# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.008 0.025 0.029 0.079 0.146 0.037 0.665 2 G 0.047 0.017 0.044 0.091 0.121 0.152 0.068 0.461 3 T 0.095 0.023 0.025 0.042 0.055 0.097 0.077 0.587 4 S 0.262 0.031 0.022 0.038 0.048 0.089 0.115 0.394 5 E 0.074 0.011 0.017 0.019 0.033 0.133 0.052 0.661 6 A 0.033 0.006 0.013 0.015 0.024 0.133 0.030 0.746 7 A 0.042 0.014 0.012 0.014 0.023 0.136 0.035 0.725 8 P 0.065 0.028 0.012 0.012 0.020 0.120 0.045 0.697 9 P 0.116 0.041 0.022 0.026 0.031 0.118 0.072 0.574 10 P 0.153 0.052 0.024 0.023 0.039 0.094 0.089 0.526 11 F 0.117 0.028 0.029 0.029 0.051 0.105 0.070 0.571 12 A 0.032 0.016 0.044 0.054 0.087 0.119 0.063 0.586 13 R 0.004 0.006 0.065 0.040 0.085 0.147 0.043 0.611 14 V 0.029 0.010 0.082 0.038 0.045 0.145 0.065 0.587 15 A 0.208 0.032 0.076 0.053 0.035 0.119 0.164 0.312 16 P 0.021 0.018 0.108 0.022 0.056 0.129 0.075 0.571 17 A 0.010 0.009 0.310 0.037 0.141 0.090 0.107 0.295 18 L 0.012 0.009 0.309 0.128 0.148 0.074 0.085 0.235 19 F 0.020 0.024 0.364 0.093 0.134 0.073 0.054 0.238 20 I 0.031 0.051 0.204 0.074 0.120 0.107 0.052 0.362 21 G 0.041 0.123 0.163 0.043 0.059 0.122 0.068 0.381 22 N 0.144 0.432 0.036 0.011 0.016 0.061 0.059 0.240 23 A 0.152 0.302 0.070 0.016 0.014 0.066 0.153 0.228 24 R 0.172 0.353 0.022 0.009 0.009 0.057 0.085 0.293 25 A 0.222 0.166 0.013 0.003 0.004 0.046 0.296 0.250 26 A 0.044 0.294 0.008 0.005 0.005 0.081 0.094 0.470 27 G 0.023 0.505 0.003 0.003 0.005 0.034 0.042 0.385 28 A 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.027 29 T 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 30 E 0.005 0.968 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.009 31 L 0.033 0.902 0.012 0.003 0.005 0.005 0.022 0.019 32 L 0.147 0.015 0.375 0.007 0.003 0.009 0.418 0.025 33 V 0.937 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 0.031 34 R 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.930 35 A 0.001 0.001 0.019 0.002 0.008 0.274 0.007 0.688 36 G 0.002 0.001 0.020 0.004 0.016 0.060 0.018 0.880 37 I 0.009 0.003 0.057 0.115 0.036 0.136 0.035 0.608 38 T 0.001 0.001 0.670 0.041 0.091 0.021 0.073 0.101 39 L 0.002 0.003 0.519 0.173 0.154 0.016 0.065 0.067 40 C 0.001 0.001 0.916 0.028 0.020 0.002 0.015 0.017 41 V 0.002 0.003 0.793 0.078 0.047 0.008 0.036 0.033 42 N 0.014 0.009 0.679 0.067 0.089 0.023 0.067 0.053 43 V 0.070 0.016 0.266 0.053 0.096 0.093 0.092 0.313 44 S 0.129 0.012 0.091 0.041 0.057 0.109 0.102 0.459 45 R 0.040 0.008 0.025 0.020 0.039 0.138 0.059 0.672 46 Q 0.039 0.005 0.012 0.010 0.022 0.136 0.029 0.745 47 Q 0.056 0.008 0.016 0.031 0.032 0.157 0.058 0.642 48 P 0.057 0.009 0.010 0.012 0.018 0.106 0.030 0.758 49 G 0.198 0.018 0.012 0.022 0.029 0.112 0.056 0.551 50 P 0.019 0.005 0.013 0.019 0.022 0.117 0.036 0.768 51 R 0.149 0.015 0.009 0.011 0.018 0.084 0.039 0.673 52 A 0.342 0.021 0.010 0.014 0.016 0.093 0.065 0.438 53 P 0.024 0.010 0.018 0.014 0.029 0.125 0.020 0.760 54 G 0.039 0.011 0.029 0.020 0.078 0.105 0.059 0.658 55 V 0.045 0.009 0.055 0.084 0.090 0.118 0.097 0.503 56 A 0.045 0.007 0.092 0.125 0.222 0.076 0.063 0.370 57 E 0.010 0.002 0.062 0.067 0.127 0.068 0.043 0.622 58 L 0.003 0.001 0.223 0.174 0.261 0.084 0.028 0.227 59 R 0.007 0.001 0.120 0.088 0.194 0.068 0.051 0.472 60 V 0.018 0.002 0.127 0.238 0.162 0.080 0.045 0.328 61 P 0.034 0.004 0.150 0.066 0.116 0.091 0.059 0.479 62 V 0.084 0.008 0.058 0.054 0.067 0.136 0.062 0.530 63 F 0.019 0.007 0.055 0.024 0.033 0.125 0.032 0.704 64 D 0.071 0.031 0.014 0.007 0.010 0.112 0.035 0.719 65 D 0.235 0.155 0.018 0.013 0.010 0.118 0.081 0.371 66 P 0.105 0.328 0.008 0.004 0.005 0.082 0.028 0.440 67 A 0.224 0.430 0.007 0.002 0.005 0.042 0.051 0.239 68 E 0.086 0.144 0.014 0.008 0.009 0.081 0.357 0.302 69 D 0.050 0.316 0.010 0.007 0.009 0.070 0.286 0.252 70 L 0.099 0.500 0.008 0.004 0.008 0.047 0.091 0.243 71 L 0.125 0.487 0.011 0.006 0.011 0.055 0.059 0.246 72 T 0.038 0.161 0.009 0.006 0.010 0.074 0.286 0.417 73 H 0.006 0.152 0.007 0.003 0.004 0.053 0.612 0.163 74 L 0.012 0.850 0.002 0.001 0.001 0.013 0.081 0.040 75 E 0.013 0.910 0.002 0.001 0.001 0.006 0.046 0.022 76 P 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 77 T 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 78 C 0.004 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 79 A 0.002 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 80 A 0.003 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 81 M 0.003 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 82 E 0.008 0.950 0.009 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 83 A 0.041 0.737 0.025 0.005 0.003 0.012 0.084 0.093 84 A 0.116 0.027 0.222 0.017 0.007 0.022 0.507 0.082 85 V 0.650 0.004 0.010 0.002 0.002 0.023 0.101 0.207 86 R 0.342 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.010 0.631 87 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.002 0.920 88 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.101 0.004 0.882 89 G 0.003 0.001 0.108 0.066 0.105 0.200 0.035 0.482 90 S 0.001 0.001 0.369 0.216 0.166 0.026 0.054 0.168 91 C 0.001 0.002 0.518 0.220 0.146 0.009 0.029 0.075 92 L 0.001 0.001 0.780 0.100 0.078 0.004 0.012 0.026 93 V 0.001 0.001 0.643 0.209 0.099 0.004 0.027 0.016 94 Y 0.007 0.005 0.662 0.085 0.117 0.015 0.072 0.038 95 C 0.220 0.012 0.220 0.090 0.140 0.070 0.072 0.176 96 K 0.070 0.007 0.054 0.054 0.079 0.100 0.074 0.562 97 N 0.012 0.008 0.029 0.010 0.044 0.126 0.032 0.738 98 G 0.024 0.028 0.041 0.040 0.086 0.152 0.188 0.442 99 R 0.020 0.149 0.028 0.053 0.046 0.110 0.120 0.475 100 S 0.009 0.747 0.011 0.007 0.011 0.030 0.048 0.136 101 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 102 S 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 103 A 0.001 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.001 104 A 0.001 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 105 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 106 C 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 107 T 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 108 A 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 109 Y 0.005 0.939 0.004 0.005 0.004 0.002 0.037 0.004 110 L 0.049 0.697 0.012 0.009 0.008 0.019 0.164 0.042 111 M 0.097 0.137 0.097 0.043 0.026 0.043 0.391 0.165 112 R 0.424 0.030 0.008 0.011 0.010 0.039 0.030 0.447 113 H 0.137 0.003 0.003 0.002 0.002 0.053 0.026 0.773 114 R 0.007 0.006 0.003 0.003 0.006 0.130 0.009 0.835 115 G 0.006 0.008 0.002 0.001 0.003 0.073 0.006 0.900 116 H 0.019 0.056 0.010 0.023 0.006 0.117 0.028 0.742 117 S 0.050 0.862 0.003 0.002 0.001 0.010 0.020 0.052 118 L 0.060 0.904 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.017 119 D 0.012 0.901 0.008 0.003 0.002 0.006 0.035 0.034 120 R 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 121 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 122 F 0.012 0.925 0.004 0.002 0.002 0.003 0.040 0.012 123 Q 0.016 0.429 0.016 0.015 0.013 0.019 0.371 0.121 124 M 0.021 0.191 0.031 0.010 0.012 0.030 0.633 0.072 125 V 0.395 0.181 0.033 0.016 0.016 0.036 0.199 0.123 126 K 0.254 0.025 0.010 0.010 0.012 0.054 0.031 0.605 127 S 0.005 0.004 0.006 0.003 0.006 0.062 0.019 0.895 128 A 0.022 0.007 0.030 0.014 0.025 0.190 0.043 0.668 129 R 0.106 0.006 0.037 0.049 0.047 0.152 0.080 0.522 130 P 0.026 0.004 0.027 0.019 0.022 0.096 0.023 0.783 131 V 0.006 0.003 0.133 0.060 0.147 0.110 0.044 0.497 132 A 0.020 0.007 0.075 0.043 0.063 0.101 0.035 0.655 133 E 0.081 0.032 0.117 0.145 0.074 0.107 0.070 0.374 134 P 0.032 0.076 0.016 0.008 0.012 0.084 0.013 0.760 135 N 0.138 0.663 0.005 0.003 0.004 0.027 0.045 0.114 136 L 0.051 0.704 0.009 0.004 0.004 0.036 0.034 0.158 137 G 0.026 0.766 0.007 0.004 0.006 0.018 0.109 0.065 138 F 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 139 W 0.024 0.914 0.003 0.001 0.002 0.005 0.036 0.016 140 A 0.005 0.924 0.003 0.003 0.002 0.004 0.025 0.034 141 Q 0.007 0.952 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.016 142 L 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 143 Q 0.010 0.919 0.002 0.001 0.001 0.004 0.040 0.024 144 K 0.007 0.444 0.003 0.001 0.001 0.008 0.500 0.037 145 Y 0.004 0.863 0.001 0.001 0.001 0.002 0.124 0.006 146 E 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 147 Q 0.012 0.923 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 0.040 148 T 0.036 0.714 0.032 0.004 0.003 0.020 0.130 0.062 149 L 0.151 0.509 0.026 0.005 0.004 0.033 0.126 0.146 150 Q 0.301 0.170 0.033 0.005 0.005 0.051 0.141 0.293 151 A 0.114 0.079 0.012 0.005 0.006 0.072 0.063 0.649 152 Q 0.052 0.019 0.018 0.006 0.010 0.077 0.042 0.775 153 A 0.016 0.010 0.030 0.024 0.029 0.138 0.042 0.711 154 I 0.030 0.006 0.024 0.014 0.024 0.111 0.024 0.767 155 L 0.156 0.006 0.025 0.038 0.034 0.136 0.057 0.547 156 P 0.033 0.003 0.014 0.013 0.016 0.098 0.026 0.797 157 R 0.048 0.004 0.013 0.013 0.023 0.092 0.022 0.784 158 E 0.100 0.007 0.016 0.022 0.021 0.132 0.036 0.668 159 P 0.024 0.007 0.013 0.018 0.026 0.150 0.023 0.740 160 I 0.019 0.004 0.007 0.006 0.010 0.092 0.015 0.847 161 D 0.398 0.039 0.007 0.017 0.014 0.085 0.090 0.351 162 P 0.144 0.054 0.008 0.010 0.015 0.100 0.053 0.615 163 E 0.054 0.035 0.013 0.016 0.043 0.110 0.036 0.694