# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.100 0.060 0.117 0.092 0.090 0.120 0.090 0.093 0.059 0.036 2 K 0.071 0.104 0.056 0.174 0.191 0.166 0.135 0.050 0.029 0.015 0.008 3 F 0.021 0.029 0.025 0.054 0.053 0.068 0.143 0.140 0.180 0.163 0.126 4 L 0.011 0.024 0.022 0.080 0.099 0.124 0.216 0.155 0.140 0.081 0.050 5 T 0.006 0.011 0.017 0.034 0.032 0.039 0.109 0.149 0.223 0.211 0.167 6 T 0.012 0.018 0.026 0.082 0.097 0.123 0.186 0.142 0.151 0.109 0.054 7 N 0.012 0.018 0.034 0.061 0.067 0.103 0.208 0.168 0.160 0.110 0.057 8 F 0.004 0.015 0.028 0.064 0.049 0.063 0.158 0.158 0.194 0.165 0.102 9 L 0.002 0.007 0.021 0.023 0.021 0.028 0.093 0.131 0.226 0.244 0.203 10 K 0.011 0.042 0.081 0.271 0.254 0.153 0.105 0.042 0.026 0.011 0.004 11 C 0.005 0.011 0.017 0.034 0.053 0.093 0.202 0.195 0.195 0.131 0.063 12 S 0.077 0.154 0.128 0.263 0.160 0.092 0.072 0.026 0.016 0.008 0.005 13 V 0.014 0.019 0.017 0.058 0.084 0.130 0.227 0.156 0.142 0.098 0.056 14 K 0.157 0.174 0.115 0.252 0.138 0.072 0.048 0.020 0.013 0.007 0.004 15 A 0.061 0.119 0.060 0.211 0.191 0.152 0.127 0.043 0.023 0.009 0.004 16 C 0.004 0.005 0.004 0.012 0.017 0.031 0.087 0.128 0.212 0.243 0.257 17 D 0.176 0.267 0.102 0.229 0.120 0.055 0.031 0.009 0.006 0.003 0.002 18 T 0.109 0.106 0.058 0.142 0.108 0.111 0.140 0.084 0.073 0.044 0.025 19 S 0.125 0.077 0.028 0.093 0.082 0.083 0.118 0.094 0.107 0.095 0.098 20 N 0.290 0.235 0.070 0.179 0.102 0.060 0.036 0.013 0.008 0.004 0.002 21 D 0.201 0.147 0.065 0.197 0.142 0.098 0.074 0.033 0.023 0.013 0.007 22 N 0.109 0.117 0.064 0.192 0.157 0.126 0.105 0.053 0.039 0.024 0.014 23 F 0.005 0.012 0.009 0.046 0.082 0.135 0.244 0.183 0.148 0.092 0.045 24 P 0.010 0.027 0.023 0.123 0.155 0.146 0.182 0.126 0.101 0.064 0.043 25 L 0.003 0.003 0.003 0.008 0.014 0.024 0.085 0.137 0.239 0.251 0.234 26 Q 0.021 0.064 0.060 0.311 0.238 0.134 0.103 0.038 0.021 0.008 0.003 27 Y 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 0.024 0.093 0.160 0.271 0.265 0.164 28 D 0.072 0.272 0.106 0.291 0.140 0.064 0.035 0.011 0.006 0.002 0.001 29 G 0.081 0.056 0.028 0.091 0.095 0.105 0.174 0.135 0.116 0.076 0.043 30 S 0.468 0.217 0.055 0.122 0.063 0.033 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 31 K 0.151 0.232 0.088 0.257 0.142 0.073 0.039 0.011 0.006 0.002 0.001 32 C 0.016 0.011 0.009 0.024 0.034 0.062 0.149 0.151 0.211 0.187 0.146 33 Q 0.102 0.204 0.171 0.265 0.137 0.067 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 34 L 0.029 0.051 0.076 0.113 0.111 0.126 0.191 0.116 0.104 0.058 0.025 35 V 0.019 0.029 0.032 0.073 0.095 0.129 0.198 0.134 0.131 0.093 0.066 36 Q 0.056 0.123 0.122 0.240 0.189 0.115 0.094 0.032 0.018 0.008 0.003 37 D 0.180 0.166 0.153 0.204 0.128 0.080 0.053 0.019 0.010 0.005 0.002 38 E 0.388 0.175 0.116 0.141 0.078 0.048 0.033 0.011 0.006 0.003 0.002 39 S 0.329 0.182 0.056 0.116 0.081 0.073 0.074 0.036 0.028 0.016 0.009 40 I 0.078 0.062 0.037 0.088 0.108 0.135 0.194 0.117 0.099 0.057 0.025 41 E 0.376 0.199 0.114 0.118 0.067 0.048 0.039 0.016 0.012 0.007 0.004 42 F 0.018 0.023 0.017 0.054 0.075 0.099 0.170 0.147 0.162 0.135 0.100 43 N 0.025 0.300 0.070 0.169 0.113 0.086 0.091 0.055 0.047 0.027 0.016 44 P 0.102 0.047 0.032 0.140 0.230 0.226 0.142 0.047 0.023 0.008 0.003 45 E 0.772 0.112 0.054 0.040 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.001 0.004 0.006 0.051 0.091 0.185 0.324 0.179 0.102 0.043 0.014 47 L 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.012 0.058 0.110 0.230 0.281 0.290 48 L 0.002 0.011 0.173 0.193 0.228 0.207 0.120 0.034 0.018 0.008 0.003 49 N 0.002 0.022 0.237 0.248 0.195 0.148 0.093 0.029 0.016 0.007 0.003 50 I 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.013 0.077 0.126 0.237 0.269 0.262 51 V 0.001 0.002 0.007 0.011 0.020 0.048 0.177 0.203 0.235 0.188 0.108 52 D 0.021 0.083 0.285 0.259 0.154 0.095 0.060 0.021 0.013 0.006 0.003 53 R 0.010 0.026 0.051 0.096 0.118 0.203 0.294 0.107 0.059 0.026 0.009 54 V 0.010 0.008 0.008 0.011 0.011 0.017 0.067 0.124 0.234 0.267 0.242 55 D 0.015 0.159 0.079 0.172 0.173 0.144 0.138 0.051 0.039 0.019 0.011 56 W 0.001 0.003 0.004 0.018 0.041 0.080 0.168 0.204 0.245 0.155 0.079 57 P 0.381 0.140 0.084 0.185 0.109 0.058 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 58 A 0.001 0.004 0.005 0.042 0.094 0.160 0.299 0.182 0.115 0.066 0.034 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.049 0.207 0.332 0.397 60 L 0.001 0.001 0.006 0.031 0.062 0.151 0.305 0.162 0.142 0.094 0.046 61 T 0.001 0.010 0.173 0.233 0.229 0.153 0.109 0.044 0.027 0.015 0.007 62 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.076 0.149 0.248 0.266 0.246 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.102 0.251 0.331 0.275 64 A 0.001 0.008 0.105 0.225 0.268 0.204 0.127 0.037 0.017 0.006 0.002 65 E 0.002 0.013 0.058 0.084 0.146 0.258 0.302 0.087 0.035 0.011 0.003 66 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.052 0.117 0.260 0.317 0.240 67 G 0.169 0.255 0.060 0.123 0.088 0.080 0.101 0.047 0.036 0.024 0.017 68 N 0.117 0.108 0.085 0.155 0.124 0.116 0.120 0.075 0.057 0.030 0.014 69 N 0.262 0.169 0.062 0.136 0.108 0.091 0.092 0.037 0.025 0.012 0.006 70 A 0.149 0.181 0.080 0.214 0.145 0.101 0.073 0.026 0.017 0.008 0.005 71 L 0.005 0.004 0.003 0.010 0.017 0.036 0.106 0.141 0.226 0.240 0.211 72 P 0.070 0.141 0.059 0.112 0.112 0.118 0.156 0.095 0.072 0.040 0.024 73 P 0.410 0.151 0.076 0.131 0.082 0.058 0.048 0.019 0.013 0.007 0.004 74 T 0.418 0.156 0.052 0.128 0.089 0.060 0.049 0.020 0.014 0.009 0.006 75 K 0.053 0.064 0.038 0.109 0.126 0.144 0.177 0.111 0.095 0.056 0.027 76 P 0.090 0.064 0.026 0.063 0.070 0.092 0.169 0.133 0.139 0.095 0.059 77 S 0.353 0.205 0.080 0.120 0.083 0.061 0.049 0.021 0.015 0.008 0.004 78 F 0.038 0.046 0.022 0.069 0.092 0.124 0.199 0.137 0.128 0.093 0.052 79 P 0.222 0.187 0.056 0.167 0.126 0.087 0.073 0.036 0.026 0.013 0.008 80 S 0.548 0.147 0.065 0.103 0.060 0.033 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 81 S 0.254 0.296 0.087 0.164 0.088 0.053 0.034 0.012 0.007 0.003 0.001 82 I 0.024 0.021 0.017 0.051 0.077 0.124 0.203 0.164 0.153 0.104 0.064 83 Q 0.235 0.218 0.131 0.167 0.103 0.064 0.051 0.016 0.009 0.004 0.002 84 E 0.103 0.178 0.271 0.232 0.114 0.056 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 85 L 0.014 0.011 0.008 0.025 0.037 0.068 0.156 0.144 0.191 0.187 0.160 86 T 0.097 0.140 0.065 0.144 0.141 0.143 0.138 0.062 0.041 0.020 0.009 87 D 0.416 0.170 0.174 0.124 0.055 0.028 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 88 D 0.430 0.218 0.082 0.123 0.064 0.038 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 89 D 0.047 0.138 0.037 0.108 0.118 0.147 0.159 0.101 0.080 0.045 0.021 90 M 0.066 0.037 0.034 0.128 0.205 0.232 0.189 0.059 0.033 0.012 0.004 91 A 0.199 0.155 0.387 0.147 0.058 0.027 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 92 I 0.001 0.005 0.018 0.061 0.101 0.190 0.306 0.156 0.100 0.045 0.017 93 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.019 0.101 0.154 0.241 0.257 0.208 94 N 0.003 0.016 0.280 0.278 0.244 0.120 0.045 0.009 0.004 0.001 0.001 95 D 0.003 0.028 0.235 0.230 0.202 0.169 0.100 0.021 0.009 0.003 0.001 96 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.059 0.120 0.267 0.297 0.237 97 H 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.061 0.277 0.239 0.206 0.133 0.053 98 T 0.002 0.023 0.428 0.286 0.153 0.063 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 99 L 0.001 0.004 0.018 0.029 0.060 0.152 0.353 0.176 0.117 0.064 0.026 100 L 0.003 0.004 0.013 0.015 0.010 0.014 0.058 0.111 0.253 0.292 0.229 101 L 0.004 0.014 0.035 0.054 0.084 0.146 0.270 0.160 0.119 0.074 0.040 102 Q 0.028 0.091 0.359 0.297 0.135 0.055 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 103 T 0.033 0.034 0.038 0.060 0.082 0.142 0.276 0.146 0.103 0.061 0.026 104 S 0.149 0.157 0.104 0.208 0.123 0.089 0.080 0.034 0.028 0.017 0.010 105 I 0.014 0.018 0.018 0.028 0.027 0.039 0.095 0.113 0.189 0.226 0.234 106 A 0.076 0.121 0.109 0.196 0.146 0.114 0.108 0.053 0.039 0.023 0.016 107 E 0.103 0.131 0.091 0.203 0.133 0.106 0.107 0.053 0.037 0.022 0.013 108 G 0.084 0.038 0.030 0.077 0.098 0.132 0.194 0.119 0.104 0.074 0.051 109 E 0.071 0.172 0.135 0.347 0.163 0.062 0.031 0.009 0.005 0.003 0.002 110 M 0.003 0.003 0.004 0.005 0.009 0.019 0.064 0.105 0.213 0.264 0.311 111 K 0.022 0.163 0.140 0.418 0.172 0.053 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 112 C 0.004 0.009 0.005 0.015 0.024 0.045 0.134 0.171 0.241 0.210 0.143 113 R 0.241 0.190 0.124 0.287 0.104 0.034 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 114 N 0.306 0.208 0.066 0.151 0.108 0.070 0.056 0.018 0.010 0.005 0.002 115 C 0.040 0.054 0.028 0.121 0.100 0.105 0.149 0.127 0.127 0.088 0.060 116 G 0.296 0.272 0.062 0.182 0.098 0.050 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 117 H 0.068 0.127 0.078 0.203 0.163 0.133 0.112 0.055 0.035 0.018 0.008 118 I 0.038 0.063 0.040 0.144 0.154 0.144 0.149 0.096 0.085 0.051 0.034 119 Y 0.015 0.016 0.013 0.044 0.058 0.092 0.201 0.173 0.189 0.124 0.073 120 Y 0.035 0.111 0.074 0.322 0.235 0.119 0.066 0.022 0.011 0.004 0.001 121 I 0.003 0.003 0.002 0.006 0.007 0.013 0.046 0.091 0.213 0.263 0.353 122 K 0.120 0.169 0.092 0.257 0.174 0.099 0.060 0.016 0.008 0.003 0.002 123 N 0.386 0.248 0.076 0.149 0.063 0.036 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 124 G 0.202 0.168 0.070 0.190 0.141 0.094 0.064 0.028 0.021 0.013 0.008 125 I 0.027 0.043 0.016 0.052 0.061 0.086 0.155 0.142 0.168 0.134 0.116 126 P 0.136 0.125 0.053 0.136 0.125 0.130 0.144 0.068 0.045 0.024 0.014 127 N 0.147 0.110 0.054 0.150 0.128 0.107 0.117 0.068 0.057 0.037 0.026 128 L 0.064 0.067 0.032 0.091 0.087 0.088 0.127 0.107 0.128 0.114 0.095 129 L 0.081 0.069 0.036 0.091 0.092 0.101 0.140 0.108 0.123 0.091 0.067 130 L 0.042 0.047 0.029 0.069 0.085 0.113 0.182 0.135 0.133 0.100 0.065 131 P 0.137 0.226 0.098 0.185 0.118 0.075 0.068 0.038 0.029 0.017 0.009 132 P 0.692 0.114 0.037 0.069 0.038 0.021 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 133 H 0.499 0.159 0.056 0.096 0.062 0.045 0.037 0.018 0.014 0.008 0.005 134 L 0.173 0.171 0.086 0.152 0.097 0.086 0.084 0.051 0.048 0.031 0.020 135 V 0.233 0.136 0.071 0.126 0.100 0.096 0.094 0.053 0.045 0.029 0.017