# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.058 0.015 0.007 0.128 0.014 0.032 0.397 0.100 0.086 0.039 2 T 0.126 0.108 0.015 0.009 0.314 0.012 0.020 0.292 0.051 0.028 0.024 3 Q 0.184 0.072 0.008 0.005 0.425 0.009 0.026 0.209 0.025 0.018 0.021 4 V 0.162 0.140 0.014 0.002 0.510 0.003 0.009 0.129 0.010 0.006 0.014 5 L 0.212 0.073 0.008 0.003 0.329 0.005 0.013 0.280 0.021 0.017 0.039 6 V 0.205 0.071 0.018 0.013 0.163 0.019 0.041 0.297 0.052 0.050 0.071 7 R 0.043 0.048 0.021 0.070 0.065 0.091 0.155 0.388 0.060 0.039 0.019 8 N 0.016 0.161 0.185 0.170 0.041 0.074 0.077 0.148 0.044 0.070 0.014 9 G 0.066 0.071 0.088 0.109 0.058 0.036 0.019 0.180 0.060 0.229 0.084 10 I 0.301 0.067 0.007 0.004 0.271 0.009 0.013 0.112 0.071 0.062 0.082 11 Q 0.061 0.122 0.035 0.028 0.182 0.054 0.099 0.283 0.085 0.023 0.029 12 A 0.214 0.078 0.039 0.014 0.245 0.013 0.054 0.203 0.054 0.042 0.045 13 V 0.063 0.083 0.055 0.093 0.079 0.109 0.141 0.142 0.089 0.096 0.049 14 G 0.042 0.111 0.139 0.228 0.064 0.060 0.021 0.071 0.068 0.141 0.054 15 D 0.020 0.118 0.118 0.101 0.046 0.158 0.197 0.114 0.077 0.037 0.014 16 G 0.051 0.050 0.053 0.073 0.046 0.026 0.037 0.043 0.065 0.418 0.137 17 L 0.388 0.077 0.014 0.004 0.302 0.008 0.013 0.008 0.016 0.045 0.123 18 T 0.091 0.090 0.021 0.062 0.248 0.125 0.166 0.063 0.046 0.050 0.039 19 S 0.329 0.054 0.010 0.011 0.514 0.011 0.012 0.006 0.006 0.013 0.035 20 L 0.205 0.040 0.002 0.001 0.742 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 21 I 0.192 0.036 0.001 0.001 0.749 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 22 I 0.435 0.031 0.005 0.002 0.390 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.126 23 V 0.084 0.049 0.018 0.108 0.080 0.126 0.192 0.064 0.029 0.158 0.092 24 G 0.013 0.114 0.295 0.315 0.032 0.063 0.015 0.028 0.036 0.072 0.015 25 K 0.090 0.123 0.088 0.050 0.192 0.029 0.031 0.093 0.111 0.127 0.066 26 K 0.073 0.192 0.063 0.021 0.174 0.026 0.068 0.184 0.131 0.039 0.028 27 S 0.164 0.101 0.021 0.008 0.232 0.012 0.039 0.137 0.107 0.110 0.070 28 V 0.119 0.119 0.015 0.008 0.197 0.015 0.035 0.226 0.124 0.111 0.030 29 L 0.280 0.065 0.019 0.017 0.286 0.013 0.015 0.079 0.063 0.050 0.114 30 K 0.018 0.062 0.028 0.041 0.060 0.120 0.203 0.363 0.083 0.013 0.007 31 N 0.172 0.084 0.014 0.002 0.244 0.003 0.014 0.092 0.063 0.211 0.101 32 V 0.271 0.158 0.025 0.003 0.384 0.004 0.006 0.020 0.013 0.030 0.087 33 T 0.273 0.106 0.031 0.011 0.323 0.014 0.030 0.030 0.019 0.061 0.103 34 F 0.184 0.118 0.081 0.045 0.206 0.037 0.025 0.073 0.055 0.092 0.086 35 E 0.042 0.041 0.023 0.117 0.047 0.104 0.208 0.178 0.104 0.103 0.033 36 G 0.020 0.080 0.145 0.210 0.036 0.099 0.028 0.093 0.067 0.181 0.041 37 K 0.030 0.297 0.105 0.011 0.127 0.005 0.019 0.279 0.072 0.046 0.009 38 F 0.134 0.046 0.011 0.002 0.080 0.003 0.007 0.442 0.140 0.075 0.060 39 K 0.005 0.062 0.013 0.007 0.035 0.010 0.014 0.744 0.103 0.007 0.002 40 E 0.082 0.012 0.003 0.001 0.047 0.002 0.019 0.773 0.035 0.012 0.015 41 V 0.017 0.019 0.009 0.014 0.029 0.014 0.027 0.748 0.076 0.043 0.004 42 A 0.100 0.047 0.005 0.005 0.126 0.008 0.017 0.514 0.099 0.048 0.030 43 Q 0.037 0.057 0.020 0.013 0.079 0.025 0.062 0.504 0.150 0.036 0.016 44 K 0.036 0.070 0.036 0.011 0.088 0.027 0.214 0.376 0.077 0.047 0.017 45 F 0.092 0.069 0.028 0.017 0.120 0.027 0.092 0.174 0.113 0.214 0.053 46 V 0.130 0.154 0.045 0.010 0.134 0.019 0.067 0.211 0.084 0.074 0.072 47 T 0.034 0.168 0.102 0.068 0.082 0.089 0.090 0.126 0.075 0.132 0.035 48 D 0.079 0.231 0.187 0.063 0.229 0.023 0.030 0.041 0.031 0.048 0.039 49 G 0.021 0.031 0.028 0.032 0.027 0.037 0.048 0.254 0.235 0.237 0.051 50 D 0.029 0.108 0.055 0.023 0.080 0.022 0.083 0.183 0.110 0.269 0.038 51 S 0.070 0.109 0.052 0.015 0.107 0.008 0.021 0.297 0.113 0.165 0.041 52 W 0.038 0.045 0.010 0.005 0.063 0.009 0.015 0.527 0.183 0.081 0.025 53 N 0.019 0.021 0.007 0.011 0.040 0.019 0.044 0.604 0.178 0.044 0.012 54 S 0.043 0.035 0.026 0.012 0.065 0.016 0.043 0.612 0.097 0.042 0.010 55 M 0.039 0.035 0.015 0.008 0.080 0.009 0.032 0.533 0.117 0.113 0.018 56 I 0.116 0.057 0.009 0.004 0.126 0.008 0.023 0.313 0.169 0.116 0.058 57 S 0.035 0.173 0.058 0.015 0.143 0.027 0.094 0.312 0.079 0.043 0.020 58 R 0.097 0.063 0.023 0.004 0.123 0.006 0.030 0.108 0.107 0.366 0.072 59 I 0.049 0.507 0.182 0.007 0.179 0.003 0.008 0.034 0.013 0.008 0.009 60 P 0.034 0.434 0.235 0.019 0.136 0.012 0.019 0.060 0.024 0.013 0.012 61 A 0.038 0.071 0.036 0.016 0.063 0.027 0.080 0.283 0.280 0.080 0.027 62 S 0.016 0.157 0.109 0.075 0.055 0.073 0.144 0.162 0.110 0.079 0.019 63 G 0.018 0.039 0.051 0.059 0.025 0.020 0.023 0.070 0.094 0.546 0.056 64 R 0.075 0.180 0.123 0.025 0.141 0.023 0.070 0.104 0.090 0.123 0.046 65 H 0.038 0.394 0.227 0.018 0.156 0.007 0.019 0.091 0.025 0.008 0.017 66 P 0.057 0.248 0.062 0.007 0.158 0.009 0.022 0.273 0.107 0.032 0.025 67 L 0.061 0.092 0.026 0.007 0.098 0.013 0.036 0.413 0.158 0.075 0.021 68 H 0.063 0.063 0.018 0.010 0.096 0.013 0.026 0.500 0.115 0.070 0.026 69 Y 0.032 0.059 0.014 0.007 0.066 0.007 0.015 0.635 0.122 0.032 0.009 70 E 0.048 0.041 0.009 0.005 0.071 0.008 0.040 0.642 0.084 0.038 0.015 71 L 0.055 0.028 0.007 0.006 0.072 0.012 0.041 0.557 0.140 0.061 0.022 72 A 0.048 0.048 0.014 0.010 0.092 0.028 0.061 0.524 0.125 0.036 0.015 73 H 0.060 0.080 0.022 0.008 0.144 0.009 0.036 0.450 0.099 0.072 0.021 74 L 0.156 0.090 0.013 0.005 0.224 0.010 0.035 0.229 0.098 0.103 0.037 75 I 0.124 0.212 0.034 0.005 0.393 0.008 0.027 0.099 0.037 0.029 0.034 76 T 0.187 0.181 0.056 0.006 0.328 0.005 0.019 0.052 0.027 0.070 0.067 77 V 0.051 0.438 0.224 0.010 0.215 0.003 0.011 0.027 0.007 0.005 0.008 78 P 0.032 0.393 0.173 0.024 0.131 0.025 0.045 0.094 0.048 0.024 0.012 79 D 0.132 0.173 0.073 0.008 0.277 0.008 0.030 0.097 0.084 0.051 0.068 80 A 0.045 0.069 0.022 0.008 0.074 0.017 0.033 0.250 0.321 0.126 0.035 81 S 0.062 0.132 0.066 0.020 0.123 0.025 0.084 0.150 0.138 0.167 0.032 82 S 0.106 0.119 0.070 0.031 0.134 0.026 0.085 0.164 0.093 0.125 0.047 83 R 0.035 0.139 0.104 0.089 0.072 0.066 0.091 0.109 0.095 0.157 0.043 84 G 0.029 0.132 0.161 0.182 0.067 0.058 0.036 0.052 0.059 0.171 0.054 85 N 0.114 0.108 0.074 0.023 0.136 0.017 0.036 0.088 0.106 0.191 0.107 86 T 0.037 0.455 0.252 0.012 0.133 0.006 0.011 0.046 0.018 0.016 0.015 87 P 0.103 0.272 0.087 0.014 0.237 0.015 0.025 0.106 0.049 0.047 0.045 88 T 0.022 0.247 0.189 0.033 0.060 0.049 0.056 0.196 0.071 0.064 0.013 89 N 0.041 0.080 0.073 0.012 0.054 0.004 0.007 0.446 0.125 0.119 0.039 90 A 0.009 0.011 0.002 0.002 0.013 0.003 0.006 0.740 0.176 0.033 0.006 91 H 0.002 0.008 0.002 0.002 0.006 0.003 0.011 0.789 0.146 0.029 0.002 92 S 0.003 0.004 0.003 0.001 0.007 0.002 0.009 0.871 0.089 0.009 0.001 93 I 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.008 0.831 0.107 0.031 0.002 94 Y 0.005 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.014 0.674 0.243 0.041 0.004 95 K 0.005 0.037 0.012 0.003 0.014 0.009 0.041 0.669 0.186 0.021 0.003 96 E 0.022 0.011 0.003 0.003 0.024 0.006 0.088 0.281 0.159 0.379 0.025 97 L 0.150 0.256 0.124 0.006 0.225 0.005 0.015 0.042 0.040 0.084 0.053 98 K 0.010 0.343 0.285 0.055 0.072 0.032 0.045 0.109 0.035 0.009 0.003 99 P 0.146 0.165 0.056 0.006 0.274 0.008 0.038 0.121 0.073 0.056 0.056 100 I 0.094 0.208 0.046 0.008 0.358 0.016 0.034 0.050 0.071 0.064 0.051 101 N 0.161 0.118 0.069 0.011 0.318 0.015 0.066 0.045 0.043 0.077 0.078 102 Y 0.074 0.354 0.215 0.011 0.282 0.002 0.004 0.014 0.010 0.012 0.022 103 P 0.056 0.304 0.060 0.008 0.163 0.007 0.018 0.129 0.189 0.043 0.023 104 E 0.017 0.048 0.018 0.007 0.029 0.035 0.087 0.226 0.438 0.079 0.016 105 D 0.122 0.039 0.009 0.006 0.099 0.006 0.035 0.090 0.134 0.339 0.122 106 T 0.200 0.073 0.023 0.009 0.138 0.008 0.014 0.057 0.146 0.220 0.113 107 K 0.006 0.033 0.029 0.041 0.016 0.124 0.348 0.217 0.152 0.029 0.004 108 N 0.215 0.058 0.025 0.005 0.186 0.004 0.012 0.028 0.059 0.249 0.158 109 V 0.277 0.127 0.015 0.002 0.524 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.036 110 H 0.209 0.083 0.007 0.006 0.637 0.010 0.014 0.006 0.002 0.005 0.021 111 F 0.217 0.054 0.003 0.002 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 112 V 0.242 0.046 0.002 0.001 0.689 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 113 L 0.254 0.083 0.007 0.003 0.577 0.002 0.004 0.007 0.001 0.004 0.056 114 F 0.278 0.074 0.012 0.005 0.262 0.006 0.012 0.021 0.015 0.096 0.220 115 A 0.066 0.359 0.074 0.011 0.225 0.014 0.035 0.087 0.057 0.047 0.026 116 E 0.059 0.214 0.126 0.020 0.104 0.018 0.061 0.084 0.080 0.181 0.054 117 Y 0.194 0.151 0.055 0.012 0.315 0.006 0.016 0.113 0.060 0.016 0.062 118 P 0.003 0.026 0.008 0.003 0.010 0.018 0.023 0.591 0.304 0.011 0.003 119 D 0.005 0.007 0.003 0.002 0.006 0.006 0.047 0.693 0.142 0.082 0.007 120 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.824 0.113 0.040 0.002 121 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.878 0.098 0.008 0.001 122 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.030 0.001 0.001 123 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.025 0.003 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.048 0.003 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.001 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.022 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.946 0.040 0.005 0.001 128 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.871 0.109 0.009 0.001 129 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.026 0.852 0.097 0.010 0.001 130 T 0.008 0.021 0.007 0.004 0.019 0.008 0.080 0.710 0.095 0.042 0.005 131 F 0.042 0.026 0.006 0.008 0.045 0.017 0.059 0.525 0.145 0.109 0.020 132 C 0.071 0.131 0.027 0.011 0.154 0.014 0.039 0.386 0.110 0.034 0.023 133 K 0.060 0.045 0.010 0.010 0.084 0.027 0.106 0.453 0.118 0.061 0.027 134 F 0.072 0.152 0.049 0.029 0.186 0.023 0.067 0.235 0.089 0.070 0.027 135 S 0.142 0.093 0.020 0.010 0.216 0.016 0.046 0.212 0.100 0.085 0.062 136 M 0.097 0.203 0.058 0.011 0.210 0.011 0.022 0.180 0.098 0.071 0.038 137 K 0.137 0.100 0.036 0.013 0.187 0.026 0.089 0.196 0.073 0.085 0.059 138 T 0.137 0.175 0.071 0.022 0.216 0.017 0.044 0.135 0.072 0.064 0.046 139 S 0.059 0.103 0.072 0.043 0.096 0.049 0.083 0.251 0.139 0.075 0.030 140 G 0.079 0.150 0.102 0.053 0.145 0.030 0.045 0.211 0.069 0.087 0.030 141 I 0.269 0.070 0.009 0.010 0.272 0.025 0.030 0.112 0.062 0.068 0.074 142 R 0.112 0.105 0.023 0.048 0.271 0.079 0.110 0.172 0.039 0.020 0.022 143 E 0.300 0.075 0.013 0.008 0.460 0.011 0.025 0.035 0.012 0.027 0.035 144 L 0.127 0.182 0.010 0.008 0.620 0.011 0.010 0.013 0.003 0.003 0.014 145 N 0.431 0.030 0.003 0.002 0.345 0.003 0.004 0.009 0.004 0.028 0.142 146 V 0.123 0.297 0.037 0.003 0.492 0.002 0.005 0.008 0.003 0.010 0.020 147 N 0.328 0.103 0.009 0.001 0.491 0.001 0.005 0.004 0.002 0.010 0.045 148 I 0.316 0.092 0.012 0.003 0.491 0.003 0.003 0.010 0.011 0.014 0.045 149 D 0.197 0.083 0.010 0.009 0.452 0.025 0.078 0.062 0.024 0.023 0.038 150 V 0.347 0.085 0.011 0.002 0.503 0.001 0.004 0.009 0.004 0.007 0.027 151 V 0.220 0.128 0.016 0.011 0.470 0.016 0.020 0.035 0.010 0.019 0.054 152 C 0.176 0.186 0.044 0.019 0.398 0.009 0.010 0.036 0.023 0.039 0.060 153 D 0.089 0.186 0.077 0.026 0.206 0.032 0.035 0.160 0.089 0.060 0.041 154 K 0.083 0.115 0.056 0.017 0.088 0.019 0.070 0.152 0.109 0.225 0.067 155 L 0.169 0.138 0.049 0.031 0.152 0.039 0.079 0.109 0.048 0.094 0.093 156 T 0.021 0.375 0.222 0.085 0.067 0.035 0.032 0.038 0.026 0.079 0.021 157 N 0.024 0.125 0.242 0.082 0.059 0.020 0.010 0.159 0.140 0.112 0.027 158 E 0.013 0.022 0.012 0.006 0.021 0.012 0.034 0.608 0.222 0.040 0.010 159 D 0.041 0.056 0.013 0.007 0.088 0.006 0.022 0.349 0.125 0.256 0.037 160 A 0.140 0.050 0.006 0.002 0.180 0.003 0.007 0.318 0.136 0.112 0.045 161 V 0.058 0.073 0.017 0.005 0.159 0.013 0.048 0.455 0.116 0.041 0.015 162 F 0.102 0.132 0.028 0.006 0.239 0.006 0.020 0.328 0.060 0.052 0.027 163 L 0.150 0.088 0.012 0.005 0.240 0.007 0.023 0.302 0.069 0.055 0.048 164 T 0.030 0.103 0.045 0.024 0.074 0.058 0.081 0.360 0.112 0.083 0.029 165 D 0.169 0.098 0.046 0.007 0.169 0.005 0.028 0.204 0.064 0.126 0.084 166 L 0.035 0.054 0.017 0.007 0.038 0.008 0.014 0.391 0.234 0.175 0.027 167 S 0.019 0.065 0.024 0.011 0.040 0.014 0.030 0.544 0.191 0.052 0.010 168 E 0.009 0.030 0.016 0.006 0.023 0.011 0.025 0.735 0.120 0.018 0.006 169 S 0.012 0.034 0.015 0.003 0.022 0.003 0.013 0.766 0.074 0.053 0.005 170 V 0.014 0.006 0.001 0.001 0.012 0.002 0.005 0.780 0.130 0.042 0.006 171 R 0.003 0.013 0.003 0.002 0.013 0.003 0.008 0.863 0.082 0.009 0.002 172 E 0.016 0.009 0.003 0.001 0.020 0.003 0.021 0.855 0.047 0.021 0.005 173 T 0.011 0.021 0.008 0.006 0.023 0.005 0.017 0.772 0.076 0.058 0.003 174 A 0.030 0.023 0.004 0.002 0.047 0.003 0.009 0.748 0.100 0.026 0.008 175 R 0.020 0.049 0.009 0.002 0.064 0.005 0.028 0.724 0.079 0.015 0.006 176 L 0.058 0.029 0.008 0.003 0.069 0.007 0.043 0.634 0.077 0.051 0.021 177 I 0.053 0.100 0.032 0.017 0.109 0.024 0.061 0.425 0.109 0.051 0.018