# TARGET T0319 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.009 0.014 0.190 0.147 0.603 2 K 0.126 0.021 0.010 0.352 0.097 0.394 3 F 0.161 0.024 0.022 0.579 0.083 0.132 4 L 0.168 0.014 0.036 0.594 0.101 0.086 5 T 0.146 0.006 0.059 0.651 0.094 0.044 6 T 0.081 0.003 0.059 0.744 0.075 0.037 7 N 0.033 0.003 0.052 0.785 0.071 0.057 8 F 0.030 0.007 0.064 0.740 0.082 0.078 9 L 0.034 0.005 0.080 0.730 0.079 0.073 10 K 0.043 0.007 0.082 0.603 0.158 0.107 11 C 0.051 0.009 0.085 0.367 0.255 0.232 12 S 0.088 0.009 0.054 0.213 0.302 0.334 13 V 0.108 0.009 0.104 0.196 0.342 0.241 14 K 0.213 0.010 0.116 0.186 0.292 0.182 15 A 0.415 0.015 0.061 0.136 0.215 0.159 16 C 0.362 0.027 0.050 0.123 0.211 0.227 17 D 0.359 0.023 0.037 0.078 0.247 0.257 18 T 0.346 0.023 0.051 0.045 0.293 0.241 19 S 0.240 0.045 0.051 0.031 0.406 0.227 20 N 0.171 0.020 0.074 0.018 0.582 0.134 21 D 0.127 0.010 0.046 0.016 0.664 0.137 22 N 0.123 0.008 0.029 0.008 0.622 0.210 23 F 0.276 0.026 0.014 0.004 0.381 0.300 24 P 0.424 0.023 0.014 0.005 0.173 0.361 25 L 0.623 0.021 0.020 0.007 0.116 0.213 26 Q 0.785 0.014 0.008 0.005 0.058 0.128 27 Y 0.817 0.013 0.004 0.005 0.044 0.116 28 D 0.663 0.008 0.004 0.006 0.125 0.194 29 G 0.339 0.005 0.037 0.041 0.337 0.240 30 S 0.316 0.006 0.061 0.041 0.371 0.205 31 K 0.469 0.011 0.075 0.058 0.261 0.126 32 C 0.596 0.012 0.027 0.058 0.121 0.186 33 Q 0.724 0.008 0.016 0.046 0.072 0.135 34 L 0.725 0.011 0.010 0.046 0.065 0.143 35 V 0.649 0.017 0.008 0.039 0.088 0.199 36 Q 0.544 0.014 0.012 0.046 0.160 0.224 37 D 0.316 0.013 0.034 0.084 0.285 0.267 38 E 0.188 0.016 0.052 0.099 0.363 0.282 39 S 0.166 0.016 0.093 0.074 0.364 0.287 40 I 0.250 0.026 0.079 0.066 0.306 0.274 41 E 0.200 0.054 0.067 0.061 0.292 0.327 42 F 0.084 0.057 0.017 0.045 0.282 0.515 43 N 0.017 0.009 0.002 0.021 0.138 0.813 44 P 0.001 0.001 0.014 0.966 0.012 0.007 45 E 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 46 F 0.001 0.001 0.018 0.976 0.005 0.001 47 L 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 48 L 0.002 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 49 N 0.003 0.001 0.011 0.958 0.017 0.010 50 I 0.004 0.001 0.016 0.921 0.035 0.023 51 V 0.019 0.006 0.071 0.647 0.178 0.079 52 D 0.032 0.002 0.101 0.366 0.347 0.153 53 R 0.164 0.014 0.054 0.315 0.196 0.257 54 V 0.055 0.028 0.004 0.095 0.090 0.727 55 D 0.027 0.012 0.002 0.040 0.037 0.882 56 W 0.001 0.001 0.011 0.977 0.004 0.007 57 P 0.001 0.001 0.013 0.983 0.003 0.002 58 A 0.001 0.001 0.009 0.990 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.010 0.985 0.004 0.001 65 E 0.001 0.001 0.009 0.979 0.008 0.004 66 L 0.001 0.001 0.014 0.897 0.029 0.058 67 G 0.001 0.005 0.033 0.172 0.168 0.621 68 N 0.001 0.003 0.365 0.099 0.339 0.193 69 N 0.008 0.006 0.356 0.059 0.411 0.160 70 A 0.019 0.019 0.236 0.053 0.388 0.286 71 L 0.018 0.032 0.028 0.023 0.283 0.617 72 P 0.019 0.023 0.015 0.012 0.432 0.499 73 P 0.012 0.022 0.064 0.034 0.516 0.351 74 T 0.014 0.024 0.065 0.028 0.559 0.311 75 K 0.011 0.040 0.059 0.012 0.634 0.245 76 P 0.005 0.018 0.038 0.014 0.414 0.510 77 S 0.006 0.026 0.027 0.020 0.345 0.576 78 F 0.004 0.008 0.008 0.006 0.280 0.695 79 P 0.008 0.013 0.037 0.045 0.387 0.509 80 S 0.016 0.023 0.080 0.092 0.465 0.325 81 S 0.029 0.026 0.125 0.130 0.469 0.220 82 I 0.064 0.022 0.193 0.263 0.292 0.167 83 Q 0.102 0.015 0.174 0.292 0.223 0.193 84 E 0.080 0.017 0.108 0.317 0.296 0.183 85 L 0.054 0.021 0.077 0.306 0.298 0.245 86 T 0.041 0.018 0.092 0.263 0.339 0.247 87 D 0.020 0.011 0.102 0.209 0.419 0.239 88 D 0.012 0.009 0.046 0.265 0.263 0.405 89 D 0.008 0.004 0.019 0.821 0.059 0.090 90 M 0.003 0.001 0.005 0.961 0.016 0.015 91 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.004 92 I 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 93 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 94 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 95 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 98 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 99 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 100 L 0.002 0.001 0.010 0.972 0.009 0.006 101 L 0.007 0.001 0.016 0.950 0.020 0.007 102 Q 0.019 0.001 0.012 0.920 0.034 0.015 103 T 0.064 0.002 0.016 0.771 0.067 0.080 104 S 0.245 0.004 0.017 0.395 0.085 0.255 105 I 0.488 0.012 0.023 0.151 0.100 0.225 106 A 0.712 0.009 0.012 0.069 0.101 0.097 107 E 0.746 0.003 0.007 0.050 0.083 0.111 108 G 0.686 0.003 0.008 0.021 0.105 0.177 109 E 0.883 0.004 0.003 0.006 0.033 0.071 110 M 0.918 0.010 0.003 0.003 0.015 0.051 111 K 0.796 0.026 0.002 0.004 0.047 0.125 112 C 0.390 0.035 0.015 0.005 0.467 0.087 113 R 0.075 0.006 0.025 0.002 0.861 0.032 114 N 0.016 0.002 0.036 0.002 0.919 0.024 115 C 0.041 0.010 0.014 0.001 0.880 0.054 116 G 0.214 0.012 0.005 0.001 0.302 0.466 117 H 0.633 0.019 0.002 0.001 0.063 0.282 118 I 0.870 0.010 0.001 0.001 0.023 0.096 119 Y 0.921 0.003 0.001 0.001 0.013 0.061 120 Y 0.923 0.007 0.001 0.001 0.014 0.055 121 I 0.814 0.021 0.004 0.004 0.106 0.052 122 K 0.582 0.009 0.007 0.006 0.323 0.073 123 N 0.141 0.004 0.023 0.014 0.702 0.115 124 G 0.136 0.028 0.017 0.010 0.633 0.174 125 I 0.188 0.068 0.017 0.013 0.286 0.428 126 P 0.198 0.046 0.102 0.047 0.318 0.288 127 N 0.096 0.020 0.305 0.051 0.340 0.188 128 L 0.203 0.044 0.250 0.041 0.294 0.168 129 L 0.245 0.034 0.069 0.043 0.262 0.347 130 L 0.111 0.031 0.017 0.024 0.256 0.561 131 P 0.045 0.018 0.022 0.019 0.479 0.417 132 P 0.007 0.003 0.363 0.061 0.458 0.108 133 H 0.009 0.004 0.377 0.057 0.439 0.114 134 L 0.027 0.028 0.259 0.100 0.396 0.189 135 V 0.030 0.018 0.012 0.054 0.125 0.761