# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.280 0.007 0.053 0.039 0.001 0.001 0.004 0.196 0.401 0.004 0.007 2 G 0.003 0.035 0.311 0.001 0.035 0.016 0.002 0.001 0.008 0.190 0.369 0.012 0.017 3 T 0.006 0.116 0.535 0.001 0.018 0.010 0.004 0.003 0.019 0.140 0.070 0.037 0.041 4 S 0.003 0.101 0.573 0.003 0.032 0.011 0.001 0.002 0.019 0.091 0.084 0.025 0.055 5 E 0.002 0.032 0.401 0.007 0.067 0.017 0.001 0.002 0.015 0.146 0.258 0.020 0.032 6 A 0.001 0.012 0.306 0.015 0.052 0.013 0.001 0.001 0.004 0.235 0.345 0.007 0.010 7 A 0.001 0.013 0.369 0.002 0.022 0.006 0.001 0.001 0.004 0.385 0.183 0.007 0.007 8 P 0.001 0.022 0.599 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.258 0.087 0.005 0.011 9 P 0.001 0.045 0.614 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.004 0.257 0.039 0.012 0.010 10 P 0.001 0.028 0.691 0.005 0.033 0.013 0.001 0.001 0.010 0.108 0.065 0.014 0.033 11 F 0.005 0.039 0.428 0.031 0.130 0.034 0.005 0.003 0.015 0.104 0.118 0.025 0.064 12 A 0.016 0.042 0.312 0.018 0.079 0.028 0.015 0.006 0.040 0.089 0.053 0.228 0.075 13 R 0.012 0.058 0.354 0.003 0.034 0.012 0.009 0.004 0.050 0.041 0.018 0.049 0.357 14 V 0.009 0.085 0.461 0.018 0.018 0.018 0.009 0.004 0.080 0.087 0.017 0.110 0.084 15 A 0.001 0.008 0.725 0.008 0.029 0.008 0.001 0.001 0.041 0.116 0.023 0.016 0.024 16 P 0.001 0.003 0.285 0.052 0.155 0.014 0.001 0.001 0.013 0.129 0.334 0.001 0.011 17 A 0.012 0.007 0.129 0.041 0.124 0.015 0.019 0.033 0.108 0.268 0.196 0.035 0.012 18 L 0.056 0.011 0.142 0.005 0.038 0.009 0.086 0.166 0.286 0.049 0.016 0.014 0.123 19 F 0.069 0.031 0.073 0.009 0.017 0.014 0.112 0.202 0.286 0.042 0.014 0.098 0.032 20 I 0.067 0.020 0.108 0.008 0.019 0.021 0.108 0.204 0.270 0.031 0.027 0.028 0.089 21 G 0.016 0.007 0.309 0.018 0.016 0.023 0.019 0.040 0.211 0.163 0.062 0.099 0.017 22 N 0.006 0.010 0.450 0.023 0.020 0.027 0.002 0.003 0.052 0.269 0.063 0.005 0.071 23 A 0.003 0.020 0.450 0.014 0.065 0.134 0.001 0.003 0.031 0.116 0.128 0.026 0.011 24 R 0.001 0.014 0.236 0.001 0.175 0.260 0.001 0.005 0.018 0.079 0.190 0.005 0.014 25 A 0.001 0.009 0.218 0.002 0.236 0.292 0.001 0.003 0.007 0.077 0.147 0.003 0.005 26 A 0.001 0.006 0.125 0.002 0.208 0.371 0.001 0.001 0.005 0.064 0.211 0.002 0.005 27 G 0.001 0.005 0.154 0.002 0.122 0.369 0.001 0.001 0.002 0.176 0.161 0.005 0.003 28 A 0.001 0.008 0.258 0.001 0.040 0.501 0.001 0.001 0.001 0.143 0.041 0.002 0.005 29 T 0.001 0.002 0.099 0.001 0.003 0.875 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.371 0.001 0.001 0.001 0.011 0.606 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.022 0.876 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.108 0.007 0.001 0.001 38 T 0.001 0.003 0.300 0.012 0.002 0.001 0.004 0.028 0.366 0.261 0.006 0.010 0.005 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.671 0.312 0.001 0.001 0.001 0.002 40 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.884 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.911 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.016 0.569 0.374 0.006 0.001 0.005 0.004 43 V 0.001 0.003 0.231 0.014 0.008 0.001 0.008 0.191 0.462 0.058 0.012 0.001 0.011 44 S 0.002 0.018 0.439 0.008 0.036 0.007 0.005 0.052 0.194 0.185 0.043 0.006 0.004 45 R 0.001 0.029 0.359 0.005 0.091 0.021 0.003 0.018 0.069 0.273 0.121 0.003 0.008 46 Q 0.001 0.038 0.391 0.009 0.064 0.019 0.002 0.007 0.030 0.287 0.138 0.003 0.012 47 Q 0.001 0.013 0.577 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.011 0.329 0.024 0.021 0.005 48 P 0.001 0.016 0.560 0.003 0.019 0.007 0.001 0.001 0.002 0.239 0.106 0.002 0.044 49 G 0.001 0.020 0.512 0.002 0.025 0.004 0.001 0.001 0.002 0.300 0.108 0.018 0.007 50 P 0.001 0.020 0.444 0.002 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.239 0.224 0.005 0.021 51 R 0.001 0.022 0.528 0.003 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.184 0.202 0.005 0.011 52 A 0.001 0.010 0.591 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.002 0.291 0.068 0.005 0.005 53 P 0.001 0.003 0.239 0.012 0.057 0.006 0.001 0.001 0.001 0.239 0.439 0.002 0.002 54 G 0.001 0.016 0.155 0.004 0.046 0.005 0.001 0.001 0.003 0.190 0.560 0.010 0.009 55 V 0.006 0.022 0.675 0.005 0.011 0.003 0.003 0.002 0.024 0.106 0.027 0.055 0.062 56 A 0.026 0.016 0.254 0.026 0.003 0.002 0.023 0.015 0.185 0.089 0.007 0.203 0.151 57 E 0.078 0.012 0.090 0.033 0.002 0.001 0.048 0.036 0.253 0.013 0.002 0.091 0.340 58 L 0.042 0.009 0.090 0.057 0.004 0.004 0.055 0.030 0.239 0.015 0.011 0.365 0.080 59 R 0.053 0.015 0.156 0.035 0.003 0.001 0.052 0.026 0.124 0.033 0.015 0.044 0.441 60 V 0.004 0.009 0.249 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.106 0.019 0.001 0.578 0.022 61 P 0.001 0.015 0.494 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.114 0.038 0.016 0.003 0.307 62 V 0.001 0.034 0.646 0.013 0.036 0.005 0.004 0.003 0.060 0.073 0.091 0.023 0.011 63 F 0.005 0.071 0.282 0.002 0.042 0.012 0.010 0.004 0.049 0.238 0.251 0.010 0.024 64 D 0.001 0.026 0.519 0.002 0.025 0.007 0.001 0.001 0.011 0.289 0.110 0.002 0.007 65 D 0.001 0.005 0.520 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.405 0.055 0.002 0.001 66 P 0.001 0.015 0.358 0.001 0.039 0.048 0.001 0.001 0.001 0.262 0.275 0.001 0.003 67 A 0.001 0.069 0.358 0.001 0.066 0.152 0.001 0.001 0.002 0.141 0.203 0.003 0.005 68 E 0.001 0.025 0.303 0.001 0.068 0.219 0.001 0.001 0.004 0.222 0.135 0.013 0.008 69 D 0.001 0.045 0.269 0.001 0.088 0.259 0.001 0.001 0.008 0.189 0.111 0.004 0.022 70 L 0.001 0.017 0.045 0.001 0.143 0.687 0.001 0.001 0.001 0.025 0.076 0.001 0.003 71 L 0.001 0.003 0.042 0.001 0.185 0.670 0.001 0.001 0.001 0.015 0.083 0.001 0.001 72 T 0.001 0.001 0.018 0.001 0.181 0.624 0.001 0.001 0.001 0.017 0.158 0.001 0.001 73 H 0.001 0.006 0.027 0.001 0.103 0.679 0.001 0.001 0.001 0.020 0.164 0.001 0.001 74 L 0.001 0.005 0.209 0.001 0.019 0.729 0.001 0.001 0.002 0.021 0.015 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.911 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 0.001 0.001 87 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.173 0.001 0.001 0.001 0.010 0.805 0.001 0.001 88 G 0.001 0.001 0.096 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.105 0.783 0.001 0.001 89 G 0.001 0.002 0.714 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.216 0.019 0.001 0.001 90 S 0.001 0.004 0.339 0.005 0.001 0.001 0.004 0.032 0.439 0.157 0.005 0.006 0.009 91 C 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.016 0.548 0.416 0.005 0.001 0.002 0.003 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.882 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 93 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.901 0.061 0.001 0.001 0.002 0.001 94 Y 0.007 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.029 0.651 0.281 0.003 0.001 0.004 0.004 95 C 0.003 0.003 0.197 0.006 0.003 0.001 0.012 0.233 0.481 0.034 0.014 0.003 0.011 96 K 0.002 0.011 0.394 0.003 0.015 0.009 0.006 0.053 0.250 0.176 0.071 0.005 0.005 97 N 0.001 0.010 0.272 0.003 0.036 0.035 0.002 0.008 0.039 0.334 0.258 0.001 0.002 98 G 0.001 0.020 0.271 0.004 0.034 0.035 0.001 0.003 0.019 0.364 0.245 0.002 0.003 99 R 0.001 0.033 0.246 0.001 0.033 0.281 0.001 0.002 0.009 0.231 0.146 0.010 0.008 100 S 0.001 0.027 0.255 0.001 0.007 0.510 0.001 0.001 0.002 0.084 0.059 0.010 0.043 101 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.003 102 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 113 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.001 0.001 114 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.541 0.001 0.001 0.001 0.039 0.403 0.001 0.001 115 G 0.001 0.002 0.072 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.112 0.779 0.001 0.001 116 H 0.001 0.034 0.640 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.003 0.252 0.022 0.007 0.002 117 S 0.001 0.072 0.837 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.007 0.026 0.006 0.001 0.022 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.827 0.001 0.001 0.001 0.003 0.160 0.001 0.001 128 A 0.001 0.002 0.023 0.001 0.018 0.557 0.001 0.001 0.001 0.024 0.375 0.001 0.001 129 R 0.001 0.004 0.602 0.001 0.017 0.037 0.001 0.001 0.002 0.269 0.067 0.002 0.001 130 P 0.001 0.004 0.498 0.001 0.082 0.021 0.001 0.001 0.002 0.132 0.257 0.001 0.003 131 V 0.001 0.009 0.112 0.001 0.087 0.010 0.002 0.002 0.012 0.228 0.515 0.019 0.004 132 A 0.003 0.080 0.264 0.001 0.057 0.011 0.018 0.017 0.126 0.216 0.092 0.004 0.111 133 E 0.001 0.030 0.611 0.003 0.021 0.017 0.002 0.002 0.127 0.125 0.017 0.036 0.008 134 P 0.001 0.022 0.409 0.001 0.031 0.077 0.001 0.001 0.037 0.299 0.111 0.002 0.010 135 N 0.001 0.014 0.462 0.002 0.029 0.166 0.001 0.001 0.010 0.168 0.146 0.001 0.002 136 L 0.001 0.003 0.025 0.001 0.028 0.722 0.001 0.001 0.001 0.040 0.180 0.001 0.001 137 G 0.001 0.006 0.052 0.001 0.004 0.861 0.001 0.001 0.001 0.015 0.059 0.001 0.002 138 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 148 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 150 Q 0.001 0.003 0.040 0.001 0.028 0.842 0.001 0.001 0.001 0.014 0.069 0.001 0.001 151 A 0.001 0.002 0.031 0.001 0.059 0.595 0.001 0.001 0.001 0.039 0.269 0.001 0.002 152 Q 0.001 0.003 0.064 0.001 0.064 0.441 0.001 0.001 0.003 0.043 0.373 0.002 0.004 153 A 0.001 0.031 0.353 0.001 0.042 0.208 0.001 0.002 0.014 0.145 0.183 0.009 0.010 154 I 0.001 0.068 0.494 0.003 0.027 0.066 0.001 0.002 0.028 0.155 0.101 0.008 0.046 155 L 0.001 0.019 0.597 0.002 0.008 0.016 0.001 0.001 0.020 0.257 0.037 0.038 0.005 156 P 0.001 0.008 0.766 0.002 0.008 0.008 0.001 0.001 0.009 0.071 0.086 0.001 0.040 157 R 0.001 0.041 0.575 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.008 0.217 0.126 0.012 0.006 158 E 0.001 0.017 0.697 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.192 0.068 0.005 0.004 159 P 0.001 0.018 0.700 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.152 0.114 0.002 0.005 160 I 0.001 0.032 0.602 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.248 0.100 0.003 0.004 161 D 0.001 0.019 0.799 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.153 0.019 0.001 0.002 162 P 0.001 0.009 0.434 0.001 0.120 0.138 0.001 0.001 0.001 0.109 0.188 0.001 0.001 163 E 0.001 0.009 0.235 0.001 0.186 0.229 0.001 0.001 0.001 0.110 0.227 0.001 0.001