# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0319/T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.012 0.217 0.504 0.001 0.032 0.003 0.001 0.009 0.004 0.010 0.011 0.083 0.001 0.001 0.032 2 K 0.033 0.033 0.447 0.404 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.042 0.001 0.001 0.003 3 F 0.002 0.008 0.037 0.846 0.007 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.029 0.001 0.001 0.002 4 L 0.002 0.049 0.035 0.749 0.026 0.065 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.048 0.001 0.001 0.002 5 T 0.003 0.027 0.008 0.274 0.177 0.324 0.016 0.009 0.002 0.004 0.037 0.014 0.091 0.009 0.001 0.003 6 T 0.004 0.075 0.020 0.113 0.010 0.130 0.004 0.232 0.006 0.006 0.207 0.049 0.119 0.003 0.022 0.003 7 N 0.004 0.056 0.008 0.055 0.001 0.124 0.003 0.008 0.046 0.026 0.123 0.247 0.274 0.002 0.005 0.019 8 F 0.052 0.024 0.027 0.046 0.003 0.018 0.010 0.002 0.005 0.001 0.139 0.169 0.472 0.007 0.005 0.021 9 L 0.007 0.021 0.117 0.044 0.002 0.017 0.016 0.003 0.001 0.001 0.018 0.104 0.621 0.006 0.010 0.012 10 K 0.007 0.041 0.080 0.124 0.007 0.028 0.039 0.004 0.005 0.002 0.009 0.017 0.541 0.033 0.012 0.052 11 C 0.013 0.035 0.078 0.180 0.005 0.071 0.030 0.007 0.003 0.002 0.019 0.019 0.473 0.005 0.030 0.030 12 S 0.012 0.049 0.076 0.064 0.006 0.126 0.011 0.007 0.005 0.006 0.063 0.037 0.475 0.008 0.008 0.045 13 V 0.027 0.019 0.025 0.035 0.045 0.086 0.075 0.005 0.003 0.002 0.151 0.081 0.274 0.156 0.006 0.011 14 K 0.006 0.194 0.072 0.064 0.002 0.010 0.010 0.060 0.004 0.001 0.030 0.086 0.176 0.007 0.258 0.019 15 A 0.012 0.016 0.071 0.067 0.003 0.016 0.034 0.002 0.061 0.015 0.006 0.015 0.161 0.018 0.010 0.493 16 C 0.224 0.023 0.363 0.085 0.005 0.032 0.046 0.006 0.002 0.002 0.021 0.014 0.146 0.003 0.013 0.015 17 D 0.022 0.121 0.252 0.203 0.013 0.100 0.020 0.021 0.009 0.010 0.042 0.036 0.090 0.011 0.007 0.043 18 T 0.045 0.060 0.072 0.385 0.049 0.112 0.024 0.016 0.016 0.007 0.052 0.044 0.075 0.014 0.008 0.022 19 S 0.015 0.083 0.124 0.110 0.072 0.152 0.047 0.037 0.008 0.010 0.113 0.051 0.126 0.016 0.020 0.017 20 N 0.021 0.123 0.068 0.077 0.040 0.101 0.072 0.055 0.023 0.014 0.116 0.083 0.076 0.060 0.037 0.035 21 D 0.052 0.074 0.067 0.086 0.007 0.074 0.022 0.097 0.039 0.022 0.106 0.085 0.077 0.006 0.149 0.037 22 N 0.060 0.219 0.178 0.072 0.001 0.004 0.005 0.002 0.090 0.005 0.005 0.015 0.014 0.003 0.007 0.321 23 F 0.332 0.010 0.332 0.249 0.001 0.027 0.012 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.012 0.001 0.002 0.009 24 P 0.013 0.055 0.708 0.179 0.001 0.026 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 25 L 0.005 0.017 0.020 0.931 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 26 Q 0.006 0.010 0.125 0.837 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.004 0.012 0.049 0.803 0.083 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.048 0.009 0.257 0.014 0.564 0.001 0.088 0.002 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 29 G 0.002 0.032 0.004 0.073 0.010 0.237 0.001 0.010 0.023 0.024 0.569 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 30 S 0.018 0.477 0.015 0.064 0.001 0.013 0.001 0.008 0.005 0.001 0.022 0.368 0.004 0.001 0.002 0.001 31 K 0.016 0.055 0.334 0.320 0.002 0.055 0.004 0.006 0.014 0.003 0.025 0.035 0.077 0.002 0.007 0.047 32 C 0.017 0.023 0.592 0.209 0.002 0.044 0.004 0.002 0.001 0.001 0.023 0.012 0.065 0.001 0.002 0.005 33 Q 0.011 0.061 0.120 0.614 0.004 0.041 0.002 0.005 0.002 0.001 0.033 0.015 0.081 0.002 0.001 0.006 34 L 0.008 0.022 0.049 0.727 0.016 0.066 0.006 0.003 0.002 0.001 0.013 0.013 0.063 0.004 0.001 0.007 35 V 0.004 0.086 0.135 0.587 0.025 0.055 0.012 0.007 0.002 0.001 0.008 0.008 0.053 0.003 0.004 0.010 36 Q 0.008 0.069 0.070 0.403 0.031 0.241 0.017 0.031 0.005 0.009 0.027 0.012 0.052 0.005 0.007 0.015 37 D 0.022 0.142 0.072 0.198 0.009 0.257 0.007 0.034 0.013 0.013 0.131 0.024 0.054 0.003 0.009 0.013 38 E 0.033 0.211 0.056 0.166 0.003 0.089 0.007 0.012 0.016 0.006 0.182 0.131 0.059 0.005 0.008 0.016 39 S 0.045 0.228 0.216 0.189 0.002 0.040 0.009 0.003 0.009 0.001 0.019 0.124 0.070 0.003 0.012 0.029 40 I 0.035 0.017 0.380 0.212 0.003 0.069 0.014 0.004 0.002 0.002 0.074 0.032 0.121 0.003 0.005 0.028 41 E 0.026 0.162 0.257 0.322 0.007 0.065 0.010 0.003 0.003 0.001 0.019 0.024 0.071 0.002 0.002 0.026 42 F 0.008 0.080 0.078 0.761 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.011 0.029 0.001 0.002 0.008 43 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.003 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.001 0.007 50 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.014 0.008 0.049 51 V 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.759 0.118 0.006 0.010 52 D 0.002 0.023 0.009 0.002 0.001 0.008 0.021 0.004 0.001 0.001 0.013 0.006 0.738 0.006 0.145 0.022 53 R 0.008 0.039 0.012 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.001 0.003 0.008 0.082 0.010 0.006 0.799 54 V 0.245 0.007 0.531 0.028 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.128 0.001 0.009 0.024 55 D 0.007 0.040 0.361 0.043 0.001 0.305 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.205 0.001 0.001 0.012 56 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.480 0.001 0.001 0.001 0.001 0.405 0.011 0.099 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.611 0.092 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.159 0.832 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.934 0.001 0.014 66 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.002 0.891 0.002 67 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.197 0.016 0.005 0.741 68 N 0.634 0.006 0.007 0.006 0.002 0.019 0.023 0.003 0.001 0.001 0.030 0.014 0.182 0.050 0.011 0.012 69 N 0.014 0.191 0.141 0.016 0.001 0.020 0.022 0.019 0.005 0.002 0.087 0.099 0.227 0.012 0.105 0.039 70 A 0.032 0.101 0.193 0.126 0.001 0.015 0.022 0.003 0.031 0.003 0.008 0.046 0.112 0.008 0.019 0.280 71 L 0.052 0.026 0.678 0.176 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.001 0.004 0.013 72 P 0.010 0.006 0.253 0.090 0.009 0.559 0.011 0.002 0.001 0.004 0.007 0.006 0.037 0.001 0.001 0.003 73 P 0.009 0.164 0.019 0.183 0.007 0.075 0.003 0.012 0.002 0.001 0.481 0.012 0.025 0.003 0.001 0.003 74 T 0.007 0.231 0.033 0.362 0.004 0.022 0.005 0.005 0.021 0.002 0.010 0.265 0.019 0.003 0.005 0.007 75 K 0.014 0.020 0.417 0.206 0.013 0.087 0.055 0.004 0.004 0.004 0.014 0.014 0.115 0.003 0.009 0.020 76 P 0.028 0.068 0.198 0.244 0.015 0.113 0.023 0.030 0.005 0.006 0.128 0.026 0.082 0.005 0.006 0.022 77 S 0.026 0.201 0.060 0.411 0.011 0.058 0.009 0.015 0.018 0.008 0.040 0.075 0.037 0.007 0.006 0.019 78 F 0.030 0.051 0.157 0.339 0.016 0.131 0.020 0.014 0.009 0.010 0.042 0.044 0.103 0.004 0.013 0.017 79 P 0.021 0.069 0.130 0.120 0.014 0.293 0.018 0.016 0.007 0.009 0.114 0.047 0.114 0.006 0.007 0.015 80 S 0.025 0.161 0.054 0.242 0.003 0.057 0.003 0.029 0.010 0.005 0.198 0.105 0.081 0.003 0.010 0.013 81 S 0.022 0.060 0.084 0.138 0.004 0.202 0.007 0.004 0.015 0.006 0.034 0.210 0.181 0.004 0.007 0.023 82 I 0.018 0.025 0.144 0.074 0.011 0.084 0.037 0.004 0.002 0.001 0.187 0.042 0.339 0.013 0.005 0.013 83 Q 0.010 0.142 0.121 0.182 0.004 0.030 0.014 0.029 0.004 0.001 0.043 0.157 0.208 0.010 0.029 0.017 84 E 0.014 0.030 0.096 0.192 0.005 0.079 0.021 0.006 0.020 0.008 0.019 0.029 0.333 0.012 0.016 0.118 85 L 0.038 0.054 0.278 0.109 0.017 0.044 0.071 0.006 0.002 0.002 0.074 0.022 0.216 0.015 0.012 0.042 86 T 0.023 0.059 0.108 0.052 0.014 0.278 0.024 0.043 0.003 0.006 0.052 0.075 0.185 0.020 0.034 0.023 87 D 0.012 0.043 0.040 0.023 0.005 0.095 0.013 0.016 0.009 0.015 0.395 0.055 0.217 0.012 0.021 0.029 88 D 0.019 0.058 0.015 0.011 0.001 0.064 0.003 0.009 0.005 0.004 0.156 0.389 0.230 0.003 0.017 0.016 89 D 0.011 0.015 0.017 0.004 0.001 0.040 0.002 0.001 0.002 0.001 0.090 0.205 0.581 0.001 0.006 0.023 90 M 0.005 0.003 0.015 0.002 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 0.133 0.740 0.001 0.001 0.004 91 A 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.062 0.901 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.962 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.982 0.001 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.003 100 L 0.001 0.002 0.008 0.006 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.008 0.004 0.009 101 L 0.001 0.018 0.028 0.014 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.894 0.002 0.014 0.014 102 Q 0.009 0.021 0.070 0.109 0.004 0.021 0.018 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.571 0.036 0.006 0.115 103 T 0.038 0.063 0.332 0.162 0.001 0.009 0.005 0.009 0.001 0.001 0.014 0.009 0.292 0.002 0.047 0.017 104 S 0.008 0.050 0.121 0.334 0.006 0.134 0.006 0.001 0.005 0.004 0.014 0.017 0.244 0.002 0.002 0.053 105 I 0.035 0.024 0.042 0.153 0.043 0.418 0.013 0.003 0.001 0.001 0.038 0.016 0.208 0.002 0.001 0.003 106 A 0.001 0.520 0.042 0.150 0.079 0.028 0.041 0.009 0.001 0.001 0.023 0.038 0.028 0.033 0.002 0.004 107 E 0.006 0.025 0.035 0.426 0.003 0.018 0.002 0.235 0.012 0.002 0.006 0.009 0.036 0.002 0.176 0.009 108 G 0.021 0.032 0.346 0.215 0.001 0.018 0.003 0.004 0.081 0.061 0.016 0.004 0.044 0.001 0.003 0.151 109 E 0.255 0.011 0.081 0.614 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 110 M 0.007 0.009 0.248 0.642 0.021 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.003 111 K 0.001 0.042 0.020 0.901 0.013 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 112 C 0.001 0.005 0.002 0.094 0.055 0.824 0.003 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 113 R 0.002 0.075 0.006 0.019 0.016 0.033 0.001 0.088 0.002 0.003 0.740 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 114 N 0.008 0.064 0.008 0.021 0.099 0.011 0.049 0.008 0.083 0.015 0.034 0.286 0.005 0.294 0.003 0.011 115 C 0.010 0.006 0.042 0.011 0.001 0.010 0.006 0.086 0.001 0.001 0.009 0.009 0.021 0.001 0.784 0.002 116 G 0.004 0.042 0.033 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.017 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.709 117 H 0.901 0.002 0.016 0.062 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 118 I 0.002 0.033 0.880 0.074 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 119 Y 0.001 0.004 0.016 0.970 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Y 0.003 0.007 0.087 0.808 0.032 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 121 I 0.001 0.006 0.005 0.136 0.646 0.173 0.005 0.004 0.001 0.001 0.014 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 122 K 0.001 0.051 0.002 0.033 0.616 0.023 0.031 0.091 0.002 0.001 0.045 0.010 0.002 0.091 0.003 0.001 123 N 0.001 0.012 0.002 0.016 0.002 0.009 0.001 0.655 0.046 0.016 0.008 0.010 0.004 0.001 0.214 0.003 124 G 0.024 0.016 0.015 0.010 0.001 0.002 0.002 0.002 0.433 0.137 0.013 0.007 0.006 0.001 0.001 0.330 125 I 0.857 0.008 0.048 0.022 0.004 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.008 0.001 0.001 0.002 126 P 0.010 0.026 0.385 0.062 0.011 0.330 0.014 0.043 0.002 0.005 0.024 0.021 0.043 0.004 0.013 0.004 127 N 0.008 0.370 0.022 0.285 0.003 0.064 0.005 0.011 0.042 0.011 0.059 0.050 0.041 0.002 0.006 0.020 128 L 0.096 0.039 0.095 0.450 0.003 0.022 0.009 0.005 0.027 0.004 0.050 0.106 0.057 0.003 0.005 0.028 129 L 0.020 0.024 0.695 0.156 0.003 0.017 0.010 0.001 0.002 0.001 0.004 0.012 0.033 0.001 0.002 0.018 130 L 0.011 0.055 0.225 0.636 0.004 0.020 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.019 0.001 0.001 0.010 131 P 0.001 0.003 0.007 0.028 0.009 0.927 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 132 P 0.001 0.038 0.003 0.011 0.002 0.020 0.001 0.010 0.001 0.001 0.895 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 133 H 0.002 0.072 0.005 0.026 0.001 0.007 0.001 0.002 0.012 0.001 0.009 0.841 0.015 0.001 0.003 0.002 134 L 0.020 0.010 0.183 0.033 0.025 0.031 0.130 0.003 0.005 0.003 0.027 0.028 0.394 0.034 0.014 0.062 135 V 0.015 0.058 0.282 0.057 0.016 0.034 0.075 0.058 0.003 0.002 0.056 0.033 0.203 0.022 0.059 0.028