# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.143 0.008 0.009 0.042 0.127 0.672 2 T 0.460 0.006 0.006 0.061 0.087 0.380 3 Q 0.714 0.004 0.005 0.050 0.067 0.160 4 V 0.896 0.003 0.003 0.045 0.020 0.033 5 L 0.910 0.002 0.001 0.052 0.014 0.022 6 V 0.892 0.003 0.001 0.059 0.026 0.018 7 R 0.685 0.005 0.003 0.122 0.129 0.056 8 N 0.210 0.007 0.006 0.274 0.324 0.179 9 G 0.204 0.016 0.013 0.255 0.345 0.166 10 I 0.353 0.015 0.029 0.408 0.108 0.086 11 Q 0.341 0.008 0.057 0.441 0.100 0.053 12 A 0.307 0.011 0.061 0.430 0.137 0.055 13 V 0.281 0.015 0.044 0.384 0.173 0.103 14 G 0.144 0.011 0.049 0.122 0.529 0.146 15 D 0.055 0.005 0.074 0.072 0.629 0.166 16 G 0.131 0.007 0.077 0.017 0.564 0.203 17 L 0.371 0.020 0.039 0.013 0.384 0.173 18 T 0.622 0.006 0.014 0.010 0.145 0.203 19 S 0.882 0.003 0.003 0.007 0.039 0.066 20 L 0.966 0.001 0.001 0.004 0.010 0.018 21 I 0.976 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 22 I 0.966 0.001 0.001 0.009 0.009 0.014 23 V 0.852 0.005 0.001 0.016 0.033 0.094 24 G 0.551 0.004 0.003 0.017 0.116 0.310 25 K 0.445 0.006 0.019 0.146 0.166 0.219 26 K 0.312 0.009 0.047 0.239 0.223 0.171 27 S 0.430 0.011 0.051 0.192 0.216 0.101 28 V 0.488 0.010 0.064 0.221 0.132 0.085 29 L 0.511 0.005 0.071 0.242 0.129 0.041 30 K 0.512 0.003 0.050 0.263 0.117 0.055 31 N 0.604 0.003 0.021 0.228 0.069 0.075 32 V 0.696 0.008 0.005 0.137 0.050 0.103 33 T 0.745 0.011 0.004 0.063 0.050 0.128 34 F 0.577 0.013 0.006 0.102 0.110 0.193 35 E 0.305 0.009 0.008 0.088 0.239 0.351 36 G 0.186 0.011 0.013 0.112 0.284 0.394 37 K 0.182 0.021 0.014 0.231 0.138 0.414 38 F 0.087 0.006 0.014 0.803 0.028 0.062 39 K 0.030 0.001 0.009 0.930 0.015 0.015 40 E 0.036 0.001 0.012 0.926 0.015 0.010 41 V 0.035 0.001 0.014 0.924 0.016 0.009 42 A 0.033 0.001 0.010 0.925 0.019 0.012 43 Q 0.025 0.001 0.013 0.909 0.031 0.022 44 K 0.041 0.001 0.012 0.882 0.034 0.031 45 F 0.095 0.004 0.012 0.769 0.060 0.060 46 V 0.192 0.016 0.014 0.525 0.139 0.113 47 T 0.124 0.019 0.008 0.347 0.228 0.275 48 D 0.036 0.010 0.004 0.076 0.479 0.395 49 G 0.008 0.005 0.022 0.109 0.606 0.249 50 D 0.023 0.017 0.029 0.114 0.618 0.199 51 S 0.050 0.027 0.040 0.249 0.483 0.151 52 W 0.041 0.006 0.056 0.694 0.130 0.074 53 N 0.078 0.010 0.081 0.610 0.152 0.069 54 S 0.110 0.012 0.091 0.604 0.129 0.055 55 M 0.114 0.010 0.088 0.631 0.080 0.077 56 I 0.126 0.007 0.163 0.597 0.053 0.054 57 S 0.119 0.007 0.109 0.643 0.050 0.072 58 R 0.135 0.019 0.092 0.447 0.086 0.220 59 I 0.112 0.033 0.015 0.050 0.176 0.614 60 P 0.129 0.022 0.039 0.035 0.388 0.387 61 A 0.042 0.014 0.120 0.049 0.614 0.161 62 S 0.019 0.010 0.101 0.044 0.687 0.141 63 G 0.018 0.009 0.049 0.032 0.595 0.296 64 R 0.041 0.045 0.014 0.063 0.234 0.602 65 H 0.055 0.032 0.005 0.082 0.143 0.682 66 P 0.063 0.017 0.009 0.297 0.138 0.476 67 L 0.101 0.014 0.014 0.527 0.099 0.245 68 H 0.158 0.009 0.017 0.628 0.066 0.122 69 Y 0.154 0.006 0.020 0.720 0.052 0.049 70 E 0.257 0.007 0.031 0.585 0.065 0.055 71 L 0.237 0.006 0.034 0.590 0.075 0.057 72 A 0.182 0.003 0.058 0.591 0.103 0.063 73 H 0.127 0.003 0.072 0.690 0.065 0.044 74 L 0.195 0.003 0.055 0.635 0.052 0.061 75 I 0.211 0.005 0.026 0.617 0.045 0.096 76 T 0.222 0.016 0.014 0.435 0.060 0.252 77 V 0.101 0.019 0.007 0.057 0.134 0.682 78 P 0.059 0.023 0.019 0.031 0.236 0.632 79 D 0.066 0.031 0.051 0.019 0.446 0.387 80 A 0.042 0.031 0.149 0.046 0.564 0.168 81 S 0.024 0.029 0.180 0.034 0.552 0.180 82 S 0.026 0.026 0.116 0.030 0.598 0.204 83 R 0.022 0.021 0.055 0.030 0.576 0.297 84 G 0.020 0.029 0.027 0.022 0.446 0.456 85 N 0.022 0.059 0.016 0.013 0.350 0.540 86 T 0.029 0.043 0.010 0.014 0.356 0.547 87 P 0.018 0.028 0.013 0.017 0.397 0.526 88 T 0.012 0.032 0.021 0.055 0.338 0.542 89 N 0.014 0.026 0.032 0.155 0.254 0.519 90 A 0.011 0.006 0.057 0.749 0.093 0.083 91 H 0.025 0.007 0.072 0.662 0.127 0.106 92 S 0.057 0.009 0.088 0.585 0.167 0.094 93 I 0.107 0.022 0.089 0.566 0.131 0.084 94 Y 0.076 0.009 0.089 0.621 0.140 0.066 95 K 0.070 0.003 0.104 0.690 0.087 0.047 96 E 0.030 0.005 0.042 0.825 0.050 0.049 97 L 0.030 0.015 0.032 0.678 0.073 0.172 98 K 0.019 0.005 0.008 0.030 0.113 0.825 99 P 0.055 0.017 0.030 0.022 0.230 0.646 100 I 0.069 0.036 0.033 0.013 0.246 0.604 101 N 0.084 0.046 0.034 0.015 0.291 0.529 102 Y 0.031 0.016 0.012 0.006 0.353 0.581 103 P 0.026 0.009 0.166 0.050 0.573 0.175 104 E 0.050 0.025 0.173 0.062 0.579 0.111 105 D 0.038 0.013 0.159 0.052 0.632 0.106 106 T 0.079 0.027 0.089 0.057 0.635 0.114 107 K 0.222 0.021 0.079 0.049 0.434 0.194 108 N 0.331 0.017 0.054 0.060 0.384 0.154 109 V 0.713 0.007 0.011 0.014 0.147 0.108 110 H 0.926 0.002 0.003 0.006 0.018 0.045 111 F 0.975 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 112 V 0.960 0.002 0.001 0.014 0.007 0.016 113 L 0.933 0.001 0.003 0.021 0.013 0.030 114 F 0.829 0.003 0.018 0.043 0.053 0.055 115 A 0.601 0.008 0.052 0.090 0.127 0.123 116 E 0.362 0.013 0.060 0.145 0.183 0.237 117 Y 0.104 0.016 0.029 0.140 0.288 0.423 118 P 0.016 0.003 0.075 0.571 0.196 0.138 119 D 0.014 0.003 0.103 0.686 0.149 0.045 120 V 0.004 0.002 0.054 0.900 0.031 0.009 121 L 0.003 0.001 0.024 0.947 0.014 0.011 122 S 0.001 0.001 0.013 0.976 0.006 0.004 123 H 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.003 124 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 128 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 129 R 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.002 130 T 0.003 0.001 0.011 0.957 0.015 0.013 131 F 0.005 0.002 0.015 0.878 0.030 0.069 132 C 0.017 0.008 0.031 0.534 0.119 0.292 133 K 0.023 0.006 0.054 0.394 0.226 0.297 134 F 0.048 0.009 0.071 0.315 0.264 0.292 135 S 0.053 0.015 0.049 0.345 0.221 0.317 136 M 0.094 0.018 0.051 0.165 0.237 0.435 137 K 0.122 0.019 0.032 0.173 0.215 0.440 138 T 0.169 0.019 0.035 0.150 0.303 0.323 139 S 0.135 0.010 0.029 0.066 0.409 0.351 140 G 0.224 0.013 0.037 0.049 0.361 0.317 141 I 0.436 0.027 0.050 0.046 0.227 0.214 142 R 0.554 0.011 0.042 0.052 0.141 0.201 143 E 0.668 0.009 0.028 0.046 0.086 0.163 144 L 0.683 0.012 0.013 0.054 0.072 0.166 145 N 0.624 0.004 0.003 0.033 0.081 0.256 146 V 0.765 0.003 0.001 0.032 0.041 0.157 147 N 0.731 0.003 0.001 0.049 0.045 0.171 148 I 0.823 0.003 0.002 0.085 0.022 0.064 149 D 0.818 0.003 0.004 0.086 0.026 0.063 150 V 0.757 0.004 0.009 0.133 0.039 0.057 151 V 0.583 0.012 0.020 0.181 0.088 0.117 152 C 0.394 0.010 0.080 0.217 0.190 0.109 153 D 0.141 0.005 0.096 0.258 0.359 0.142 154 K 0.088 0.007 0.121 0.240 0.388 0.156 155 L 0.083 0.043 0.042 0.199 0.436 0.197 156 T 0.048 0.015 0.017 0.192 0.345 0.382 157 N 0.013 0.004 0.036 0.266 0.403 0.279 158 E 0.027 0.004 0.068 0.420 0.382 0.100 159 D 0.084 0.005 0.066 0.334 0.363 0.147 160 A 0.169 0.007 0.061 0.452 0.202 0.109 161 V 0.346 0.007 0.039 0.422 0.106 0.080 162 F 0.469 0.012 0.030 0.365 0.062 0.062 163 L 0.449 0.011 0.022 0.292 0.093 0.133 164 T 0.228 0.013 0.023 0.250 0.149 0.338 165 D 0.090 0.014 0.026 0.140 0.236 0.493 166 L 0.025 0.011 0.067 0.243 0.259 0.396 167 S 0.017 0.005 0.051 0.322 0.264 0.340 168 E 0.007 0.002 0.070 0.768 0.108 0.046 169 S 0.014 0.003 0.043 0.805 0.080 0.055 170 V 0.035 0.004 0.030 0.823 0.064 0.044 171 R 0.057 0.003 0.021 0.829 0.051 0.038 172 E 0.056 0.003 0.016 0.870 0.032 0.023 173 T 0.056 0.002 0.018 0.845 0.038 0.040 174 A 0.079 0.002 0.041 0.770 0.047 0.061 175 R 0.081 0.004 0.035 0.758 0.044 0.077 176 L 0.095 0.010 0.034 0.603 0.061 0.197 177 I 0.072 0.012 0.009 0.166 0.114 0.627