# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.018 0.054 0.024 0.030 0.067 0.014 0.754 2 G 0.233 0.016 0.092 0.043 0.048 0.085 0.033 0.449 3 T 0.116 0.013 0.200 0.040 0.064 0.107 0.008 0.452 4 S 0.025 0.013 0.039 0.050 0.086 0.108 0.005 0.672 5 E 0.051 0.011 0.030 0.021 0.055 0.154 0.006 0.671 6 A 0.096 0.020 0.021 0.019 0.037 0.396 0.019 0.392 7 A 0.253 0.035 0.022 0.017 0.029 0.153 0.026 0.465 8 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 11 F 0.091 0.007 0.021 0.036 0.103 0.063 0.003 0.676 12 A 0.224 0.037 0.049 0.092 0.076 0.065 0.006 0.450 13 R 0.201 0.040 0.055 0.050 0.071 0.064 0.010 0.508 14 V 0.180 0.076 0.133 0.061 0.107 0.085 0.015 0.344 15 A 0.054 0.088 0.118 0.118 0.160 0.080 0.009 0.373 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 17 A 0.047 0.033 0.080 0.058 0.104 0.109 0.020 0.550 18 L 0.431 0.059 0.163 0.054 0.038 0.031 0.033 0.191 19 F 0.096 0.053 0.460 0.096 0.107 0.047 0.022 0.119 20 I 0.052 0.041 0.514 0.076 0.099 0.033 0.007 0.178 21 G 0.048 0.032 0.406 0.070 0.093 0.066 0.012 0.274 22 N 0.051 0.019 0.143 0.029 0.048 0.144 0.012 0.554 23 A 0.026 0.027 0.123 0.014 0.057 0.072 0.006 0.674 24 R 0.024 0.032 0.022 0.009 0.025 0.349 0.006 0.533 25 A 0.086 0.070 0.007 0.004 0.009 0.620 0.011 0.194 26 A 0.215 0.600 0.008 0.004 0.007 0.027 0.006 0.132 27 G 0.117 0.481 0.013 0.008 0.007 0.075 0.027 0.271 28 A 0.259 0.345 0.031 0.008 0.009 0.068 0.035 0.245 29 T 0.102 0.453 0.016 0.005 0.014 0.025 0.013 0.371 30 E 0.028 0.404 0.019 0.007 0.017 0.126 0.007 0.393 31 L 0.025 0.723 0.009 0.005 0.008 0.082 0.004 0.145 32 L 0.024 0.903 0.004 0.002 0.006 0.012 0.003 0.046 33 V 0.005 0.969 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.015 34 R 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 35 A 0.037 0.892 0.006 0.007 0.003 0.001 0.039 0.014 36 G 0.807 0.010 0.005 0.004 0.002 0.002 0.156 0.016 37 I 0.037 0.004 0.898 0.013 0.008 0.008 0.007 0.025 38 T 0.003 0.003 0.738 0.105 0.071 0.017 0.003 0.061 39 L 0.001 0.001 0.758 0.030 0.047 0.015 0.001 0.147 40 C 0.001 0.001 0.964 0.013 0.016 0.002 0.001 0.005 41 V 0.001 0.001 0.972 0.015 0.008 0.001 0.001 0.004 42 N 0.001 0.001 0.787 0.046 0.085 0.012 0.001 0.068 43 V 0.002 0.001 0.721 0.043 0.092 0.029 0.001 0.113 44 S 0.005 0.003 0.118 0.041 0.116 0.511 0.003 0.202 45 R 0.101 0.004 0.046 0.020 0.063 0.179 0.018 0.569 46 Q 0.119 0.015 0.026 0.013 0.023 0.274 0.036 0.495 47 Q 0.277 0.015 0.022 0.024 0.029 0.160 0.030 0.442 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 G 0.010 0.003 0.007 0.025 0.052 0.060 0.003 0.839 50 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 51 R 0.055 0.006 0.010 0.021 0.056 0.083 0.007 0.761 52 A 0.261 0.006 0.020 0.022 0.027 0.075 0.005 0.583 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 G 0.035 0.004 0.014 0.032 0.056 0.106 0.005 0.748 55 V 0.339 0.007 0.045 0.044 0.056 0.070 0.008 0.430 56 A 0.055 0.015 0.079 0.211 0.212 0.074 0.007 0.346 57 E 0.049 0.009 0.061 0.116 0.194 0.060 0.004 0.507 58 L 0.028 0.011 0.221 0.301 0.310 0.027 0.005 0.096 59 R 0.021 0.008 0.091 0.127 0.221 0.036 0.009 0.486 60 V 0.014 0.002 0.346 0.281 0.234 0.015 0.004 0.103 61 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.995 62 V 0.005 0.001 0.109 0.072 0.308 0.064 0.002 0.440 63 F 0.032 0.004 0.075 0.048 0.061 0.117 0.004 0.659 64 D 0.104 0.007 0.063 0.029 0.059 0.104 0.012 0.622 65 D 0.117 0.005 0.025 0.013 0.019 0.196 0.004 0.621 66 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.972 67 A 0.019 0.005 0.006 0.003 0.010 0.687 0.004 0.267 68 E 0.152 0.048 0.008 0.003 0.006 0.452 0.007 0.325 69 D 0.056 0.359 0.007 0.005 0.008 0.083 0.004 0.479 70 L 0.111 0.386 0.011 0.006 0.020 0.106 0.010 0.350 71 L 0.113 0.543 0.013 0.006 0.019 0.132 0.010 0.164 72 T 0.133 0.537 0.004 0.005 0.013 0.104 0.017 0.187 73 H 0.174 0.604 0.003 0.002 0.003 0.025 0.014 0.175 74 L 0.091 0.710 0.010 0.002 0.004 0.020 0.016 0.147 75 E 0.018 0.667 0.010 0.003 0.005 0.029 0.005 0.265 76 P 0.002 0.134 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.853 77 T 0.016 0.820 0.002 0.001 0.003 0.024 0.003 0.130 78 C 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 79 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 80 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 M 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 E 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 83 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 84 A 0.018 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 85 V 0.013 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.013 86 R 0.039 0.860 0.008 0.006 0.007 0.004 0.022 0.053 87 D 0.105 0.597 0.016 0.008 0.007 0.012 0.094 0.161 88 G 0.380 0.127 0.013 0.008 0.003 0.009 0.245 0.215 89 G 0.284 0.025 0.258 0.028 0.009 0.055 0.145 0.197 90 S 0.046 0.003 0.215 0.025 0.031 0.166 0.011 0.503 91 C 0.028 0.003 0.283 0.113 0.166 0.127 0.004 0.275 92 L 0.014 0.003 0.315 0.165 0.237 0.080 0.001 0.185 93 V 0.004 0.002 0.365 0.216 0.272 0.028 0.001 0.112 94 Y 0.003 0.005 0.210 0.210 0.331 0.025 0.001 0.215 95 C 0.003 0.009 0.139 0.208 0.484 0.042 0.002 0.113 96 K 0.013 0.048 0.102 0.191 0.336 0.102 0.005 0.204 97 N 0.040 0.085 0.117 0.128 0.231 0.097 0.022 0.281 98 G 0.299 0.029 0.041 0.049 0.054 0.069 0.064 0.394 99 R 0.162 0.039 0.158 0.042 0.041 0.112 0.023 0.422 100 S 0.016 0.052 0.040 0.042 0.056 0.090 0.009 0.694 101 R 0.048 0.060 0.030 0.021 0.046 0.118 0.013 0.665 102 S 0.039 0.062 0.017 0.009 0.013 0.310 0.009 0.540 103 A 0.047 0.257 0.024 0.015 0.013 0.170 0.009 0.465 104 A 0.027 0.508 0.010 0.010 0.011 0.173 0.004 0.256 105 V 0.028 0.641 0.007 0.013 0.023 0.170 0.003 0.115 106 C 0.002 0.978 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.008 107 T 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 108 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 113 H 0.016 0.961 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 114 R 0.057 0.825 0.008 0.004 0.003 0.004 0.049 0.049 115 G 0.438 0.195 0.025 0.006 0.004 0.009 0.141 0.183 116 H 0.307 0.080 0.271 0.012 0.009 0.064 0.032 0.224 117 S 0.029 0.039 0.028 0.006 0.009 0.297 0.008 0.585 118 L 0.034 0.078 0.030 0.004 0.024 0.045 0.003 0.781 119 D 0.007 0.051 0.006 0.001 0.004 0.359 0.002 0.570 120 R 0.017 0.052 0.001 0.001 0.001 0.759 0.002 0.169 121 A 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 122 F 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 123 Q 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 M 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 V 0.008 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 126 K 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 127 S 0.014 0.949 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.019 128 A 0.105 0.666 0.021 0.005 0.004 0.004 0.111 0.084 129 R 0.211 0.368 0.055 0.036 0.020 0.026 0.046 0.237 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 V 0.030 0.017 0.099 0.065 0.104 0.090 0.011 0.584 132 A 0.245 0.025 0.118 0.016 0.023 0.037 0.017 0.520 133 E 0.072 0.022 0.211 0.074 0.052 0.066 0.008 0.496 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 135 N 0.019 0.007 0.039 0.013 0.053 0.346 0.003 0.521 136 L 0.070 0.015 0.013 0.003 0.009 0.074 0.004 0.812 137 G 0.027 0.032 0.004 0.002 0.004 0.286 0.003 0.642 138 F 0.077 0.077 0.002 0.001 0.003 0.558 0.003 0.278 139 W 0.027 0.842 0.002 0.001 0.003 0.013 0.001 0.111 140 A 0.003 0.906 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.068 141 Q 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 142 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 143 Q 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 144 K 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 Y 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 146 E 0.007 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 147 Q 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 148 T 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 149 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 150 Q 0.014 0.946 0.003 0.002 0.003 0.004 0.006 0.022 151 A 0.051 0.864 0.005 0.003 0.003 0.006 0.018 0.050 152 Q 0.137 0.733 0.010 0.005 0.004 0.007 0.044 0.060 153 A 0.263 0.487 0.027 0.016 0.010 0.014 0.070 0.113 154 I 0.119 0.184 0.096 0.029 0.034 0.036 0.048 0.453 155 L 0.074 0.073 0.090 0.094 0.087 0.047 0.012 0.522 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 157 R 0.017 0.010 0.026 0.024 0.054 0.067 0.008 0.794 158 E 0.248 0.011 0.034 0.021 0.021 0.094 0.011 0.560 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 160 I 0.038 0.005 0.026 0.024 0.055 0.138 0.005 0.708 161 D 0.118 0.007 0.019 0.018 0.024 0.088 0.005 0.720 162 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 163 E 0.020 0.003 0.005 0.008 0.026 0.562 0.003 0.372