# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.046 0.034 0.079 0.082 0.105 0.160 0.129 0.126 0.105 0.080 2 G 0.116 0.114 0.066 0.142 0.124 0.113 0.112 0.082 0.065 0.041 0.026 3 T 0.028 0.030 0.023 0.054 0.060 0.078 0.138 0.133 0.163 0.154 0.141 4 S 0.087 0.086 0.052 0.125 0.120 0.112 0.134 0.087 0.084 0.062 0.051 5 E 0.090 0.078 0.055 0.152 0.114 0.099 0.129 0.079 0.086 0.070 0.049 6 A 0.090 0.078 0.048 0.113 0.105 0.106 0.142 0.094 0.093 0.076 0.056 7 A 0.057 0.081 0.033 0.111 0.100 0.108 0.159 0.114 0.103 0.078 0.056 8 P 0.096 0.090 0.045 0.122 0.117 0.115 0.132 0.095 0.084 0.062 0.042 9 P 0.176 0.105 0.065 0.137 0.116 0.102 0.102 0.067 0.060 0.042 0.028 10 P 0.090 0.116 0.044 0.149 0.145 0.122 0.127 0.083 0.063 0.039 0.023 11 F 0.017 0.016 0.011 0.032 0.042 0.061 0.132 0.136 0.193 0.186 0.173 12 A 0.105 0.072 0.072 0.141 0.124 0.109 0.127 0.078 0.076 0.055 0.040 13 R 0.052 0.088 0.088 0.219 0.158 0.120 0.124 0.063 0.043 0.029 0.017 14 V 0.007 0.012 0.010 0.020 0.027 0.042 0.116 0.152 0.193 0.220 0.201 15 A 0.051 0.066 0.027 0.108 0.123 0.134 0.158 0.125 0.098 0.065 0.045 16 P 0.126 0.123 0.118 0.197 0.155 0.106 0.069 0.039 0.037 0.020 0.010 17 A 0.034 0.031 0.024 0.102 0.138 0.158 0.201 0.120 0.095 0.061 0.037 18 L 0.002 0.003 0.004 0.011 0.016 0.028 0.092 0.127 0.226 0.244 0.247 19 F 0.003 0.007 0.017 0.041 0.051 0.066 0.154 0.173 0.179 0.165 0.144 20 I 0.003 0.006 0.027 0.028 0.038 0.050 0.110 0.148 0.184 0.207 0.200 21 G 0.010 0.018 0.026 0.050 0.074 0.102 0.171 0.171 0.167 0.119 0.092 22 N 0.027 0.047 0.029 0.098 0.098 0.102 0.160 0.135 0.144 0.097 0.065 23 A 0.044 0.027 0.020 0.056 0.069 0.093 0.172 0.126 0.155 0.132 0.104 24 R 0.168 0.156 0.093 0.225 0.138 0.089 0.071 0.027 0.019 0.009 0.005 25 A 0.043 0.049 0.048 0.116 0.102 0.113 0.217 0.119 0.092 0.065 0.036 26 A 0.094 0.050 0.060 0.075 0.072 0.088 0.164 0.127 0.110 0.091 0.070 27 G 0.163 0.226 0.158 0.214 0.105 0.065 0.041 0.015 0.008 0.003 0.001 28 A 0.069 0.188 0.129 0.131 0.120 0.113 0.109 0.068 0.040 0.023 0.010 29 T 0.102 0.071 0.036 0.133 0.150 0.171 0.180 0.078 0.048 0.021 0.011 30 E 0.498 0.105 0.208 0.107 0.049 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 31 L 0.012 0.019 0.040 0.143 0.139 0.159 0.282 0.120 0.049 0.026 0.011 32 L 0.001 0.001 0.015 0.004 0.004 0.009 0.045 0.076 0.202 0.293 0.349 33 V 0.005 0.027 0.158 0.182 0.199 0.177 0.171 0.046 0.019 0.012 0.004 34 R 0.030 0.067 0.628 0.135 0.072 0.041 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 35 A 0.025 0.017 0.018 0.040 0.055 0.142 0.310 0.206 0.103 0.055 0.027 36 G 0.274 0.304 0.083 0.128 0.089 0.052 0.028 0.024 0.012 0.004 0.001 37 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.012 0.036 0.101 0.140 0.220 0.234 0.245 38 T 0.071 0.136 0.120 0.296 0.203 0.100 0.045 0.016 0.008 0.003 0.002 39 L 0.001 0.002 0.004 0.018 0.026 0.044 0.160 0.149 0.191 0.233 0.172 40 C 0.001 0.002 0.006 0.012 0.015 0.018 0.054 0.106 0.191 0.263 0.332 41 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.029 0.103 0.173 0.276 0.233 0.165 42 N 0.005 0.018 0.059 0.123 0.156 0.133 0.159 0.140 0.094 0.066 0.047 43 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.014 0.062 0.105 0.234 0.271 0.298 44 S 0.030 0.028 0.024 0.063 0.080 0.083 0.161 0.158 0.156 0.126 0.092 45 R 0.081 0.101 0.091 0.194 0.143 0.112 0.125 0.056 0.047 0.030 0.020 46 Q 0.152 0.130 0.065 0.156 0.142 0.121 0.118 0.054 0.034 0.019 0.010 47 Q 0.195 0.113 0.035 0.104 0.093 0.088 0.129 0.094 0.073 0.049 0.028 48 P 0.303 0.164 0.057 0.125 0.100 0.079 0.072 0.044 0.030 0.016 0.010 49 G 0.299 0.154 0.075 0.137 0.112 0.077 0.062 0.037 0.025 0.014 0.008 50 P 0.231 0.135 0.065 0.113 0.100 0.085 0.093 0.061 0.053 0.036 0.029 51 R 0.197 0.204 0.051 0.165 0.117 0.085 0.080 0.045 0.029 0.016 0.010 52 A 0.237 0.152 0.055 0.119 0.103 0.086 0.085 0.064 0.048 0.031 0.020 53 P 0.347 0.199 0.056 0.135 0.096 0.066 0.043 0.027 0.018 0.009 0.005 54 G 0.321 0.215 0.059 0.133 0.105 0.069 0.040 0.027 0.019 0.008 0.003 55 V 0.054 0.039 0.020 0.055 0.070 0.094 0.151 0.137 0.146 0.124 0.110 56 A 0.122 0.150 0.077 0.208 0.149 0.106 0.087 0.045 0.031 0.016 0.009 57 E 0.032 0.040 0.073 0.125 0.105 0.105 0.147 0.103 0.105 0.098 0.067 58 L 0.020 0.029 0.034 0.072 0.082 0.106 0.186 0.138 0.127 0.118 0.088 59 R 0.036 0.058 0.050 0.143 0.133 0.128 0.144 0.117 0.094 0.065 0.033 60 V 0.014 0.014 0.017 0.032 0.046 0.074 0.137 0.158 0.183 0.184 0.142 61 P 0.121 0.112 0.061 0.178 0.153 0.115 0.098 0.067 0.050 0.028 0.018 62 V 0.024 0.016 0.014 0.030 0.036 0.049 0.111 0.117 0.193 0.212 0.198 63 F 0.101 0.110 0.041 0.134 0.127 0.109 0.132 0.085 0.070 0.049 0.042 64 D 0.098 0.093 0.038 0.113 0.091 0.090 0.140 0.099 0.099 0.078 0.062 65 D 0.294 0.188 0.049 0.139 0.102 0.072 0.062 0.038 0.027 0.018 0.012 66 P 0.323 0.235 0.042 0.114 0.087 0.063 0.051 0.033 0.029 0.014 0.008 67 A 0.256 0.144 0.034 0.130 0.117 0.095 0.091 0.052 0.042 0.024 0.015 68 E 0.355 0.134 0.065 0.130 0.100 0.072 0.060 0.033 0.027 0.015 0.008 69 D 0.098 0.116 0.083 0.195 0.148 0.117 0.114 0.058 0.038 0.021 0.011 70 L 0.015 0.029 0.038 0.052 0.055 0.074 0.151 0.154 0.168 0.150 0.113 71 L 0.028 0.028 0.047 0.098 0.129 0.156 0.205 0.119 0.092 0.061 0.037 72 T 0.179 0.104 0.317 0.215 0.083 0.046 0.029 0.012 0.008 0.004 0.002 73 H 0.008 0.035 0.028 0.079 0.106 0.143 0.247 0.158 0.097 0.065 0.033 74 L 0.005 0.008 0.007 0.015 0.021 0.048 0.146 0.186 0.228 0.184 0.153 75 E 0.153 0.091 0.170 0.246 0.157 0.092 0.051 0.021 0.012 0.006 0.002 76 P 0.062 0.096 0.166 0.241 0.201 0.129 0.066 0.026 0.009 0.003 0.001 77 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.034 0.084 0.254 0.299 0.314 78 C 0.001 0.002 0.005 0.016 0.051 0.138 0.309 0.204 0.145 0.082 0.046 79 A 0.013 0.026 0.581 0.224 0.082 0.036 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 80 A 0.001 0.002 0.010 0.023 0.047 0.117 0.339 0.237 0.119 0.071 0.036 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.057 0.235 0.341 0.349 82 E 0.007 0.013 0.124 0.148 0.245 0.211 0.175 0.046 0.019 0.010 0.003 83 A 0.014 0.029 0.438 0.216 0.128 0.092 0.055 0.019 0.007 0.002 0.001 84 A 0.001 0.001 0.014 0.007 0.007 0.020 0.128 0.117 0.253 0.237 0.213 85 V 0.012 0.022 0.050 0.059 0.080 0.138 0.350 0.132 0.076 0.056 0.025 86 R 0.026 0.073 0.579 0.175 0.066 0.035 0.027 0.009 0.005 0.004 0.002 87 D 0.147 0.177 0.177 0.157 0.119 0.110 0.078 0.025 0.006 0.002 0.001 88 G 0.594 0.175 0.062 0.061 0.038 0.027 0.017 0.013 0.009 0.003 0.001 89 G 0.314 0.099 0.045 0.099 0.110 0.116 0.101 0.049 0.039 0.018 0.011 90 S 0.077 0.105 0.106 0.213 0.202 0.130 0.087 0.038 0.026 0.011 0.006 91 C 0.001 0.001 0.005 0.011 0.016 0.032 0.129 0.136 0.192 0.230 0.247 92 L 0.001 0.003 0.018 0.032 0.049 0.069 0.154 0.199 0.169 0.161 0.146 93 V 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.018 0.063 0.131 0.233 0.278 0.254 94 Y 0.001 0.004 0.015 0.022 0.040 0.055 0.115 0.176 0.207 0.190 0.176 95 C 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.028 0.086 0.126 0.251 0.250 0.232 96 K 0.044 0.066 0.060 0.159 0.156 0.140 0.149 0.086 0.070 0.042 0.027 97 N 0.022 0.031 0.019 0.074 0.083 0.121 0.219 0.144 0.126 0.095 0.066 98 G 0.055 0.047 0.027 0.064 0.062 0.075 0.131 0.124 0.153 0.139 0.123 99 R 0.052 0.059 0.029 0.110 0.113 0.133 0.183 0.111 0.093 0.067 0.050 100 S 0.056 0.075 0.064 0.132 0.117 0.113 0.132 0.089 0.091 0.073 0.057 101 R 0.013 0.024 0.015 0.077 0.096 0.130 0.221 0.133 0.115 0.096 0.080 102 S 0.011 0.022 0.018 0.076 0.081 0.095 0.160 0.130 0.160 0.141 0.108 103 A 0.001 0.003 0.004 0.026 0.044 0.074 0.185 0.154 0.180 0.172 0.156 104 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.031 0.051 0.152 0.171 0.210 0.193 0.174 105 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.016 0.075 0.132 0.229 0.254 0.278 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.036 0.122 0.240 0.294 0.297 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.127 0.276 0.261 0.295 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.039 0.120 0.293 0.255 0.283 109 Y 0.001 0.001 0.004 0.007 0.023 0.047 0.187 0.275 0.217 0.140 0.100 110 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.011 0.069 0.138 0.265 0.252 0.256 111 M 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.017 0.090 0.137 0.233 0.257 0.251 112 R 0.006 0.018 0.061 0.123 0.140 0.161 0.266 0.109 0.061 0.038 0.018 113 H 0.031 0.053 0.135 0.145 0.122 0.158 0.184 0.076 0.051 0.029 0.016 114 R 0.038 0.054 0.036 0.097 0.088 0.133 0.285 0.117 0.078 0.048 0.026 115 G 0.326 0.160 0.091 0.154 0.102 0.067 0.051 0.026 0.014 0.007 0.002 116 H 0.156 0.052 0.044 0.061 0.067 0.108 0.161 0.142 0.097 0.065 0.046 117 S 0.090 0.453 0.083 0.156 0.109 0.060 0.026 0.015 0.006 0.002 0.001 118 L 0.003 0.004 0.004 0.013 0.017 0.040 0.130 0.125 0.203 0.214 0.246 119 D 0.385 0.122 0.144 0.173 0.112 0.040 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 120 R 0.035 0.057 0.089 0.353 0.179 0.135 0.103 0.033 0.012 0.004 0.001 121 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.031 0.079 0.236 0.330 0.310 122 F 0.001 0.003 0.013 0.028 0.076 0.183 0.334 0.171 0.102 0.063 0.025 123 Q 0.010 0.022 0.774 0.111 0.046 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 124 M 0.002 0.006 0.035 0.071 0.099 0.207 0.374 0.141 0.042 0.018 0.007 125 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.026 0.067 0.227 0.337 0.333 126 K 0.010 0.022 0.123 0.140 0.199 0.191 0.197 0.059 0.030 0.020 0.008 127 S 0.018 0.048 0.571 0.161 0.078 0.054 0.038 0.015 0.009 0.006 0.003 128 A 0.020 0.029 0.045 0.088 0.095 0.154 0.287 0.139 0.078 0.045 0.021 129 R 0.038 0.027 0.020 0.040 0.043 0.075 0.173 0.166 0.166 0.149 0.103 130 P 0.112 0.103 0.116 0.172 0.126 0.102 0.103 0.060 0.049 0.034 0.022 131 V 0.069 0.091 0.065 0.139 0.142 0.128 0.135 0.093 0.063 0.045 0.029 132 A 0.037 0.025 0.011 0.030 0.038 0.055 0.115 0.144 0.200 0.177 0.168 133 E 0.269 0.164 0.053 0.181 0.109 0.071 0.059 0.035 0.028 0.018 0.014 134 P 0.071 0.107 0.037 0.100 0.094 0.096 0.129 0.093 0.111 0.091 0.072 135 N 0.105 0.154 0.032 0.153 0.131 0.115 0.127 0.075 0.055 0.031 0.021 136 L 0.229 0.093 0.038 0.129 0.097 0.092 0.111 0.077 0.065 0.044 0.026 137 G 0.295 0.196 0.094 0.197 0.108 0.058 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 138 F 0.005 0.028 0.018 0.031 0.040 0.067 0.134 0.164 0.231 0.170 0.111 139 W 0.003 0.007 0.010 0.044 0.085 0.162 0.292 0.152 0.120 0.075 0.048 140 A 0.081 0.044 0.451 0.228 0.091 0.048 0.032 0.014 0.007 0.004 0.001 141 Q 0.001 0.012 0.035 0.100 0.133 0.213 0.280 0.153 0.050 0.019 0.005 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.224 0.342 0.375 143 Q 0.003 0.008 0.123 0.120 0.243 0.232 0.193 0.049 0.015 0.010 0.002 144 K 0.005 0.025 0.740 0.146 0.046 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.010 0.005 0.006 0.032 0.207 0.198 0.250 0.185 0.107 146 E 0.003 0.010 0.031 0.039 0.073 0.177 0.382 0.132 0.074 0.059 0.019 147 Q 0.011 0.025 0.792 0.116 0.030 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 148 T 0.020 0.041 0.348 0.192 0.119 0.133 0.118 0.022 0.005 0.002 0.001 149 L 0.007 0.006 0.019 0.009 0.010 0.036 0.169 0.193 0.231 0.207 0.114 150 Q 0.048 0.118 0.267 0.235 0.142 0.095 0.065 0.016 0.008 0.004 0.002 151 A 0.056 0.083 0.466 0.158 0.078 0.059 0.055 0.020 0.012 0.009 0.003 152 Q 0.157 0.106 0.195 0.200 0.123 0.090 0.083 0.024 0.013 0.007 0.003 153 A 0.190 0.097 0.109 0.122 0.085 0.102 0.138 0.068 0.050 0.028 0.011 154 I 0.097 0.096 0.143 0.157 0.118 0.097 0.114 0.073 0.051 0.035 0.019 155 L 0.052 0.061 0.072 0.084 0.085 0.112 0.182 0.130 0.097 0.072 0.054 156 P 0.183 0.174 0.142 0.183 0.117 0.075 0.055 0.031 0.021 0.012 0.007 157 R 0.233 0.123 0.074 0.140 0.112 0.090 0.093 0.051 0.041 0.026 0.016 158 E 0.358 0.143 0.052 0.121 0.091 0.069 0.068 0.037 0.032 0.018 0.012 159 P 0.261 0.175 0.059 0.158 0.099 0.073 0.078 0.039 0.031 0.018 0.011 160 I 0.207 0.164 0.068 0.129 0.103 0.084 0.094 0.062 0.042 0.028 0.018 161 D 0.287 0.193 0.063 0.131 0.099 0.075 0.063 0.041 0.026 0.013 0.008 162 P 0.469 0.195 0.073 0.105 0.070 0.040 0.022 0.012 0.008 0.003 0.002 163 E 0.345 0.151 0.062 0.126 0.101 0.074 0.061 0.033 0.026 0.014 0.008