# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.54067 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.052 0.045 0.094 0.091 0.105 0.132 0.112 0.120 0.099 0.084 2 T 0.045 0.053 0.047 0.101 0.090 0.117 0.180 0.133 0.112 0.079 0.043 3 Q 0.025 0.055 0.080 0.217 0.211 0.178 0.129 0.056 0.029 0.014 0.006 4 V 0.011 0.009 0.022 0.016 0.016 0.026 0.086 0.132 0.234 0.247 0.202 5 L 0.008 0.031 0.054 0.222 0.266 0.166 0.126 0.061 0.035 0.019 0.011 6 V 0.003 0.008 0.012 0.014 0.015 0.019 0.065 0.108 0.215 0.263 0.278 7 R 0.020 0.044 0.089 0.220 0.234 0.185 0.127 0.046 0.023 0.009 0.004 8 N 0.201 0.158 0.132 0.173 0.121 0.086 0.074 0.027 0.016 0.008 0.003 9 G 0.172 0.188 0.111 0.184 0.119 0.077 0.071 0.031 0.022 0.015 0.009 10 I 0.056 0.042 0.037 0.059 0.065 0.079 0.164 0.127 0.148 0.124 0.098 11 Q 0.160 0.215 0.141 0.204 0.122 0.070 0.051 0.018 0.010 0.005 0.003 12 A 0.178 0.198 0.137 0.172 0.107 0.076 0.061 0.029 0.021 0.012 0.009 13 V 0.088 0.045 0.024 0.073 0.080 0.107 0.146 0.111 0.110 0.103 0.113 14 G 0.365 0.192 0.049 0.092 0.069 0.060 0.062 0.036 0.033 0.023 0.019 15 D 0.566 0.176 0.070 0.092 0.039 0.025 0.017 0.006 0.004 0.003 0.002 16 G 0.459 0.169 0.055 0.130 0.071 0.048 0.039 0.013 0.008 0.005 0.003 17 L 0.041 0.067 0.050 0.153 0.148 0.123 0.138 0.085 0.083 0.061 0.050 18 T 0.009 0.033 0.038 0.122 0.168 0.164 0.213 0.118 0.076 0.039 0.020 19 S 0.004 0.015 0.026 0.089 0.143 0.203 0.245 0.140 0.079 0.038 0.018 20 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 0.032 0.123 0.210 0.221 0.226 0.165 21 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.020 0.037 0.116 0.198 0.235 0.221 0.158 22 I 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.015 0.078 0.141 0.252 0.269 0.227 23 V 0.002 0.004 0.008 0.020 0.021 0.028 0.103 0.156 0.236 0.243 0.180 24 G 0.012 0.025 0.015 0.074 0.097 0.110 0.206 0.171 0.151 0.093 0.046 25 K 0.035 0.124 0.077 0.257 0.197 0.122 0.101 0.045 0.025 0.011 0.005 26 K 0.079 0.080 0.065 0.187 0.208 0.143 0.131 0.057 0.033 0.012 0.006 27 S 0.326 0.171 0.093 0.179 0.102 0.064 0.038 0.014 0.008 0.003 0.002 28 V 0.057 0.089 0.054 0.176 0.175 0.156 0.153 0.068 0.042 0.022 0.009 29 L 0.007 0.007 0.012 0.021 0.030 0.053 0.132 0.167 0.226 0.197 0.148 30 K 0.054 0.125 0.230 0.266 0.165 0.084 0.051 0.015 0.006 0.003 0.001 31 N 0.152 0.182 0.178 0.266 0.127 0.053 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 32 V 0.008 0.007 0.008 0.014 0.025 0.048 0.148 0.165 0.220 0.202 0.155 33 T 0.219 0.411 0.170 0.149 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 F 0.023 0.028 0.022 0.039 0.052 0.073 0.172 0.153 0.184 0.150 0.104 35 E 0.281 0.294 0.148 0.170 0.067 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 36 G 0.590 0.167 0.080 0.083 0.039 0.021 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 37 K 0.080 0.096 0.079 0.140 0.125 0.149 0.157 0.076 0.051 0.031 0.017 38 F 0.051 0.061 0.084 0.133 0.149 0.163 0.184 0.090 0.053 0.023 0.009 39 K 0.170 0.153 0.351 0.191 0.077 0.032 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 40 E 0.119 0.162 0.287 0.196 0.117 0.066 0.037 0.010 0.004 0.002 0.001 41 V 0.015 0.012 0.022 0.027 0.041 0.081 0.194 0.170 0.178 0.157 0.103 42 A 0.074 0.132 0.178 0.205 0.170 0.118 0.081 0.024 0.012 0.005 0.002 43 Q 0.217 0.156 0.311 0.164 0.076 0.039 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 44 K 0.089 0.130 0.102 0.162 0.172 0.128 0.117 0.049 0.025 0.016 0.011 45 F 0.019 0.023 0.028 0.043 0.058 0.085 0.176 0.144 0.148 0.147 0.130 46 V 0.052 0.095 0.107 0.182 0.176 0.135 0.133 0.055 0.032 0.020 0.011 47 T 0.204 0.152 0.234 0.185 0.095 0.056 0.037 0.016 0.010 0.007 0.004 48 D 0.254 0.172 0.104 0.139 0.093 0.070 0.071 0.034 0.028 0.022 0.013 49 G 0.323 0.162 0.079 0.112 0.071 0.058 0.068 0.038 0.039 0.030 0.022 50 D 0.272 0.140 0.085 0.126 0.092 0.082 0.078 0.042 0.039 0.026 0.017 51 S 0.139 0.175 0.120 0.183 0.114 0.086 0.071 0.039 0.034 0.021 0.018 52 W 0.147 0.071 0.068 0.124 0.105 0.115 0.122 0.084 0.079 0.053 0.031 53 N 0.121 0.071 0.080 0.140 0.124 0.114 0.127 0.082 0.071 0.045 0.025 54 S 0.059 0.062 0.109 0.099 0.077 0.082 0.108 0.103 0.127 0.099 0.075 55 M 0.043 0.035 0.033 0.068 0.075 0.100 0.144 0.134 0.150 0.124 0.094 56 I 0.055 0.059 0.054 0.086 0.089 0.103 0.150 0.124 0.122 0.091 0.068 57 S 0.080 0.050 0.045 0.066 0.075 0.081 0.135 0.124 0.139 0.112 0.093 58 R 0.192 0.146 0.067 0.166 0.132 0.095 0.087 0.045 0.036 0.022 0.012 59 I 0.038 0.031 0.015 0.039 0.046 0.063 0.114 0.127 0.174 0.180 0.175 60 P 0.266 0.206 0.069 0.145 0.096 0.066 0.061 0.036 0.027 0.017 0.012 61 A 0.104 0.048 0.020 0.063 0.082 0.114 0.176 0.130 0.113 0.083 0.066 62 S 0.167 0.139 0.051 0.107 0.082 0.072 0.099 0.080 0.079 0.064 0.060 63 G 0.272 0.124 0.046 0.129 0.121 0.098 0.086 0.047 0.034 0.024 0.019 64 R 0.135 0.206 0.073 0.184 0.139 0.093 0.083 0.039 0.024 0.015 0.009 65 H 0.016 0.017 0.007 0.047 0.078 0.113 0.220 0.165 0.150 0.118 0.067 66 P 0.075 0.086 0.051 0.173 0.172 0.148 0.129 0.064 0.048 0.030 0.025 67 L 0.009 0.014 0.009 0.040 0.053 0.074 0.174 0.177 0.187 0.156 0.105 68 H 0.007 0.014 0.013 0.059 0.071 0.101 0.185 0.172 0.165 0.126 0.087 69 Y 0.008 0.011 0.015 0.038 0.054 0.071 0.161 0.154 0.201 0.164 0.122 70 E 0.027 0.044 0.087 0.240 0.192 0.139 0.138 0.066 0.039 0.018 0.009 71 L 0.006 0.014 0.028 0.057 0.061 0.084 0.175 0.166 0.188 0.146 0.073 72 A 0.011 0.006 0.023 0.026 0.024 0.034 0.115 0.170 0.226 0.211 0.153 73 H 0.014 0.032 0.117 0.184 0.175 0.191 0.169 0.065 0.033 0.014 0.007 74 L 0.005 0.014 0.072 0.032 0.025 0.033 0.108 0.156 0.213 0.202 0.139 75 I 0.009 0.011 0.017 0.035 0.040 0.062 0.138 0.168 0.202 0.178 0.141 76 T 0.023 0.034 0.044 0.044 0.044 0.062 0.154 0.139 0.175 0.155 0.127 77 V 0.012 0.024 0.033 0.065 0.068 0.067 0.118 0.152 0.192 0.155 0.115 78 P 0.102 0.108 0.068 0.122 0.126 0.123 0.148 0.085 0.062 0.035 0.022 79 D 0.274 0.125 0.070 0.145 0.124 0.093 0.083 0.038 0.025 0.014 0.009 80 A 0.229 0.168 0.080 0.159 0.117 0.089 0.069 0.035 0.026 0.017 0.011 81 S 0.070 0.038 0.018 0.045 0.045 0.052 0.099 0.109 0.160 0.168 0.196 82 S 0.084 0.070 0.037 0.079 0.083 0.101 0.147 0.117 0.113 0.084 0.084 83 R 0.141 0.112 0.053 0.116 0.112 0.104 0.125 0.083 0.069 0.049 0.036 84 G 0.410 0.103 0.044 0.102 0.080 0.070 0.068 0.039 0.034 0.027 0.023 85 N 0.060 0.051 0.022 0.073 0.086 0.084 0.122 0.111 0.135 0.133 0.124 86 T 0.079 0.169 0.069 0.103 0.070 0.060 0.085 0.080 0.098 0.096 0.092 87 P 0.154 0.091 0.046 0.128 0.133 0.145 0.124 0.067 0.051 0.034 0.027 88 T 0.273 0.128 0.071 0.106 0.100 0.092 0.106 0.053 0.036 0.022 0.013 89 N 0.093 0.130 0.081 0.231 0.165 0.109 0.091 0.043 0.029 0.017 0.011 90 A 0.033 0.018 0.023 0.026 0.022 0.030 0.075 0.095 0.173 0.234 0.271 91 H 0.026 0.033 0.068 0.155 0.150 0.172 0.183 0.090 0.065 0.038 0.021 92 S 0.021 0.048 0.122 0.153 0.132 0.130 0.169 0.094 0.063 0.042 0.026 93 I 0.005 0.008 0.025 0.034 0.036 0.044 0.106 0.123 0.177 0.218 0.226 94 Y 0.009 0.021 0.047 0.088 0.115 0.124 0.212 0.146 0.129 0.071 0.037 95 K 0.055 0.061 0.191 0.193 0.146 0.117 0.106 0.059 0.039 0.022 0.010 96 E 0.043 0.071 0.100 0.173 0.186 0.163 0.156 0.057 0.031 0.015 0.006 97 L 0.006 0.008 0.016 0.016 0.016 0.024 0.080 0.125 0.220 0.255 0.233 98 K 0.082 0.127 0.101 0.176 0.162 0.124 0.115 0.053 0.032 0.018 0.011 99 P 0.105 0.122 0.100 0.132 0.105 0.099 0.138 0.085 0.061 0.038 0.016 100 I 0.059 0.056 0.036 0.092 0.098 0.099 0.169 0.133 0.113 0.090 0.055 101 N 0.191 0.162 0.059 0.150 0.120 0.082 0.092 0.051 0.043 0.030 0.020 102 Y 0.075 0.078 0.034 0.120 0.117 0.115 0.155 0.108 0.091 0.067 0.040 103 P 0.254 0.127 0.053 0.131 0.099 0.084 0.093 0.057 0.050 0.034 0.019 104 E 0.541 0.186 0.041 0.104 0.051 0.031 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 105 D 0.430 0.178 0.048 0.117 0.063 0.050 0.045 0.026 0.020 0.012 0.009 106 T 0.231 0.107 0.039 0.090 0.065 0.085 0.109 0.073 0.074 0.064 0.062 107 K 0.298 0.282 0.122 0.181 0.065 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 108 N 0.070 0.073 0.069 0.152 0.135 0.105 0.131 0.096 0.084 0.055 0.029 109 V 0.010 0.047 0.056 0.189 0.232 0.165 0.155 0.078 0.040 0.018 0.009 110 H 0.001 0.002 0.004 0.031 0.098 0.172 0.295 0.215 0.112 0.052 0.019 111 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.110 0.229 0.251 0.221 0.158 112 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.072 0.172 0.243 0.264 0.233 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.091 0.222 0.345 0.311 114 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.060 0.128 0.244 0.286 0.261 115 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.020 0.083 0.158 0.248 0.260 0.210 116 E 0.002 0.007 0.004 0.046 0.090 0.113 0.230 0.213 0.154 0.092 0.047 117 Y 0.010 0.033 0.014 0.121 0.221 0.203 0.204 0.107 0.059 0.022 0.008 118 P 0.141 0.090 0.042 0.193 0.197 0.141 0.101 0.050 0.028 0.012 0.005 119 D 0.096 0.088 0.037 0.183 0.182 0.179 0.139 0.053 0.027 0.012 0.005 120 V 0.006 0.009 0.007 0.022 0.027 0.041 0.152 0.202 0.238 0.192 0.105 121 L 0.004 0.005 0.006 0.020 0.031 0.056 0.148 0.177 0.219 0.193 0.140 122 S 0.007 0.009 0.037 0.039 0.055 0.084 0.197 0.157 0.176 0.139 0.100 123 H 0.006 0.008 0.031 0.050 0.063 0.100 0.249 0.187 0.150 0.103 0.053 124 V 0.004 0.006 0.021 0.018 0.016 0.025 0.115 0.172 0.243 0.243 0.138 125 A 0.009 0.008 0.056 0.035 0.031 0.043 0.116 0.132 0.183 0.204 0.184 126 A 0.007 0.007 0.125 0.032 0.030 0.042 0.143 0.134 0.165 0.164 0.152 127 I 0.002 0.006 0.096 0.029 0.020 0.025 0.091 0.124 0.200 0.223 0.187 128 A 0.004 0.007 0.053 0.024 0.020 0.029 0.105 0.128 0.216 0.232 0.183 129 R 0.016 0.017 0.098 0.059 0.072 0.110 0.222 0.134 0.122 0.089 0.062 130 T 0.012 0.019 0.099 0.042 0.042 0.056 0.156 0.133 0.177 0.147 0.117 131 F 0.013 0.021 0.046 0.050 0.040 0.046 0.112 0.126 0.194 0.196 0.157 132 C 0.046 0.050 0.053 0.075 0.081 0.116 0.186 0.120 0.119 0.091 0.063 133 K 0.081 0.073 0.119 0.111 0.115 0.120 0.163 0.092 0.071 0.037 0.018 134 F 0.043 0.034 0.045 0.073 0.075 0.089 0.168 0.145 0.150 0.113 0.065 135 S 0.080 0.095 0.082 0.137 0.101 0.090 0.127 0.091 0.090 0.066 0.042 136 M 0.154 0.100 0.075 0.138 0.117 0.112 0.124 0.079 0.057 0.031 0.013 137 K 0.138 0.122 0.079 0.145 0.127 0.115 0.114 0.071 0.046 0.029 0.014 138 T 0.124 0.150 0.074 0.123 0.088 0.074 0.102 0.081 0.080 0.063 0.041 139 S 0.310 0.146 0.075 0.105 0.091 0.069 0.078 0.047 0.039 0.025 0.014 140 G 0.301 0.204 0.094 0.137 0.086 0.055 0.055 0.028 0.019 0.012 0.007 141 I 0.196 0.159 0.130 0.167 0.110 0.077 0.067 0.037 0.029 0.019 0.010 142 R 0.132 0.086 0.100 0.152 0.140 0.124 0.128 0.062 0.042 0.021 0.011 143 E 0.256 0.178 0.211 0.172 0.082 0.046 0.031 0.012 0.007 0.003 0.002 144 L 0.069 0.063 0.093 0.100 0.106 0.130 0.179 0.105 0.075 0.051 0.028 145 N 0.236 0.195 0.166 0.150 0.091 0.058 0.049 0.023 0.016 0.009 0.006 146 V 0.175 0.113 0.143 0.140 0.109 0.088 0.100 0.053 0.036 0.026 0.017 147 N 0.270 0.210 0.139 0.170 0.097 0.050 0.035 0.013 0.008 0.005 0.003 148 I 0.046 0.044 0.045 0.080 0.088 0.113 0.187 0.132 0.125 0.089 0.050 149 D 0.158 0.203 0.132 0.227 0.130 0.070 0.045 0.016 0.010 0.005 0.003 150 V 0.053 0.053 0.071 0.097 0.097 0.111 0.156 0.116 0.113 0.081 0.052 151 V 0.051 0.082 0.081 0.165 0.146 0.131 0.146 0.080 0.061 0.035 0.022 152 C 0.019 0.027 0.034 0.071 0.087 0.104 0.194 0.156 0.146 0.098 0.064 153 D 0.099 0.099 0.146 0.232 0.158 0.109 0.080 0.036 0.023 0.012 0.006 154 K 0.058 0.106 0.120 0.205 0.178 0.131 0.109 0.045 0.028 0.013 0.006 155 L 0.012 0.014 0.018 0.030 0.039 0.054 0.121 0.144 0.202 0.203 0.164 156 T 0.074 0.175 0.110 0.187 0.151 0.103 0.100 0.045 0.029 0.016 0.009 157 N 0.351 0.179 0.114 0.138 0.086 0.052 0.042 0.018 0.011 0.005 0.002 158 E 0.384 0.161 0.074 0.126 0.090 0.065 0.050 0.022 0.013 0.009 0.006 159 D 0.155 0.175 0.066 0.146 0.107 0.086 0.102 0.059 0.050 0.034 0.020 160 A 0.199 0.094 0.051 0.122 0.120 0.118 0.119 0.067 0.055 0.034 0.020 161 V 0.345 0.207 0.113 0.111 0.066 0.050 0.051 0.024 0.017 0.010 0.006 162 F 0.037 0.056 0.043 0.111 0.126 0.139 0.172 0.114 0.094 0.068 0.042 163 L 0.040 0.041 0.036 0.065 0.071 0.085 0.145 0.132 0.151 0.133 0.101 164 T 0.153 0.137 0.201 0.241 0.130 0.066 0.044 0.015 0.008 0.003 0.001 165 D 0.285 0.172 0.231 0.152 0.077 0.041 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 166 L 0.051 0.093 0.087 0.108 0.088 0.132 0.175 0.098 0.075 0.057 0.035 167 S 0.034 0.064 0.096 0.095 0.112 0.155 0.239 0.095 0.061 0.031 0.016 168 E 0.528 0.117 0.253 0.072 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 169 S 0.046 0.096 0.194 0.322 0.194 0.096 0.040 0.008 0.003 0.001 0.001 170 V 0.003 0.005 0.029 0.011 0.013 0.033 0.140 0.169 0.242 0.208 0.145 171 R 0.005 0.009 0.143 0.220 0.258 0.216 0.114 0.024 0.008 0.002 0.001 172 E 0.010 0.029 0.834 0.077 0.029 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 173 T 0.002 0.011 0.090 0.106 0.126 0.180 0.254 0.118 0.065 0.035 0.013 174 A 0.004 0.003 0.045 0.007 0.009 0.018 0.139 0.173 0.243 0.219 0.141 175 R 0.008 0.021 0.493 0.263 0.136 0.052 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 176 L 0.006 0.039 0.414 0.132 0.143 0.118 0.089 0.030 0.017 0.009 0.003 177 I 0.015 0.019 0.040 0.040 0.052 0.070 0.157 0.148 0.189 0.159 0.111