# TARGET T0318 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.006 0.001 0.005 0.159 0.783 2 T 0.357 0.031 0.004 0.013 0.082 0.513 3 Q 0.656 0.013 0.006 0.016 0.052 0.256 4 V 0.782 0.009 0.011 0.020 0.045 0.133 5 L 0.842 0.027 0.005 0.016 0.037 0.072 6 V 0.650 0.021 0.010 0.023 0.086 0.210 7 R 0.221 0.010 0.059 0.035 0.312 0.363 8 N 0.052 0.005 0.204 0.040 0.493 0.206 9 G 0.033 0.006 0.325 0.058 0.438 0.139 10 I 0.041 0.024 0.225 0.058 0.508 0.146 11 Q 0.059 0.028 0.105 0.053 0.546 0.209 12 A 0.057 0.025 0.077 0.042 0.553 0.246 13 V 0.030 0.033 0.046 0.034 0.519 0.337 14 G 0.018 0.020 0.041 0.011 0.744 0.168 15 D 0.015 0.004 0.198 0.010 0.665 0.108 16 G 0.039 0.010 0.128 0.006 0.678 0.138 17 L 0.126 0.031 0.053 0.002 0.507 0.281 18 T 0.246 0.018 0.002 0.001 0.151 0.582 19 S 0.400 0.003 0.001 0.001 0.057 0.538 20 L 0.970 0.002 0.001 0.001 0.004 0.023 21 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 22 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 23 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 24 G 0.777 0.002 0.002 0.004 0.087 0.128 25 K 0.433 0.009 0.005 0.014 0.287 0.252 26 K 0.213 0.016 0.017 0.020 0.536 0.199 27 S 0.134 0.012 0.052 0.042 0.601 0.160 28 V 0.096 0.010 0.106 0.069 0.576 0.144 29 L 0.136 0.010 0.204 0.079 0.486 0.085 30 K 0.127 0.003 0.113 0.100 0.470 0.187 31 N 0.230 0.015 0.058 0.061 0.328 0.308 32 V 0.224 0.038 0.007 0.027 0.244 0.460 33 T 0.090 0.012 0.008 0.037 0.209 0.644 34 F 0.036 0.003 0.332 0.350 0.182 0.097 35 E 0.059 0.003 0.361 0.336 0.168 0.072 36 G 0.055 0.002 0.309 0.409 0.149 0.075 37 K 0.092 0.015 0.073 0.421 0.149 0.251 38 F 0.097 0.016 0.092 0.332 0.202 0.261 39 K 0.114 0.007 0.118 0.349 0.172 0.240 40 E 0.124 0.010 0.077 0.240 0.162 0.386 41 V 0.095 0.062 0.033 0.246 0.121 0.443 42 A 0.082 0.003 0.023 0.139 0.106 0.646 43 Q 0.133 0.006 0.033 0.256 0.101 0.469 44 K 0.150 0.021 0.017 0.262 0.103 0.448 45 F 0.127 0.016 0.008 0.231 0.084 0.533 46 V 0.069 0.008 0.008 0.242 0.088 0.585 47 T 0.014 0.003 0.021 0.732 0.060 0.171 48 D 0.007 0.002 0.026 0.857 0.052 0.057 49 G 0.009 0.002 0.027 0.875 0.052 0.034 50 D 0.011 0.002 0.022 0.911 0.037 0.019 51 S 0.012 0.001 0.019 0.915 0.036 0.017 52 W 0.015 0.002 0.018 0.923 0.030 0.013 53 N 0.015 0.002 0.016 0.915 0.030 0.021 54 S 0.019 0.003 0.038 0.861 0.045 0.034 55 M 0.035 0.005 0.066 0.688 0.103 0.104 56 I 0.060 0.009 0.044 0.565 0.128 0.194 57 S 0.105 0.062 0.033 0.260 0.179 0.360 58 R 0.076 0.027 0.014 0.059 0.405 0.420 59 I 0.040 0.014 0.026 0.032 0.481 0.409 60 P 0.021 0.025 0.018 0.009 0.718 0.209 61 A 0.025 0.014 0.017 0.013 0.762 0.169 62 S 0.029 0.020 0.023 0.020 0.644 0.264 63 G 0.031 0.015 0.033 0.063 0.654 0.204 64 R 0.063 0.034 0.104 0.167 0.445 0.187 65 H 0.118 0.024 0.126 0.285 0.290 0.157 66 P 0.189 0.016 0.163 0.253 0.268 0.112 67 L 0.307 0.031 0.191 0.210 0.183 0.079 68 H 0.538 0.030 0.053 0.181 0.123 0.076 69 Y 0.495 0.009 0.048 0.259 0.149 0.040 70 E 0.174 0.003 0.069 0.421 0.263 0.071 71 L 0.251 0.014 0.059 0.319 0.288 0.069 72 A 0.441 0.007 0.045 0.203 0.218 0.087 73 H 0.681 0.012 0.027 0.103 0.076 0.102 74 L 0.801 0.011 0.035 0.072 0.033 0.048 75 I 0.840 0.007 0.016 0.056 0.031 0.051 76 T 0.788 0.012 0.011 0.042 0.045 0.102 77 V 0.383 0.018 0.006 0.025 0.192 0.376 78 P 0.173 0.016 0.014 0.036 0.445 0.317 79 D 0.043 0.008 0.055 0.053 0.581 0.260 80 A 0.072 0.055 0.062 0.057 0.502 0.251 81 S 0.075 0.053 0.078 0.055 0.431 0.307 82 S 0.081 0.036 0.083 0.049 0.475 0.277 83 R 0.063 0.022 0.107 0.054 0.554 0.200 84 G 0.030 0.014 0.099 0.045 0.577 0.235 85 N 0.040 0.023 0.056 0.059 0.568 0.254 86 T 0.015 0.027 0.023 0.058 0.479 0.398 87 P 0.005 0.007 0.086 0.309 0.451 0.142 88 T 0.002 0.001 0.130 0.461 0.326 0.079 89 N 0.003 0.004 0.157 0.558 0.234 0.044 90 A 0.006 0.005 0.099 0.716 0.141 0.033 91 H 0.019 0.005 0.047 0.723 0.126 0.080 92 S 0.044 0.010 0.060 0.748 0.103 0.035 93 I 0.045 0.004 0.048 0.747 0.101 0.055 94 Y 0.074 0.005 0.039 0.664 0.139 0.079 95 K 0.088 0.006 0.037 0.684 0.111 0.074 96 E 0.186 0.013 0.025 0.559 0.111 0.106 97 L 0.211 0.012 0.031 0.476 0.123 0.147 98 K 0.184 0.009 0.037 0.390 0.152 0.228 99 P 0.226 0.021 0.053 0.245 0.208 0.247 100 I 0.196 0.020 0.030 0.131 0.233 0.390 101 N 0.095 0.018 0.025 0.050 0.314 0.497 102 Y 0.080 0.036 0.029 0.045 0.354 0.456 103 P 0.039 0.020 0.134 0.068 0.508 0.231 104 E 0.019 0.004 0.283 0.061 0.493 0.140 105 D 0.040 0.008 0.254 0.069 0.479 0.151 106 T 0.069 0.029 0.188 0.075 0.448 0.190 107 K 0.074 0.015 0.013 0.012 0.331 0.556 108 N 0.120 0.011 0.005 0.002 0.235 0.628 109 V 0.402 0.010 0.002 0.001 0.134 0.450 110 H 0.830 0.005 0.001 0.001 0.033 0.130 111 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 112 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 114 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 115 A 0.858 0.004 0.001 0.001 0.027 0.110 116 E 0.431 0.013 0.003 0.002 0.201 0.349 117 Y 0.034 0.004 0.096 0.023 0.609 0.234 118 P 0.011 0.005 0.182 0.054 0.611 0.137 119 D 0.012 0.009 0.312 0.169 0.405 0.093 120 V 0.014 0.007 0.069 0.674 0.134 0.101 121 L 0.011 0.004 0.031 0.863 0.057 0.033 122 S 0.005 0.001 0.020 0.931 0.024 0.018 123 H 0.005 0.001 0.012 0.963 0.011 0.009 124 V 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.003 125 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 126 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 127 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 129 R 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 130 T 0.001 0.002 0.010 0.958 0.014 0.015 131 F 0.008 0.005 0.013 0.737 0.073 0.164 132 C 0.016 0.009 0.070 0.443 0.197 0.265 133 K 0.027 0.013 0.202 0.432 0.216 0.112 134 F 0.082 0.021 0.156 0.386 0.266 0.088 135 S 0.099 0.013 0.083 0.312 0.366 0.128 136 M 0.111 0.016 0.046 0.211 0.417 0.198 137 K 0.066 0.023 0.035 0.120 0.443 0.313 138 T 0.043 0.016 0.045 0.055 0.535 0.305 139 S 0.034 0.014 0.073 0.036 0.589 0.254 140 G 0.048 0.014 0.088 0.032 0.592 0.226 141 I 0.078 0.014 0.061 0.021 0.545 0.281 142 R 0.129 0.020 0.054 0.029 0.406 0.363 143 E 0.268 0.034 0.043 0.025 0.336 0.294 144 L 0.284 0.023 0.049 0.029 0.356 0.259 145 N 0.265 0.016 0.016 0.011 0.356 0.336 146 V 0.296 0.026 0.013 0.007 0.358 0.300 147 N 0.216 0.011 0.008 0.004 0.329 0.431 148 I 0.459 0.021 0.006 0.004 0.224 0.286 149 D 0.673 0.005 0.002 0.002 0.092 0.225 150 V 0.933 0.002 0.001 0.001 0.012 0.051 151 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 152 C 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 153 D 0.961 0.001 0.001 0.002 0.009 0.027 154 K 0.910 0.003 0.001 0.002 0.021 0.064 155 L 0.788 0.009 0.002 0.004 0.074 0.124 156 T 0.490 0.025 0.003 0.005 0.181 0.296 157 N 0.175 0.033 0.014 0.006 0.598 0.174 158 E 0.060 0.011 0.029 0.008 0.770 0.123 159 D 0.049 0.008 0.034 0.014 0.769 0.126 160 A 0.089 0.032 0.020 0.026 0.649 0.185 161 V 0.150 0.024 0.010 0.042 0.349 0.426 162 F 0.161 0.040 0.026 0.147 0.280 0.345 163 L 0.157 0.022 0.048 0.233 0.273 0.267 164 T 0.149 0.009 0.067 0.304 0.234 0.236 165 D 0.118 0.010 0.077 0.363 0.203 0.228 166 L 0.072 0.012 0.034 0.547 0.120 0.215 167 S 0.045 0.004 0.011 0.698 0.055 0.187 168 E 0.007 0.001 0.003 0.972 0.007 0.010 169 S 0.012 0.001 0.004 0.967 0.009 0.007 170 V 0.008 0.001 0.002 0.980 0.005 0.004 171 R 0.009 0.001 0.003 0.979 0.005 0.003 172 E 0.007 0.001 0.004 0.979 0.006 0.004 173 T 0.006 0.001 0.003 0.981 0.005 0.005 174 A 0.016 0.001 0.012 0.942 0.013 0.017 175 R 0.022 0.006 0.021 0.852 0.032 0.068 176 L 0.010 0.002 0.030 0.630 0.042 0.286 177 I 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.961