# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.064 0.048 0.042 0.040 0.057 0.029 0.004 0.001 0.006 0.581 2 K 0.025 0.048 0.009 0.106 0.076 0.118 0.158 0.003 0.001 0.004 0.454 3 F 0.068 0.065 0.010 0.063 0.065 0.100 0.058 0.002 0.001 0.004 0.565 4 L 0.025 0.166 0.002 0.255 0.140 0.218 0.087 0.002 0.001 0.002 0.103 5 T 0.020 0.217 0.002 0.102 0.058 0.131 0.159 0.003 0.001 0.004 0.303 6 T 0.038 0.361 0.004 0.174 0.071 0.102 0.058 0.004 0.001 0.004 0.184 7 N 0.026 0.344 0.002 0.018 0.018 0.028 0.244 0.003 0.001 0.005 0.312 8 F 0.082 0.398 0.008 0.026 0.029 0.047 0.114 0.011 0.001 0.011 0.274 9 L 0.057 0.688 0.013 0.016 0.021 0.039 0.043 0.006 0.001 0.003 0.114 10 K 0.092 0.557 0.005 0.009 0.011 0.034 0.028 0.029 0.001 0.007 0.229 11 C 0.239 0.523 0.027 0.005 0.008 0.018 0.005 0.010 0.001 0.001 0.164 12 S 0.076 0.394 0.004 0.014 0.031 0.013 0.008 0.033 0.001 0.001 0.426 13 V 0.073 0.258 0.018 0.027 0.036 0.077 0.023 0.012 0.001 0.004 0.473 14 K 0.037 0.159 0.013 0.044 0.056 0.132 0.108 0.013 0.001 0.003 0.436 15 A 0.217 0.164 0.008 0.033 0.030 0.050 0.095 0.013 0.001 0.007 0.383 16 C 0.210 0.187 0.020 0.056 0.047 0.073 0.052 0.007 0.001 0.007 0.340 17 D 0.052 0.082 0.011 0.051 0.140 0.126 0.088 0.005 0.001 0.004 0.440 18 T 0.059 0.041 0.006 0.039 0.106 0.144 0.067 0.005 0.001 0.005 0.528 19 S 0.093 0.045 0.005 0.063 0.150 0.194 0.119 0.007 0.001 0.007 0.317 20 N 0.089 0.033 0.005 0.026 0.065 0.068 0.218 0.005 0.001 0.014 0.477 21 D 0.086 0.018 0.007 0.026 0.029 0.048 0.183 0.004 0.001 0.020 0.578 22 N 0.187 0.010 0.015 0.031 0.030 0.045 0.256 0.004 0.001 0.049 0.374 23 F 0.194 0.007 0.028 0.077 0.073 0.059 0.200 0.002 0.001 0.022 0.339 24 P 0.006 0.001 0.008 0.022 0.019 0.036 0.043 0.001 0.001 0.002 0.863 25 L 0.005 0.001 0.001 0.171 0.233 0.365 0.052 0.001 0.001 0.002 0.169 26 Q 0.016 0.004 0.001 0.097 0.106 0.214 0.069 0.001 0.001 0.003 0.490 27 Y 0.015 0.006 0.001 0.161 0.276 0.394 0.032 0.001 0.001 0.002 0.112 28 D 0.009 0.008 0.001 0.134 0.133 0.283 0.106 0.001 0.001 0.003 0.323 29 G 0.019 0.009 0.001 0.148 0.094 0.198 0.073 0.001 0.001 0.008 0.448 30 S 0.035 0.019 0.003 0.098 0.107 0.178 0.188 0.002 0.001 0.014 0.357 31 K 0.061 0.027 0.004 0.041 0.066 0.097 0.150 0.003 0.001 0.017 0.535 32 C 0.079 0.059 0.009 0.062 0.124 0.200 0.096 0.003 0.001 0.012 0.356 33 Q 0.048 0.067 0.005 0.064 0.170 0.244 0.101 0.003 0.001 0.008 0.290 34 L 0.062 0.078 0.006 0.028 0.104 0.144 0.049 0.003 0.001 0.004 0.522 35 V 0.052 0.069 0.006 0.055 0.207 0.314 0.043 0.004 0.001 0.004 0.245 36 Q 0.038 0.050 0.004 0.038 0.107 0.220 0.097 0.004 0.001 0.005 0.436 37 D 0.047 0.036 0.006 0.044 0.073 0.161 0.072 0.005 0.001 0.006 0.548 38 E 0.066 0.033 0.005 0.023 0.041 0.054 0.148 0.004 0.001 0.008 0.617 39 S 0.154 0.033 0.007 0.030 0.034 0.039 0.172 0.004 0.001 0.018 0.508 40 I 0.159 0.051 0.017 0.034 0.030 0.041 0.184 0.004 0.001 0.012 0.467 41 E 0.132 0.053 0.009 0.052 0.035 0.050 0.224 0.006 0.001 0.012 0.427 42 F 0.169 0.068 0.033 0.058 0.039 0.085 0.155 0.004 0.001 0.013 0.375 43 N 0.071 0.047 0.007 0.059 0.076 0.099 0.275 0.004 0.001 0.004 0.357 44 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 45 E 0.003 0.003 0.001 0.005 0.004 0.011 0.457 0.001 0.001 0.005 0.512 46 F 0.162 0.029 0.001 0.010 0.006 0.015 0.539 0.003 0.001 0.037 0.199 47 L 0.068 0.841 0.001 0.013 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.055 48 L 0.016 0.908 0.001 0.004 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.056 49 N 0.047 0.860 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.082 50 I 0.126 0.810 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.049 51 V 0.034 0.895 0.012 0.002 0.003 0.008 0.006 0.008 0.001 0.001 0.030 52 D 0.038 0.540 0.005 0.003 0.005 0.006 0.008 0.017 0.001 0.001 0.379 53 R 0.285 0.460 0.005 0.004 0.001 0.002 0.006 0.025 0.001 0.001 0.211 54 V 0.399 0.371 0.056 0.007 0.002 0.005 0.018 0.015 0.001 0.003 0.124 55 D 0.149 0.227 0.053 0.016 0.010 0.013 0.077 0.018 0.001 0.002 0.435 56 W 0.063 0.174 0.020 0.036 0.004 0.015 0.043 0.004 0.001 0.001 0.640 57 P 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 58 A 0.032 0.132 0.001 0.011 0.006 0.012 0.536 0.003 0.001 0.008 0.259 59 V 0.032 0.803 0.001 0.007 0.002 0.009 0.047 0.002 0.001 0.001 0.097 60 L 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 61 T 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 62 V 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 63 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 64 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 65 E 0.044 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.031 66 L 0.098 0.839 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.028 67 G 0.154 0.555 0.030 0.003 0.003 0.002 0.018 0.059 0.001 0.002 0.173 68 N 0.077 0.306 0.300 0.007 0.002 0.005 0.035 0.008 0.001 0.002 0.258 69 N 0.041 0.129 0.006 0.021 0.008 0.006 0.039 0.012 0.001 0.001 0.739 70 A 0.268 0.066 0.007 0.013 0.005 0.008 0.072 0.009 0.001 0.006 0.545 71 L 0.285 0.119 0.040 0.078 0.014 0.036 0.064 0.009 0.001 0.004 0.349 72 P 0.061 0.011 0.003 0.013 0.004 0.006 0.020 0.002 0.001 0.001 0.880 73 P 0.009 0.001 0.002 0.011 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.968 74 T 0.021 0.001 0.001 0.041 0.012 0.016 0.049 0.002 0.001 0.001 0.858 75 K 0.395 0.003 0.002 0.043 0.004 0.008 0.039 0.001 0.001 0.004 0.501 76 P 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.977 77 S 0.061 0.001 0.001 0.054 0.007 0.013 0.278 0.001 0.001 0.004 0.581 78 F 0.297 0.002 0.002 0.033 0.002 0.005 0.073 0.001 0.001 0.005 0.581 79 P 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.945 80 S 0.041 0.002 0.001 0.024 0.003 0.007 0.177 0.001 0.001 0.007 0.737 81 S 0.163 0.012 0.001 0.034 0.007 0.011 0.284 0.001 0.001 0.010 0.478 82 I 0.213 0.104 0.004 0.053 0.015 0.023 0.111 0.002 0.001 0.014 0.461 83 Q 0.059 0.172 0.002 0.033 0.016 0.032 0.180 0.002 0.001 0.007 0.497 84 E 0.188 0.163 0.002 0.017 0.012 0.019 0.136 0.012 0.001 0.011 0.440 85 L 0.404 0.312 0.022 0.014 0.006 0.012 0.047 0.012 0.001 0.008 0.163 86 T 0.190 0.294 0.024 0.020 0.010 0.017 0.141 0.036 0.001 0.008 0.260 87 D 0.179 0.116 0.026 0.014 0.004 0.004 0.078 0.024 0.001 0.008 0.547 88 D 0.112 0.086 0.017 0.002 0.001 0.001 0.213 0.006 0.001 0.006 0.557 89 D 0.022 0.110 0.006 0.003 0.001 0.001 0.473 0.007 0.001 0.010 0.366 90 M 0.013 0.268 0.001 0.002 0.001 0.001 0.447 0.005 0.001 0.012 0.250 91 A 0.012 0.528 0.001 0.001 0.001 0.001 0.373 0.003 0.001 0.007 0.075 92 I 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.017 93 L 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 94 N 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 95 D 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.021 96 L 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 97 H 0.008 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 98 T 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 99 L 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 100 L 0.012 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 L 0.006 0.961 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.015 102 Q 0.052 0.882 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 0.040 103 T 0.094 0.725 0.018 0.007 0.012 0.011 0.004 0.036 0.001 0.001 0.094 104 S 0.108 0.462 0.034 0.066 0.059 0.048 0.014 0.035 0.001 0.001 0.172 105 I 0.029 0.320 0.067 0.097 0.087 0.128 0.051 0.011 0.001 0.002 0.208 106 A 0.024 0.211 0.006 0.170 0.161 0.269 0.042 0.006 0.001 0.002 0.109 107 E 0.034 0.157 0.007 0.079 0.066 0.135 0.086 0.008 0.001 0.005 0.423 108 G 0.106 0.078 0.015 0.112 0.127 0.142 0.089 0.011 0.001 0.015 0.304 109 E 0.109 0.046 0.061 0.068 0.081 0.108 0.114 0.005 0.001 0.014 0.394 110 M 0.015 0.018 0.011 0.101 0.221 0.233 0.061 0.002 0.001 0.004 0.333 111 K 0.019 0.010 0.004 0.075 0.194 0.283 0.059 0.002 0.001 0.004 0.352 112 C 0.033 0.016 0.004 0.064 0.175 0.285 0.049 0.001 0.001 0.003 0.368 113 R 0.012 0.010 0.001 0.050 0.126 0.233 0.059 0.001 0.001 0.002 0.505 114 N 0.029 0.010 0.001 0.032 0.104 0.162 0.144 0.002 0.001 0.009 0.507 115 C 0.120 0.017 0.003 0.029 0.042 0.069 0.134 0.003 0.001 0.019 0.563 116 G 0.125 0.023 0.007 0.032 0.063 0.074 0.166 0.004 0.001 0.025 0.482 117 H 0.166 0.017 0.015 0.034 0.082 0.088 0.147 0.002 0.001 0.022 0.426 118 I 0.047 0.013 0.012 0.032 0.094 0.180 0.094 0.001 0.001 0.007 0.519 119 Y 0.020 0.008 0.003 0.058 0.324 0.348 0.051 0.001 0.001 0.002 0.185 120 Y 0.007 0.005 0.002 0.039 0.137 0.282 0.035 0.001 0.001 0.001 0.490 121 I 0.004 0.005 0.001 0.077 0.274 0.425 0.032 0.001 0.001 0.001 0.181 122 K 0.014 0.007 0.001 0.048 0.104 0.245 0.090 0.001 0.001 0.003 0.487 123 N 0.024 0.009 0.001 0.028 0.031 0.089 0.117 0.001 0.001 0.005 0.695 124 G 0.181 0.008 0.004 0.032 0.028 0.033 0.157 0.004 0.001 0.023 0.530 125 I 0.267 0.012 0.022 0.024 0.021 0.030 0.217 0.001 0.001 0.012 0.394 126 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.966 127 N 0.036 0.008 0.001 0.038 0.054 0.064 0.109 0.001 0.001 0.002 0.687 128 L 0.270 0.024 0.001 0.018 0.017 0.033 0.096 0.002 0.001 0.007 0.532 129 L 0.276 0.073 0.005 0.062 0.054 0.112 0.075 0.006 0.001 0.005 0.332 130 L 0.089 0.022 0.009 0.067 0.022 0.081 0.059 0.003 0.001 0.003 0.644 131 P 0.028 0.004 0.002 0.028 0.013 0.022 0.032 0.001 0.001 0.001 0.870 132 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 133 H 0.025 0.003 0.001 0.024 0.011 0.031 0.215 0.001 0.001 0.004 0.685 134 L 0.448 0.010 0.001 0.019 0.009 0.016 0.109 0.001 0.001 0.011 0.376 135 V 0.266 0.111 0.002 0.061 0.022 0.037 0.086 0.001 0.001 0.004 0.409