# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.010 0.656 0.005 0.011 0.079 0.008 0.001 0.024 0.041 0.015 0.028 0.110 2 T 0.051 0.007 0.415 0.048 0.013 0.123 0.021 0.008 0.067 0.035 0.008 0.090 0.114 3 Q 0.164 0.002 0.066 0.043 0.011 0.165 0.066 0.047 0.095 0.039 0.003 0.136 0.163 4 V 0.204 0.001 0.031 0.013 0.006 0.208 0.123 0.109 0.096 0.005 0.003 0.082 0.119 5 L 0.217 0.002 0.015 0.004 0.002 0.168 0.123 0.256 0.092 0.002 0.003 0.072 0.043 6 V 0.229 0.002 0.055 0.013 0.003 0.208 0.091 0.165 0.103 0.008 0.009 0.032 0.083 7 R 0.166 0.003 0.096 0.012 0.008 0.309 0.044 0.045 0.085 0.028 0.044 0.116 0.045 8 N 0.017 0.005 0.099 0.016 0.016 0.327 0.004 0.004 0.013 0.101 0.358 0.012 0.029 9 G 0.012 0.005 0.158 0.008 0.022 0.187 0.002 0.001 0.013 0.075 0.471 0.027 0.019 10 I 0.031 0.038 0.300 0.006 0.035 0.179 0.011 0.008 0.054 0.067 0.041 0.035 0.195 11 Q 0.041 0.015 0.143 0.032 0.055 0.196 0.016 0.011 0.078 0.102 0.049 0.200 0.061 12 A 0.036 0.026 0.131 0.007 0.061 0.223 0.024 0.023 0.100 0.047 0.075 0.038 0.209 13 V 0.012 0.029 0.148 0.020 0.045 0.260 0.010 0.015 0.029 0.100 0.259 0.030 0.044 14 G 0.003 0.010 0.252 0.015 0.027 0.096 0.002 0.002 0.011 0.265 0.275 0.018 0.025 15 D 0.003 0.009 0.210 0.013 0.041 0.117 0.001 0.001 0.004 0.274 0.292 0.011 0.025 16 G 0.007 0.019 0.288 0.014 0.051 0.046 0.003 0.001 0.009 0.216 0.302 0.019 0.027 17 L 0.021 0.019 0.450 0.012 0.045 0.026 0.010 0.005 0.048 0.154 0.073 0.033 0.104 18 T 0.035 0.004 0.368 0.165 0.033 0.015 0.010 0.005 0.039 0.203 0.028 0.040 0.054 19 S 0.158 0.003 0.081 0.030 0.023 0.020 0.083 0.086 0.187 0.085 0.010 0.114 0.120 20 L 0.240 0.002 0.019 0.015 0.005 0.018 0.160 0.294 0.115 0.007 0.003 0.030 0.094 21 I 0.322 0.002 0.010 0.003 0.001 0.013 0.174 0.320 0.078 0.001 0.001 0.049 0.026 22 I 0.275 0.004 0.034 0.007 0.001 0.015 0.195 0.177 0.152 0.002 0.002 0.041 0.094 23 V 0.110 0.008 0.189 0.068 0.004 0.030 0.059 0.072 0.145 0.045 0.076 0.102 0.094 24 G 0.033 0.004 0.332 0.029 0.005 0.008 0.006 0.003 0.037 0.225 0.199 0.042 0.077 25 K 0.019 0.015 0.372 0.005 0.016 0.041 0.003 0.001 0.034 0.246 0.078 0.054 0.115 26 K 0.024 0.015 0.179 0.012 0.105 0.247 0.005 0.003 0.015 0.131 0.123 0.068 0.074 27 S 0.052 0.013 0.132 0.010 0.111 0.279 0.015 0.008 0.024 0.059 0.080 0.097 0.120 28 V 0.099 0.023 0.103 0.048 0.116 0.263 0.023 0.007 0.013 0.048 0.088 0.040 0.130 29 L 0.082 0.018 0.116 0.033 0.098 0.313 0.018 0.007 0.017 0.039 0.077 0.057 0.125 30 K 0.044 0.005 0.094 0.101 0.098 0.278 0.004 0.002 0.006 0.088 0.151 0.074 0.054 31 N 0.070 0.004 0.136 0.061 0.063 0.192 0.008 0.003 0.008 0.097 0.177 0.024 0.159 32 V 0.146 0.014 0.248 0.017 0.015 0.095 0.027 0.006 0.018 0.056 0.035 0.200 0.124 33 T 0.101 0.043 0.253 0.007 0.011 0.098 0.025 0.012 0.041 0.042 0.046 0.087 0.235 34 F 0.092 0.017 0.218 0.012 0.020 0.148 0.024 0.009 0.032 0.091 0.075 0.160 0.102 35 E 0.027 0.007 0.230 0.017 0.033 0.182 0.007 0.005 0.019 0.130 0.233 0.032 0.077 36 G 0.014 0.003 0.215 0.004 0.019 0.166 0.003 0.002 0.009 0.299 0.204 0.033 0.029 37 K 0.016 0.027 0.328 0.001 0.015 0.310 0.003 0.001 0.013 0.099 0.073 0.052 0.061 38 F 0.028 0.013 0.118 0.002 0.018 0.610 0.004 0.002 0.010 0.030 0.035 0.016 0.113 39 K 0.013 0.001 0.031 0.014 0.016 0.865 0.002 0.001 0.001 0.014 0.017 0.020 0.005 40 E 0.043 0.003 0.036 0.003 0.022 0.748 0.009 0.002 0.008 0.015 0.018 0.024 0.068 41 V 0.042 0.005 0.041 0.011 0.025 0.752 0.011 0.002 0.008 0.010 0.023 0.026 0.045 42 A 0.032 0.007 0.057 0.019 0.028 0.729 0.005 0.003 0.012 0.013 0.025 0.022 0.048 43 Q 0.033 0.004 0.039 0.033 0.083 0.633 0.006 0.003 0.010 0.027 0.043 0.035 0.052 44 K 0.012 0.002 0.043 0.009 0.066 0.665 0.004 0.002 0.009 0.042 0.088 0.026 0.032 45 F 0.027 0.012 0.072 0.001 0.055 0.577 0.007 0.007 0.018 0.039 0.115 0.018 0.052 46 V 0.020 0.043 0.261 0.005 0.013 0.235 0.010 0.014 0.051 0.130 0.091 0.054 0.073 47 T 0.011 0.033 0.421 0.009 0.008 0.077 0.004 0.005 0.024 0.183 0.122 0.047 0.057 48 D 0.001 0.013 0.490 0.004 0.009 0.035 0.001 0.001 0.007 0.287 0.123 0.011 0.018 49 G 0.001 0.004 0.187 0.001 0.035 0.056 0.001 0.001 0.001 0.338 0.369 0.002 0.005 50 D 0.001 0.017 0.215 0.002 0.054 0.079 0.001 0.001 0.003 0.347 0.262 0.010 0.008 51 S 0.004 0.040 0.231 0.004 0.094 0.194 0.001 0.001 0.007 0.209 0.162 0.011 0.041 52 W 0.009 0.025 0.160 0.007 0.113 0.398 0.002 0.002 0.008 0.085 0.143 0.017 0.031 53 N 0.018 0.013 0.124 0.014 0.144 0.407 0.003 0.001 0.005 0.090 0.129 0.022 0.030 54 S 0.040 0.019 0.119 0.009 0.137 0.361 0.005 0.001 0.011 0.075 0.124 0.027 0.072 55 M 0.117 0.024 0.113 0.008 0.113 0.291 0.011 0.002 0.010 0.045 0.090 0.088 0.088 56 I 0.155 0.019 0.119 0.010 0.109 0.180 0.010 0.002 0.009 0.036 0.088 0.050 0.212 57 S 0.101 0.012 0.133 0.020 0.085 0.160 0.009 0.002 0.010 0.062 0.166 0.167 0.074 58 R 0.084 0.025 0.150 0.008 0.062 0.118 0.009 0.001 0.009 0.144 0.175 0.027 0.188 59 I 0.010 0.044 0.425 0.005 0.011 0.035 0.001 0.001 0.008 0.273 0.028 0.109 0.051 60 P 0.001 0.024 0.761 0.003 0.021 0.016 0.001 0.001 0.002 0.049 0.067 0.005 0.050 61 A 0.002 0.014 0.186 0.004 0.137 0.038 0.001 0.001 0.002 0.116 0.479 0.006 0.017 62 S 0.001 0.007 0.152 0.003 0.127 0.024 0.001 0.001 0.002 0.136 0.530 0.009 0.009 63 G 0.001 0.008 0.308 0.001 0.050 0.016 0.001 0.001 0.002 0.383 0.209 0.012 0.011 64 R 0.001 0.038 0.448 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 0.004 0.358 0.085 0.004 0.031 65 H 0.001 0.029 0.482 0.001 0.007 0.051 0.001 0.001 0.004 0.350 0.033 0.032 0.010 66 P 0.001 0.017 0.371 0.002 0.029 0.350 0.001 0.001 0.004 0.076 0.119 0.002 0.029 67 L 0.011 0.020 0.155 0.006 0.049 0.532 0.003 0.001 0.008 0.054 0.116 0.030 0.016 68 H 0.034 0.011 0.104 0.005 0.037 0.598 0.006 0.003 0.011 0.054 0.053 0.015 0.067 69 Y 0.049 0.004 0.063 0.003 0.028 0.684 0.009 0.004 0.014 0.028 0.035 0.051 0.027 70 E 0.080 0.009 0.058 0.006 0.022 0.605 0.019 0.004 0.012 0.028 0.044 0.034 0.079 71 L 0.078 0.006 0.075 0.016 0.035 0.580 0.016 0.003 0.014 0.025 0.052 0.037 0.063 72 A 0.074 0.007 0.081 0.023 0.055 0.524 0.011 0.002 0.013 0.034 0.063 0.048 0.065 73 H 0.054 0.004 0.069 0.015 0.069 0.515 0.011 0.002 0.012 0.063 0.077 0.052 0.056 74 L 0.114 0.006 0.052 0.006 0.062 0.462 0.025 0.007 0.022 0.024 0.087 0.023 0.110 75 I 0.137 0.012 0.104 0.007 0.021 0.246 0.033 0.017 0.034 0.061 0.110 0.155 0.062 76 T 0.082 0.031 0.246 0.005 0.013 0.116 0.030 0.019 0.051 0.072 0.099 0.027 0.209 77 V 0.007 0.014 0.516 0.009 0.005 0.022 0.003 0.002 0.036 0.214 0.020 0.123 0.028 78 P 0.001 0.018 0.535 0.007 0.014 0.026 0.001 0.001 0.012 0.225 0.101 0.006 0.054 79 D 0.001 0.029 0.361 0.010 0.081 0.049 0.001 0.001 0.008 0.217 0.215 0.012 0.017 80 A 0.001 0.018 0.189 0.005 0.256 0.096 0.001 0.001 0.004 0.135 0.282 0.005 0.009 81 S 0.001 0.018 0.210 0.003 0.238 0.074 0.001 0.001 0.004 0.150 0.281 0.008 0.011 82 S 0.004 0.034 0.293 0.005 0.143 0.071 0.001 0.002 0.006 0.178 0.228 0.008 0.026 83 R 0.004 0.047 0.321 0.004 0.040 0.042 0.002 0.001 0.009 0.279 0.189 0.035 0.026 84 G 0.002 0.030 0.328 0.006 0.017 0.020 0.001 0.001 0.005 0.331 0.219 0.014 0.028 85 N 0.002 0.050 0.456 0.005 0.010 0.011 0.001 0.001 0.004 0.322 0.108 0.009 0.022 86 T 0.001 0.028 0.574 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 0.004 0.317 0.028 0.022 0.008 87 P 0.001 0.024 0.580 0.002 0.017 0.025 0.001 0.001 0.005 0.166 0.151 0.001 0.028 88 T 0.002 0.053 0.369 0.001 0.028 0.106 0.001 0.002 0.005 0.191 0.209 0.023 0.009 89 N 0.001 0.027 0.363 0.001 0.040 0.187 0.001 0.001 0.003 0.217 0.137 0.008 0.014 90 A 0.002 0.010 0.172 0.001 0.047 0.462 0.001 0.001 0.004 0.091 0.193 0.004 0.013 91 H 0.005 0.004 0.078 0.003 0.043 0.613 0.001 0.001 0.001 0.126 0.111 0.008 0.007 92 S 0.015 0.008 0.059 0.001 0.047 0.737 0.002 0.001 0.003 0.027 0.068 0.010 0.022 93 I 0.032 0.015 0.045 0.001 0.031 0.730 0.007 0.001 0.004 0.022 0.062 0.023 0.027 94 Y 0.036 0.007 0.066 0.005 0.047 0.711 0.003 0.001 0.002 0.025 0.052 0.014 0.033 95 K 0.027 0.006 0.047 0.005 0.109 0.637 0.003 0.001 0.003 0.023 0.077 0.031 0.031 96 E 0.012 0.008 0.065 0.006 0.090 0.540 0.003 0.001 0.003 0.043 0.181 0.014 0.035 97 L 0.014 0.013 0.207 0.008 0.075 0.315 0.002 0.001 0.005 0.095 0.201 0.007 0.056 98 K 0.004 0.014 0.494 0.006 0.032 0.121 0.001 0.001 0.008 0.159 0.092 0.050 0.019 99 P 0.003 0.015 0.615 0.007 0.045 0.067 0.002 0.001 0.010 0.066 0.073 0.006 0.090 100 I 0.006 0.020 0.572 0.006 0.033 0.043 0.003 0.002 0.022 0.136 0.064 0.063 0.030 101 N 0.004 0.033 0.620 0.002 0.013 0.024 0.003 0.003 0.030 0.131 0.051 0.018 0.069 102 Y 0.001 0.024 0.674 0.007 0.004 0.009 0.001 0.001 0.010 0.210 0.017 0.027 0.017 103 P 0.001 0.011 0.638 0.004 0.038 0.033 0.001 0.001 0.004 0.120 0.131 0.004 0.016 104 E 0.001 0.010 0.111 0.003 0.153 0.060 0.001 0.001 0.002 0.187 0.464 0.004 0.005 105 D 0.001 0.012 0.189 0.006 0.143 0.044 0.001 0.001 0.002 0.142 0.448 0.003 0.009 106 T 0.003 0.034 0.394 0.004 0.160 0.072 0.001 0.001 0.010 0.139 0.134 0.013 0.035 107 K 0.009 0.031 0.210 0.020 0.055 0.047 0.003 0.003 0.014 0.273 0.263 0.042 0.031 108 N 0.020 0.012 0.335 0.034 0.028 0.015 0.008 0.004 0.030 0.196 0.205 0.023 0.089 109 V 0.069 0.010 0.467 0.011 0.005 0.009 0.030 0.021 0.101 0.053 0.011 0.083 0.131 110 H 0.169 0.004 0.128 0.027 0.005 0.015 0.118 0.066 0.153 0.081 0.004 0.123 0.106 111 F 0.277 0.001 0.013 0.007 0.002 0.014 0.245 0.207 0.135 0.004 0.001 0.026 0.068 112 V 0.270 0.001 0.010 0.017 0.002 0.022 0.255 0.301 0.069 0.002 0.002 0.028 0.021 113 L 0.227 0.001 0.033 0.004 0.003 0.026 0.181 0.259 0.170 0.003 0.003 0.039 0.052 114 F 0.146 0.004 0.129 0.026 0.015 0.024 0.089 0.085 0.283 0.012 0.016 0.057 0.114 115 A 0.050 0.014 0.268 0.016 0.037 0.034 0.024 0.028 0.190 0.104 0.095 0.064 0.077 116 E 0.015 0.020 0.315 0.006 0.041 0.061 0.005 0.005 0.060 0.286 0.087 0.022 0.076 117 Y 0.001 0.009 0.357 0.004 0.039 0.195 0.001 0.001 0.012 0.298 0.058 0.013 0.013 118 P 0.001 0.003 0.061 0.001 0.100 0.570 0.001 0.001 0.001 0.058 0.200 0.001 0.004 119 D 0.001 0.002 0.036 0.001 0.062 0.748 0.001 0.001 0.002 0.047 0.097 0.002 0.003 120 V 0.001 0.002 0.019 0.001 0.032 0.902 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.001 0.002 121 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 122 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.943 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 123 H 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 126 A 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.002 127 I 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.002 128 A 0.002 0.001 0.022 0.001 0.012 0.870 0.001 0.001 0.002 0.015 0.067 0.002 0.005 129 R 0.003 0.001 0.025 0.001 0.017 0.825 0.001 0.001 0.002 0.027 0.089 0.004 0.005 130 T 0.005 0.002 0.052 0.001 0.025 0.767 0.001 0.001 0.004 0.027 0.098 0.007 0.010 131 F 0.015 0.010 0.103 0.002 0.024 0.616 0.004 0.001 0.010 0.065 0.097 0.019 0.035 132 C 0.027 0.014 0.203 0.008 0.019 0.422 0.005 0.002 0.016 0.092 0.079 0.032 0.080 133 K 0.045 0.009 0.131 0.012 0.043 0.435 0.006 0.003 0.016 0.090 0.117 0.040 0.052 134 F 0.038 0.007 0.147 0.006 0.048 0.363 0.006 0.003 0.015 0.118 0.148 0.039 0.061 135 S 0.035 0.013 0.234 0.011 0.043 0.276 0.007 0.002 0.017 0.100 0.162 0.030 0.070 136 M 0.034 0.022 0.279 0.004 0.037 0.250 0.006 0.002 0.016 0.092 0.125 0.058 0.076 137 K 0.037 0.026 0.307 0.006 0.029 0.172 0.008 0.001 0.015 0.108 0.112 0.077 0.103 138 T 0.023 0.026 0.361 0.011 0.030 0.122 0.004 0.001 0.008 0.146 0.115 0.034 0.119 139 S 0.011 0.011 0.368 0.018 0.036 0.108 0.001 0.001 0.004 0.160 0.195 0.040 0.048 140 G 0.013 0.016 0.330 0.006 0.041 0.098 0.002 0.001 0.005 0.149 0.233 0.046 0.061 141 I 0.019 0.029 0.330 0.012 0.076 0.147 0.003 0.002 0.007 0.090 0.090 0.031 0.165 142 R 0.037 0.016 0.292 0.051 0.065 0.155 0.004 0.002 0.010 0.096 0.064 0.153 0.053 143 E 0.042 0.031 0.169 0.012 0.084 0.189 0.010 0.006 0.021 0.054 0.089 0.031 0.261 144 L 0.050 0.017 0.187 0.031 0.073 0.191 0.012 0.019 0.024 0.087 0.135 0.097 0.076 145 N 0.089 0.017 0.209 0.043 0.030 0.077 0.020 0.018 0.035 0.121 0.169 0.065 0.106 146 V 0.106 0.018 0.275 0.015 0.007 0.024 0.036 0.058 0.086 0.130 0.024 0.106 0.115 147 N 0.080 0.018 0.415 0.025 0.005 0.012 0.025 0.022 0.109 0.065 0.026 0.083 0.114 148 I 0.046 0.012 0.388 0.030 0.006 0.018 0.034 0.053 0.172 0.088 0.019 0.039 0.096 149 D 0.050 0.007 0.191 0.143 0.020 0.020 0.045 0.083 0.158 0.124 0.028 0.102 0.031 150 V 0.062 0.007 0.051 0.006 0.007 0.015 0.114 0.286 0.289 0.014 0.008 0.022 0.120 151 V 0.082 0.028 0.068 0.028 0.012 0.036 0.099 0.174 0.276 0.014 0.017 0.116 0.051 152 C 0.043 0.019 0.225 0.041 0.015 0.061 0.039 0.069 0.193 0.047 0.045 0.038 0.167 153 D 0.017 0.009 0.307 0.052 0.037 0.055 0.007 0.012 0.077 0.212 0.092 0.081 0.040 154 K 0.007 0.029 0.338 0.014 0.054 0.073 0.003 0.002 0.038 0.212 0.145 0.013 0.072 155 L 0.006 0.041 0.427 0.005 0.050 0.072 0.003 0.002 0.013 0.177 0.130 0.030 0.045 156 T 0.003 0.036 0.405 0.010 0.031 0.066 0.001 0.003 0.009 0.226 0.173 0.013 0.025 157 N 0.002 0.010 0.317 0.004 0.048 0.087 0.001 0.001 0.003 0.258 0.248 0.009 0.014 158 E 0.002 0.007 0.152 0.004 0.067 0.156 0.001 0.001 0.003 0.219 0.375 0.008 0.007 159 D 0.008 0.012 0.256 0.012 0.067 0.130 0.002 0.002 0.014 0.190 0.256 0.013 0.038 160 A 0.036 0.018 0.281 0.018 0.072 0.237 0.015 0.013 0.062 0.074 0.050 0.043 0.081 161 V 0.114 0.018 0.097 0.014 0.027 0.182 0.074 0.080 0.135 0.035 0.033 0.093 0.096 162 F 0.130 0.018 0.076 0.014 0.029 0.186 0.087 0.096 0.136 0.031 0.028 0.070 0.098 163 L 0.088 0.012 0.130 0.020 0.038 0.281 0.044 0.074 0.081 0.033 0.051 0.047 0.101 164 T 0.060 0.010 0.144 0.036 0.055 0.240 0.021 0.013 0.038 0.115 0.123 0.086 0.058 165 D 0.028 0.015 0.218 0.010 0.062 0.247 0.006 0.003 0.022 0.123 0.124 0.029 0.112 166 L 0.017 0.014 0.289 0.010 0.054 0.235 0.003 0.001 0.011 0.138 0.156 0.026 0.045 167 S 0.006 0.015 0.452 0.004 0.033 0.240 0.001 0.002 0.008 0.113 0.077 0.013 0.036 168 E 0.002 0.004 0.118 0.004 0.097 0.522 0.001 0.001 0.002 0.116 0.120 0.008 0.007 169 S 0.004 0.006 0.123 0.001 0.075 0.600 0.001 0.001 0.006 0.039 0.111 0.010 0.023 170 V 0.008 0.007 0.065 0.003 0.051 0.736 0.002 0.001 0.007 0.036 0.054 0.009 0.023 171 R 0.009 0.006 0.084 0.002 0.037 0.756 0.001 0.001 0.006 0.020 0.045 0.014 0.019 172 E 0.013 0.004 0.057 0.002 0.045 0.723 0.003 0.001 0.006 0.034 0.072 0.015 0.026 173 T 0.023 0.006 0.068 0.003 0.063 0.677 0.003 0.001 0.004 0.033 0.074 0.015 0.032 174 A 0.025 0.005 0.151 0.007 0.095 0.479 0.003 0.001 0.004 0.062 0.082 0.021 0.066 175 R 0.023 0.009 0.132 0.003 0.062 0.412 0.004 0.001 0.004 0.045 0.201 0.068 0.038 176 L 0.022 0.012 0.249 0.003 0.049 0.321 0.003 0.001 0.005 0.050 0.204 0.008 0.074 177 I 0.002 0.005 0.824 0.002 0.008 0.041 0.001 0.001 0.002 0.067 0.016 0.018 0.015