# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.027 0.029 0.062 0.074 0.110 0.179 0.131 0.147 0.123 0.093 2 K 0.051 0.064 0.074 0.175 0.166 0.155 0.145 0.073 0.053 0.029 0.016 3 F 0.004 0.006 0.019 0.038 0.042 0.063 0.156 0.149 0.180 0.189 0.153 4 L 0.002 0.005 0.013 0.025 0.039 0.058 0.144 0.170 0.181 0.187 0.176 5 T 0.002 0.003 0.011 0.018 0.024 0.037 0.098 0.139 0.233 0.233 0.201 6 T 0.007 0.010 0.033 0.054 0.084 0.108 0.174 0.141 0.154 0.129 0.106 7 N 0.009 0.016 0.023 0.075 0.088 0.108 0.217 0.156 0.141 0.101 0.067 8 F 0.006 0.008 0.012 0.031 0.035 0.045 0.121 0.141 0.205 0.211 0.186 9 L 0.008 0.008 0.014 0.022 0.031 0.049 0.131 0.143 0.205 0.207 0.182 10 K 0.073 0.108 0.112 0.216 0.187 0.121 0.090 0.046 0.028 0.014 0.006 11 C 0.014 0.016 0.018 0.033 0.048 0.081 0.173 0.158 0.166 0.156 0.138 12 S 0.129 0.178 0.047 0.168 0.124 0.096 0.107 0.068 0.045 0.023 0.014 13 V 0.088 0.061 0.041 0.106 0.102 0.104 0.149 0.098 0.101 0.087 0.062 14 K 0.163 0.113 0.079 0.169 0.139 0.102 0.106 0.048 0.037 0.027 0.017 15 A 0.128 0.146 0.064 0.227 0.159 0.097 0.082 0.049 0.029 0.015 0.005 16 C 0.006 0.004 0.003 0.006 0.014 0.032 0.094 0.150 0.211 0.246 0.235 17 D 0.209 0.211 0.100 0.232 0.124 0.061 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 18 T 0.062 0.063 0.057 0.101 0.089 0.085 0.136 0.112 0.110 0.109 0.076 19 S 0.159 0.136 0.025 0.087 0.104 0.102 0.128 0.108 0.072 0.044 0.034 20 N 0.337 0.238 0.047 0.154 0.087 0.051 0.035 0.021 0.017 0.008 0.005 21 D 0.337 0.190 0.049 0.135 0.114 0.071 0.045 0.026 0.018 0.010 0.004 22 N 0.248 0.150 0.044 0.141 0.129 0.089 0.071 0.051 0.042 0.022 0.013 23 F 0.029 0.032 0.012 0.053 0.066 0.099 0.192 0.176 0.153 0.111 0.077 24 P 0.050 0.094 0.083 0.218 0.180 0.114 0.086 0.073 0.049 0.032 0.020 25 L 0.004 0.004 0.010 0.013 0.021 0.042 0.116 0.150 0.221 0.236 0.183 26 Q 0.086 0.128 0.079 0.274 0.211 0.105 0.056 0.035 0.017 0.007 0.003 27 Y 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.021 0.072 0.132 0.236 0.273 0.246 28 D 0.084 0.299 0.052 0.239 0.152 0.084 0.049 0.026 0.010 0.004 0.002 29 G 0.069 0.055 0.036 0.083 0.077 0.099 0.166 0.124 0.125 0.104 0.062 30 S 0.402 0.203 0.094 0.160 0.081 0.034 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 31 K 0.173 0.240 0.072 0.194 0.122 0.092 0.059 0.029 0.015 0.005 0.001 32 C 0.007 0.007 0.009 0.016 0.032 0.075 0.181 0.180 0.190 0.173 0.130 33 Q 0.133 0.130 0.264 0.264 0.110 0.055 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 34 L 0.031 0.045 0.243 0.206 0.120 0.105 0.127 0.060 0.033 0.022 0.007 35 V 0.011 0.015 0.044 0.024 0.033 0.065 0.186 0.173 0.170 0.155 0.124 36 Q 0.070 0.177 0.110 0.249 0.152 0.114 0.084 0.027 0.012 0.005 0.002 37 D 0.217 0.150 0.349 0.142 0.074 0.035 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 38 E 0.377 0.142 0.087 0.131 0.086 0.070 0.066 0.024 0.011 0.004 0.002 39 S 0.362 0.186 0.089 0.119 0.088 0.066 0.043 0.026 0.016 0.005 0.002 40 I 0.051 0.029 0.064 0.057 0.074 0.110 0.185 0.136 0.132 0.097 0.063 41 E 0.134 0.154 0.271 0.235 0.107 0.054 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 42 F 0.011 0.022 0.036 0.047 0.051 0.094 0.203 0.175 0.148 0.128 0.085 43 N 0.055 0.157 0.081 0.138 0.120 0.115 0.119 0.095 0.058 0.035 0.025 44 P 0.099 0.070 0.047 0.146 0.140 0.159 0.148 0.078 0.064 0.032 0.016 45 E 0.450 0.131 0.138 0.145 0.076 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 46 F 0.005 0.013 0.008 0.046 0.065 0.098 0.249 0.179 0.153 0.108 0.075 47 L 0.001 0.003 0.007 0.007 0.009 0.017 0.061 0.109 0.226 0.273 0.285 48 L 0.008 0.016 0.103 0.139 0.183 0.186 0.187 0.078 0.051 0.033 0.016 49 N 0.018 0.040 0.292 0.210 0.153 0.118 0.092 0.041 0.020 0.011 0.004 50 I 0.001 0.002 0.005 0.012 0.015 0.029 0.130 0.180 0.233 0.228 0.164 51 V 0.004 0.003 0.006 0.007 0.015 0.033 0.101 0.167 0.235 0.227 0.202 52 D 0.042 0.081 0.256 0.268 0.157 0.087 0.063 0.020 0.014 0.007 0.004 53 R 0.078 0.072 0.147 0.178 0.159 0.133 0.119 0.058 0.030 0.019 0.008 54 V 0.018 0.013 0.006 0.015 0.021 0.046 0.142 0.195 0.222 0.180 0.143 55 D 0.080 0.337 0.060 0.167 0.130 0.096 0.058 0.040 0.020 0.008 0.004 56 W 0.012 0.014 0.013 0.044 0.064 0.114 0.188 0.136 0.152 0.137 0.125 57 P 0.459 0.139 0.108 0.166 0.079 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 58 A 0.002 0.008 0.006 0.062 0.084 0.120 0.297 0.183 0.115 0.080 0.043 59 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.046 0.184 0.311 0.436 60 L 0.001 0.002 0.017 0.043 0.108 0.183 0.304 0.154 0.102 0.061 0.024 61 T 0.006 0.020 0.423 0.199 0.147 0.093 0.059 0.031 0.013 0.007 0.002 62 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.020 0.126 0.178 0.249 0.229 0.183 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.043 0.114 0.242 0.311 0.275 64 A 0.011 0.028 0.260 0.205 0.184 0.128 0.111 0.032 0.021 0.013 0.006 65 E 0.035 0.072 0.266 0.192 0.167 0.136 0.084 0.032 0.011 0.004 0.001 66 L 0.003 0.003 0.003 0.005 0.008 0.022 0.110 0.169 0.229 0.231 0.216 67 G 0.196 0.206 0.063 0.151 0.106 0.090 0.091 0.050 0.027 0.013 0.008 68 N 0.105 0.106 0.138 0.177 0.140 0.096 0.088 0.052 0.045 0.033 0.021 69 N 0.259 0.121 0.078 0.125 0.123 0.101 0.091 0.042 0.031 0.018 0.012 70 A 0.250 0.166 0.051 0.181 0.112 0.077 0.070 0.041 0.030 0.015 0.007 71 L 0.030 0.032 0.016 0.041 0.056 0.077 0.150 0.169 0.155 0.148 0.125 72 P 0.116 0.133 0.050 0.136 0.115 0.099 0.108 0.093 0.069 0.045 0.037 73 P 0.194 0.150 0.094 0.179 0.136 0.087 0.061 0.036 0.031 0.020 0.012 74 T 0.226 0.138 0.056 0.143 0.119 0.091 0.087 0.050 0.043 0.029 0.017 75 K 0.148 0.103 0.024 0.130 0.123 0.107 0.133 0.091 0.070 0.043 0.026 76 P 0.167 0.084 0.034 0.077 0.073 0.082 0.115 0.114 0.111 0.083 0.059 77 S 0.213 0.238 0.079 0.190 0.116 0.067 0.042 0.025 0.015 0.008 0.006 78 F 0.102 0.109 0.031 0.077 0.085 0.095 0.142 0.116 0.106 0.080 0.057 79 P 0.382 0.188 0.033 0.149 0.110 0.058 0.037 0.021 0.013 0.006 0.004 80 S 0.557 0.141 0.054 0.082 0.057 0.040 0.027 0.016 0.016 0.007 0.004 81 S 0.183 0.235 0.049 0.196 0.135 0.081 0.059 0.032 0.018 0.008 0.004 82 I 0.017 0.015 0.009 0.023 0.035 0.063 0.168 0.165 0.191 0.166 0.147 83 Q 0.203 0.128 0.169 0.246 0.126 0.059 0.038 0.014 0.009 0.005 0.003 84 E 0.195 0.133 0.236 0.215 0.111 0.058 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 85 L 0.017 0.014 0.015 0.021 0.031 0.060 0.168 0.183 0.193 0.164 0.133 86 T 0.161 0.177 0.075 0.172 0.132 0.105 0.101 0.045 0.021 0.008 0.004 87 D 0.360 0.145 0.270 0.128 0.051 0.022 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 88 D 0.315 0.211 0.104 0.123 0.100 0.075 0.045 0.018 0.008 0.003 0.001 89 D 0.178 0.265 0.072 0.113 0.092 0.092 0.082 0.053 0.037 0.012 0.005 90 M 0.098 0.060 0.071 0.179 0.186 0.167 0.143 0.051 0.027 0.013 0.006 91 A 0.288 0.079 0.401 0.135 0.053 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 92 I 0.003 0.016 0.043 0.090 0.104 0.145 0.270 0.170 0.090 0.049 0.022 93 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.013 0.065 0.125 0.233 0.286 0.267 94 N 0.013 0.029 0.290 0.244 0.207 0.125 0.063 0.017 0.008 0.004 0.001 95 D 0.023 0.053 0.436 0.209 0.129 0.092 0.037 0.014 0.004 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.053 0.098 0.230 0.288 0.319 97 H 0.004 0.006 0.012 0.024 0.049 0.120 0.275 0.213 0.156 0.091 0.051 98 T 0.008 0.022 0.429 0.186 0.120 0.080 0.065 0.035 0.028 0.018 0.009 99 L 0.002 0.005 0.023 0.038 0.062 0.123 0.309 0.191 0.110 0.079 0.059 100 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.010 0.048 0.097 0.239 0.295 0.293 101 L 0.007 0.012 0.038 0.054 0.070 0.093 0.202 0.148 0.147 0.133 0.096 102 Q 0.025 0.059 0.153 0.182 0.191 0.155 0.116 0.055 0.037 0.019 0.009 103 T 0.018 0.017 0.031 0.051 0.055 0.095 0.205 0.145 0.164 0.130 0.089 104 S 0.104 0.106 0.058 0.167 0.131 0.111 0.140 0.087 0.052 0.030 0.014 105 I 0.011 0.012 0.015 0.025 0.033 0.056 0.141 0.150 0.181 0.189 0.185 106 A 0.102 0.155 0.085 0.184 0.140 0.107 0.102 0.057 0.035 0.020 0.014 107 E 0.080 0.090 0.066 0.173 0.153 0.119 0.121 0.067 0.060 0.045 0.027 108 G 0.118 0.073 0.049 0.100 0.096 0.097 0.146 0.094 0.097 0.079 0.050 109 E 0.149 0.124 0.046 0.227 0.180 0.107 0.078 0.047 0.026 0.012 0.004 110 M 0.009 0.005 0.007 0.007 0.012 0.029 0.075 0.134 0.227 0.257 0.237 111 K 0.080 0.230 0.069 0.288 0.163 0.084 0.049 0.022 0.009 0.004 0.002 112 C 0.017 0.014 0.015 0.022 0.027 0.043 0.115 0.126 0.179 0.232 0.209 113 R 0.311 0.208 0.055 0.180 0.114 0.060 0.037 0.016 0.010 0.005 0.003 114 N 0.377 0.241 0.070 0.131 0.078 0.045 0.026 0.014 0.011 0.004 0.001 115 C 0.039 0.026 0.007 0.034 0.053 0.082 0.157 0.171 0.155 0.147 0.130 116 G 0.277 0.218 0.073 0.161 0.104 0.068 0.044 0.024 0.019 0.008 0.005 117 H 0.033 0.055 0.077 0.152 0.119 0.110 0.151 0.085 0.089 0.080 0.050 118 I 0.030 0.036 0.041 0.103 0.133 0.142 0.188 0.123 0.088 0.069 0.047 119 Y 0.015 0.011 0.014 0.037 0.042 0.069 0.166 0.177 0.200 0.163 0.107 120 Y 0.058 0.116 0.100 0.236 0.175 0.108 0.083 0.060 0.033 0.019 0.011 121 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.015 0.056 0.100 0.210 0.288 0.311 122 K 0.168 0.171 0.062 0.199 0.176 0.097 0.061 0.031 0.019 0.010 0.006 123 N 0.185 0.142 0.087 0.163 0.120 0.098 0.080 0.048 0.042 0.024 0.011 124 G 0.159 0.147 0.039 0.127 0.133 0.118 0.108 0.078 0.048 0.027 0.016 125 I 0.030 0.029 0.008 0.036 0.045 0.075 0.147 0.167 0.187 0.149 0.128 126 P 0.081 0.091 0.066 0.151 0.141 0.121 0.110 0.076 0.073 0.050 0.040 127 N 0.036 0.041 0.053 0.158 0.149 0.134 0.172 0.087 0.075 0.056 0.039 128 L 0.014 0.009 0.016 0.033 0.037 0.046 0.115 0.122 0.194 0.218 0.196 129 L 0.017 0.021 0.022 0.053 0.056 0.072 0.155 0.159 0.175 0.144 0.127 130 L 0.016 0.041 0.036 0.074 0.074 0.087 0.162 0.149 0.137 0.118 0.107 131 P 0.114 0.105 0.059 0.131 0.128 0.113 0.132 0.083 0.063 0.042 0.029 132 P 0.540 0.157 0.062 0.111 0.065 0.031 0.017 0.008 0.006 0.003 0.001 133 H 0.435 0.148 0.052 0.109 0.085 0.063 0.053 0.024 0.019 0.009 0.004 134 L 0.086 0.076 0.030 0.089 0.091 0.108 0.194 0.121 0.094 0.062 0.048 135 V 0.112 0.124 0.129 0.156 0.118 0.100 0.112 0.064 0.043 0.026 0.016