# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.195 0.002 0.011 0.008 0.008 0.026 0.002 0.001 0.652 0.078 2 K 0.007 0.229 0.002 0.008 0.006 0.009 0.022 0.002 0.001 0.642 0.073 3 F 0.015 0.322 0.005 0.008 0.006 0.007 0.018 0.004 0.001 0.510 0.105 4 L 0.010 0.776 0.012 0.010 0.004 0.005 0.013 0.006 0.002 0.079 0.084 5 T 0.025 0.897 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.009 0.052 6 T 0.039 0.648 0.013 0.007 0.003 0.006 0.023 0.018 0.007 0.083 0.153 7 N 0.065 0.748 0.005 0.003 0.001 0.002 0.027 0.011 0.003 0.029 0.106 8 F 0.066 0.129 0.014 0.010 0.005 0.006 0.074 0.006 0.005 0.470 0.217 9 L 0.025 0.490 0.011 0.012 0.006 0.008 0.089 0.009 0.003 0.095 0.251 10 K 0.116 0.321 0.013 0.016 0.006 0.011 0.078 0.015 0.004 0.085 0.335 11 C 0.068 0.098 0.050 0.043 0.023 0.034 0.104 0.022 0.021 0.152 0.385 12 S 0.167 0.113 0.004 0.016 0.016 0.046 0.096 0.013 0.003 0.065 0.462 13 V 0.152 0.053 0.013 0.028 0.018 0.041 0.088 0.010 0.006 0.061 0.529 14 K 0.044 0.029 0.003 0.053 0.043 0.080 0.130 0.005 0.001 0.047 0.564 15 A 0.023 0.017 0.002 0.054 0.041 0.099 0.103 0.003 0.001 0.069 0.588 16 C 0.019 0.005 0.002 0.065 0.123 0.098 0.102 0.004 0.001 0.057 0.525 17 D 0.034 0.021 0.004 0.142 0.104 0.207 0.083 0.003 0.002 0.075 0.324 18 T 0.078 0.010 0.010 0.058 0.063 0.096 0.092 0.005 0.005 0.069 0.515 19 S 0.114 0.002 0.003 0.040 0.060 0.126 0.086 0.026 0.002 0.075 0.467 20 N 0.283 0.002 0.001 0.015 0.013 0.025 0.080 0.002 0.001 0.031 0.548 21 D 0.008 0.001 0.001 0.042 0.029 0.078 0.117 0.001 0.001 0.014 0.708 22 N 0.005 0.001 0.001 0.021 0.030 0.057 0.110 0.001 0.001 0.021 0.754 23 F 0.002 0.001 0.001 0.026 0.377 0.253 0.081 0.006 0.001 0.046 0.209 24 P 0.003 0.003 0.001 0.085 0.089 0.177 0.090 0.001 0.001 0.039 0.514 25 L 0.001 0.001 0.001 0.064 0.290 0.547 0.011 0.001 0.001 0.025 0.061 26 Q 0.002 0.001 0.001 0.094 0.244 0.348 0.027 0.001 0.001 0.064 0.219 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.109 0.433 0.330 0.015 0.001 0.001 0.022 0.088 28 D 0.069 0.011 0.002 0.067 0.254 0.348 0.032 0.004 0.002 0.080 0.131 29 G 0.129 0.016 0.003 0.063 0.142 0.158 0.064 0.005 0.003 0.044 0.373 30 S 0.031 0.027 0.001 0.035 0.139 0.226 0.073 0.006 0.001 0.021 0.439 31 K 0.043 0.080 0.003 0.047 0.114 0.154 0.093 0.007 0.001 0.025 0.432 32 C 0.031 0.053 0.003 0.028 0.249 0.170 0.059 0.007 0.001 0.020 0.379 33 Q 0.040 0.142 0.004 0.038 0.199 0.250 0.041 0.008 0.001 0.034 0.243 34 L 0.040 0.107 0.011 0.038 0.105 0.160 0.050 0.006 0.004 0.045 0.435 35 V 0.100 0.060 0.033 0.064 0.144 0.157 0.061 0.008 0.012 0.070 0.291 36 Q 0.124 0.032 0.006 0.033 0.066 0.114 0.067 0.010 0.003 0.048 0.496 37 D 0.127 0.017 0.003 0.020 0.020 0.030 0.058 0.004 0.002 0.034 0.685 38 E 0.039 0.013 0.001 0.029 0.042 0.056 0.102 0.010 0.001 0.033 0.676 39 S 0.020 0.012 0.001 0.024 0.025 0.056 0.110 0.004 0.001 0.025 0.724 40 I 0.026 0.003 0.001 0.046 0.089 0.064 0.119 0.002 0.001 0.043 0.607 41 E 0.008 0.008 0.001 0.098 0.051 0.059 0.138 0.001 0.001 0.042 0.592 42 F 0.013 0.062 0.001 0.054 0.013 0.019 0.119 0.005 0.001 0.043 0.668 43 N 0.115 0.779 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.015 0.001 0.021 0.048 44 P 0.057 0.802 0.003 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.020 0.101 45 E 0.035 0.420 0.004 0.008 0.004 0.007 0.036 0.004 0.001 0.276 0.205 46 F 0.039 0.568 0.004 0.004 0.009 0.009 0.028 0.010 0.001 0.209 0.120 47 L 0.065 0.781 0.009 0.003 0.004 0.005 0.013 0.033 0.002 0.017 0.070 48 L 0.134 0.525 0.009 0.008 0.010 0.017 0.027 0.009 0.004 0.041 0.215 49 N 0.086 0.238 0.015 0.008 0.011 0.023 0.089 0.006 0.010 0.065 0.449 50 I 0.166 0.214 0.020 0.013 0.006 0.011 0.095 0.032 0.008 0.076 0.359 51 V 0.243 0.163 0.020 0.018 0.006 0.009 0.104 0.030 0.011 0.076 0.320 52 D 0.075 0.083 0.002 0.017 0.006 0.011 0.131 0.004 0.001 0.032 0.637 53 R 0.038 0.052 0.003 0.024 0.007 0.014 0.112 0.002 0.001 0.054 0.693 54 V 0.007 0.104 0.002 0.047 0.025 0.019 0.130 0.003 0.001 0.076 0.587 55 D 0.016 0.879 0.001 0.004 0.001 0.003 0.012 0.004 0.001 0.020 0.060 56 W 0.033 0.889 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.029 0.034 57 P 0.010 0.271 0.001 0.010 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.650 0.040 58 A 0.002 0.811 0.001 0.004 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.140 0.030 59 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 60 L 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 61 T 0.006 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.030 62 V 0.035 0.797 0.019 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.008 0.071 0.031 63 A 0.068 0.136 0.285 0.002 0.001 0.001 0.015 0.032 0.262 0.135 0.065 64 A 0.323 0.052 0.004 0.002 0.001 0.001 0.088 0.005 0.004 0.058 0.464 65 E 0.041 0.029 0.004 0.005 0.001 0.003 0.093 0.002 0.003 0.043 0.778 66 L 0.043 0.013 0.021 0.019 0.001 0.004 0.192 0.005 0.005 0.061 0.635 67 G 0.152 0.021 0.003 0.021 0.005 0.015 0.104 0.021 0.002 0.080 0.577 68 N 0.159 0.005 0.001 0.007 0.002 0.006 0.096 0.004 0.001 0.048 0.672 69 N 0.020 0.001 0.001 0.036 0.009 0.031 0.118 0.002 0.001 0.040 0.742 70 A 0.009 0.001 0.001 0.046 0.006 0.021 0.112 0.001 0.001 0.029 0.774 71 L 0.014 0.001 0.001 0.050 0.048 0.049 0.137 0.006 0.001 0.044 0.651 72 P 0.140 0.003 0.001 0.033 0.018 0.015 0.102 0.002 0.001 0.062 0.624 73 P 0.005 0.001 0.001 0.021 0.015 0.028 0.164 0.004 0.001 0.026 0.735 74 T 0.071 0.003 0.001 0.024 0.006 0.013 0.131 0.004 0.001 0.029 0.718 75 K 0.270 0.005 0.001 0.021 0.013 0.013 0.112 0.004 0.001 0.074 0.486 76 P 0.006 0.001 0.001 0.007 0.007 0.013 0.141 0.001 0.001 0.017 0.808 77 S 0.033 0.006 0.001 0.013 0.009 0.014 0.116 0.002 0.001 0.017 0.789 78 F 0.174 0.042 0.002 0.011 0.020 0.018 0.144 0.018 0.001 0.073 0.498 79 P 0.180 0.070 0.002 0.005 0.004 0.008 0.108 0.007 0.001 0.041 0.574 80 S 0.090 0.058 0.004 0.013 0.013 0.032 0.112 0.010 0.001 0.049 0.617 81 S 0.125 0.079 0.003 0.013 0.018 0.040 0.113 0.007 0.001 0.068 0.532 82 I 0.174 0.060 0.003 0.021 0.023 0.044 0.093 0.006 0.001 0.066 0.509 83 Q 0.048 0.032 0.001 0.020 0.037 0.058 0.119 0.003 0.001 0.040 0.641 84 E 0.030 0.026 0.001 0.013 0.025 0.038 0.145 0.002 0.001 0.028 0.691 85 L 0.028 0.024 0.001 0.014 0.025 0.027 0.153 0.006 0.001 0.037 0.685 86 T 0.092 0.103 0.001 0.008 0.009 0.011 0.115 0.005 0.001 0.038 0.619 87 D 0.052 0.188 0.002 0.011 0.003 0.005 0.083 0.004 0.001 0.077 0.574 88 D 0.011 0.683 0.002 0.004 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.049 0.214 89 D 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.017 90 M 0.037 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.110 0.041 91 A 0.012 0.460 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.444 0.061 92 I 0.019 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.047 0.031 93 L 0.023 0.834 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.066 0.055 94 N 0.011 0.358 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.525 0.080 95 D 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 0.033 96 L 0.012 0.938 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.009 0.020 97 H 0.015 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.015 0.021 98 T 0.011 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 0.039 99 L 0.013 0.090 0.004 0.003 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.838 0.029 100 L 0.011 0.604 0.009 0.012 0.002 0.003 0.031 0.004 0.002 0.246 0.078 101 L 0.057 0.701 0.010 0.007 0.002 0.003 0.028 0.012 0.001 0.041 0.138 102 Q 0.056 0.469 0.012 0.028 0.008 0.012 0.040 0.018 0.003 0.159 0.195 103 T 0.080 0.315 0.008 0.015 0.007 0.017 0.076 0.009 0.006 0.117 0.350 104 S 0.147 0.093 0.039 0.028 0.015 0.031 0.080 0.018 0.022 0.141 0.386 105 I 0.120 0.023 0.028 0.029 0.013 0.029 0.126 0.009 0.021 0.099 0.503 106 A 0.174 0.042 0.003 0.027 0.016 0.029 0.133 0.006 0.002 0.051 0.515 107 E 0.046 0.023 0.004 0.047 0.012 0.031 0.174 0.005 0.001 0.056 0.601 108 G 0.013 0.014 0.002 0.063 0.062 0.195 0.157 0.011 0.001 0.086 0.398 109 E 0.018 0.008 0.001 0.079 0.095 0.252 0.078 0.002 0.001 0.080 0.387 110 M 0.004 0.003 0.002 0.115 0.167 0.257 0.062 0.001 0.001 0.041 0.347 111 K 0.020 0.007 0.004 0.091 0.180 0.348 0.046 0.002 0.002 0.078 0.223 112 C 0.098 0.003 0.007 0.058 0.107 0.128 0.070 0.004 0.006 0.081 0.440 113 R 0.104 0.005 0.002 0.029 0.072 0.117 0.081 0.008 0.002 0.044 0.538 114 N 0.092 0.001 0.002 0.015 0.027 0.062 0.109 0.002 0.001 0.033 0.655 115 C 0.005 0.001 0.001 0.032 0.112 0.248 0.103 0.004 0.001 0.022 0.472 116 G 0.011 0.003 0.001 0.042 0.122 0.236 0.092 0.001 0.001 0.052 0.440 117 H 0.001 0.002 0.001 0.058 0.374 0.405 0.026 0.001 0.001 0.023 0.110 118 I 0.001 0.002 0.001 0.056 0.210 0.486 0.028 0.001 0.001 0.027 0.191 119 Y 0.001 0.001 0.001 0.048 0.501 0.321 0.015 0.001 0.001 0.016 0.097 120 Y 0.003 0.004 0.002 0.101 0.247 0.438 0.033 0.001 0.001 0.040 0.131 121 I 0.187 0.024 0.002 0.048 0.150 0.152 0.050 0.019 0.003 0.094 0.269 122 K 0.562 0.008 0.002 0.028 0.023 0.025 0.047 0.003 0.002 0.081 0.220 123 N 0.007 0.004 0.003 0.031 0.013 0.036 0.103 0.001 0.001 0.022 0.779 124 G 0.045 0.019 0.005 0.038 0.038 0.045 0.110 0.003 0.002 0.031 0.665 125 I 0.293 0.018 0.004 0.025 0.053 0.024 0.096 0.031 0.002 0.191 0.264 126 P 0.147 0.036 0.001 0.020 0.010 0.023 0.147 0.009 0.001 0.068 0.538 127 N 0.053 0.010 0.001 0.045 0.029 0.097 0.134 0.004 0.001 0.044 0.584 128 L 0.011 0.004 0.001 0.034 0.038 0.069 0.141 0.001 0.001 0.032 0.671 129 L 0.002 0.004 0.001 0.048 0.053 0.102 0.157 0.001 0.001 0.025 0.606 130 L 0.201 0.071 0.006 0.039 0.030 0.028 0.099 0.012 0.007 0.066 0.442 131 P 0.580 0.073 0.005 0.008 0.004 0.004 0.044 0.022 0.003 0.094 0.163 132 P 0.156 0.019 0.003 0.008 0.002 0.008 0.098 0.005 0.001 0.051 0.649 133 H 0.063 0.012 0.002 0.020 0.017 0.048 0.093 0.002 0.001 0.032 0.710 134 L 0.045 0.015 0.002 0.013 0.040 0.048 0.121 0.003 0.001 0.044 0.669 135 V 0.042 0.007 0.001 0.009 0.055 0.045 0.127 0.010 0.001 0.029 0.673