# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.015 0.002 0.047 0.031 0.060 0.154 0.004 0.001 0.050 0.611 2 G 0.041 0.011 0.003 0.039 0.053 0.076 0.149 0.006 0.001 0.063 0.559 3 T 0.042 0.009 0.002 0.062 0.056 0.092 0.132 0.009 0.001 0.088 0.507 4 S 0.115 0.008 0.002 0.076 0.028 0.078 0.118 0.005 0.001 0.108 0.461 5 E 0.043 0.002 0.001 0.071 0.028 0.062 0.125 0.003 0.001 0.065 0.600 6 A 0.012 0.001 0.001 0.040 0.022 0.035 0.116 0.001 0.001 0.023 0.751 7 A 0.014 0.002 0.001 0.021 0.038 0.035 0.129 0.003 0.001 0.027 0.731 8 P 0.044 0.005 0.001 0.011 0.015 0.014 0.141 0.007 0.001 0.026 0.735 9 P 0.104 0.010 0.001 0.008 0.013 0.015 0.128 0.021 0.001 0.046 0.653 10 P 0.185 0.032 0.002 0.014 0.007 0.013 0.099 0.009 0.001 0.049 0.590 11 F 0.098 0.026 0.002 0.029 0.012 0.031 0.105 0.007 0.001 0.057 0.632 12 A 0.083 0.011 0.002 0.037 0.036 0.046 0.113 0.002 0.001 0.048 0.622 13 R 0.011 0.003 0.001 0.059 0.046 0.068 0.149 0.001 0.001 0.031 0.629 14 V 0.081 0.035 0.001 0.051 0.032 0.032 0.159 0.005 0.001 0.038 0.566 15 A 0.199 0.047 0.002 0.049 0.018 0.017 0.189 0.018 0.001 0.067 0.392 16 P 0.027 0.042 0.002 0.105 0.021 0.040 0.175 0.007 0.001 0.068 0.512 17 A 0.019 0.019 0.002 0.220 0.059 0.135 0.111 0.004 0.001 0.113 0.318 18 L 0.017 0.008 0.002 0.332 0.094 0.101 0.081 0.002 0.001 0.097 0.265 19 F 0.016 0.020 0.002 0.386 0.087 0.145 0.074 0.002 0.001 0.074 0.193 20 I 0.099 0.040 0.004 0.190 0.055 0.087 0.093 0.003 0.002 0.054 0.373 21 G 0.040 0.069 0.002 0.103 0.044 0.094 0.135 0.010 0.002 0.045 0.457 22 N 0.111 0.363 0.004 0.021 0.012 0.026 0.104 0.010 0.003 0.042 0.305 23 A 0.174 0.273 0.013 0.022 0.021 0.028 0.083 0.019 0.005 0.078 0.283 24 R 0.143 0.293 0.005 0.009 0.010 0.016 0.071 0.018 0.002 0.067 0.366 25 A 0.193 0.143 0.005 0.007 0.009 0.011 0.069 0.007 0.002 0.236 0.318 26 A 0.055 0.403 0.005 0.012 0.003 0.007 0.063 0.004 0.001 0.098 0.348 27 G 0.014 0.637 0.002 0.005 0.006 0.007 0.042 0.003 0.001 0.054 0.230 28 A 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 29 T 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 30 E 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.010 31 L 0.007 0.904 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.053 0.019 32 L 0.012 0.009 0.531 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.374 0.053 0.013 33 V 0.853 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.002 0.032 0.080 34 R 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.018 0.923 35 A 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.009 0.885 36 G 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.016 0.179 0.004 0.001 0.032 0.747 37 I 0.012 0.005 0.001 0.044 0.009 0.009 0.111 0.001 0.001 0.073 0.735 38 T 0.002 0.003 0.001 0.737 0.017 0.033 0.032 0.001 0.001 0.070 0.104 39 L 0.002 0.002 0.001 0.576 0.026 0.058 0.034 0.001 0.001 0.052 0.249 40 C 0.001 0.001 0.001 0.836 0.045 0.036 0.012 0.001 0.001 0.021 0.047 41 V 0.002 0.001 0.001 0.723 0.057 0.060 0.023 0.001 0.001 0.035 0.098 42 N 0.048 0.004 0.002 0.545 0.034 0.076 0.057 0.003 0.002 0.070 0.160 43 V 0.086 0.006 0.002 0.257 0.026 0.075 0.127 0.006 0.002 0.066 0.347 44 S 0.082 0.003 0.001 0.057 0.047 0.098 0.129 0.002 0.001 0.060 0.520 45 R 0.011 0.002 0.002 0.065 0.044 0.103 0.150 0.002 0.001 0.042 0.579 46 Q 0.030 0.004 0.002 0.018 0.025 0.032 0.111 0.002 0.001 0.035 0.740 47 Q 0.135 0.006 0.001 0.009 0.032 0.033 0.124 0.017 0.001 0.086 0.556 48 P 0.051 0.004 0.001 0.004 0.004 0.007 0.106 0.004 0.001 0.034 0.785 49 G 0.096 0.003 0.001 0.005 0.013 0.023 0.103 0.003 0.001 0.037 0.715 50 P 0.006 0.001 0.001 0.007 0.009 0.017 0.124 0.001 0.001 0.021 0.813 51 R 0.110 0.008 0.002 0.007 0.012 0.016 0.094 0.006 0.001 0.024 0.720 52 A 0.418 0.010 0.001 0.006 0.010 0.007 0.076 0.009 0.001 0.051 0.413 53 P 0.023 0.004 0.001 0.007 0.009 0.018 0.140 0.003 0.001 0.018 0.777 54 G 0.024 0.012 0.001 0.033 0.021 0.060 0.113 0.003 0.001 0.024 0.709 55 V 0.019 0.005 0.002 0.085 0.165 0.145 0.114 0.003 0.001 0.046 0.413 56 A 0.019 0.003 0.002 0.135 0.122 0.275 0.055 0.003 0.001 0.055 0.329 57 E 0.029 0.001 0.001 0.122 0.092 0.103 0.064 0.001 0.001 0.044 0.544 58 L 0.005 0.001 0.001 0.127 0.159 0.145 0.076 0.001 0.001 0.014 0.472 59 R 0.005 0.001 0.001 0.055 0.048 0.054 0.089 0.001 0.001 0.015 0.731 60 V 0.004 0.001 0.001 0.047 0.182 0.112 0.133 0.011 0.001 0.028 0.482 61 P 0.042 0.003 0.001 0.095 0.021 0.042 0.138 0.005 0.001 0.038 0.616 62 V 0.250 0.004 0.001 0.058 0.021 0.025 0.085 0.003 0.001 0.063 0.489 63 F 0.011 0.003 0.001 0.039 0.012 0.022 0.139 0.001 0.001 0.029 0.743 64 D 0.005 0.004 0.001 0.016 0.006 0.012 0.118 0.001 0.001 0.011 0.826 65 D 0.269 0.059 0.002 0.025 0.022 0.015 0.126 0.008 0.001 0.105 0.367 66 P 0.033 0.189 0.002 0.011 0.003 0.003 0.095 0.003 0.001 0.032 0.627 67 A 0.103 0.687 0.002 0.002 0.001 0.003 0.025 0.012 0.001 0.005 0.160 68 E 0.158 0.386 0.002 0.006 0.004 0.005 0.034 0.009 0.001 0.121 0.274 69 D 0.024 0.514 0.010 0.004 0.004 0.007 0.065 0.006 0.005 0.170 0.192 70 L 0.310 0.465 0.010 0.003 0.005 0.009 0.029 0.032 0.003 0.040 0.093 71 L 0.359 0.203 0.006 0.008 0.009 0.012 0.050 0.023 0.005 0.036 0.288 72 T 0.137 0.057 0.001 0.009 0.008 0.022 0.155 0.002 0.001 0.029 0.579 73 H 0.005 0.048 0.003 0.027 0.004 0.011 0.096 0.001 0.001 0.142 0.662 74 L 0.012 0.752 0.002 0.002 0.003 0.004 0.035 0.006 0.001 0.038 0.146 75 E 0.025 0.896 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.018 0.045 76 P 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.023 77 T 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 78 C 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 79 A 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.007 80 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 81 M 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.004 0.009 82 E 0.017 0.667 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.255 0.043 83 A 0.013 0.655 0.025 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.015 0.171 0.094 84 A 0.042 0.026 0.471 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.284 0.091 0.060 85 V 0.691 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 0.011 0.034 0.223 86 R 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.017 0.853 87 D 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 0.008 0.907 88 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.147 0.001 0.001 0.020 0.813 89 G 0.002 0.001 0.001 0.060 0.063 0.076 0.140 0.001 0.001 0.077 0.580 90 S 0.001 0.001 0.001 0.243 0.068 0.224 0.052 0.001 0.001 0.129 0.283 91 C 0.001 0.001 0.001 0.274 0.217 0.346 0.014 0.001 0.001 0.051 0.097 92 L 0.001 0.001 0.001 0.331 0.282 0.294 0.007 0.001 0.001 0.024 0.059 93 V 0.001 0.001 0.001 0.350 0.345 0.176 0.004 0.001 0.001 0.076 0.047 94 Y 0.003 0.001 0.001 0.313 0.181 0.227 0.016 0.001 0.001 0.194 0.062 95 C 0.086 0.002 0.001 0.163 0.169 0.243 0.045 0.003 0.002 0.142 0.144 96 K 0.057 0.002 0.001 0.064 0.141 0.201 0.083 0.002 0.002 0.058 0.391 97 N 0.010 0.002 0.001 0.052 0.071 0.128 0.140 0.002 0.001 0.028 0.566 98 G 0.047 0.035 0.002 0.036 0.047 0.072 0.141 0.004 0.002 0.084 0.530 99 R 0.034 0.195 0.002 0.018 0.040 0.046 0.106 0.007 0.001 0.088 0.462 100 S 0.026 0.644 0.001 0.007 0.007 0.018 0.036 0.002 0.001 0.051 0.207 101 R 0.007 0.857 0.001 0.004 0.005 0.009 0.013 0.001 0.001 0.048 0.056 102 S 0.003 0.920 0.001 0.003 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.036 0.021 103 A 0.001 0.826 0.001 0.002 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.143 0.006 104 A 0.001 0.950 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 105 V 0.001 0.981 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 106 C 0.001 0.973 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 107 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 108 A 0.010 0.868 0.002 0.005 0.007 0.005 0.005 0.002 0.001 0.079 0.018 109 Y 0.020 0.734 0.007 0.007 0.008 0.010 0.012 0.003 0.002 0.162 0.036 110 L 0.066 0.453 0.031 0.021 0.014 0.014 0.040 0.009 0.013 0.217 0.121 111 M 0.132 0.052 0.163 0.027 0.015 0.017 0.078 0.014 0.097 0.179 0.226 112 R 0.294 0.030 0.006 0.021 0.011 0.020 0.090 0.010 0.005 0.057 0.456 113 H 0.120 0.015 0.001 0.012 0.003 0.009 0.086 0.003 0.002 0.034 0.714 114 R 0.026 0.018 0.001 0.009 0.003 0.008 0.125 0.002 0.001 0.024 0.784 115 G 0.026 0.055 0.001 0.009 0.006 0.012 0.095 0.002 0.001 0.029 0.765 116 H 0.008 0.076 0.001 0.018 0.017 0.018 0.123 0.006 0.001 0.053 0.680 117 S 0.022 0.863 0.001 0.003 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.039 0.053 118 L 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.016 119 D 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.016 120 R 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 121 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 122 F 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.009 123 Q 0.011 0.617 0.005 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.307 0.044 124 M 0.052 0.342 0.089 0.004 0.001 0.002 0.034 0.012 0.028 0.357 0.080 125 V 0.297 0.129 0.095 0.011 0.002 0.004 0.045 0.056 0.044 0.154 0.164 126 K 0.286 0.020 0.003 0.007 0.002 0.005 0.063 0.002 0.003 0.039 0.569 127 S 0.010 0.006 0.001 0.007 0.003 0.006 0.086 0.001 0.001 0.008 0.872 128 A 0.023 0.010 0.003 0.011 0.003 0.006 0.126 0.007 0.001 0.022 0.788 129 R 0.193 0.010 0.002 0.015 0.012 0.011 0.141 0.052 0.001 0.072 0.492 130 P 0.074 0.005 0.001 0.066 0.005 0.011 0.101 0.003 0.001 0.043 0.691 131 V 0.013 0.004 0.001 0.171 0.012 0.048 0.117 0.001 0.001 0.042 0.591 132 A 0.008 0.003 0.001 0.236 0.032 0.041 0.117 0.001 0.001 0.031 0.532 133 E 0.041 0.016 0.002 0.163 0.054 0.053 0.167 0.002 0.001 0.070 0.432 134 P 0.008 0.024 0.001 0.045 0.006 0.010 0.120 0.003 0.001 0.062 0.721 135 N 0.082 0.819 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.015 0.061 136 L 0.035 0.841 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.031 0.072 137 G 0.006 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.038 0.051 138 F 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 139 W 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 140 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 141 Q 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 142 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 143 Q 0.015 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.225 0.015 144 K 0.006 0.124 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.814 0.034 145 Y 0.029 0.732 0.013 0.002 0.001 0.001 0.020 0.014 0.003 0.118 0.069 146 E 0.049 0.747 0.013 0.002 0.001 0.001 0.011 0.017 0.004 0.033 0.124 147 Q 0.025 0.720 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.002 0.019 0.207 148 T 0.106 0.471 0.022 0.001 0.001 0.003 0.034 0.011 0.015 0.038 0.298 149 L 0.236 0.430 0.022 0.002 0.001 0.002 0.026 0.032 0.012 0.052 0.185 150 Q 0.243 0.142 0.025 0.004 0.001 0.003 0.069 0.013 0.027 0.039 0.434 151 A 0.133 0.062 0.010 0.008 0.002 0.005 0.074 0.006 0.003 0.025 0.672 152 Q 0.070 0.008 0.001 0.010 0.006 0.009 0.092 0.003 0.001 0.043 0.758 153 A 0.011 0.002 0.001 0.035 0.022 0.037 0.128 0.002 0.001 0.038 0.723 154 I 0.007 0.002 0.001 0.038 0.007 0.016 0.083 0.001 0.001 0.020 0.825 155 L 0.058 0.001 0.001 0.019 0.077 0.046 0.120 0.012 0.001 0.080 0.585 156 P 0.015 0.001 0.001 0.033 0.006 0.012 0.111 0.002 0.001 0.026 0.794 157 R 0.036 0.002 0.001 0.030 0.011 0.020 0.111 0.004 0.001 0.027 0.760 158 E 0.082 0.002 0.001 0.020 0.014 0.014 0.126 0.002 0.001 0.048 0.690 159 P 0.004 0.001 0.001 0.010 0.010 0.016 0.149 0.001 0.001 0.015 0.795 160 I 0.044 0.008 0.001 0.020 0.011 0.017 0.116 0.003 0.001 0.025 0.752 161 D 0.386 0.056 0.003 0.013 0.008 0.008 0.089 0.013 0.002 0.085 0.337 162 P 0.201 0.048 0.002 0.008 0.004 0.008 0.106 0.005 0.001 0.051 0.564 163 E 0.074 0.035 0.002 0.015 0.011 0.027 0.109 0.004 0.001 0.028 0.695