# TARGET T0318 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.011 0.754 0.007 0.004 0.006 0.002 0.001 0.017 0.067 0.010 0.057 0.061 2 T 0.026 0.016 0.552 0.019 0.003 0.007 0.013 0.005 0.086 0.032 0.008 0.022 0.212 3 Q 0.183 0.010 0.137 0.021 0.001 0.008 0.058 0.057 0.215 0.019 0.005 0.194 0.093 4 V 0.438 0.003 0.037 0.009 0.001 0.006 0.119 0.086 0.076 0.007 0.001 0.030 0.186 5 L 0.456 0.003 0.034 0.003 0.001 0.005 0.114 0.082 0.060 0.004 0.001 0.164 0.073 6 V 0.308 0.009 0.100 0.004 0.002 0.006 0.062 0.053 0.081 0.016 0.004 0.075 0.282 7 R 0.045 0.010 0.408 0.025 0.007 0.010 0.008 0.006 0.083 0.086 0.029 0.102 0.183 8 N 0.008 0.004 0.170 0.017 0.047 0.029 0.001 0.001 0.012 0.244 0.398 0.022 0.045 9 G 0.002 0.014 0.211 0.005 0.089 0.020 0.001 0.001 0.006 0.204 0.424 0.010 0.014 10 I 0.002 0.043 0.449 0.004 0.147 0.025 0.001 0.001 0.004 0.156 0.125 0.006 0.038 11 Q 0.004 0.039 0.389 0.002 0.137 0.033 0.001 0.001 0.006 0.171 0.157 0.034 0.027 12 A 0.004 0.070 0.281 0.005 0.089 0.022 0.001 0.001 0.004 0.214 0.238 0.006 0.066 13 V 0.001 0.043 0.459 0.003 0.036 0.012 0.001 0.001 0.002 0.278 0.117 0.035 0.013 14 G 0.001 0.028 0.614 0.002 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.242 0.069 0.003 0.018 15 D 0.001 0.004 0.079 0.003 0.101 0.004 0.001 0.001 0.001 0.116 0.687 0.001 0.004 16 G 0.002 0.006 0.083 0.003 0.083 0.005 0.001 0.001 0.001 0.118 0.677 0.013 0.006 17 L 0.009 0.047 0.471 0.006 0.040 0.009 0.006 0.001 0.013 0.189 0.082 0.006 0.121 18 T 0.024 0.014 0.550 0.017 0.001 0.006 0.014 0.004 0.083 0.089 0.009 0.162 0.026 19 S 0.039 0.007 0.357 0.086 0.001 0.006 0.045 0.042 0.132 0.070 0.009 0.019 0.189 20 L 0.096 0.004 0.034 0.001 0.001 0.004 0.250 0.419 0.109 0.003 0.001 0.054 0.024 21 I 0.099 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.311 0.471 0.073 0.001 0.001 0.010 0.022 22 I 0.057 0.002 0.019 0.003 0.001 0.008 0.308 0.333 0.211 0.002 0.002 0.029 0.027 23 V 0.068 0.003 0.101 0.022 0.001 0.015 0.217 0.121 0.285 0.018 0.020 0.037 0.092 24 G 0.015 0.013 0.357 0.014 0.007 0.038 0.031 0.012 0.152 0.198 0.062 0.047 0.054 25 K 0.006 0.020 0.301 0.006 0.058 0.149 0.008 0.003 0.065 0.190 0.118 0.008 0.066 26 K 0.007 0.024 0.253 0.014 0.172 0.230 0.008 0.003 0.036 0.112 0.069 0.040 0.033 27 S 0.004 0.018 0.156 0.011 0.274 0.232 0.007 0.003 0.022 0.076 0.147 0.012 0.038 28 V 0.004 0.015 0.116 0.008 0.307 0.241 0.004 0.001 0.011 0.088 0.174 0.009 0.021 29 L 0.009 0.011 0.076 0.004 0.396 0.199 0.004 0.001 0.008 0.070 0.198 0.007 0.018 30 K 0.013 0.006 0.093 0.009 0.213 0.139 0.005 0.001 0.010 0.120 0.361 0.012 0.017 31 N 0.022 0.022 0.162 0.012 0.092 0.122 0.010 0.001 0.024 0.146 0.317 0.012 0.059 32 V 0.007 0.025 0.503 0.001 0.005 0.033 0.002 0.001 0.021 0.232 0.011 0.130 0.030 33 T 0.001 0.030 0.725 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 0.011 0.063 0.020 0.003 0.112 34 F 0.001 0.007 0.119 0.002 0.150 0.473 0.001 0.001 0.002 0.053 0.187 0.003 0.004 35 E 0.001 0.001 0.039 0.001 0.296 0.403 0.001 0.001 0.001 0.037 0.218 0.001 0.002 36 G 0.001 0.002 0.060 0.001 0.376 0.368 0.001 0.001 0.001 0.032 0.154 0.001 0.004 37 K 0.002 0.015 0.104 0.001 0.176 0.513 0.001 0.001 0.003 0.056 0.107 0.005 0.016 38 F 0.004 0.026 0.104 0.003 0.159 0.335 0.002 0.001 0.005 0.047 0.293 0.006 0.015 39 K 0.006 0.004 0.080 0.005 0.090 0.148 0.001 0.001 0.003 0.069 0.578 0.006 0.009 40 E 0.022 0.020 0.317 0.004 0.093 0.180 0.004 0.001 0.007 0.084 0.180 0.022 0.067 41 V 0.027 0.093 0.283 0.006 0.049 0.179 0.006 0.001 0.013 0.104 0.061 0.025 0.153 42 A 0.010 0.010 0.318 0.018 0.034 0.201 0.003 0.001 0.006 0.187 0.059 0.125 0.028 43 Q 0.004 0.007 0.340 0.020 0.073 0.231 0.002 0.001 0.008 0.091 0.142 0.005 0.077 44 K 0.018 0.021 0.250 0.006 0.052 0.313 0.003 0.001 0.020 0.085 0.122 0.071 0.037 45 F 0.015 0.058 0.272 0.001 0.031 0.294 0.004 0.001 0.027 0.097 0.105 0.019 0.074 46 V 0.003 0.012 0.386 0.003 0.016 0.320 0.001 0.001 0.012 0.132 0.070 0.009 0.036 47 T 0.001 0.001 0.045 0.001 0.017 0.848 0.001 0.001 0.001 0.042 0.040 0.003 0.003 48 D 0.001 0.002 0.018 0.001 0.030 0.880 0.001 0.001 0.001 0.017 0.049 0.001 0.003 49 G 0.001 0.001 0.023 0.001 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.002 0.002 50 D 0.001 0.002 0.017 0.001 0.014 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.003 51 S 0.002 0.001 0.010 0.001 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.002 0.002 52 W 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.001 0.002 53 N 0.006 0.002 0.011 0.001 0.006 0.937 0.001 0.002 0.003 0.007 0.019 0.001 0.004 54 S 0.007 0.002 0.014 0.001 0.013 0.909 0.002 0.005 0.003 0.007 0.030 0.002 0.004 55 M 0.006 0.001 0.030 0.001 0.030 0.823 0.001 0.001 0.006 0.014 0.075 0.008 0.004 56 I 0.006 0.009 0.044 0.001 0.035 0.633 0.001 0.001 0.004 0.048 0.189 0.004 0.025 57 S 0.004 0.036 0.141 0.003 0.035 0.268 0.001 0.001 0.007 0.124 0.352 0.009 0.019 58 R 0.002 0.018 0.495 0.002 0.014 0.051 0.001 0.001 0.008 0.191 0.178 0.022 0.019 59 I 0.001 0.037 0.415 0.002 0.020 0.028 0.001 0.001 0.004 0.245 0.221 0.003 0.024 60 P 0.001 0.029 0.700 0.001 0.018 0.008 0.001 0.001 0.002 0.157 0.068 0.007 0.010 61 A 0.001 0.015 0.160 0.001 0.086 0.036 0.001 0.001 0.001 0.179 0.517 0.001 0.005 62 S 0.001 0.006 0.101 0.001 0.056 0.028 0.001 0.001 0.001 0.162 0.643 0.001 0.002 63 G 0.001 0.004 0.153 0.001 0.040 0.041 0.001 0.001 0.001 0.416 0.339 0.002 0.003 64 R 0.001 0.034 0.380 0.003 0.014 0.062 0.001 0.001 0.001 0.289 0.194 0.002 0.020 65 H 0.007 0.026 0.378 0.006 0.009 0.081 0.001 0.001 0.002 0.291 0.049 0.118 0.034 66 P 0.021 0.020 0.408 0.021 0.025 0.119 0.003 0.001 0.001 0.078 0.051 0.017 0.236 67 L 0.055 0.016 0.200 0.021 0.092 0.275 0.006 0.001 0.003 0.057 0.102 0.111 0.061 68 H 0.141 0.014 0.105 0.005 0.074 0.263 0.013 0.001 0.006 0.067 0.071 0.086 0.154 69 Y 0.099 0.014 0.139 0.013 0.037 0.353 0.014 0.001 0.008 0.052 0.068 0.044 0.158 70 E 0.106 0.009 0.152 0.060 0.035 0.172 0.015 0.001 0.016 0.082 0.108 0.147 0.097 71 L 0.155 0.014 0.102 0.030 0.060 0.221 0.017 0.002 0.010 0.048 0.074 0.050 0.217 72 A 0.242 0.007 0.141 0.085 0.056 0.133 0.019 0.002 0.020 0.063 0.028 0.076 0.127 73 H 0.257 0.005 0.111 0.026 0.024 0.063 0.039 0.005 0.071 0.085 0.026 0.162 0.127 74 L 0.273 0.010 0.053 0.046 0.009 0.064 0.142 0.026 0.090 0.024 0.012 0.033 0.220 75 I 0.325 0.006 0.068 0.021 0.003 0.031 0.205 0.019 0.063 0.012 0.011 0.165 0.070 76 T 0.288 0.022 0.074 0.004 0.001 0.025 0.193 0.033 0.080 0.025 0.015 0.030 0.211 77 V 0.026 0.013 0.485 0.002 0.001 0.010 0.010 0.011 0.080 0.062 0.005 0.258 0.037 78 P 0.004 0.014 0.585 0.012 0.004 0.010 0.002 0.002 0.039 0.133 0.048 0.003 0.144 79 D 0.002 0.017 0.402 0.012 0.044 0.025 0.001 0.001 0.020 0.326 0.137 0.010 0.006 80 A 0.006 0.041 0.332 0.004 0.091 0.028 0.001 0.001 0.024 0.214 0.188 0.022 0.049 81 S 0.002 0.047 0.549 0.004 0.054 0.018 0.001 0.001 0.010 0.159 0.079 0.023 0.053 82 S 0.002 0.039 0.557 0.001 0.034 0.019 0.001 0.001 0.009 0.186 0.109 0.017 0.026 83 R 0.001 0.014 0.133 0.001 0.049 0.031 0.001 0.001 0.002 0.191 0.561 0.005 0.010 84 G 0.001 0.013 0.163 0.002 0.035 0.013 0.001 0.001 0.001 0.153 0.609 0.005 0.005 85 N 0.001 0.047 0.471 0.002 0.024 0.013 0.001 0.001 0.001 0.261 0.156 0.003 0.020 86 T 0.001 0.051 0.533 0.002 0.011 0.019 0.001 0.001 0.002 0.272 0.063 0.032 0.013 87 P 0.001 0.019 0.356 0.002 0.017 0.084 0.001 0.001 0.001 0.296 0.200 0.004 0.021 88 T 0.001 0.027 0.407 0.002 0.010 0.153 0.001 0.001 0.001 0.282 0.103 0.005 0.010 89 N 0.001 0.010 0.118 0.001 0.027 0.669 0.001 0.001 0.001 0.065 0.092 0.004 0.013 90 A 0.002 0.003 0.037 0.003 0.034 0.815 0.001 0.001 0.001 0.027 0.072 0.002 0.004 91 H 0.003 0.003 0.035 0.001 0.038 0.835 0.001 0.001 0.001 0.021 0.050 0.007 0.006 92 S 0.006 0.007 0.034 0.001 0.017 0.860 0.002 0.001 0.002 0.016 0.034 0.003 0.017 93 I 0.013 0.006 0.027 0.002 0.015 0.868 0.003 0.001 0.002 0.013 0.030 0.010 0.012 94 Y 0.015 0.003 0.023 0.004 0.027 0.868 0.003 0.001 0.002 0.009 0.022 0.004 0.019 95 K 0.015 0.001 0.021 0.007 0.034 0.858 0.002 0.001 0.003 0.010 0.027 0.012 0.009 96 E 0.008 0.004 0.018 0.003 0.035 0.813 0.003 0.001 0.003 0.017 0.065 0.006 0.026 97 L 0.008 0.008 0.049 0.011 0.034 0.761 0.004 0.001 0.003 0.036 0.051 0.010 0.025 98 K 0.009 0.006 0.110 0.007 0.042 0.573 0.004 0.001 0.005 0.075 0.076 0.057 0.035 99 P 0.007 0.010 0.195 0.008 0.049 0.405 0.003 0.001 0.005 0.066 0.175 0.007 0.071 100 I 0.006 0.023 0.350 0.006 0.034 0.186 0.002 0.001 0.010 0.173 0.141 0.036 0.033 101 N 0.002 0.021 0.415 0.002 0.028 0.055 0.001 0.001 0.007 0.315 0.099 0.020 0.037 102 Y 0.001 0.012 0.415 0.004 0.058 0.053 0.001 0.001 0.007 0.198 0.219 0.010 0.023 103 P 0.002 0.010 0.271 0.009 0.099 0.049 0.001 0.001 0.004 0.200 0.324 0.010 0.022 104 E 0.003 0.017 0.321 0.006 0.068 0.027 0.001 0.001 0.005 0.256 0.250 0.019 0.028 105 D 0.004 0.014 0.311 0.009 0.043 0.014 0.001 0.001 0.004 0.277 0.250 0.036 0.038 106 T 0.006 0.013 0.425 0.012 0.022 0.014 0.001 0.001 0.004 0.220 0.119 0.013 0.152 107 K 0.017 0.022 0.243 0.044 0.012 0.013 0.002 0.001 0.008 0.224 0.068 0.306 0.040 108 N 0.041 0.014 0.208 0.025 0.007 0.007 0.017 0.002 0.034 0.102 0.026 0.038 0.478 109 V 0.151 0.008 0.189 0.029 0.002 0.004 0.048 0.009 0.069 0.032 0.004 0.322 0.134 110 H 0.429 0.004 0.048 0.012 0.001 0.001 0.098 0.010 0.050 0.008 0.001 0.090 0.250 111 F 0.665 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.117 0.012 0.021 0.001 0.001 0.081 0.085 112 V 0.702 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.180 0.020 0.011 0.001 0.001 0.022 0.053 113 L 0.748 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.140 0.022 0.007 0.001 0.001 0.037 0.037 114 F 0.668 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.117 0.017 0.016 0.002 0.001 0.068 0.096 115 A 0.286 0.005 0.091 0.025 0.002 0.006 0.114 0.012 0.049 0.017 0.012 0.088 0.292 116 E 0.045 0.010 0.319 0.051 0.005 0.021 0.014 0.002 0.027 0.206 0.066 0.077 0.156 117 Y 0.004 0.016 0.584 0.008 0.013 0.025 0.001 0.001 0.007 0.215 0.044 0.042 0.040 118 P 0.001 0.008 0.236 0.004 0.120 0.105 0.001 0.001 0.002 0.172 0.333 0.003 0.016 119 D 0.005 0.010 0.137 0.001 0.115 0.152 0.001 0.001 0.006 0.199 0.347 0.013 0.012 120 V 0.012 0.024 0.141 0.001 0.105 0.473 0.004 0.004 0.015 0.083 0.101 0.005 0.033 121 L 0.010 0.005 0.052 0.002 0.021 0.805 0.002 0.001 0.006 0.037 0.047 0.005 0.007 122 S 0.005 0.001 0.018 0.001 0.017 0.917 0.001 0.001 0.002 0.012 0.020 0.003 0.004 123 H 0.003 0.002 0.012 0.001 0.012 0.942 0.001 0.001 0.002 0.009 0.012 0.001 0.005 124 V 0.003 0.001 0.003 0.001 0.031 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 125 A 0.011 0.001 0.004 0.002 0.029 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 126 A 0.005 0.001 0.004 0.001 0.029 0.920 0.002 0.001 0.002 0.002 0.028 0.003 0.003 127 I 0.004 0.001 0.004 0.001 0.015 0.939 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.003 128 A 0.003 0.001 0.007 0.001 0.023 0.903 0.001 0.001 0.001 0.005 0.051 0.004 0.002 129 R 0.003 0.002 0.018 0.001 0.020 0.743 0.002 0.001 0.001 0.017 0.188 0.001 0.006 130 T 0.002 0.012 0.070 0.004 0.023 0.661 0.003 0.001 0.002 0.042 0.168 0.002 0.012 131 F 0.001 0.011 0.270 0.003 0.036 0.257 0.001 0.001 0.006 0.317 0.042 0.047 0.010 132 C 0.001 0.008 0.260 0.019 0.208 0.168 0.001 0.001 0.005 0.107 0.184 0.002 0.036 133 K 0.002 0.020 0.090 0.006 0.318 0.142 0.002 0.001 0.015 0.083 0.300 0.013 0.009 134 F 0.013 0.068 0.141 0.005 0.147 0.115 0.008 0.005 0.057 0.105 0.270 0.022 0.045 135 S 0.010 0.028 0.432 0.007 0.052 0.062 0.007 0.002 0.056 0.194 0.089 0.018 0.043 136 M 0.007 0.013 0.272 0.007 0.048 0.058 0.002 0.002 0.050 0.335 0.154 0.030 0.024 137 K 0.003 0.042 0.271 0.005 0.071 0.058 0.001 0.002 0.032 0.230 0.233 0.009 0.043 138 T 0.004 0.037 0.385 0.011 0.065 0.034 0.001 0.001 0.011 0.205 0.208 0.017 0.020 139 S 0.004 0.030 0.430 0.008 0.042 0.033 0.001 0.001 0.006 0.222 0.188 0.011 0.024 140 G 0.003 0.013 0.290 0.007 0.063 0.042 0.001 0.001 0.002 0.302 0.240 0.014 0.023 141 I 0.003 0.013 0.286 0.004 0.076 0.061 0.001 0.001 0.002 0.284 0.231 0.013 0.025 142 R 0.006 0.025 0.367 0.004 0.074 0.104 0.001 0.001 0.002 0.219 0.131 0.028 0.038 143 E 0.008 0.025 0.404 0.006 0.077 0.116 0.003 0.001 0.003 0.136 0.102 0.042 0.079 144 L 0.006 0.021 0.337 0.020 0.080 0.132 0.002 0.001 0.003 0.182 0.106 0.036 0.075 145 N 0.004 0.025 0.452 0.013 0.047 0.057 0.002 0.001 0.004 0.178 0.091 0.058 0.069 146 V 0.002 0.017 0.566 0.015 0.031 0.030 0.001 0.001 0.009 0.135 0.095 0.031 0.067 147 N 0.004 0.022 0.630 0.023 0.018 0.010 0.002 0.001 0.014 0.093 0.077 0.037 0.070 148 I 0.025 0.026 0.431 0.024 0.011 0.004 0.005 0.003 0.068 0.110 0.058 0.124 0.111 149 D 0.065 0.006 0.249 0.076 0.007 0.003 0.022 0.010 0.119 0.120 0.050 0.080 0.193 150 V 0.212 0.005 0.070 0.007 0.001 0.001 0.135 0.049 0.221 0.011 0.003 0.149 0.137 151 V 0.208 0.004 0.024 0.008 0.001 0.001 0.225 0.092 0.187 0.002 0.001 0.073 0.174 152 C 0.168 0.003 0.027 0.031 0.001 0.002 0.257 0.137 0.171 0.003 0.001 0.120 0.080 153 D 0.171 0.004 0.056 0.021 0.001 0.002 0.214 0.108 0.156 0.007 0.002 0.103 0.156 154 K 0.121 0.007 0.156 0.024 0.002 0.003 0.151 0.040 0.158 0.027 0.005 0.100 0.207 155 L 0.064 0.017 0.263 0.013 0.005 0.004 0.067 0.019 0.155 0.079 0.022 0.118 0.173 156 T 0.028 0.037 0.312 0.019 0.012 0.005 0.014 0.005 0.074 0.179 0.084 0.054 0.179 157 N 0.004 0.018 0.456 0.011 0.017 0.004 0.001 0.001 0.018 0.280 0.109 0.030 0.049 158 E 0.001 0.013 0.226 0.008 0.042 0.009 0.001 0.001 0.003 0.314 0.348 0.015 0.020 159 D 0.001 0.016 0.234 0.007 0.050 0.012 0.001 0.001 0.002 0.297 0.361 0.005 0.016 160 A 0.002 0.027 0.473 0.003 0.029 0.020 0.001 0.001 0.004 0.301 0.105 0.011 0.024 161 V 0.003 0.029 0.560 0.004 0.012 0.041 0.001 0.001 0.007 0.241 0.052 0.020 0.030 162 F 0.007 0.028 0.355 0.005 0.030 0.195 0.003 0.001 0.005 0.167 0.106 0.017 0.082 163 L 0.011 0.013 0.219 0.008 0.037 0.449 0.002 0.001 0.004 0.101 0.083 0.030 0.041 164 T 0.012 0.014 0.131 0.003 0.030 0.638 0.002 0.001 0.005 0.061 0.039 0.024 0.038 165 D 0.011 0.007 0.095 0.002 0.019 0.733 0.002 0.001 0.006 0.028 0.031 0.010 0.056 166 L 0.011 0.009 0.096 0.004 0.010 0.748 0.001 0.001 0.005 0.039 0.031 0.024 0.019 167 S 0.005 0.005 0.043 0.002 0.009 0.865 0.001 0.001 0.002 0.022 0.015 0.003 0.028 168 E 0.005 0.001 0.013 0.001 0.012 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.006 0.003 169 S 0.007 0.001 0.012 0.001 0.013 0.932 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.002 0.007 170 V 0.003 0.001 0.007 0.001 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.004 171 R 0.003 0.001 0.010 0.001 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.003 172 E 0.004 0.001 0.012 0.001 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.005 0.003 173 T 0.003 0.001 0.029 0.001 0.009 0.871 0.001 0.001 0.001 0.019 0.060 0.001 0.006 174 A 0.006 0.007 0.090 0.001 0.047 0.674 0.001 0.001 0.002 0.045 0.111 0.004 0.011 175 R 0.012 0.009 0.189 0.001 0.077 0.377 0.003 0.001 0.006 0.065 0.213 0.036 0.012 176 L 0.006 0.024 0.410 0.001 0.049 0.166 0.003 0.001 0.012 0.033 0.216 0.006 0.075 177 I 0.001 0.005 0.910 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 0.002 0.008