# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.377 0.200 0.141 0.126 0.091 0.053 0.013 2 K 0.222 0.151 0.152 0.159 0.152 0.118 0.046 3 F 0.116 0.100 0.118 0.151 0.172 0.208 0.134 4 L 0.021 0.022 0.044 0.094 0.160 0.317 0.341 5 T 0.021 0.029 0.027 0.038 0.090 0.327 0.467 6 T 0.024 0.028 0.053 0.127 0.205 0.309 0.254 7 N 0.026 0.052 0.090 0.129 0.180 0.325 0.198 8 F 0.023 0.028 0.043 0.095 0.189 0.368 0.255 9 L 0.018 0.031 0.044 0.110 0.253 0.383 0.161 10 K 0.030 0.124 0.234 0.282 0.202 0.104 0.024 11 C 0.010 0.029 0.056 0.173 0.346 0.303 0.083 12 S 0.044 0.182 0.246 0.268 0.170 0.081 0.010 13 V 0.062 0.165 0.270 0.295 0.158 0.046 0.004 14 K 0.253 0.359 0.231 0.105 0.038 0.011 0.002 15 A 0.175 0.260 0.269 0.191 0.079 0.024 0.003 16 C 0.081 0.094 0.123 0.223 0.292 0.172 0.015 17 D 0.267 0.332 0.217 0.123 0.047 0.013 0.001 18 T 0.337 0.236 0.160 0.139 0.083 0.039 0.005 19 S 0.243 0.198 0.180 0.194 0.129 0.052 0.005 20 N 0.269 0.275 0.229 0.150 0.058 0.017 0.002 21 D 0.266 0.304 0.218 0.134 0.057 0.019 0.003 22 N 0.140 0.213 0.201 0.193 0.147 0.091 0.016 23 F 0.013 0.035 0.092 0.224 0.325 0.276 0.034 24 P 0.006 0.038 0.101 0.174 0.246 0.343 0.093 25 L 0.002 0.004 0.010 0.047 0.213 0.557 0.168 26 Q 0.011 0.067 0.167 0.282 0.278 0.175 0.021 27 Y 0.003 0.012 0.059 0.215 0.409 0.277 0.024 28 D 0.153 0.427 0.272 0.108 0.031 0.009 0.001 29 G 0.094 0.198 0.267 0.270 0.136 0.033 0.002 30 S 0.655 0.229 0.072 0.030 0.011 0.002 0.001 31 K 0.308 0.291 0.188 0.141 0.059 0.012 0.001 32 C 0.102 0.147 0.266 0.305 0.148 0.031 0.001 33 Q 0.475 0.381 0.110 0.029 0.004 0.001 0.001 34 L 0.134 0.225 0.300 0.232 0.088 0.020 0.001 35 V 0.089 0.113 0.210 0.329 0.217 0.041 0.001 36 Q 0.546 0.324 0.099 0.026 0.004 0.001 0.001 37 D 0.755 0.193 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 38 E 0.712 0.203 0.061 0.020 0.004 0.001 0.001 39 S 0.568 0.273 0.108 0.041 0.009 0.001 0.001 40 I 0.182 0.244 0.270 0.219 0.073 0.011 0.001 41 E 0.372 0.353 0.167 0.076 0.026 0.005 0.001 42 F 0.072 0.103 0.195 0.319 0.241 0.067 0.003 43 N 0.143 0.280 0.277 0.188 0.083 0.028 0.002 44 P 0.177 0.262 0.284 0.196 0.068 0.012 0.001 45 E 0.303 0.395 0.198 0.075 0.023 0.006 0.001 46 F 0.023 0.073 0.175 0.329 0.288 0.105 0.005 47 L 0.006 0.016 0.041 0.149 0.373 0.376 0.039 48 L 0.040 0.215 0.320 0.287 0.114 0.024 0.001 49 N 0.045 0.180 0.298 0.304 0.133 0.038 0.003 50 I 0.011 0.019 0.033 0.111 0.309 0.463 0.054 51 V 0.006 0.021 0.079 0.226 0.350 0.288 0.029 52 D 0.084 0.308 0.266 0.196 0.102 0.039 0.005 53 R 0.035 0.137 0.268 0.306 0.185 0.063 0.007 54 V 0.014 0.036 0.071 0.158 0.286 0.354 0.081 55 D 0.043 0.197 0.243 0.201 0.154 0.130 0.033 56 W 0.002 0.012 0.051 0.206 0.418 0.277 0.034 57 P 0.039 0.210 0.337 0.275 0.109 0.028 0.003 58 A 0.008 0.032 0.099 0.244 0.340 0.252 0.025 59 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.076 0.548 0.364 60 L 0.002 0.016 0.085 0.299 0.409 0.178 0.010 61 T 0.009 0.150 0.354 0.302 0.132 0.049 0.004 62 V 0.001 0.007 0.040 0.193 0.408 0.321 0.031 63 A 0.001 0.001 0.004 0.037 0.241 0.614 0.102 64 A 0.016 0.171 0.340 0.309 0.136 0.027 0.001 65 E 0.047 0.260 0.333 0.252 0.090 0.018 0.001 66 L 0.007 0.036 0.106 0.296 0.353 0.185 0.015 67 G 0.111 0.287 0.305 0.208 0.072 0.016 0.001 68 N 0.203 0.333 0.236 0.151 0.061 0.014 0.002 69 N 0.275 0.337 0.215 0.116 0.044 0.012 0.001 70 A 0.194 0.304 0.255 0.162 0.065 0.018 0.002 71 L 0.052 0.076 0.140 0.267 0.301 0.152 0.013 72 P 0.107 0.209 0.245 0.239 0.147 0.049 0.004 73 P 0.376 0.322 0.176 0.085 0.030 0.009 0.001 74 T 0.327 0.282 0.187 0.132 0.056 0.014 0.001 75 K 0.135 0.236 0.267 0.225 0.105 0.031 0.002 76 P 0.106 0.120 0.162 0.248 0.239 0.116 0.009 77 S 0.249 0.310 0.235 0.137 0.052 0.016 0.002 78 F 0.158 0.192 0.245 0.252 0.124 0.028 0.001 79 P 0.361 0.342 0.186 0.081 0.024 0.005 0.001 80 S 0.630 0.220 0.094 0.040 0.013 0.003 0.001 81 S 0.449 0.318 0.152 0.062 0.016 0.002 0.001 82 I 0.128 0.147 0.236 0.305 0.157 0.025 0.001 83 Q 0.558 0.270 0.113 0.046 0.012 0.001 0.001 84 E 0.557 0.298 0.104 0.034 0.007 0.001 0.001 85 L 0.216 0.205 0.251 0.235 0.082 0.011 0.001 86 T 0.431 0.327 0.152 0.066 0.020 0.004 0.001 87 D 0.729 0.180 0.057 0.024 0.008 0.002 0.001 88 D 0.471 0.279 0.147 0.076 0.023 0.004 0.001 89 D 0.199 0.257 0.247 0.195 0.081 0.020 0.001 90 M 0.146 0.312 0.301 0.176 0.053 0.010 0.001 91 A 0.240 0.460 0.199 0.071 0.024 0.005 0.001 92 I 0.011 0.056 0.173 0.364 0.301 0.091 0.004 93 L 0.002 0.007 0.026 0.130 0.417 0.387 0.032 94 N 0.024 0.191 0.424 0.280 0.071 0.009 0.001 95 D 0.021 0.143 0.351 0.338 0.119 0.026 0.001 96 L 0.003 0.005 0.008 0.037 0.219 0.611 0.117 97 H 0.002 0.010 0.043 0.196 0.396 0.320 0.033 98 T 0.040 0.242 0.328 0.248 0.099 0.040 0.003 99 L 0.027 0.048 0.127 0.310 0.312 0.160 0.017 100 L 0.015 0.021 0.034 0.092 0.222 0.438 0.178 101 L 0.069 0.129 0.190 0.242 0.219 0.131 0.020 102 Q 0.214 0.319 0.218 0.149 0.070 0.024 0.006 103 T 0.102 0.168 0.207 0.261 0.165 0.078 0.019 104 S 0.141 0.237 0.233 0.191 0.118 0.068 0.012 105 I 0.063 0.076 0.109 0.196 0.248 0.237 0.070 106 A 0.121 0.200 0.202 0.201 0.148 0.103 0.025 107 E 0.081 0.241 0.257 0.207 0.123 0.072 0.019 108 G 0.076 0.132 0.136 0.188 0.220 0.193 0.056 109 E 0.059 0.234 0.336 0.244 0.091 0.032 0.005 110 M 0.046 0.064 0.087 0.195 0.315 0.256 0.037 111 K 0.087 0.313 0.337 0.207 0.048 0.008 0.001 112 C 0.162 0.195 0.201 0.255 0.147 0.038 0.002 113 R 0.461 0.348 0.138 0.044 0.008 0.001 0.001 114 N 0.578 0.271 0.099 0.040 0.010 0.002 0.001 115 C 0.258 0.266 0.237 0.152 0.068 0.019 0.001 116 G 0.349 0.312 0.193 0.105 0.033 0.007 0.001 117 H 0.156 0.236 0.239 0.206 0.116 0.043 0.003 118 I 0.101 0.224 0.291 0.232 0.107 0.041 0.004 119 Y 0.173 0.160 0.161 0.209 0.186 0.100 0.011 120 Y 0.155 0.269 0.274 0.201 0.078 0.021 0.002 121 I 0.126 0.090 0.105 0.247 0.295 0.128 0.009 122 K 0.326 0.367 0.189 0.088 0.025 0.005 0.001 123 N 0.489 0.317 0.130 0.049 0.011 0.003 0.001 124 G 0.304 0.252 0.201 0.146 0.071 0.024 0.002 125 I 0.219 0.147 0.161 0.205 0.166 0.093 0.009 126 P 0.383 0.250 0.155 0.109 0.064 0.034 0.005 127 N 0.364 0.213 0.144 0.124 0.087 0.059 0.011 128 L 0.260 0.143 0.142 0.164 0.150 0.116 0.024 129 L 0.242 0.152 0.161 0.162 0.144 0.112 0.027 130 L 0.378 0.227 0.176 0.125 0.064 0.026 0.005 131 P 0.591 0.258 0.099 0.038 0.011 0.003 0.001 132 P 0.792 0.144 0.041 0.017 0.005 0.001 0.001 133 H 0.759 0.166 0.050 0.019 0.005 0.001 0.001 134 L 0.648 0.199 0.092 0.047 0.011 0.002 0.001 135 V 0.750 0.167 0.055 0.022 0.006 0.001 0.001