# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.028 0.071 0.049 0.062 0.126 0.020 0.545 2 K 0.149 0.031 0.176 0.113 0.109 0.104 0.017 0.302 3 F 0.012 0.017 0.158 0.057 0.084 0.050 0.003 0.620 4 L 0.018 0.045 0.187 0.148 0.262 0.107 0.006 0.228 5 T 0.032 0.081 0.298 0.112 0.152 0.095 0.011 0.219 6 T 0.024 0.141 0.238 0.104 0.145 0.062 0.009 0.276 7 N 0.038 0.160 0.146 0.074 0.127 0.146 0.015 0.293 8 F 0.090 0.217 0.087 0.058 0.145 0.149 0.020 0.234 9 L 0.110 0.398 0.048 0.070 0.119 0.100 0.021 0.133 10 K 0.213 0.328 0.040 0.064 0.079 0.082 0.045 0.149 11 C 0.344 0.225 0.051 0.074 0.065 0.035 0.047 0.158 12 S 0.161 0.149 0.060 0.088 0.099 0.068 0.042 0.333 13 V 0.028 0.044 0.048 0.033 0.077 0.052 0.010 0.708 14 K 0.035 0.128 0.072 0.133 0.159 0.152 0.015 0.305 15 A 0.070 0.055 0.039 0.034 0.062 0.151 0.020 0.569 16 C 0.145 0.105 0.128 0.097 0.124 0.077 0.013 0.311 17 D 0.033 0.076 0.128 0.126 0.108 0.099 0.011 0.418 18 T 0.044 0.032 0.052 0.056 0.101 0.070 0.012 0.632 19 S 0.097 0.045 0.092 0.068 0.111 0.154 0.019 0.413 20 N 0.063 0.024 0.035 0.038 0.050 0.322 0.020 0.447 21 D 0.099 0.025 0.036 0.026 0.039 0.196 0.029 0.550 22 N 0.119 0.027 0.034 0.022 0.032 0.261 0.060 0.446 23 F 0.377 0.008 0.055 0.049 0.055 0.192 0.021 0.243 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 25 L 0.007 0.002 0.041 0.147 0.455 0.086 0.002 0.260 26 Q 0.131 0.007 0.047 0.130 0.265 0.075 0.005 0.340 27 Y 0.052 0.009 0.044 0.294 0.395 0.040 0.004 0.162 28 D 0.036 0.009 0.039 0.238 0.281 0.052 0.003 0.340 29 G 0.020 0.007 0.039 0.120 0.231 0.041 0.005 0.538 30 S 0.036 0.009 0.028 0.232 0.305 0.123 0.008 0.260 31 K 0.071 0.010 0.021 0.121 0.213 0.127 0.012 0.423 32 C 0.066 0.026 0.042 0.194 0.362 0.088 0.006 0.215 33 Q 0.040 0.014 0.044 0.398 0.390 0.050 0.004 0.061 34 L 0.010 0.013 0.018 0.137 0.190 0.020 0.002 0.609 35 V 0.014 0.016 0.087 0.276 0.480 0.023 0.004 0.101 36 Q 0.018 0.033 0.046 0.223 0.247 0.052 0.005 0.375 37 D 0.016 0.038 0.041 0.075 0.249 0.044 0.010 0.526 38 E 0.069 0.035 0.045 0.037 0.073 0.151 0.017 0.573 39 S 0.092 0.018 0.012 0.015 0.016 0.107 0.018 0.723 40 I 0.206 0.027 0.044 0.030 0.037 0.117 0.022 0.517 41 E 0.052 0.022 0.032 0.024 0.033 0.139 0.008 0.691 42 F 0.074 0.037 0.040 0.023 0.048 0.116 0.009 0.654 43 N 0.068 0.066 0.017 0.028 0.046 0.203 0.005 0.566 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 45 E 0.004 0.014 0.002 0.003 0.008 0.572 0.001 0.395 46 F 0.211 0.137 0.001 0.001 0.003 0.383 0.006 0.257 47 L 0.014 0.946 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.033 48 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 49 N 0.027 0.925 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.032 50 I 0.142 0.803 0.005 0.002 0.002 0.002 0.024 0.020 51 V 0.046 0.870 0.018 0.006 0.009 0.004 0.011 0.036 52 D 0.028 0.688 0.026 0.009 0.010 0.021 0.023 0.196 53 R 0.158 0.355 0.020 0.006 0.008 0.040 0.047 0.365 54 V 0.164 0.477 0.067 0.013 0.008 0.045 0.024 0.202 55 D 0.041 0.183 0.047 0.010 0.010 0.171 0.023 0.515 56 W 0.047 0.163 0.031 0.006 0.012 0.046 0.006 0.689 57 P 0.003 0.055 0.003 0.001 0.002 0.028 0.001 0.907 58 A 0.021 0.209 0.005 0.003 0.004 0.192 0.004 0.562 59 V 0.015 0.907 0.003 0.002 0.003 0.016 0.002 0.053 60 L 0.002 0.979 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 61 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 62 V 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 63 A 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 64 A 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 65 E 0.048 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 66 L 0.143 0.786 0.006 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 67 G 0.422 0.294 0.028 0.007 0.005 0.009 0.131 0.104 68 N 0.093 0.208 0.314 0.013 0.012 0.031 0.036 0.294 69 N 0.135 0.124 0.081 0.018 0.021 0.071 0.047 0.503 70 A 0.148 0.042 0.091 0.008 0.010 0.058 0.053 0.591 71 L 0.210 0.026 0.288 0.028 0.030 0.095 0.029 0.295 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 T 0.035 0.002 0.031 0.022 0.060 0.118 0.006 0.726 75 K 0.543 0.002 0.013 0.009 0.010 0.051 0.006 0.365 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 77 S 0.038 0.004 0.028 0.015 0.040 0.192 0.005 0.679 78 F 0.286 0.005 0.021 0.011 0.016 0.105 0.006 0.550 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 S 0.012 0.004 0.009 0.010 0.026 0.209 0.002 0.728 81 S 0.221 0.013 0.008 0.004 0.007 0.153 0.009 0.586 82 I 0.273 0.058 0.012 0.009 0.036 0.068 0.004 0.539 83 Q 0.086 0.100 0.023 0.022 0.035 0.336 0.008 0.391 84 E 0.138 0.143 0.014 0.011 0.018 0.181 0.016 0.480 85 L 0.378 0.251 0.022 0.011 0.028 0.036 0.013 0.260 86 T 0.123 0.149 0.029 0.016 0.027 0.236 0.020 0.400 87 D 0.118 0.089 0.027 0.011 0.018 0.082 0.020 0.635 88 D 0.103 0.093 0.014 0.005 0.012 0.104 0.011 0.657 89 D 0.092 0.030 0.011 0.003 0.007 0.384 0.014 0.459 90 M 0.076 0.057 0.011 0.002 0.006 0.523 0.006 0.319 91 A 0.045 0.219 0.005 0.002 0.005 0.323 0.003 0.397 92 I 0.029 0.546 0.003 0.002 0.005 0.120 0.003 0.292 93 L 0.028 0.830 0.003 0.002 0.005 0.013 0.003 0.116 94 N 0.012 0.900 0.002 0.001 0.003 0.009 0.003 0.070 95 D 0.045 0.817 0.002 0.001 0.002 0.008 0.009 0.116 96 L 0.037 0.890 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.057 97 H 0.014 0.910 0.004 0.002 0.003 0.006 0.006 0.054 98 T 0.008 0.925 0.006 0.002 0.002 0.006 0.004 0.047 99 L 0.016 0.927 0.009 0.003 0.003 0.005 0.007 0.031 100 L 0.013 0.944 0.009 0.004 0.004 0.004 0.006 0.017 101 L 0.040 0.821 0.030 0.015 0.015 0.015 0.021 0.043 102 Q 0.097 0.671 0.048 0.029 0.019 0.019 0.031 0.086 103 T 0.139 0.383 0.123 0.070 0.062 0.034 0.043 0.147 104 S 0.054 0.234 0.121 0.145 0.101 0.036 0.025 0.284 105 I 0.025 0.077 0.210 0.123 0.168 0.048 0.018 0.331 106 A 0.034 0.088 0.199 0.249 0.249 0.061 0.014 0.105 107 E 0.050 0.075 0.158 0.166 0.250 0.060 0.016 0.225 108 G 0.032 0.051 0.134 0.264 0.231 0.037 0.026 0.225 109 E 0.101 0.007 0.101 0.105 0.188 0.099 0.013 0.386 110 M 0.015 0.010 0.065 0.292 0.244 0.042 0.004 0.327 111 K 0.033 0.006 0.035 0.185 0.407 0.078 0.007 0.250 112 C 0.027 0.012 0.057 0.240 0.297 0.044 0.004 0.319 113 R 0.011 0.015 0.030 0.113 0.218 0.065 0.005 0.543 114 N 0.030 0.011 0.015 0.048 0.079 0.163 0.014 0.640 115 C 0.237 0.014 0.016 0.040 0.040 0.115 0.046 0.491 116 G 0.272 0.016 0.090 0.110 0.080 0.137 0.057 0.239 117 H 0.044 0.008 0.159 0.112 0.119 0.145 0.014 0.399 118 I 0.013 0.005 0.111 0.148 0.235 0.056 0.003 0.430 119 Y 0.011 0.004 0.111 0.259 0.420 0.031 0.001 0.162 120 Y 0.003 0.003 0.112 0.184 0.239 0.026 0.002 0.431 121 I 0.006 0.010 0.171 0.231 0.404 0.035 0.002 0.141 122 K 0.010 0.039 0.091 0.231 0.349 0.065 0.003 0.213 123 N 0.031 0.026 0.050 0.098 0.224 0.090 0.020 0.461 124 G 0.377 0.009 0.035 0.022 0.031 0.058 0.079 0.390 125 I 0.285 0.009 0.224 0.046 0.035 0.115 0.024 0.263 126 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.987 127 N 0.015 0.010 0.067 0.048 0.144 0.110 0.006 0.601 128 L 0.235 0.013 0.224 0.044 0.059 0.074 0.021 0.329 129 L 0.183 0.014 0.111 0.042 0.059 0.151 0.020 0.420 130 L 0.177 0.012 0.193 0.071 0.149 0.107 0.017 0.275 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.992 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 H 0.050 0.005 0.008 0.021 0.037 0.212 0.008 0.660 134 L 0.661 0.010 0.010 0.009 0.014 0.064 0.011 0.223 135 V 0.230 0.115 0.052 0.066 0.080 0.057 0.006 0.394