008 0.010 0.094 0.047 0.148 0.016 0.021 0.020 20 N 0.024 0.127 0.078 0.079 0.041 0.098 0.077 0.053 0.019 0.013 0.108 0.074 0.082 0.060 0.033 0.037 21 D 0.051 0.070 0.065 0.096 0.007 0.082 0.021 0.105 0.039 0.022 0.106 0.084 0.080 0.006 0.131 0.034 22 N 0.054 0.238 0.181 0.082 0.001 0.004 0.005 0.003 0.091 0.006 0.006 0.016 0.016 0.003 0.007 0.288 23 F 0.317 0.010 0.312 0.279 0.001 0.027 0.012 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.014 0.001 0.002 0.009 24 P 0.013 0.052 0.704 0.184 0.002 0.027 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 25 L 0.005 0.018 0.021 0.925 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 26 Q 0.007 0.011 0.124 0.836 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.005 0.013 0.052 0.796 0.085 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 28 D 0.002 0.048 0.010 0.261 0.016 0.553 0.001 0.091 0.002 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 29 G 0.002 0.033 0.004 0.078 0.011 0.237 0.001 0.011 0.024 0.025 0.558 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 30 S 0.019 0.484 0.015 0.065 0.001 0.014 0.001 0.008 0.006 0.001 0.022 0.358 0.004 0.001 0.003 0.001 31 K 0.017 0.056 0.345 0.320 0.002 0.052 0.003 0.006 0.014 0.003 0.025 0.032 0.070 0.002 0.007 0.046 32 C 0.017 0.022 0.614 0.212 0.002 0.037 0.003 0.002 0.001 0.001 0.019 0.010 0.053 0.001 0.002 0.004 33 Q 0.011 0.054 0.125 0.629 0.004 0.044 0.002 0.005 0.002 0.001 0.030 0.013 0.071 0.002 0.001 0.006 34 L 0.008 0.023 0.048 0.721 0.018 0.075 0.006 0.003 0.002 0.001 0.015 0.012 0.057 0.004 0.001 0.006 35 V 0.004 0.097 0.119 0.600 0.025 0.054 0.011 0.008 0.002 0.001 0.009 0.008 0.047 0.003 0.004 0.009 36 Q 0.008 0.069 0.068 0.408 0.031 0.239 0.016 0.030 0.005 0.009 0.027 0.013 0.050 0.005 0.007 0.015 37 D 0.022 0.127 0.071 0.177 0.009 0.287 0.007 0.034 0.012 0.012 0.138 0.024 0.055 0.003 0.009 0.012 38 E 0.029 0.220 0.052 0.156 0.003 0.081 0.006 0.012 0.016 0.006 0.199 0.135 0.058 0.004 0.008 0.015 39 S 0.047 0.221 0.207 0.192 0.002 0.037 0.009 0.002 0.010 0.001 0.017 0.133 0.072 0.004 0.012 0.033 40 I 0.036 0.015 0.410 0.198 0.003 0.063 0.014 0.004 0.002 0.002 0.064 0.028 0.125 0.002 0.005 0.028 41 E 0.025 0.154 0.264 0.313 0.007 0.072 0.010 0.003 0.003 0.001 0.020 0.023 0.075 0.002 0.002 0.027 42 F 0.008 0.084 0.072 0.761 0.001 0.009 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.011 0.029 0.001 0.002 0.008 43 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.004 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.002 0.007 50 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.014 0.008 0.049 51 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.005 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.122 0.007 0.011 52 D 0.003 0.023 0.010 0.003 0.001 0.009 0.022 0.004 0.001 0.001 0.014 0.006 0.723 0.007 0.152 0.024 53 R 0.009 0.044 0.013 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 0.001 0.003 0.009 0.082 0.010 0.006 0.788 54 V 0.257 0.007 0.511 0.029 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.133 0.001 0.009 0.024 55 D 0.007 0.042 0.352 0.041 0.001 0.309 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.012 0.210 0.001 0.001 0.012 56 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.464 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.012 0.101 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.601 0.096 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.152 0.840 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.917 0.001 0.020 66 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.002 0.844 0.003 67 G 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.250 0.022 0.006 0.673 68 N 0.529 0.007 0.008 0.007 0.002 0.024 0.026 0.004 0.002 0.002 0.041 0.016 0.238 0.061 0.017 0.015 69 N 0.014 0.192 0.112 0.014 0.001 0.018 0.022 0.017 0.006 0.003 0.096 0.107 0.236 0.013 0.102 0.045 70 A 0.040 0.098 0.200 0.104 0.001 0.016 0.022 0.003 0.027 0.003 0.008 0.055 0.128 0.008 0.023 0.263 71 L 0.051 0.027 0.697 0.141 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.035 0.001 0.004 0.015 72 P 0.011 0.007 0.248 0.082 0.009 0.549 0.013 0.003 0.001 0.004 0.010 0.008 0.051 0.001 0.001 0.004 73 P 0.008 0.161 0.020 0.166 0.007 0.074 0.003 0.014 0.003 0.001 0.482 0.017 0.035 0.004 0.001 0.004 74 T 0.008 0.220 0.036 0.319 0.005 0.023 0.008 0.006 0.024 0.002 0.012 0.288 0.027 0.006 0.006 0.009 75 K 0.014 0.022 0.473 0.193 0.007 0.056 0.044 0.004 0.004 0.003 0.012 0.012 0.117 0.002 0.013 0.023 76 P 0.033 0.051 0.233 0.239 0.014 0.122 0.026 0.018 0.005 0.008 0.093 0.026 0.093 0.005 0.005 0.029 77 S 0.033 0.220 0.068 0.423 0.009 0.053 0.007 0.012 0.011 0.005 0.040 0.055 0.036 0.006 0.005 0.017 78 F 0.022 0.052 0.150 0.391 0.012 0.140 0.014 0.011 0.008 0.008 0.033 0.044 0.088 0.003 0.010 0.014 79 P 0.017 0.056 0.106 0.107 0.012 0.369 0.014 0.012 0.005 0.007 0.118 0.041 0.118 0.004 0.005 0.011 80 S 0.018 0.152 0.040 0.202 0.003 0.050 0.003 0.025 0.008 0.004 0.284 0.109 0.082 0.003 0.007 0.010 81 S 0.016 0.055 0.064 0.114 0.003 0.185 0.007 0.004 0.012 0.004 0.029 0.287 0.192 0.004 0.007 0.017 82 I 0.013 0.022 0.127 0.057 0.009 0.071 0.035 0.004 0.001 0.001 0.163 0.036 0.429 0.012 0.006 0.014 83 Q 0.009 0.108 0.107 0.145 0.004 0.033 0.015 0.025 0.004 0.001 0.050 0.153 0.284 0.013 0.030 0.018 84 E 0.014 0.026 0.077 0.139 0.005 0.066 0.021 0.007 0.017 0.007 0.023 0.037 0.422 0.015 0.020 0.105 85 L 0.035 0.046 0.209 0.086 0.012 0.046 0.056 0.006 0.003 0.002 0.079 0.025 0.304 0.019 0.014 0.058 86 T 0.025 0.057 0.138 0.055 0.016 0.134 0.049 0.030 0.002 0.004 0.057 0.085 0.248 0.036 0.036 0.028 87 D 0.012 0.029 0.039 0.021 0.005 0.160 0.014 0.026 0.007 0.013 0.219 0.057 0.316 0.011 0.042 0.028 88 D 0.016 0.079 0.019 0.014 0.001 0.029 0.004 0.011 0.008 0.007 0.279 0.203 0.274 0.005 0.015 0.038 89 D 0.015 0.010 0.010 0.003 0.001 0.066 0.002 0.001 0.002 0.001 0.037 0.304 0.532 0.001 0.007 0.010 90 M 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.153 0.055 0.749 0.001 0.001 0.004 91 A 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.189 0.767 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.973 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.003 100 L 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.009 0.004 0.008 101 L 0.001 0.020 0.030 0.011 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.891 0.002 0.016 0.017 102 Q 0.010 0.015 0.064 0.089 0.003 0.021 0.019 0.001 0.002 0.001 0.012 0.004 0.589 0.040 0.007 0.125 103 T 0.040 0.063 0.380 0.121 0.001 0.007 0.005 0.009 0.001 0.001 0.014 0.008 0.283 0.002 0.049 0.018 104 S 0.008 0.048 0.119 0.327 0.005 0.133 0.005 0.001 0.006 0.004 0.015 0.019 0.247 0.002 0.002 0.057 105 I 0.035 0.023 0.045 0.132 0.041 0.431 0.013 0.002 0.001 0.001 0.038 0.016 0.217 0.002 0.001 0.003 106 A 0.001 0.549 0.039 0.139 0.071 0.026 0.040 0.009 0.001 0.001 0.022 0.040 0.027 0.030 0.002 0.004 107 E 0.005 0.023 0.033 0.425 0.002 0.018 0.002 0.240 0.011 0.002 0.006 0.009 0.037 0.002 0.176 0.008 108 G 0.020 0.031 0.355 0.204 0.001 0.018 0.003 0.003 0.079 0.060 0.016 0.004 0.048 0.001 0.003 0.154 109 E 0.254 0.010 0.078 0.616 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.010 0.001 0.001 0.004 110 M 0.006 0.010 0.248 0.637 0.021 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.003 111 K 0.001 0.043 0.020 0.902 0.012 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 112 C 0.001 0.005 0.002 0.090 0.050 0.833 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 113 R 0.002 0.072 0.006 0.018 0.015 0.030 0.001 0.082 0.002 0.003 0.754 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 114 N 0.007 0.059 0.007 0.018 0.098 0.010 0.050 0.007 0.074 0.013 0.031 0.267 0.004 0.342 0.002 0.011 115 C 0.008 0.005 0.034 0.009 0.001 0.008 0.005 0.080 0.001 0.001 0.007 0.007 0.019 0.001 0.813 0.002 116 G 0.003 0.037 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.016 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.729 117 H 0.919 0.002 0.013 0.051 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 118 I 0.002 0.031 0.895 0.063 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 119 Y 0.001 0.003 0.014 0.972 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Y 0.003 0.008 0.090 0.807 0.031 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 121 I 0.001 0.006 0.005 0.131 0.661 0.167 0.005 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 122 K 0.001 0.051 0.002 0.033 0.611 0.024 0.030 0.099 0.002 0.001 0.047 0.010 0.002 0.085 0.003 0.001 123 N 0.001 0.012 0.002 0.015 0.002 0.009 0.001 0.657 0.049 0.017 0.009 0.010 0.004 0.001 0.207 0.003 124 G 0.025 0.016 0.014 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.451 0.125 0.012 0.007 0.005 0.001 0.001 0.327 125 I 0.858 0.007 0.050 0.021 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.007 0.001 0.001 0.002 126 P 0.010 0.027 0.398 0.059 0.012 0.320 0.016 0.042 0.002 0.005 0.024 0.020 0.042 0.004 0.013 0.004 127 N 0.008 0.379 0.022 0.290 0.003 0.056 0.005 0.011 0.044 0.011 0.056 0.047 0.037 0.002 0.006 0.021 128 L 0.104 0.039 0.105 0.454 0.003 0.021 0.010 0.004 0.030 0.005 0.038 0.099 0.049 0.003 0.005 0.030 129 L 0.021 0.023 0.704 0.155 0.003 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.029 0.001 0.002 0.017 130 L 0.012 0.057 0.220 0.632 0.005 0.026 0.005 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.018 0.001 0.001 0.009 131 P 0.001 0.004 0.006 0.028 0.007 0.929 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 132 P 0.001 0.036 0.002 0.011 0.001 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 0.900 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 133 H 0.002 0.065 0.005 0.025 0.001 0.007 0.001 0.002 0.010 0.001 0.009 0.849 0.018 0.001 0.003 0.002 134 L 0.016 0.009 0.184 0.031 0.023 0.031 0.129 0.003 0.004 0.002 0.025 0.027 0.415 0.033 0.013 0.055 135 V 0.014 0.060 0.257 0.056 0.015 0.034 0.077 0.056 0.002 0.002 0.056 0.032 0.224 0.024 0.062 0.029